梁漱溟决定脱离现实政治的依据是政协会议的成功，而迫使他不得不再停留在现实政治中的原因恰恰也在这个政协决议上。
政协决议对中共和梁漱溟等第三方面来说，当然是一个成功的决议。但对国民党而言，由于损失太多，便对政协决议稍有不满，对决议的贯彻执行构成一定威胁。这些威胁几乎在政协决议通过的一刹那就已存在。
1946年1月31日上午8时，政协在国民政府礼堂召开综合小组会议，清理汇总各项问题所达成的协议，并商决尚未取得协议的问题。会议一直开到下午2时，才对各项问题取得最后一致的意见。一个小时后，国民党中央就在离政协会议不远的中央党部召开长达三个小时的会议，谷正纲、张道藩等人在会上大吵大闹，顿足嚎叫，哭诉政协决议使国民党一切都完蛋了，什么也没有了，宪法草案十二条原则把1936年5月5日立法院通过的《中华民国宪法草案》（即“五五宪草”）中确立的党国一体、总统集权等原则破坏无遗了。他们对政协决议尤其是宪法草案表示不满，而蒋介石则一任他们哭闹，一言不发。直到最后，蒋介石才说：我对宪法草案也不满意，但事已至此，无法推翻原案，只有姑且通过，留待将来再说。好在这仅仅是一个草案，且为党派协议，还有待取决于全国人民。等到将来开国民大会时再说吧。很显然，在蒋介石的心目中，他并不准备将政协决议付诸实施。
国民党、蒋介石对宪法草案原则的不满主要集中在权力的分配上。这个草案基本推翻了孙中山毕生鼓吹的五权宪法，接受了张君励吸收英美宪法而设计的内阁负责制。凑巧的是，孙科希望做行政院长，因此在宪法草案酝酿过程中点头承认张君劢的设计而不如实向蒋介石汇报，待到生米做成熟饭，蒋介石也只好忍气吞声先让宪法草案获得通过，待将来再俟机推翻。
国民党方面对政协决议的不满直接导致了国内冲突不断发生，内战的阴影一步一步地逼近。2月4日晚，梁漱溟应邀在沧白堂报告政协情况，朦胧灯光中，不断有特务从后面乱扔石子打人。到了2月10日，陪都各界在校场口召开庆祝政协成功大会，会议一开始，特务就借机闹事，大打特打，郭沫若、李公朴、施复亮等都挨了打，梁漱溟刚上主席台几分钟也被逼下台。
那天特务散发的传单，主要是反对政协会议通过的宪法草案，由此可见国民党方面对政协决议的仇视。
鉴于这样日趋严重的情况，在国民党内受窘的孙科、邵力子被迫向中共和民盟提出修改宪草原则的要求，周恩来遂于3月15日宪草审议会上表示可以让步。不料，中央社次日发布的消息语气过重，有失实之处，使延安方面大吃一惊。
当时，梁漱溟为了向中共领袖当面说明他退出现实政治的心迹，正在延安逗留，听了周恩来回来后的介绍和毛泽东的意见，遂于25日搭乘周恩来的飞机一同回重庆，再次为现实政治效力。
回到重庆，梁漱溟又观望了一段时间，为创办文化研究机构的事曾一度飞往昆明。4月18日，梁漱溟从昆明飞回重庆，而恰好这一天国共两党在战场上的较量初见分晓，东北民主联军攻占长春，东北局势又一次引起国内外瞩目。
同一日，马歇尔也从美国回到重庆，与周恩来约谈。之后，马歇尔于4月22日派人找到民盟，希望民盟出来帮助调停。民盟当然无法推卸此责，盟内的一些负责人便纷纷劝梁漱溟参加奔走和平。梁漱溟考虑到内战不停，文化工作和研究工作也只能是一句空话，于是只好跟在大家后面奔走和谈。
在和谈过程中，梁漱溟代表民盟方面。他虽为民盟最初成立时的五位常委之一，但是在盟内并不负很大责任。然而，继左舜生因青年党内部矛盾而于1945年12月辞去民盟总书记职务之后，张东荪又于1946年2月上旬辞去民盟秘书长，遂使民盟实际工作无人管。民盟其他领导人黄炎培、章伯钧、张澜、张君劢以及民盟副秘书长周新民等先后与梁漱溟商量，希望梁出任秘书长。只是梁漱溟此时尚未定下再回到现实政治中出力，因而并未答应。
到了4月，民盟秘书长空缺达两个月，民盟主席张澜极为焦虑。经鲜特生再三劝说，梁漱溟终于答应为张澜分担一些工作，担任民盟秘书长；但言明只干三个月，再多了就不干。他那时计算着三个月或者大局可以归于和平，然后再做自己的事情。
1946年与民盟主席张澜（左）合影
5月初，梁漱溟正式担任民盟秘书长。5月8日，随国民政府离开重庆，经上海，还都南京，设民盟总部于南京蓝家庄。民盟主席张澜年事已高，不愿离开四川老家，所以此后一段时间的民盟一切工作均由梁漱溟以秘书长身份做主负责。
梁漱溟之所以答应回来担任民盟秘书长，主要是因为时局危机，即东北民主联军4月18日占领长春，东北问题引起了国内外的高度关注。
东北民主联军攻占长春之始，蒋介石就非常愤怒，他强调长春问题为时局关键中的惟一问题，中共军队必须无条件地尽快退出，否则必然开打，后果自负。
蒋介石的威胁并没有吓倒中共，其实占领长春是中共战略布局中最关键一着。早在年初，中共中央就依据东北外交和军事形势的变化，利用苏军撤退、国民党军队向北接收兵力不足的机会，及时提出向北满发展的战略方针，以为在东北停战协议达成和执行小组到达前，如能控制长春、哈尔滨和齐齐哈尔等大城市，将会加强中共谈判地位，有利于和平解决东北问题。4月11日，周恩来向中共中央建议，为争取停战后的有利地位，最好于苏军撤出后两天内占领长春。第二天，中共中央指示东北局按周恩来的建议采取行动。15日，苏军撤出长春，国民党军队无法到达，东北民主联军遂于18日向国民党收编的伪军姜鹏飞部发起攻击，迅即占领长春。随后又相继占领了哈尔滨和齐齐哈尔。很显然，这些举动，已意味着中国共产党的内外政策正在发生深刻的变化，他们不可能像先前那样把自己的行动限制在苏美格局的条件下，而是决心依照中国革命的实际情况采取主动行动。
在美国方面，马歇尔的指导思想是避免国共冲突和确保国民党的优势，他一方面不赞成国民党借争夺长春扩大内战，因为那一来，国共冲突势必加剧，苏联便会以维护中东铁路的安全和正常运行为由继续在长春以北的铁路上驻扎军队；而且马歇尔还担心，国民党军队全力向北推进，势必使兵力分散和战线太长等弱点更加明显，有被各个击破的危险。
另一方面，基于力求使国民党政府控制东北的战略考虑，马歇尔又不得不支持国民党政府控制长春。为了解决这一内在矛盾，马歇尔设计了一个自以为“两全其美”的方案，即以长春为讨价还价的筹码：一方面要求中共军队撤出长春以换取国民党停止内战，另一方面要求国民党停止进攻并延缓进入长春，以换取中共在北满作更多的让步。
马歇尔的设计并没有立即提出，而梁漱溟等民盟负责人则于此时从各方面搞清楚了问题的症结之所在，搞了一个和马歇尔的设想思路基本一致的解决长春问题的调停方案，即请中共军队撤出长春，国民党军队也不进去，由莫德惠主持接收长春，国共双方都不占领长春而由警察维持市内秩序。民盟的这个方案先后请邵力子和周恩来看过，邵表示赞同，周表示要请示延安，不能立即答复，但似可望同意。
4月29日晚八时，民盟委托张君励、罗隆基出面携带这一方案向马歇尔提出，并请马歇尔转致蒋介石。马歇尔看了方案后认为，民盟的这一方案虽然和他的设想基本思路一致，但是在此时并不能实行，于是以国民政府即将还都南京为由，拒绝向蒋介石转送。
马歇尔之所以不愿接受民盟的建议，是基于他对当时形势的判断。4月23日，马歇尔同意美国海军为国民党向东北运足九个军。第二天，蒋介石向马歇尔提出要求中共单方面妥协的东北停战方案。马歇尔认为这样似乎不妥，苦口婆心地劝说蒋介石仍然无效，只好于29日即民盟方案提出的当日将蒋介石的条件转告周恩来，并声称中共让出长春是妥协的惟一基础，否则他就退出调处。
对蒋介石的条件，周恩来明确表示不能接受，并指出蒋介石坚持占领长春，表明国共分歧不单是长春归属问题，而是先打仗再谈判，或者相反。中共的原则是先停战，停止调动军队，派遣执行小组到冲突地区监督停战，然后讨论东北军队的布防、复员、调整军队比例等问题。中共并不谋求控制东北，只是要求在新组成的东北地方政府中能有地位，通过和平协商，在民主的基础上决定东北的前途。
周恩来的解释并没有说服马歇尔，马歇尔仍认为他看不出与蒋介石讨论中共的建议有什么用处，国民党的停战努力已被中共军队占领长春所破坏。由此，很可能在东北地区爆发大规模内战，所以他只有退出调停。
很显然，马歇尔此时退出调停的目的，是为了借“战场上的事态发展”以打开国共谈判的僵局。也就是说，他希望用国民党取得的军事上的优势，迫使共产党改变立场。然而，事情的发展并没有按马歇尔的主观愿望为转移。不仅四平战场争夺激烈，而且东北的战火已开始向关内蔓延，全面内战一触即发。
当此时，蒋介石虽有不惜全面内战也要彻底解决中共问题的意思，但他毕竟没有真正准备就绪，还不愿在此不利的条件下全面开战。5月1日，蒋介石在西安行辕召集军政人员讲话，强调长春问题为时局关键，只要中共军队撤出长春，交给国民党军队接防，其他问题都好谈。诚如周恩来当时的判断，蒋介石虽然已经“有意识地走向战争，但做法尚保存两面”，蒋介石的做法在关外强调接收长春，在关内则极力向中共挑战，“在政治则国大无限期延期，先用全力肃清后方，而口头则说遵守政协决议，坚决实行整军、复员、改组政府及国防部，企图以此骗取舆论，争取美国，造成我欲内战之印象，以孤立我们，便于达到其发动全面内战之目的”；“前途，在目前看来，真正好转绝无可能，全面破裂尚有顾虑，但是危险已增长，半打半和也许较多，最后要看力量的变化和对比来决定”。
基于这种分析，周恩来于5月3日晚在南京举行中外记者招待会，重申首先实行无条件停战，然后再谈其他问题的立场，同时亦承认长春问题为僵局之关键。
5月17日，民盟负责人商量，国共两党这样打下去总不是办法，于是决定把原来在重庆向马歇尔提出的方案再行向国共两党公开提出，力图尽快克服因长春问题而造成的危机。毛泽东在收到梁漱溟等人从上海发出的这封电报后迅即电示周恩来，中共对民盟的主张表示欢迎。
在毛泽东电示周恩来的同一天（5月19日），东北民主联军在林彪的巧妙指挥下开始向后撤退，而且连公主岭和长春都一并放弃了。
按理说，既然东北民主联军已经撤出长春，那么所谓时局关键便不复存在。然而，国民党方面却不这样看，不仅把东北民主联军的撤退看作是“溃退”，而且因获得长春而变得更加咄咄逼人，国内和平并没有因为中共主动放弃长春而露出曙光，反而更加危险，仍然无望。
蒋介石获悉东北民主联军撤离四平的消息后非常高兴，23日偕宋美龄、白崇禧径飞沈阳。是日，国民党军队进入长春，东北局势由此又发生了变化。
形势的变化主要体现在两个方面；一是国民党军队进入长春后，自以为加重了谈判的砝码，不愿就此与中共方面和解，进一步提出接收东北的主权问题。5月24日，蒋介石委托宋美龄致信马歇尔，提出“中共应不妨碍或阻止中央政府依照中苏条约接受东北的主权”，“中共应不干涉及妨害中央政府为恢复通车而在全国各地所进行的修路工作。只有这样，中共才能表现其有诚意履行诺言”。二是节外生枝地提出了美方决定权问题，蒋介石声称在停战、军队整编、恢复交通三个问题上，“调处执行部及美方军官对执行及解释国共代表意见不一致的问题有决定权”。
对于蒋介石的节外生枝，中国共产党自然反对，但是为了谋求和平，周恩来于26日在致马歇尔的信中作了最大限度的让步，对于蒋介石愿意停战恢复和平表示欢迎。
马歇尔在收到周恩来的信件后，迅即交给国民党方面，期望中共方面的这些让步能够换来和平，国民党方面能够适可而止。然而，马歇尔这一次又失算了。
马歇尔的失算，主要是因为蒋介石太不守信用。蒋介石在占领长春后并不愿就此罢手，更不愿履行先前的诺言，而是继续向北发动进攻。这样一来，不仅使马歇尔丢掉与中共方面讨价还价的资本，而且蒋介石的做法与马歇尔“稳定关内”、“先南后北”的战略方针相冲突。于是马歇尔不得不向蒋介石施加压力，以争取在东北实行停战。
5月26日和31日，马歇尔在征得杜鲁门的同意后，两次致函蒋介石，指责蒋的行动是自食其言，并要求蒋介石下令国民党军队停止进攻和追击。马歇尔在此期间还和国民党要员多次接触，反复申明中共主力并没有因为撤离长春而受到多大的损失，相反，国民党军队因为战线拉得太长而处于明显劣势。因此国民党如果继续向中共进攻，就有可能失去夺取长春后一度出现的有利谈判地位。
马歇尔的分析在国民党高层引起了相当重视，宋子文、王世杰等人立即将马的意见向蒋介石报告。而此时的蒋介石显然受到战地指挥官乐观情绪的影响，对马的建议和压力并不重视，依然采取拖延方针，继续在东北逗留，避免与马歇尔直接接触。
蒋介石的暖昧态度和拖延战术使马歇尔极为恼火。6月5日，马歇尔决定不再安排美国帮助国民党运输军队和给养，直到东北停战谈判结束为止。蒋介石当天从北平赶回南京，不得已于第二天发布东北停战令。
蒋介石下达停战令后，周恩来于6月7日返回延安，向中共中央汇报谈判情况。国共两党直接谈判因周恩来的缺席而暂停。在这短暂间隙，第三方面公推莫德惠、李璜和梁漱溟拜访马歇尔，征询谋取中国长期和平的意见。马歇尔见到他们很高兴，希望他们和国外的第三方面采取同样的方针，一致行动，督促国共两党谋和，从具体工作中增加国共两党的互信和谅解。
6月9日，周恩来从延安飞回南京。第二天，往访马歇尔，说明中共目前的基本方针是在不丧失基本利益的前提下，竭力争取和平，哪怕短时间也好。但国民党正在召开军事、财政、粮食会议，准备十五天后大打。目前内战的危险日益严重，迫使中共不能不起而抵抗。
14日，三人小组中政府代表徐永昌催问马歇尔与周恩来商谈美方仲裁权问题的情形。16日，徐永昌又代表政府送给周恩来一个备忘录，最后催促中共方面接受美方仲裁权，声言非此不可。同日的上海《大公报》在分析了时局之后说：“综观以上所述，除美方仲裁权外，似乎一切都可商量，并无不能调和之分歧。”美国的仲裁权一时间成为国共和谈的最大障碍。
本来，早在5月26日周恩来致马歇尔的信中，就已对美方仲裁权问题作了原则性说明。信中说：“关于美方军官具有决定权力的问题，我们愿根据阁下前所提议之在各执行小组内，美方代表握有关于调查程序之决定权力一项，继续努力。”也就是说，中共接受美方的仲裁权，但是这种权力必须有所限制。
然而，当蒋介石把这种仲裁权视为“非此不可”的时候，中共的让步显然不合乎蒋的目标。为了谋求和平，尽快和解，第三方面的莫德惠、李璜和黄炎培等人只好再次往访周恩来，好言相劝，称“所谓美方决定权只是名义上不大好听，实际上没有什么，在这一问题上你最好让步，以谋和平”。周恩来实是诚意谋和，在第三方面的苦劝下，表示接受大家的劝告，可以让步。但是在名义上不能接受美方的最后仲裁权，而在事实上，则先后分为四点，逐一解决。
中共既然在美方决定权问题上作了实质性让步，蒋介石应该就此满足了吧？可惜此时的蒋介石得寸进尺，到了6月29日即停战令最后期限的前一日，又提出苏北中共军队撤退后的地方政权问题。
苏北许多地方，原为中国共产党在抗日战争时期建立起来的游击根据地。军队整编后，中共要求在苏北驻三个师，蒋介石不同意，中共让步只驻一个师。一个师只能驻在很小的地方，中共的军队必须从苏北大部分地方撤走。中共认为，军队撤走可以，但各县警察、保安队和行政人员不能撤，而应根据政协施政纲领实行地方自治，通过改选组成民主政府。但是，蒋介石不同意这样做，要求中共在苏北的势力全部撤走，由国民党接收。
对于蒋介石的主张，周恩来坚决反对，认为这不合乎政协会议确立的军政分离的原则，不合乎“华中、华北解放区政权问题由改组后的国民政府来解决”的原则，而主张靠改选和靠大家商量来解决，不能由蒋介石马上拿过去。
苏北政权问题本来不应构成国共和谈的障碍，但由于蒋介石太缺少和平诚意而导致这一小小的问题越闹越大，眼看休战即将期满，谈不成功又要开打，梁漱溟和第三方面万分焦急，决定连夜再作最后努力。29日晚八时许，梁漱溟与莫德惠、李璜三人往见周恩来，称苏北问题本不是大事，为了取得协议，还是让步为好。周恩来在解释了中共原则立场后说：“我是淮安生的孩子，我若同意此要求，我无颜面见淮安父老！”
话说到这里，梁漱溟他们知道周恩来态度坚决，不能再劝，就退出想找国民党政府代表商量，看国民党方面能否作些让步。然国民党代表此时都在蒋介石官邸开会，讨论签字不签字问题。梁漱溟他们无从得见，只好在电话上与政府代表王世杰通话，告诉他们与周恩来谈话的经过，并向王世杰建议，除把没有取得协议之点，如苏北政权问题暂行保留外，其余已取得的协议请先签字，以便明日实行停战。梁漱溟等人恳求说：“还是签字的好，不然，岂不是又要打起来吗？”
这时，在国民党内部，并不是一致要求和谈破裂，全面开战，如王世杰等人就主张签字，但是蒋介石不肯。到了第二天，停战期限已到，蒋介石只发表了一篇文告，既不说继续停战，也不说打，大意表示问题还没有结束。对于这些没有结束的问题，蒋介石表示不再麻烦马歇尔，而另外寻求解决办法。
7月2日，蒋介石约见周恩来、董必武。蒋一见面就说，你们占的地盘已经很多了，苏北、安东、胶济线要让出来，这个问题解决了，全国就和平了，一个月以后就可以召开国大，改组政府。蒋介石在谈话中尤其着重于中共让出苏北，称“苏北地方并不大，让出来不算什么。你们还有很多地方可以生存。现在大家都看到，你们在苏北，对南京、上海威胁很大。胶济路如不让出，则常遭破坏交通，就无法安定。北宁路无承德掩护，也不安”。蒋介石还说：“如果你们让出这些地方，全国人民都说你们好，你们不会吃亏的。”蒋介石要求周恩来、董必武、邵力子、王世杰和陈诚五人商谈包括苏北问题在内的各项问题，并宣称这些问题商谈好了，即可全部签字。对于蒋介石的说法，周恩来逐条陈述中共的立场，强调“今日必须一面求全面停战，一面开政协，谈改组政府”。然而蒋介石对此丝毫不予考虑，双方“无话可谈而散”。
其后，周恩来、董必武与邵力子、王世杰、陈诚等五人就蒋介石交给的几个问题商谈多次，然而一个也解决不了。到了7月12日，这些问题原封不动地交还给蒋介石，蒋大怒，下令开火大打。他自己跑上庐山避暑，全面内战不可避免地爆发了。
蒋介石违背人民的意愿，倒行逆施，发动内战，势必遭到人民的强烈反对。因为，中国人民经历了八年艰苦卓绝的抗战，迫切需要一个和平安宁的环境休养生息。1946年6月23日，上海各界人士十余万人举行声势浩大的示威游行，反内战，争和平，群情激昂，其规模声势为中国历史上所少有。群众公推的代表马叙伦、蒉廷芳、阎宝航、雷洁琼等人在游行队伍的欢送下，肩负着全国人民的重托，前往南京，呼吁国民党停止内战，实现和平。
当天下午，和平请愿代表到达南京下关车站，立即遭到国民党当局精心策划指挥的自称“苏北难民”的大批暴徒的围攻和毒打。暴行前后延续达五个多小时。马叙伦等四人身受重伤，记者与在场的欢迎人员有十二人不同程度地受伤。
下关惨案发生后，周恩来立即与国民党当局严正交涉，并赶往医院探望。梁漱溟也于6月25日与黄炎培、章伯钧、罗隆基、张申府联名致信国民党上层人士，揭露国民党的特务活动。信中说，这次下关惨案，“情节离奇，遐迩莫不惊异”，然“并非全由下关之军警不得力，而突出于一种特务活动，人所共见，不容否认”。因此，他们再次提请国民党“切实考虑”，“取消特务机关”，“切实保证人民之各项自由”。
上帝令其毁灭，必先让其疯狂。遗憾的是，国民党已经到了利令智昏、孤注一掷的时刻，他们不仅听不进梁漱溟这些“第三方面”民主人士的意见，反而对第三方面民主人士恨之入骨，视若仇雠，不惜大开杀戒，将手枪对准这些文人学士。7月11日，下关惨案血迹未干，国民党特务又在昆明街头用美制无声手枪暗杀中国民主同盟中央委员、救国会“七君子”之一的李公朴。15日，又在昆明暗杀中国民主同盟另一位中央委员、西南联大教授闻一多。
李闻案件的爆发，举国震惊，第三方面尤其是中国民主同盟不得不向国民党当局提出严重抗议，此时身为民盟秘书长的梁漱溟其忙其忧可想而知。
7月12日和16日，中国民主同盟云南省支部连续发表两篇严正声明，称李公朴、闻一多之死，不仅是中国民主同盟的巨大损失，而且是全中国人民的损失。为了这两位英勇的民主战士的死去，全国各界，无论知与不知，自当同声痛哭。不过，在这悲痛的时刻，尤其应当特别指出的是，国民党政府虽然表面上一再宣称保障自由、保障人权，实际上是“以特务恐怖政治摧残人权，破坏民主和平运动，并不惜以最阴险最狠毒之手段杀害民主人士”。这些惨案的相继发生，“实乃法西斯反动派决心放弃以和平民主方式解决当前国是问题，而悍然采取最卑劣最无耻的暗杀手段，消灭民主分子，以配合正在展开的全面内战，公开向全国人民进行全面进攻的具体表现”。
李公朴被害的消息当天传来，民盟中央负责人都正在上海，梁漱溟对新闻界发表谈话说：“公朴先生被害，无疑是为了当前政治斗争，尽管正凶没有捕到，好像无法证实国民党特务之所为，但是此事无待申说，大家心里都明白是怎么一回事”，“现在政治是这样黑暗，统治者已经超过法律，用特务手段行其统治”。
闻一多被害后，梁漱溟又以民盟秘书长的名义发表书面谈话：“李闻两先生都是文人、学者，手无寸铁，除以言论号召外无其他行动。假如这样的人都要斩尽杀绝，请早收起宪政民主的话，不要再说，不要再以此欺骗国人。”他接着说：“我个人极想退出现实政治，致力文化工作。但是，像今天这样，我却无法退了，我不能躲避这颗子弹，我要连喊一百声：取消特务！我倒要看看国民党特务能不能把要求民主的人都杀光。”在宣读完这个书面谈话后，出于对国民党特务的卑鄙凶狠行径的愤恨，梁漱溟在记者招待会上愤怒表示：“特务们！你们有第三颗子弹吗？我在这里等着它！”
17日，民盟中央也就此事发表声明，向全国人民大声呼吁：“倘国家还是一个有组织的国家，倘政府还是一个负责任的政府，那么当权负责人，应首先保障我们老百姓生命身体的安全，应首先保障我们老百姓生存和说话这些最基本的自由权利。对当前的时局，我们民盟没有什么过高的理想，亦没有什么过大的奢望。老百姓只要求一个做人的起码条件，让我们老百姓活得下去，让我们老百姓有生存的希望和机会。”
国民党政府之所以敢这样做，当然不在乎民盟抗议，在闻一多被杀的第二天即7月18日，民盟北平市委孙中原在北平被暴徒绑架。这一连串的恶性政治事件不仅在国内引起强列反响，而且也使民盟负责人高度警觉，他们不仅要发表声明，以示抗议，而且要拿出证据，唤起国人和国际社会的同情。7月22日梁漱溟等民盟负责人联名致函国民党政府负责人并转蒋介石，公开要求“政府立即选派公正人员，与本盟所推派之人员同赴昆明进行调查惨案真相，早日公诸社会”。然而，国民党政府并没有答应民盟的这项要求，只同意一切调查由民盟自己单独进行，政府给予交通便利和调查便利。
在民盟内部，最初决定由罗隆基负责去昆明查办，只是后来透露消息说罗不能去，去就得死在昆明。为此，民盟成员中的许多教授大惊失色，跑到美国领事馆躲避。潘光日和费孝通从领事馆出来后，又跑到广州，再不敢过问政治；楚图南和冯素陶等也都躲了起来。在这种险恶的形势下，梁漱溟以民盟秘书长的身份与周新民同往昆明，负责李闻案的调查工作。
8月6日，梁漱溟一行在国民党中央党部秘书长张寿贤的“陪同”下，经重庆抵达昆明，开始单独调查李闻案的真相。国民党政府及昆明的当权者，不仅不给提供方便，而且设置了重重障碍。蒋介石特派顾祝同率几名大员和大批军警专程由南京飞往昆明，名义上协助民盟开展调查，实际上与云南省主席卢汉、警备司令霍揆彰一起，设法阻挠调查工作。在特务的密切监视下，加上几个月来的恐怖气氛，各方面的人都不敢和梁漱溟他们相见，更不敢公开提供证据。
处此困难环境中，梁漱溟和周新民到美国驻昆明领事馆与美领事见面，了解情况，美国领事馆给他们提供了不少有用的材料。因为美国大使馆曾为李闻案派员到昆明调查过，掌握不少有价值的线索。加上一些人秘密地给梁漱溟提供资料，使梁漱溟经过一段时间的紧张工作，基本上弄清李闻案的内幕，除搜集掌握了大量的暴徒的传单、标语、布告之类物证及部分人证外，也调查清楚凶手就是霍揆彰的部下，即特务营连长汤时亮、排长李文山。
通过李闻案件的调查，梁漱溟对国民党的不满又增加了一分，他觉得国民党不够坦率，不够真诚，不仅手段卑鄙，而且“吞吞吐吐”，缺少执政党应有的“风度及作风”。从此之后，梁漱溟虽然仍尽量保持与国共两党的“等距离外交”，实际上对国民党的厌恶逐渐增多，对中共的好感也相应增加。因此，在这个意义上说，调查李闻案的时间虽短，但在梁漱溟的政治生涯中却具有极为重要的转折意义。
由于国民党的阻挠，梁漱溟在昆明的调查工作无法进行下去，而顾祝同在昆明主持的李闻案“公审”是否能进行下去，以及有多少有用价值都值得怀疑。于是，梁漱溟只好于8月22日由昆明飞上海。
25日，梁漱溟在上海举行记者招待会，报告调查经过和结果，他在谴责国民党政府的同时，也提出民盟对此事的具体主张，即李闻案属于政治性谋杀案，交给法院无法判决，应将此案立即移交南京组织特别法庭审理。梁漱溟重申：“如果政府不采纳我们的意见，我们也用不着强求，因为这只是又一次证明政府的隐私。”
或许梁漱溟已意识到国民党方面根本不可能答应他的要求，因此他对现实政治表示极端失望。8月27日，民盟中央主要领导人在上海张君励家（范园）开会，梁漱溟在报告李闻案调查情形后，即席声明辞去民盟秘书长职务。他说：“当初我只答应千三个月，现在六个月也有了，事情无可为，所以请践前言，准我辞职。”梁漱溟说罢，张君励马上说：“假如说有一个人可以称为民盟之父的话，那么这个人就是梁先生。我看梁先生一走，民盟就散了。”张君励之所以这样说，是因为当时青年党已退出民盟，依附国民党政府，民社党也有一些人要求退出民盟。