论到心与色，佛家的本义，《新论》原有大体不错的理解。如
说：“释迦创教时，解析色心，只是平列而谈，并未以色摄属于心，其骨子里已近二元论。”佛法虽不是二元论，但就事论事，心、色是相依互缘而各有特性的。“名色缘识，识缘名色”,心色平等的缘起论，与唯心论者确有不同。但《新论》倾向于神化的唯心论，所以忽略佛家的本义，舍本逐末说：“中国哲学思想，要不外儒佛两大流，而两派又同是唯心论。”如此而谈融会儒佛，纯正的佛家，即万难同意!
《新论》自己说：“我之所谓唯心，只是着重心之方面的意思。”但从《新论》的全体思想看，不单是着重吧!如说：“一、克就法相而谈，心物俱在。二、摄相归体，即一真绝待，物相本空，心相亦泯。三、即相以显体，则说本心是体。”《新论》的主要思想，即在第三的以相(用)显体。依《新论》说：“翕，元是本体的显现，但翕则成物，故与其本体是相反的。阍，虽不即是本体，却是不物化的……是本体的自性的显现。”《新论》的本体显现说，虽一翕一阍而似心物二相，但物相是反本体的，虽从本体显现而几乎可以不称之为用的；唯有心，才是本体的自性显现，才真是本体的大用流行。这样，《新论》是从重心轻物，到达唯心非物的本体论。“故说物质宇宙本来是无，是如实说”,《新论》的玄学体系，岂但是着重心而已。
从现象的重心轻物，到达本体的唯心非物，原是宗教及神学式的玄学的老调。如耶和华上帝创造一切——心与色，但“上帝是灵”,人类的灵性也是从上帝那里来的。如婆罗门教的梵我论，虽为万化的本原，显现一切；但“不可认识的认识者，即真我”,与大梵是同质，也有说是同量的。如笛卡儿在心物二元上有上帝，而心是更近于上帝的。类似的意义，多得很。《新论》的唯心论，实在庸俗得可以!与其说融会儒佛，倒不如说融会神学，更为恰当!
《新论》说：“唯物论者……妄计有物质才有生化。殊不知如有物质，便成滞碍，何能生化!”《新论》批评以“功用流行为物”者，“与世间所云之物之本义不符”。但《新论》心目中的物质——假使有的话——,是质而非力的，静而非动的，是滞碍的死物!玄学者的“物”,也决不是世间所云之本义。依世间说：物有质也有力；物是存在的，也是活动的。依佛法说：色(物)即“变碍”义；色——四大，即任持、凝摄、熟变、轻动，为什么有色——物——即滞碍而不能生化?《新论》抹煞现实(破相),剥夺了物质的变化性，把他看作凝固的死物。同时，又漫无范围的扩大了心的意义，说什么“健而不可挠名心，神而不可测名心，纯而不染名心，生生而不容已名心，勇悍而不可坠堕名心”。“确是依着向上的，开发的，不肯物化的刚健的一种势用而说名为心。”《新论》的心，即神的别名，“与世间所云心之本义”是否相符，《新论》不妨反省看!
色是变碍义，心是觉了义，佛法的说色说心，是现实的。依此现实而悟得性自空寂的实性；悟得缘起心色的绝无自性，但是相依相待而幻现有色心的相对待性。宇宙是心色而空寂，空寂而心色的。没有独立自性，所以不成为二元。心与色，惟有在缘起幻相边说；在空寂的自证中，是什么也不可安立的。然而，为自性妄执所诳惑的，不能不寻求什么万化的本源实体，他们仅凭想像，或似是而非的神秘经验，不知毕竟空寂——《新论》也没有例外——而妄执本体。其实，所谓本体，到底不过是在现象的心或色等中，给予神秘化、艺术化，称之为神、为本体，陶醉自己，自以为满足了!
缘起心色，即宇宙的现实，而世学者不能如此。如唯物论者，以物质为实体，以精神为物质所派生的；但是，自然科学的物质，在哲学中，在认识论中，不得不修改为“心外的客观存在为物”,也即不能不承认心物的同在。如唯心论者，由于幻想物相从心体而现起的，所以以“向上的、开发的”等为心；但在认识论中，也不能否认心物俱在，仅能说“境必待心而始呈现，应说唯心，不说唯境”。唯心论者的对待心待境起，与唯物论者忽视与客观相待的主观一样。总之，由于心色的极无自性，即在缘起相对的心与色中，各有特性，谁也唯不了谁。唯物论者不能不承认意识的相对主动性；唯心论者也不能漠视心为物所限制——坎。依佛法来说：唯物是外向的俗化，唯心是内向的神化，过犹不及!
真常唯心论者，在从心而物，从善而恶的解说中，包含有同一性质的难题。如论到心与物，《新论》以“本心即是实体”,强调心的自在，不失自性。但在现实世界中，极难同意。“心之能用物而资之以显发自己也，则唯在有机物或人体之构造臻于精密时始有可能耳!前乎此者，心唯固蔽于物。据此，则心之力用甚微，奚见其能宰物而言唯耶?”此难，是极为彻底的。这等于责难上帝：上帝是全能的，一切是上帝造的，为什么世界一塌糟，甚至有人根本反对上帝，想取消教会，上帝也还是毫无办法!《新论》在这里，以坎、离来解说。坎陷与出离的现象，确乎是有的。然在坎陷的阶段，决不能忽略被陷者本身的缺陷，或外来力量强大而自身过于渺小。假使说心为物陷，这必是心的微弱渺小，心的本身不够健全，不能幻想此心为尽善的、自由的、能主宰物的!在坎陷阶段——如奴隶社会中的奴隶——充满缺陷、不自由，不能抹煞事实而说他还是尽善的，自由主宰的!唯心论者，并不能答复此铁的事实。
依佛法的缘起论说：坎陷，是依于缘起——种种因缘——而如此的。但缘起的缺陷相，不是自性的，不变的，坎陷必将被否定而到达出离的。依缘起性空义，指出坎陷有出离自在的可能；但并不在系缚的坎陷中，即幻想内在的自由与主宰。佛法的无我论，否定真心真我论，即是如此。
《新论》的善恶说，是“吾人本性无染，只徇形骸之私，便成乎恶”。“惑非自性固有，乃缘形物而生。”“因本心之力用，流行于根门，而根假之以成为根之灵明，乃逐物而化于物，由此有染习生。”这样的将一切罪恶根源，推向物质、根身，归咎于根的逐物；反显心体的本净性。这等于国政荒乱，而归咎于人民，归咎于官吏，而圣王无罪。论理，心为本体的流行，形物不过似相，心体总是主宰而自由的。就以人类来说，也应该善多而恶少，“性智”显现者多而妄执者少。然而，除了“满街都是圣贤人”的幻觉而外，有眼有耳者是谁也不会赞同的。真心论者与神我论者，真是一丘之貉!假使依佛法的缘起论说：众生无始以来，有——有漏——善也有恶。恶，待因缘生，虽也与境相的诳惑，根身的逐物有关，而心识本身为无始来习以成性的贪、瞋、痴、慢所恼乱，知情意一切都不能得其正，决不能漠视。所以，佛法的修持，不是不受用——见闻等——外界，也不是自毁根身，是反省自心的缺陷而对治他、净化他，根本在深见缘起本相，以智化情而融治他。佛法确信众生“生得善恶”而可善可恶，所以止恶行善，圆满善行到成佛，都需要我们自己的精进不已!