在第三天（12月5日）的审讯中，辩护律师对证人李德立（Edward S.Little）进行了询问，并诱导证人说出了这本小册子的语言十分离奇荒诞，普通的中国人只会认为这是一本邪恶的图书，这本书并没有能力组织起革命或煽动起叛乱；而原告律师则作相反的诱导，让证人说出《革命军》确实说要将满洲人杀尽，确实表示要赶走皇帝，确实具有煽动性。
听取证据阶段结束后，控辩双方进行法庭辩论。辩方律师琼司首先发言，他认为，邹容只是一个学生；当然他也是一个伟大的爱国者，热切地为国家寻找出路；作为一名作者，他为了这个意图写作。他不是官员；不是有权有势的人；也不是有任何影响的人。琼司认为在缺乏足够证据证明被告恶意为出版或煽动造反而写作的情况下，由政府出面控告被告是不公平的。琼司请原告方严肃地考虑这个问题，即一个理智的人，当他读过《革命军》，是否会按照字面的意思去理解，是否会产生革命、推翻政府的冲动？答案是，阅读者根本不会这样做。只要考虑文章是在何种背景下写作的，以及是由谁来写作的，这些事实就会很清楚地呈现，《革命军》没有被其他人接受的意图，也不会有通过正常途径阅读后会按照一般的字面意思去行动。
琼司接着说，通过庭审，我们知道邹容的这篇文章只是在日本读书时的一篇普通的课堂作业。在学校读书时，邹容积极参加各种有关政治、历史和国际问题的演讲。由此可以看出《革命军》中的许多思想都是他的老师或演讲者的。邹容自己也承认他的这本小册子实质上是听演讲时的记录和阅读外国政治史所做的笔记。可以想象一下这个年轻人的身份，一个只有19岁的人，把所有精力都用到了研究中。邹容在这个学习过程中，眼界渐开，被各种自己无法把握的新思想所困扰，他不时把这些思想记录下来。就是在这样一种情形下，邹容写成了现在被起诉的文件手稿。
按照琼司的推理，邹容的这些文稿只是听课笔记和读书笔记，并没有出版的期待，没有打算使其进入流通，进而煽动起人们对皇帝的仇恨、蔑视和反叛。邹容的这个手稿，据他说还与其他行李一起放在东京，所以必然的结论就是，邹容没有将这本小册子出版，也没有导致它出版。至于出版者是谁，应该由原告方提供，这是本案的关键。而且，法庭无法证明，这些手稿大量发行，并因此皇帝的威信受到损害，或者因书中的事实煽动起对皇帝的诽谤。
为邹容进行辩护的技巧非常简单，那就是《革命军》只是作者的读书笔记，至于为什么会出版，和作者无关。退一步说，书中的内容无害于政治，并不能从中推导出推翻朝廷、煽动动乱的结论。
对于辩护方的意见，原告律师当然不会同意。原告律师西蒙在辩护总结时指出，法庭的讨论和对《革命军》文字的宣读，已经证明这本书具有诽谤性和煽动性，作者的意图就是要使满洲王朝、皇帝陛下和慈禧太后被憎恶、被蔑视。书中的语言邪恶、粗鄙、无理，如果对此不予以惩罚，那么中国政府就是软弱政府。
原告律师西蒙还强调，邹容在法庭上的表现可能是设计好了的。他在法庭上说自己已经改变了政治信仰，现在是社会主义者。由此很容易看出，邹容可能因为《革命军》陷入了麻烦，才改变了观点，是由于被指控被捕。另外，邹容还有一个最好的借口，就是只有19岁，但他继续与《苏报》中那些改革者、革命者为伍，很可能一样具有煽动性。
至于邹容和他的辩护律师反复强调手稿还在东京，上海出版的《革命军》不关邹容的事，西蒙给予反驳，认为这是一个很难令人置信的巧合。而且，邹容在上海见到这本出版物在销售，从未去调查是谁将这个手稿拿去出版。这对被告律师反复强调的穷学生来说，太不可思议了。所以原告律师的结论就是，《革命军》极具煽动性和危险性。这类作品扩散的可能性应该被阻止，作者应该受到必要惩罚。
被告律师作了无罪辩护，原告律师作了有罪指控，实事求是地说，他们的辩护与陈述都各有各的道理。只是这种政治事件，而且又是发生在中国的反政府事件，究竟应该怎样惩处，肯定不是一个简单的法律问题，而是一个政治问题。会审公廨特别法庭没有在当天作出判决，他们肯定还有许多事情要商量。