7月22日，第二次审讯结束的当晚，驻沪领事团举行会议，上海道台袁树勋应邀参加。袁树勋在会上要求废除租界会审及租界定罪协议，要求租界当局将“《苏报》案”罪犯引渡给清政府。领事团对袁树勋的建议无法同答。各国领事迅即将此事向驻北京的各国公使作了汇报，各国公使同样表示无法决定，表示请各国政府进行研究，再作决定。
公共租界将章太炎、邹容等嫌犯引渡给中国政府原本并不存在多大障碍，问题主要出在此时在北京发生的沈蔓案上。沈蒽是敢于说真话的职业记者，当他通过特殊渠道获得中俄有关东三省移交问题的密约后，认为这个条约丧权辱国，于中国不利，遂将这个条约交给《新闻报》发表，世界舆论一片哗然，中俄交涉中止，清政府下令将沈蒽逮捕，并于7月31日残忍地将沈蒽杖毙于刑部。
沈蒽事件引发西方社会的普遍关注和忧虑，认为清政府对言论自由的控制太不人道、太过分，各国公使和各国政府此时如果贸然将章太炎、邹容等人移交、引渡给中国政府，或者中国政府将这几个人同样处置，那么一定会在西方社会引起巨大的震**。章太炎、邹容得知沈蒽被杀的消息后，也非常焦虑，感到自己也有可能被清政府残杀。章太炎在《狱中闻沈禹希见杀》中写道：
不见沈生久，江湖知隐沦。
萧萧悲壮士，今在易京门。
魅彪羞争焰，文章总断魂。
中阴当我待，南北几新坟。
邹容也在和诗中写道：
中原久陆沉，英雄出隐沦。
举世呼不应，抉眼悬京门。
一瞑负多疚，长歌召国魂。
头颅当自抚，认为墨新坟。
然而，沈总之死在某种意义上帮助了章太炎和邹容，经过一段时间的犹豫徘徊，各国政府为了减少来自社会的压力，不愿将章太炎、邹容等人引渡给中国政府，“《苏报》案”审理重回原来轨道。
12月3日，第三次审讯重新开始。这次审理，前后用了4天时间。地点仍然在会审公廨，只是由于此案比较特殊，会审公廨又专门设立了一个“额外公堂”，组成人员有会审公廨谳员邓鸣谦、英国副领事翟理斯、上海县知县汪瑶庭。汪瑶庭的身份是南洋大臣特派代表。
第一天上午十点一刻，审讯正式开始。像往常一样，犯人乘密封的马车由全副武装的巡捕押解到庭。由于天气寒冷，旁听的人并不多，只有几位女士。
原告律师古柏首先代表清政府提出控告，强调证实被关押者有罪，会审公廨有义务适用中国法律和惯例，因为犯罪者都是中国公民，犯罪行为发生在中国领土上，触犯的是中国政府，他们应受到中国法律制裁，这在以往的中外条约中写得很清楚。
在作了几点评论及处理同案中陈仲彝、钱宝仁和程吉甫等人释放事宜后，原被告双方律师的控辩集中在章太炎和邹容身上。原告律师古柏认为，章太炎和邹容被指控的罪名在英国被称为煽动性的诽谤罪。中国法律也像其他国家法律一样，有叛国、煽动暴乱、造反等反政府罪名。最严重的是公开造反，依据中国法律这种罪应给予最严厉的惩罚，所有国家都认为这是最严重的罪行。
在指控章太炎的罪行及提出证据后，原告律师转向邹容。认为邹容的《革命军》比章太炎的《驳康有为论革命书》更进一步，因为邹容在这本书里触犯了谋杀和屠杀罪。《革命军》中有“诛绝五百万有奇披毛戴角之满洲种”，王朝将被推翻，余下的满洲人将被灭绝。接下来，邹容还在这本书中告诉人们这个诛杀满洲人的方案是多么容易实行，“使这满人而多数也，则仅五百万人，尚不及一州县之众”。邹容在书中说亲王大臣目不识丁，将军只知唱京调二黄。古柏认为，邹容《革命军》的这些宣传是世界上最危险的宣传，无政府状态会因此在全国蔓延。这不是改革，这是屠杀。书中的语言是如此疯狂，人们会认为作者邹容是个疯子。虽然作者自己可能不是一名英雄，也不是革命领袖，没有人能说出这种文风从何而来；如果允许这样的东西传播，很容易产生无休止的混乱，还有遍布全国各地的起义。古柏说，我想，邹容自告奋勇地承担全部责任，他没有把自己隐藏在不知名的印刷者和出版者的背后。虽然邹容的作品催生怒火和屠杀，但该被告的状况应给予考虑，可能的话应宽容。邹容已经承认出版与他有关，法庭可以考虑应给他什么样的处罚足以威慑他，以防止他以后再做类似的事情。
很显然，原告律师貌似建议从轻发落邹容，但讨论的前提是邹容已经认罪，这实际上还是一个有罪指控。但是公共租界的代表即观审和被告律师显然不希望判决邹容有罪，于是根本不愿意承认邹容在先前的闻讯中曾承认自己有罪。原告律师、观审及被告律师为此进行了很长时间的争论。这种辩论方式完全是英国式的，原告律师刻意强调《革命军》上没有印刷者、出版者的名字，认为责任就在邹容，而邹容也已经承认了。但被告律师及英国领事的代表不这样认为，他们就是要为章太炎、邹容等进行无罪辩护，因为他们相信言论出版自由是人不可剥夺的权利。
第一天的庭审就这样结束了，控辩双方主要围绕着是否恶意写作，以及与印刷、出版有多大的关联进行。
在第二天（12月4日）的审讯中，控辩双方先是用了整个上午和下午大部分时间对章太炎进行询问，最后留出一段时间询问邹容。询问先由被告律师开始，内容有邹容的姓名、籍贯、家庭状况、经济来源、教育经历、阅读经历等，被告律师琼司与邹容的对答显然是经过仔细的斟酌，完全向着无罪的方向发展：
写《革命军》的时候，你仍在日本学习吗？——是的。
是你自己出版的吗？——不是。
它是你的写作作业的一部分吗？——是的，不仅我，很多其他同学也同我一样写作业。
也写文章？——是的。
是你自己出版的吗？——不是。
你要其他人帮助你出版吗？——没有。
是你自己写的还是要其他人代你写的？——是我自己写的。
用中文还是日文？——大部分是中文，也有几处引用日文和英文。
你什么时候离开日本的？——今年的第三个月。
你那时回上海吗？——是的。
你回来之后做什么？——回上海后，寄宿在我的朋友章炳麟那里，这样会比住旅馆使宜。
在你离开日本之前，看到过你的这本书的印刷本吗？——没有。
回上海后你从事什么职业？——我来上海是想搞到一些钱，然后去美国读书。还有很多书和行李还留在日本。
你曾经见过印刷的《革命军》吗？如果见过，是什么时候？——大约在今年的第四五个月，我第一次见到印刷的《革命军》。
在哪里？——在一个街上卖报的人手里。
你有没有买一本？——没有。我知道那里面都是什么内容，因此没有买。
讲一讲你被捕时的情况？——关于“《苏报》案”，我听说逮捕令中有的我名字，由于我与《苏报》无关，所以觉得很奇怪，于是前往巡捕房询问。当我到了巡捕房时，碰到一名外国巡捕，就询问他，我是否被通缉，我的名字是否与《苏报》有关。巡捕问我的名字，我告诉了他。他把逮捕令给我看，我在几个被通缉的名字当中看到了我的名字，我被指控写煽动性文章。
你认为你犯罪并试图逃脱吗？——没有。
你是投案自首吗？——我来巡捕房询问时被拘留。
你知道你写的小册子手稿的情况吗？——《革命军》的原稿和我的其他书籍和行李一起放在东京中国学生俱乐部，我得到可以离校一段时间的戌刻后，从日本回上海，这些东西留在那里。
这些都是被告律师琼司的提问，这些提问显然是诱导邹容向无罪方向辩护，而邹容的回答也很机智。只是有几个问题，可能与实际发生的不太符合。比如他说《革命军》只是学生的作业，出版情形也不知道等。如果邹容的这些回答是真的，那么怎么理解章太炎为这本书作序呢？难道是章太炎自愿为一本不准备出版的学生作业作序吗？所以，原告律师古柏接着询问：
这个小册子表达了你现在的观点吗？———我已经改变了我的观点，我现在有新的观点。
你现在不再鼓吹灭满？——我现在鼓吹社会主义。
你在多长时间以前放弃了你在小册子中的观点？——在我写好小册子之后，我看了其他书，我认为小册子中的观点是不好的，现在有了新的想法。
你为什么不毁掉小册子的手稿？——我看待这个小册子就如同一个父亲对待他的孩子一样，因此我没有毁掉它。
从手稿到你第一次见到印刷的小册子有多长时间？——在我回上海两个月以后。
你的意思是手稿未经同意从你的作业中作的摘要吗？——原稿仍放在东京的行李中，不可能对它作摘要。
那么你没有手稿了吗？——是的。
你知道它是在上海还是在别的地方被印刷的？——因为不是我自己同意出版的，所以我不知道它是在东京还是在上海被印刷的。
初审时你供认是你出版的，你现在对此否认？——我当时说的是写作业的完成时间，不是出版。
发现它被印刷的时候，不奇怪吗？——很奇怪；我打算回东京调查此事。
你有没有询问供货商是在哪里买的吗？——没有，因为我以前的思想已经改变。
你没有买一本或者询问哪里可以买到吗？——没有，因为我现在想了解的是社会主义，对以前的思想没有兴趣。
你有没有想到你的思想的危险性质？——我不认为那是危险的。
你不认为小册子的宗旨是很危险的吗？——我从书中得到这些思想；如果我没有读那些书，我不会写这个小册子。我从我老师那里获得这些思想。
你没有意识到小册子的宗旨是煽动性的吗？——如果不给其他人看，不会引起任何麻烦。
难道它即使流动也不危险吗？——不危险。
你的意思是说像“杀尽满人”这样的语言也不危险；我的意思是对于那些你没有见过的人。——那是指导我们学习经典的日本老师教给我的。
日本的老师交给你的？——我从日本老师那里听到，并记录下来的。
你的日本老师是谁？——他的名字是Meidah。
他对日本皇帝也鼓吹同样的思想吗？——那我不知道。其中的一些思想来自英文书。
我明白了，你没有采取步骤弄清楚它在哪里印刷的，也没有阻止其流通吗？——我没有深究，我不是巡捕，也不是本地的地方官，没有权力深究。
与章炳麟的手稿一样，你的手稿也是未经同意被印刷的？——我不在乎是否是这样，因为我现在认为我以前的思想是不好的。
你有其他的书出版吗？——我没有写其他书，我准备写关于社会主义基本原理的书。
你给《苏报》投稿吗？——没有。《苏报》的观点与我完全相反。
你想推翻朝廷吗？——我不想推翻朝廷，我想成为第二个卢梭。
你想致使另一场法国革命发生吗？——如果卢梭是革命家，怎么会为他建立纪念碑呢？
难道卢梭的书不是法国革命发生的主要原因之一吗？——我只希望学习卢梭做的事情，当我写作的时候没有注意我写的东西会有什么影响。
那么你不想在中国导致革命吗？——不；我的思想是没有富人和穷人；每个人地位平等。
假如邹容面对原告律师的这些提问，即便回答都是真诚的，那么我们过去所张扬的邹容思想和形象好像都值得重新讨论了。邹容竭力将我们一向所强调的革命思想向改良思想上拉，不愿承认自己的思想具有革命的暴力的倾向，而且刻意强调《革命军》中的思想主要来源于课堂和书本，更重要的是，我邹容现在已经不是《革命军》写作时的思想了，我现在倾心于社会主义了。
邹容的回答显然是出于辩护的需要，因为他的律师为他规划的就是无罪辩护。所以他的律师琼司接着问：
你希望看到改革吗？——不，不是这样；我在《革命军》中写的思想是错误的，现在我想提出社会主义。
出版这些书，你收到过报酬吗？——没有。
尽管邹容在回答中承认了《革命军》中的“思想错误”，但辩护律师依然按照无罪辩护的思路进行。这些资料都是王敏“《《苏报〉案”研究》最先发现整理出来的，对于重构“《苏报》案”真相具有相当重要的意义。