会审公廨专门为审理“《苏报》案”而设立的“额外公堂”走完了全部司法程序，但如何判决，肯定不是“额外公堂”能够决定得了的。然而到了12月9日上午，汪瑶庭在会审公廨宣布了法庭对章太炎、邹容等人的判决，认为邹容作《革命军》一书，谋为不轨，更为大逆不道。邹容与章炳麟同恶相济，罪大恶极，实为大清国法律所不能容，亦为各国公法所不能恕。查例载不利于国，谋危社稷为反不利于君，谋危宗庙为大逆，共谋者不分首从皆斩。又例载妄布邪言，书写张贴煽惑人心，为首者斩立决，为从者绞监候。邹容、章炳麟照例科罪，皆当处决。只是考虑到现在正逢万寿开科，广布皇仁，照拟减定为永远监禁，以杜乱萌而靖人心，俾租界不肖之徒知所警惕而不敢为匪，中外幸甚。
汪瑶庭的这个宣判只是清政府的一面决定，甚至是“额外公堂”开庭前上海道台袁树勋拟定的几条原则，是不经审讯就可以判定的罪行，是完全依据大清律而做出的判决。这个判决或许合乎朝廷的利益，但显然不能被英国方面所接受，并不符合英国人的立场。
在案件审理期间，英国方面多次通过各种方式向中国方面透露过自己的立场和处理原则，暗示对章炳麟、邹容的判决最多不能超过三年监禁。这一点是中国方面非常清楚的，所以这也是中国方面急于宣判的一个重要原因。也就是说，或许中国方面知道这个宣判会被推翻，但也要以这种方式警告那些造反者，以表明朝廷的立场。
英国人能够接受的底线早就告诉了中国人，所以汪瑶庭擅自单方面宣判立即引来英国副领事的抗议，表示这个结果并没有和英国方面协商，英国方面也不能接受，因此这个宣布没有任何实际意义，是无效的。
上海公共租界会审公堂非法判处章太炎监禁三年、邹容监禁二年徒刑。这是上海道袁树勤的密电。
按照大清律，章太炎、邹容当然应该永远被监禁，只是由于他们是在租界犯事，判决的执行权并不在中国人手里，而在租界。租界方面的反对就意味着这个判决无法执行，在事实上就变成了没有意义。
英国方面向中国施压的手段也非常简单，他们通过外交途径告诉中国方面，可以考虑同意让会审公廨“额外法庭”重新开庭审理，自己纠正，可以对章太炎、邹容进行有罪判决，但监禁的最长期限不能超过三年。如果中国方面做不到这一点，那么公共租界就不会承认这个判决；如果中国方面刻意拖延这个新判决，那么公共租界决定将这几个嫌犯全部无罪释放。
后经协商，中国方面不得不接受英国人划定的监禁期限，而租界方面表示可以不再重新开庭审理。于是在租界划定的宣判期限的最后一天，即1904年5月21日上午，汪瑶庭专程前往会审公廨宣布新的判决，认为邹容作《革命军》一书，章炳麟作《馗书》，并作《＜革命军＞序》，乂有《驳康有为论革命书》一书，言词纰缪，形同悖逆。彼二人者同恶相济，罪不容恕，议定邹容监禁两年，章炳麟监禁三年，罚作苦工，以示炯戒。限满开释，驱逐出境。
按照惯例，章太炎、邹容的刑期自巡捕房抓捕之日算起，这样章太炎还需要在监狱中度过两年多的时间，而邹容还有差不多一年。宣判不久，章太炎、邹容就被移交给了提篮桥西牢，这个监狱也是由外国人管理的。
大约像所有监狱一样，章太炎、邹容刚人狱时，也受到非人道的待遇，监狱方将他们投掷在一个空房间中，让他们直观见识了狱卒的残暴和犯人的痛苦。章太炎、邹容相与咋舌裂眦，担心自己受不了这份苦。章太炎伤心地对邹容说：你我身体如此虚弱，又不可能甘心受到他们的侮辱，与其被这些白人凌辱殴打而死，还不如我们早点自我了断。不过，你的刑期还有很短时间，你应该坚定地活下去，如果我章炳麟死了，他们也一定会担心名声太坏而改善你的条件。邹容闻言哽咽流涕，表示大哥真死了，小弟活着也没有意义。
监狱方其实早都防着犯人自杀，所有能够自杀的工具早就被收走，他们能够使用的工具只有一个，那就是绝食，就是饿死。
主意既定，章太炎和邹容联手作了几首绝命词：
击石何须博浪椎（邹），群儿甘自作湘累。
要离祠墓今何在（章），愿借先生土一坯。（邹）
平生御寇御风志（邹），近死之心不复阳（章）。
愿力能生千猛士（邹），补牢未必恨亡羊（章）。
句东前辈张玄著，天盖遗民吕晦公。
兵解神仙儒发家，我来地水火风空（章）。
此后，章太炎和邹容两个人相互勉励，开始了绝食。然而绝了五六天，除了咳嗽吐血外，根本没有要死的迹象。有狱友告诉章太炎和邹容，有的人绝食四十多天仍不死，你这仅仅五六天当然没有用了。你其实不必这样做，在这个监狱里，500人中每年就有160人因为各种原因而死。所以真想死就不必着急。
狱友的话启发了章太炎。章太炎遂对邹容说，食亦死，知必死。我知道怎样应对这件事情了。从此他们兄弟二人好吃好喝，但凡遇到狱卒想欺负他们，章太炎就毫不客气挥以老拳，或者将狱卒手中的武器夺过来对打。章太炎固然知道自己不是狱卒的对手，但他更知道司马迁所说的“知死必勇”的道理。他虽然往往被狱卒打得死去活来，但他也确实对那些可恶的印度狱卒痛下狠手，当然他也受到更严酷的报复。而邹容由于懂点英语，能够与印度狱卒进行简单交流，稍与委蛇，所以邹容在那段时间并没有像章太炎那样受到狱卒的迫害和暴打。
位于上海的邹容墓
或许是因为监狱中的伙食太差了，或许是邹容年轻气盛内火太大，或许是因为邹容的身体底子原本就不是那么太好，总之邹容离出狱还只有两个月的时候却病倒了。整天想睡睡不着，辗转反侧，夜半独语到了天亮又睡不醒。章太炎认为邹容的病根是年轻气盛，急火攻心，他给邹容开了一副中药进行调理，但外国人管理的监狱根本不允许。章太炎再建议请日本医生诊视，监狱当局仍然不同意。就这样又拖了40天，经章太炎无数次交涉，狱医前来诊视，表示并没有什么大病，可能就是身体太虚弱了。狱医向监狱方面作了建议，对邹容的饮食也有所改善，每天供应一些牛奶。
又过了二十来天，狱医再来诊视，发现邹容的病情不但没有好转，反而更加恶化。狱医向监狱方面建议假释邹容，保外就医。然而这些假释手续还没有来得及办，邹容就于1905年4月3日凌晨病逝于狱中。
邹容病逝狱中的消息传出后，叶瀚函告蔡元培，遂由《中外日报》馆备棺收尸装殓。4月5日，中国教育会50多人在愚园召开追悼会。第二天，中国教育会又在爱国女学校召开一次专门会议，讨论善后，决定将邹容的灵柩暂停于四川会馆，一面择地，一面通知邹容的家属。翌年忌日，义士刘东海（刘三、刘季平）将邹容灵柩运往上海县华泾乡黄叶楼秘密安葬，这块墓地是刘东海的私产，刘东海自愿捐出。
在重庆建立的邹容烈士纪念碑
1906年，即邹容去世的第三年，章太炎含泪写成《邹容传》。又过了5年，中华民国临时大总统孙中山发布命令，追赠邹容为“陆军大将军”。