对蒋介石来说，章太炎属于“国父”那一辈的长者，所以当蒋介石的南京国民政府成立后，虽然虚张声势下令通缉章太炎，下令查抄章太炎家的“逆产”，但毕竟新政权在政治理念上，在反共、反苏俄等一系列政治问题上有着相当的一致性或相似性，因而新政权并没有给章太炎带来更多的麻烦，理由是章太炎毕竟曾与孙中山一起奔走革命，推翻满清，在中华革命史上拥有相当地位。况且章太炎年龄已经很大了，新政权如果执意和一个革命元老过不去，姿态和心胸还不如袁世凯，那也太说不过去了，所以尽管章太炎大骂蒋介石，但蒋介石不把这些事情看得太重，更不会真的“缉拿”章太炎。
蒋介石新政权没有过多地找章太炎的麻烦，但章太炎依然对新政权不满意。他不是对蒋介石反共、剿共、反苏、镇压革命不满意，而是不满意蒋介石背叛了自兴中会、光复会、同盟会以来的民主共和传统。所谓以党治国，其实就是一个充满暴力充满邪恶的强势政权。特别是南京国民政府以青天白日满地红的旗帜，取代了民国建立以来一直在使用的五色旗。这在章太炎看来，就是背叛民国。章太炎愤怒地问道，如果连五色旗都能换掉，那么当年还有什么必要去反对袁世凯的帝制复辟？袁世凯的帝制复辟，不过是叛国，还没有多少为非作歹，祸害百姓的事情。现在可是不一样了，建立在南京的国民党新军阀政权简直就是一个祸害，暴敛害民，邪说乱俗，在某种意义上比袁世凯的帝制复辟还要坏。也正是从这个意义上说，章太炎认为民国已不复存在，所以他章炳麟目前还苟活在这个世界上，不过是“民国遗老”、“民国遗民”或现代社会的“文化逸民”而已。
章太炎自袁世凯之后始终坚信统一不如分治，在南北两个政权存在的时候，知识界在言论上还有着相当大的自由空间。现在不行了，国民党的一党独裁将言论空间大幅压缩，任何有害于一党独裁的言论都受到不同程度的迫害。章太炎在沉寂了一段时间后，痼疾难改，不批评政治、不议论政治他似乎就觉得自己没有存在的价值了，所以他在那沉闷的日子里不仅借为唐继尧、黎元洪、梁启超、蒋智由等旧友书写挽联、悼词抒发对现实政治的不满，对政治倒退的失望，而且瞅准机会利用一切可能的场所，批评国民党是一党独裁，以党治国。
这当然只是章太炎的个人感受。其实，从蒋介石和国民党的立场上看，他们在建立了南京国民政府之后，自认为是按照孙中山的革命理论一步步从军政往训政、然后再向宪政迈进或过渡。1928年初，国民党召开二届四中全会，确立法治主义的治国原则，宣布将法制建设作为全力以赴的重要任务。随着全国重建统一，将按照孙中山的规划，逐步从军政向训政过渡，执政党的一切政治主张务必要成为有条理的法律。及至同年8月国民党召开二届五中全会，通过《政治问题决议案》，颁布《训政纲领》，决定以党治国，宣布由国民党全国代表大会代表国民大会领导国民，行使政权；国民党中央政治会议指导监督国民政府重大国务的实施和执行，逐步引导国民经过若干年民主政治的训练，向完全意义上的宪政过渡。
然而对于这个训政计划，不同政治派别有不同的看法和评判。章太炎因为是民国元老，可以说是绝对的民主主义者，所以他对这个以党治国的训政方案根本不愿认同，甚至从根本上认为孙中山的三民主义、三大政策等都不可行。至于蒋介石的新花样，章太炎认为严重背离了民主政治的基本要求，是一种政治上的反动。他在1928年11月21日借一次集会发表演讲，公开批评孙中山和蒋介石，批评国民党二届五中全会及其通过的《训政纲领》，认为孙中山的三民主义东抄西袭，初以推倒满清为民族主义；改专制政体为共和政体曰民权主义；以平均地权为民生主义。到了后来，孙中山的思想又变化，以联合平等待我之民族，更倡导什么以党治国，挑起劳资纷争，所以孙中山后来的什么三民主义，其实只是联外主义、党治主义、民不聊生主义。现在中国人痛苦不堪，民不聊生，蒋介石、冯玉祥还不是最大的祸害，真正的祸首在章太炎看来是他的老战友、也是老对手孙中山。
至于蒋介石和国民党新政权，章太炎也给予严厉批评。认为蒋介石所说的以党治国，也不是以党义治国，乃是以党员治国，以党员攫取国民政权，而对外仍以中华民国的名义。所以也可以说是一种假冒的中华民国。在章太炎的眼中，民国已死。这就像袁世凯称号洪宪之后，仍以中华民国年号对外意义相同都是一种假冒。袁世凯个人要做皇帝，现在的蒋介石和国民党是一个党要做皇帝。这在章太炎的眼里，就是叛国，就应该受到国民的讨伐。所以他章炳麟也常说“革命尚未成功，国民尚须努力，应共奋起”等，就是要让国民知道现在的国民党新政权并不是晚清以来革命者所期望的东西，甚至可以说是对革命先驱的精神背叛。
痛快淋漓的一通发泄虽然逞一时之快，但很快也为自己惹来了大麻烦，国民党上海市党部呈请中央通缉“反动分子章炳麟”，国民党的机关报更是连篇累牍发表文章，大骂章太炎是老而不死的文妖，至今仍敢大放厥词，妖言惑众，必须严惩。
在章太炎故居内的“一代儒宗”章太炎半身像
国民党中央当然不敢真的严惩章太炎。不过，章太炎在经历了这次风波后，或许因为各方面劝说，或许因为与国民党当权者关系太复杂，总而言之，此次风波之后的章太炎差不多销声匿迹，踏踏实实过了几年近乎隐居的安静生活，埋首书斋，重操旧业，整理旧著，撰写新著，每天过得非常充实、非常有趣。短短几年时间，章太炎在中国古典学术研究上又获得了很大成绩，《春秋左氏疑义答问》、《古文尚书拾遗》、《太史公古文尚书说》、《广论语骈枝》等相继问世。用鲁迅先生的话说，章太炎遂身衣学术的华衮，猝然成为儒宗，执贽愿为弟子者綦众。