20世纪20年代是中国政治急剧变化的时期。这个时期的章太炎敏锐观察中国政治走向，提出自己的政治观念。有人说，章太炎在这个时期是急剧向后转、向右转，如鲁迅；也有人认为，章太炎还是有先见之明，比较早地看出了后世中国的许多问题。
1925年11月，奉系将领郭松龄滦州倒戈，发表反奉宣言，率7万大军攻占山海关，夺取绥中、兴城等战略要地，冲破连山防线，占领锦州。奉系主力不得不退出关内，撤回关外。当时，张作霖的五虎上将之一李景林以直隶省长的身份发布通电，宣布为了保境安民，呼吁张作霖下野，实际上是配合郭松龄的行动。
张作霖的奉系退出关内，使北京的政治局势发生了变化。段祺瑞的执政府失去了奉系的有力支持，反而陷入冯玉祥的国民军以及郭松龄、李景林的包围之中，地位不稳，面临着多种可能。
北方政局的变化引起章太炎极大关注，段祺瑞地位不稳使章太炎很快想到民国法统，认为此乃天赐良机，是黎元洪重新出山取代段棋瑞、重建民国法统的最佳时机。
章太炎的这个想法并不是孤立的，当时具有这种想法的人相当普遍，他们也都知道章太炎与黎元洪有着不同寻常的关系，所以那些主张拥戴黎元洪再度出山的人士络绎不绝前往章太炎寓所商谈，寻找解决办法，以正法统。
黎元洪出山或许是解决时局困境的一个选择，只是根据各方面的观察，思想极端左倾且有苏俄背景的冯玉祥可能正在设法与郭松龄、李景林结盟，如果他们将黎元洪控制在手上，那么情况可能更糟糕，冯玉祥的势力必将随着这一变局向南方蔓延，弄不好长江流域都将因此被“赤化”所并吞，黎元洪反而会成为冯玉祥手中的一个筹码，甚至加剧全国的“赤化”。有鉴于此，章太炎改变思路，劝说黎元洪拒绝再度出山，静观时变，最好的结果是宜分而不宜合，段祺瑞、吴佩孚等人引退，废置中央，然后南北各方暂时分立。
与章太炎的判断稍有差别的是，在日本人的支持下，张作霖反击打败了郭松龄。冯玉祥的国民军与李景林激战。章太炎起而支持李景林，讨伐冯玉祥，声称有与冯玉祥一致者，并在讨伐之列。
章太炎之所以对冯玉祥充满仇恨，主要是因为他认为冯玉祥投靠了俄国人。冯军的装备大半来自俄国，而广东的蒋介石、汪精卫，也与冯玉祥乃至俄国勾勾搭搭，“赤化”已经成为中国的最大危险。按照章太炎的说法，赤化不除，则中土悉归他人管领，俄国政府必将成为中国政府的太上政府，这与章太炎的民族主义理念相差太远，他坚定认为，中国主权，重在法统之上；苏俄侵轶，可能会给中国带来毁灭性灾难。章太炎这些说法究竟有多少真凭实据，可以怀疑，只是当时的中国，由于共产国际和苏联政府的支持，确实处在革命的**期，南方的国民革命运动如火如荼，北方冯玉祥的国民革命也在迅猛开展。
革命形势高涨引起了章太炎等人的忧虑。经过一段时间的串联、酝酿，转至1926年4月7日，章太炎与邓家彦、徐绍桢、尤烈、魏邦平、冯自由、居正等100多人在上海发起成立“反赤救国大联合”，章太炎被推举为成立大会的主席。他们的目标就是要反对苏俄，反对中国共产党，反对南方的国民政府和北方的冯玉祥及国民党。认为自莫斯科第三国际成立以来，过激主义者假借共产革命之名，行对外侵略之策，倾其全力，冀图一逞。不料既被欧洲拒绝，也不被美洲所容纳。苏俄及共产国际的势力东西受困，迫使它只能南下亚洲，转向中国，并与中国国内的政治野心家串通一气，煽惑无识之青年，授以利器，济以金钱，于是将共产主义传遍中国。
章太炎等人认为，共产国际和苏俄之所以向中国传播共产主义，一个重要的原因是苏俄的共产主义试验其实已经失败，苏俄改用新经济政策，就是一个明证。为了挽救这个失败，苏俄更加积极向外扩张，欲以赤化亡我中国，这可是中国五千年历史上从未有过的事情。在章太炎等人看来，中国历史上周边民族入主中原，无不用我礼乐制度，并最终被中国文明所同化。而此次赤化思潮正相反，不再用我礼乐制度，而是带来一套过激主义的政治文化体制，并以此替代中国的礼乐制度。这就是过去中国人所说的“亡天下”，这才是章太炎等人的真正忧虑，所以他们以为居今之世，反对赤化，实为救国之要图。他们除了在上海设立反赤救国大联合总部，还准备在各省及海外各地创设支部或分部，以反对赤化、保障国权、实行民治为宗旨。
反对赤化，不仅反对了中国共产党，而且与国民党主流派及广东国民政府处于对立状态，所以当蒋介石发动北伐，章太炎就通电明确表示反对，认为蒋介石与冯玉祥一样，同为俄属。蒋介石自夺取广东政权后，尊事赤俄，奉鲍罗廷为统监，而外以反对帝国主义为口实，致少年军士受其蛊惑。
章太炎对蒋介石新军阀的厌恶，除了蒋介石与俄国人打得火热、为赤俄之顺民、奉赤俄之政策外，其实还有一个旧恨就是蒋介石当年刺杀光复会领袖陶成章。新仇旧恨叠加在一起，使章太炎对政治上的暴发户蒋介石格外恼怒。所以他在通电中重申多年来的一贯看法，依然坚持统一不如分治的观点，依然建议南北分治，北方仍由奉系为主进行治理，直系南下以保江上，开诚布公，解除宿衅，然后与南方各省共同讨伐蒋介石和国民革命军，保民济国。
然而，章太炎的期待并没有成为现实。相反，蒋介石统帅的北伐军在中国共产党的帮助下，势如破竹，如入无人之境，顺利攻占武昌三镇，顺流而下，直扑长江中下游，北方政府内部各系势力纷争不已，根本没有组织像样的抵抗，蒋介石和他的北伐军于1927年春天顺利攻占上海。
1927年4月12日，蒋介石在上海发动反革命政变，屠杀共产党人。
北伐军攻占上海后，国民党内部发生重大分裂。蒋介石实行反共政策，一定要将共产党从国民党内清除出去，于是有“四一二政变”发生。
蒋介石的政变目标是反共、反苏、反革命，这个政治目标按理说与章太炎过去几年的鼓吹相一致或大致相同，然而，蒋介石和他的新政府并不这样认为。国民党上海市党部临时执行委员会毫不客气下令通缉章太炎，罪名是不伦不类的“著名学阀”。