在相对宁静的书斋中，章太炎俯而读、仰而思，一篇接一篇地写着白己愿意写的文章，一封接一封地与那些弟子、私淑弟子通信讨论中国学术史上的一系列疑难问题。在青年学子政治动**的年代里，能有这份雅兴、这份情致，也算是一件很有意义的雅事。
为了培养国学人才，扩大国学影响，章太炎在那几年不辞辛苦，南北奔走，先后在上海、苏州、北平、青岛等地发表演讲，以国学激励国人精神，为国家培养青年学子。在20世纪30年代初移居苏州后，创办“章氏国学讲习会”，招收来自全国各地的青年学子集中研讨中国历史与文化。章太炎每周登坛演讲三次，系统讲述了他对小学、经学、史学、子学、文学等专门领域的研究心得，为中国历史文化传承培养了一大批有用人才。
宁静的读书、写作、讲学生涯时断时续，主要是因为在那个动**年代，民族危机日趋加深，不时引起章太炎的高度关注，使他在弦歌声中依然不忘抗日救国。
1931年，“九一八事变”发生，日本人几乎兵不刃血在很短的时间内攫取了东三省的全部领土。东三省是章太炎曾经倾心投入的地方，所以他对东三省的沦陷，较之他人感触更深。他在得悉这些不幸的消息之后告诉友人，日本人对东三省睥睨觊觎已有30年之久了，日本人发动的甲午战争，其实就是要跨过鸭绿江，踏上东三省。面对这种局面，章太炎根本无法理解南京国民政府和蒋介石的不抵抗政策。
九一八事变纪念馆
蒋介石的对日不抵抗政策激起了章太炎的愤慨。既然政府不可信、不可恃，那么便期待以民众的觉醒遏止日本的侵略，最好能收复故土。章太炎是“九一八”之后最坚定的抵抗者之一，他始终认为中国的惟一出路就是拼死一战。明知必败，然败亦不过失东三省。战败而失之，与拱手而授之，其差别就是有人格与无人格。有人格，国家还有复兴之望；无人格，则国家惟有继续沉沦，以至于谷底。
为政府当局计，章太炎建议惟有一战。战而败，败而死，亦足以赎政府往日不抵抗罪。当然，章太炎根据自己对国民党政府的了解，也认为政府是不可能这样做的。因为政府里的诸公爱国家不如爱自身，爱自身之人格尤不如爱自身之性命，所以对“九一八事变”之后的中国前途，章太炎不乐观，他和政界、知识界许多曾经名噪一时的人物一样，逐渐将视线转向民间。
1932年初，章太炎和熊希龄、马相伯、张一麟、朱庆澜、赵凤昌、温宗尧、李根源、赵恒惕、章士钊、黄炎培等60多人发起成立“中华民国国难救济会”，呼吁国民政府捐助一切，立集首都，负起国防责任，联合全民总动员，收复失地，以延国命。明确警告国民政府如有难言之隐，形格势禁，竟无如何，则宣称以党治国的国民党其实就意味着破产了，就应该即日归政全民，召集国民会议，产生救国政府，俾全民共同奋斗。
稍后，章太炎又与张一麟、沈钧儒等联名通电国民，认为东北义勇军在政府几乎袖手旁观的情形下奋起抵抗，胜则如墙而进，败则尽室偕亡，所谓将军有死之心、士卒无生之气者，与此可见。为了保护这些义勇军，章太炎等人呼吁全国智勇之士，共起图之，救援尚在辽西一带英勇抵抗的东北义勇军。
当东北的战争还没有眉目时，日本军队又在上海发起了新的进攻。为了躲避战火，也许还为了鼓励退至关内的东北军奋起抵抗，章太炎于1932年2月离开上海，前往北平，访问绥靖主任张学良，以及名将吴佩孚，代东南民众呼吁东北军出兵。
东北义勇军对日作战
在北平，章太炎还向报界公开表达了自己对中日战争以及国民党以党治国等问题的看法。章太炎认为，最近两年，政情不安，外侮逼至，东北首先沦陷，淞沪又落敌手，政府当局意志散漫，迄无一定之计划。军事一部分，关涉国家秘密，当然不能发表。但对外方针，无论如何，都必须昭告国内国外，庶军民知说遵循，而各国亦可综而为力。乃至淞沪抗战发生后，因首都南京感受威胁，于是西迁洛阳。为谋抵抗不得已而出此，民众当无多少不同看法。但国民党二中全会议决以西安为陪都，则对外恐陷于示弱。章太炎指出，对于日本的侵略，中国惟有奋起抵抗一条道路可走，不战则无路，惟坐而待亡。战胜无论已，即便不幸失败，中国亦可因这个失败而转换国际社会的视听，使国际社会对中国给予必要的同情和援助。现在，国际社会之所以表现乏力，中国之所以没有得到国际社会活动广泛同情和支持，主要是因为中国政府在大方针上犹豫不决，国际社会弄不清中国政府的真实态度。
在谈到国民党以党治国政治方针时，章太炎明确表示反对。他认为国民党一党专制使其统治基础越来越小，国民党党内人才太少，比如外交界继续活跃着的施肇基、顾维钧等人，其实都是国民党以党治国之前的人才。现在国难如此严重，国民党必须自我反省，必须向各党派开放政权，吸纳人才，使政府的统治力日渐强大，方能带领全国人民摆脱危机，拯救国家。
当民族危机日趋加深的时候，章太炎是坚定的抵抗主义者，没有丝毫退让。他坚决反对日本人策划的什么“满洲国”，并身体力行从学术上论证东北从来就是中国的领土；对于国民政府召集的国难会议，章太炎也不愿认同，认为是浪费时间。蒋介石国民党平时那么强调集中、强调命令、强调步骤，为什么遇到需要从速决断的军事抵抗反而要召集一大堆无聊的人聚谈呢？军事贵速，能断则一言而可，不断则众议难成，纷纷召集，将以奚用？政府当局不要再对国际联盟存在什么幻想，必须坚定抵抗的信念，要用坚实的历史证据和必胜的信心向全世界证明东三省是中国固有的领土，坚决反对国际联盟李顿调查团报告书将东三省交给“国际共管”或让东三省实行高度自治的荒谬主张。
国民党政府的犹豫、彷徨和不抵抗，使日本人感到有隙可乘。日本军队在稳定了东北的统治秩序后，矛头指向华北。1933年初，日本军队开始向山海关进攻，第五十七军军长何柱国率部奋起抵抗，长城抗战爆发，中国军队与日本人展开了殊死搏斗。然而当日本军队乘虚进攻热河省会承德时，热河省政府主席汤玉麟弃城而逃，致使热河全省很快沦陷。
对于中国军队的英勇抵抗，章太炎赞赏有加；对于汤玉麟不战而逃，章太炎非常愤怒，认为这是政府勇于私斗，怯于公战的必然结果。现在全国养兵近两百万，国家危机至此，国民党政府不是积极谋划奋力向前，以图恢复，反而以“剿匪”的名义分兵内战，自图卸责。此真自绝于国人，甘心于奴隶者矣！章太炎还和马相伯、沈恩孚一起发表《三老宣言》，呼吁全国人民一致奋起，对国民党政府给予有力监督，务使东北半壁河山不至于沦亡，黑山白水，不止就此变易其颜色。
一二·九运动中，学生们举行抗日救国示威游行
1935年“一二·九运动”爆发后，章太炎公开发表致宋哲元电，强调学生请愿，事出公诚，即便其间有共产党人参加或组织，但问其今日主张如何，不应再追究其过去的政治背景。他劝宋哲元在大是大非问题上要头脑清醒，支持学生的爱国行动。
章太炎并没有看到全面抗战爆发。1936年6月14日，章太炎因胆囊炎、疟疾、鼻衄病、气喘病并发症在苏州逝世。享年69岁。
“这位有学问的革命家”不仅为后人留下了一个革命者的光辉形象，而且用他的学术成果为中国历史文化留下了一座彪炳千古的丰碑。他的著作先后被结集为《馗书》、《太炎文录》、《章氏丛书》、《章氏丛书续编》、《章氏丛书三编》及《章太炎全集》等。更为完整的《章炳麟全集》已由国家清史委员会立项，正在进行编辑中。
位于浙江西湖南屏山下的章太炎墓。墓碑上“章太炎之墓”系章太炎生前自篆。