章太炎是一个性情中人，喜怒哀乐挂在脸上，不掩饰、不做作。再好的朋友，说翻脸就翻脸；再坏的敌人，说友好就友好。他原本刚刚与孙中山和南方革命党人关系缓和下来，却又因孙中山向左转而闹翻；他原本与北方军阀闹得很僵，却说好就好，很快成为军阀们的座上客。中间几乎不需要转换，不需要情绪的酝酿，一切都来得那么自然、那么圆润、那么天衣无缝。
当北京政变发生，段棋瑞执政府成立后，章太炎对段祺瑞严厉谴责，批评段祺瑞是一人独治，是中国动乱的根源；指责段祺瑞继承袁世凯等北洋一系陈旧的政治理念，时刻不忘武力统一，不忘武力征伐；劝告段祺瑞如果真有心将中国带上一条法治民主的轨道，就应该将各省自治权还给各省，将北京政府派驻各省的驻防军一律撤走，或者划拨给各省。
章太炎的批评并没有使段祺瑞愤怒，恰恰相反，段祺瑞发自内心地认为章太炎是个人物，值得尊敬，所以他在上台后根本不介意章太炎的批评，反而真诚聘请章太炎为执政府高等顾问，有意借助于章太炎的政治智慧和政治见解。然而，章太炎太不给段祺瑞面子了，他竟然将这份聘书原件掷回，声称自己只愿以在野立场发表意见，批评政府。
段祺瑞（1865—1936）
在段祺瑞看来，章太炎的表现太可爱了，段祺瑞不但不生气反而很高兴。紧接着，段祺瑞在准备召开解决时局争端的“善后会议”时，依然郑重邀请章太炎以社会贤达、社会名流的身份列席会议。然而由于孙中山此时不愿附和段祺瑞的善后会议，另提召集国民会议，西南各省重要人物追随孙中山之后不便参加，因此章太炎即便有心参加也不便参加了。他对段祺瑞的代表曾毓隽表示，段祺瑞的执政府本无法律依据，与西南政府没有两样，西南、北京两个政府乃敌对的两个实体，而非主属或从属关系，我章炳麟参与西南政府的各项事务已经很久了，即便与西南政府内诸公有争吵、有分歧，但从做人的层面说，现在也不宜去西南而就北京。从这段话推敲，章太炎对于段祺瑞的善后会议，似乎有了一点点可以理解的想法了。只是碍于政治现实而不便进行而已。
当然，章太炎的根本思路并不会跟着段祺瑞转，他还是希望中国能够两分天下或者三分天下，他不太赞成段祺瑞的善后会议，也不认同孙中山的国民会议。他认为，如果公平看待中国政治，应该承认南北两个政府都有自己的依据和法理，现在执政府如果真心推动中国政治发展，就应该视南北两政府为平等，即便要开什么善后会议，也应该选择两政府交界的地方比如武昌、岳州等处，这或许具有一定的可行性。如果以中央的姿态指手画脚，将会议地点定在北京，是乃屈一就一。纵西南诸省或许有一二卑屈者前往附和，那我章炳麟确实没有必要去拍这个马屁。
章太炎对南北两个政府都多少有点不信任，他的期望还在第三条道路。不过或许是因为军阀们对章太炎越来越尊重，所以章太炎对他们的看法也在悄悄改变，逐步或不知不觉地成为各路军事强人的座上客，与陈树藩、孙传芳、赵恒惕、萧耀南乃至吴佩孚等打得火热，称兄道弟，互有好感，尽管这些军事强人不再在政治中心，但章太炎大概确实希望他们能够为中国走出第三条道路，找出南北两政府之外的中间路线。
所谓第三条道路或中间路线，其实还是地方自治或联省自治。所以当湖南省长赵恒惕邀请章太炎前往长沙主持县长选拔考试时，他欣然应命，风尘仆仆一路奔波，非常乐意为赵恒惕“澄清吏治，昌明内政”，只是他为这次考试出的两道论述题稍嫌陈旧，一道是《宰相必起于州部》，另一道是《问区田防旱，自汉至清皆有成效，今尚可行否》。
往返途中，章太炎于1925年9月24日、10月15日两次在岳州会见吴佩孚，密谈良久，建议吴佩孚先去障碍，后论法律，以为联省自治足以阻止共产主义在中国的传播，在联省自治未成立之前，应以约法、国会为过渡；建议吴佩孚以长江划界，南北分治，北方仍以段祺瑞为临时执政，但不要越界干预南方的自治或联省自治。
吴佩孚（1874—1939）
吴佩孚是北洋系中知书达理、明白事理的将领，并非一介武夫，他对章太炎的建议言听计从，有意挽留章太炎在军中任总参赞，一起为国事尽力。章太炎谢绝了吴佩孚的好意和邀请，表示愿意以国民资格赞成义举，并请吴佩孚在任何时候都要记住这样两件事，一是顺从民意，处处以国家、民意为重；二是牺牲个人权位。如此而做，你统帅的十四省讨贼联军就会在反对奉系、讨伐奉系的战争中无往而不胜。
从此前反对吴佩孚到现在支持吴佩孚，从此前反对段祺瑞到现在默认段祺瑞，从此前一直强调维护民国法统到现在不再刻意强调倒段，默认段祺瑞临时执政。这一切变化，在章太炎那里都有理由，都是顺理成章。他自以为在与军阀的交往中如鱼得水，他甚至以诸葛孔明再世的感觉指点江山，布局天下，以为南方多年来强调的民国法统早已不被人民所接受，再以法统去推翻段祺瑞的强势统治也就不算明智或理智，反而可能使奉系假借其名而入主中原，破坏大局，所以他支持吴佩孚联合各省力量出兵讨伐。章太炎充满自信地认为今天再也不要谈论什么法统、什么护宪了，各军事强人如果能够守住各自地盘，不让外部势力侵入，分而治之，或许就是一个最好出路。