孙中山扶病北上，与段祺瑞共商国是，是民国政治的一大转折，也是对章太炎“统一不如分治”思想的重大打击，所以章太炎不遗余力予以反对，什么“护党救国”，什么“辛亥同志俱乐部”等，都是将目标锁定在南北议和、走上统一这个大题目上。很显然，章太炎此时的思想渐渐脱离了社会主流，逐渐被边缘化，逐渐以一个“民国遗老”或“文化逸民”的身份在发言、在活动，其影响力也就渐渐减弱。