在与北方军阀周旋的同时，章太炎也与南方政治势力保持着各种各样的联系，并时常因为各种各样的原因发生冲突。
陈炯明叛变，孙中山被迫回到上海时，章太炎并没有对孙中山给予适度同情，反而批评孙中山。及至孙岳代表曹锟前往上海与孙中山和国民党联系，更是受到章太炎的怒斥。章太炎不仅大骂孙岳，顺带连着孙中山一起批评，认为孙中山失意广东就与北方军阀勾勾搭搭，甚至想借助北洋势力弄个总统当当，太不镇定，有失操守。
其实，章太炎根本不知道孙中山此时的思想变化，不知道孙中山那段时间真正在做的事情是什么。所以，孙中山的政治追随者对章太炎的批评严加驳斥，认为章太炎的言论不近情理，向壁虚造。孙中山的追随者认为章太炎对孙中山的攻击，主要是出于维护黎元洪的需要，担心孙中山、曹锟、吴佩孚联手推翻黎元洪。
章太炎的认识当然是不对的。孙中山此时的思想正在发生巨大变化，他在苏联代表和中国共产党人的影响下，开始考虑国共合作，试图用一种全新的手段推动政治改革。这是章太炎根本不知道、也根本无法理解的。1923年初，中国国民党在上海召开了大会，大幅度调整内外政策，革命形势日趋好转。2月15日，孙中山又返回广东重建大本营，就任大元帅职务，中国的政治格局随之发生重大变化。
对于国民党方面的这些变化，章太炎好像处于乐观其成的立场。因为当他得知北京政府有意下令否认孙中山称大元帅的消息后，迅即致电李根源，认为此事徒挑衅隙，怨归当局，利归他人，他请李根源想办法让政府打消这个念头。
章太炎当然不能同意孙中山对地方自治和联省自治的反对，但在许多大的政治关节上，他们在许多时候也有相同或相近的立场。1923年4月，北方政府准备以和平统一为理由挑拨南方各省关系，使西南各省人人自危。凡此，在使西南各省凛于非内部团结不足以图存，于是粤、湘、滇、川、黔等省驻沪代表，乃有西南重新团结之动议，章太炎也从中斡旋甚力。协议既成，乃推章太炎起草通电，草成以原电寄示孙中山，一面由各省代表请示本省当局。后各当局复电均表示赞成，唯孙中山首次复电，尚持犹豫，不知各省当局是否出于真诚。当由各省代表联名复电给予肯定答复，孙中山乃复电赞成。章太炎与孙中山因反对北洋的共同目标又走到一起了。他们在这份通电中表示，自今以后，我西南各省决以诚相见，共议图存，弃前事之小嫌，开新元之结合，分灾恤患，载之书简，外间内谗，一切勿受，兵为防守，不为争权，虽折冲疆场，为义兴师，而终不背和平主旨。
西南各省的军事强人一般地说来都比较尊重章太炎，他们对章太炎的呼吁和建议都比较看重。当这个联名通电发表后，贵州省长刘显世就派遣专人持函前往上海谒见章太炎，询问对于贵州局势的意见。章太炎对刘显世的代表详细分析了北方军阀密谋扰乱西南大局的情形，建议刘显世和西南各省无论如何都要捐弃小嫌，以求自卫。
由于章太炎政治态度的变化，孙中山的政治追随者也重新与章太炎重叙友情，留守在上海的一批国民党人不时找机会与章太炎相聚，就各种问题交换意见。另一方面，章太炎也将孙中山和南方革命势力作为奥援，作为支持黎元洪的力量，所以当黎元洪被曹锟、吴佩孚排斥出京后，章太炎在第一时间就考虑利用他与孙中山及西南军事、政治强人所建立的关系，为黎元洪呼吁，联合起来要求国会议员根据大法，力持正义。期待西南军事强人团结起来，以拥护自治，捍卫西南，内以自固疆圉，外以解决国纷。
在反对北洋军阀的斗争中，章太炎与孙中山结成了比较一致的政治联盟。到了1924年初，国民党一大召开后，孙中山接受中国共产党的主张和建议，重新解释三民主义，决定改组国民党，允许共产党员加入。这在章太炎看来，是不应该有的左倾，于是，章太炎与孙中山之间原本稍微和睦的关系又在发生着微妙的变化。
孙中山思想左倾后，革命事业如虎添翼，蒸蒸日上，筹办了黄埔军校，创办了新型军队，一方面调动这支军队平定广东境内，稳固后方；一方面誓师北伐，准备以武力征服北方，统一中国；另一方面加紧与俄国、中国共产党合作，扶助农工，开展工人运动、农民运动，南方的革命运动引起了举国震动，一片欣欣向荣的景象。这一系列变化增加了孙中山在中国政治生活中的分量，成为南北政治抗争中最为重要的政治人物。
此时的北方，政治格局也在急剧变化着。第二次直奉战争爆发，吴佩孚的部下冯玉样被奉系张作霖收买，发动首都革命，大总统曹锟逃往荷兰大使馆，吴佩孚兵败南下，冯玉祥、段祺瑞、张作霖联合控制了北京政局。
对于北方政局的变化，章太炎给予着高度关注。但是他认为不论北方由谁执政，在目前的政治条件下，为了中国政治良性发展，为了中国经济能够有个很好的发展环境，都不必急于统一。中国还没有诞生出一个合格的领袖，在这种历史条件下，则统一不如分治。这就像一个大家庭一样，兄弟分家过日子，既少了内讧，增加了亲情，而且各人的干劲也比较大，过日子的劲头也比较足。所以，章太炎此时对于孙中山在南方发动的北伐，对于段祺瑞在北方发动的和平统一攻势，都保持着警惕，持反对立场。反对段祺瑞利用和平的、武力的任何手段去统一中国，宣布南北分治是中国最好的政治出路。
章太炎的这些想法，并没有得到政治家们的呼应。段祺瑞在冯玉祥、张作霖的帮助下控制北京政局后，立即发动和平统一的攻势，邀请孙中山北上共商国是。这当然就是谋求和平统一。
南北分裂自袁世凯死后到这时已有好几年时间了，重建统一也许是中国的一个选择。此前各种势力尝试过各种方法，都没有成功，现在段棋瑞有意通过谈判获得和平统一，且有意与孙中山展开正式谈判。这对孙中山还是具有相当吸引力的，因为不管怎么说，孙中山虽然在广州自称大元帅，但他心中清楚得很，中国的政治中心在北京，只有在北京进行革命，才是真正意义上的“中央革命”。所以孙中山对段祺瑞的邀请欣然接受，劝说一些持不同意见者理解他北上谈判的意义。
当孙中山扶病北上到上海后，章太炎与国民党右派在冯自由、居正、田桐、马君武等人恐恿下，领衔发表《护党救国宣言》，认为国是不定，由民党涣散之故，所以犹有余烬者，则同盟会精神未尽磨灭，阴与维持，而受之者身不自觉。假如同盟会尚在，凡民党在朝在野，必定不会像现在这样人心涣散，斗志消解，所以他们号召同盟会旧人团结起来，重新集合。他们的政治主张就是与孙中山唱对台戏，就是要反对孙中山在改组国民党过程中对三民主义的重新解释，尤其是联俄、联共、扶助农工的三大主张。
章太炎等国民党右派的反对当然没有阻止孙中山北上的步伐，没有使孙中山的决定受到太大影响。然而不幸的是，孙中山北上不久就病倒了，段祺瑞、孙中山主导的南北和谈及善后又面临着巨大变数。
政局变动，特别是孙中山病危的消息毫无疑问引起了章太炎等人的焦虑和震动，他们虽然不满意孙中山的一些政策，但对孙中山之后的国民党更不放心。为了应变，为了与“后孙中山时代”的国民党左派相抗衡，章太炎与唐绍仪、张继等同盟会旧人合作，于1925年2月发起成立“辛亥革命同志俱乐部”，以防止孙中山去世后国民党内的共产、国民两派同室操戈，影响中国大局。按照章太炎、张继等人的设想，这个“辛亥革命同志俱乐部”盖并光复会、共进会及滦州派与同盟会同冶于一炉，然后不嫌狭隘。至于追随孙中山正在北方的那些国民党人是否加入，他们也希望尽量团结，守望相助。
“辛亥革命同志俱乐部”其实只是一个松散的联盟，只是一个谈话会、俱乐部，他们不过每星期聚餐一次，吃顿饭，聊耶天，交换一下意见，好像还不能算是一个严格意义上的政党。不过，在唐绍仪、章太炎等人心目中，是准备将这个组织当作政党进行经营的，唐绍仪甚至建议将这个俱乐部命名为国民党，后因许多人担心与已有的孙中山国民党相混淆，故没有使用。还有人建议恢复使用同盟会旧名，也因各种原因没有被采纳。后来又将其中的“革命”二字去掉，以“辛亥同志俱乐部”更方便包容同道者，像北方的张绍曾、冯玉祥等都相继加入，一时间成为国内相当有影响的政治组织。