联省自治是章太炎1920年前后那个时期坚定不移的政治目标，他的这个目标就是要将权力重心下移，使省级政权实体化，如果用一个并非完全恰当的比喻，大约有点儿类似于美国的联邦政治架构，能够下放到各州的权力一定不要收归中央，一定要使中央政府虚置、空洞，不再对那些政治强人有吸引力。所以当黎元洪复职后，章太炎没有前往北京充当大总统的王者师，反而利用与黎元洪的特殊关系，要求黎元洪不要向南方用兵，不要影响南方各省的自治和联省自治，而且要求北方政府将沿江各省驻防军主动撤回，听任南方各省自为自治。批评北方军事强人吴佩孚雄心未已，总是期待以武力征服南方，统一中国，力劝吴佩孚放弃这种不切实际的幻想，从速戢兵，还给各省人民自由选择的权力。
吴佩孚在请出黎元洪、辞退徐世昌之后，也期待能够使中国政治走上一条良性发展的道路，只是他的这条道路与章太炎的期待不一样。吴佩孚认为，联省自治为豪强割据，并非中国发展方向；废督裁兵确实是应该的，但必须在南北统一之后方可进行。凡此种种，均与章太炎的政治理念直接冲突。
1922年8月1日，直系军阀控制的旧国会在北京召集会议，宜布中国恢复秩序拟从制宪开始。紧接着，北京国会召集第一次宪法审议会。对于北京政府的政治选择和制宪活动，章太炎表示反对，他认为如果从民国法统层面说，北京国会其实是一个不合法的机构，并没有权力去制定宪法。8月10口，章太炎致电西南六省，要求各省一致否认北方的这个国会，因为倡乱凶人，蟠踞国会，全体徇庇，同入乱流，以六省汗血之劳，为乱党弄权之地。宜一致将该国会合法性予以否认，使其所制定的法律、从事的选举归于无效，以儆奸宄而莫国常。
章太炎当然并不是绝对反对统一，但他主张统一的同时不能无视各地发展的独特性，应该给各地自治留有充分的权力，力主恢复到辛亥武昌首义之后的全国情形，其实是建议实行联邦体制。对于中央政府，章太炎力主削弱大总统、总理和国会的权力，力主将能够放到地方的权力都交给地方。至于中央政府的权力架构，章太炎主张实行委员制，所以在上海参加国是会议、国宪草议委员会等会议时，充分阐释自己的观点，并耐心解释行政委员会的构成、意义及目的。在他的坚持下，上海的八团体国是会议、国宪草议委员会经过10多次讨论，终于形成了两份宪法草案，一份被称为“甲种方案”，仍保持大总统及国务院体制，另一份被称为“乙种方案”的宪法草案则采纳了章太炎的建议，改用行政委员制。章太炎还在那段时间通过各种方式表达一定要在这份宪法草案中为地方自治预留空间、一定要充分容纳联省自治的精神；如果国会通过的宪法与联省自治精神相违背，则无论所定宪法如何，决不承认的态度。
当章太炎和一批宪法信仰者正在热情讨论宪政相关问题时，中国的政治局势正在发生着急剧变动。在南方，因“陈炯明叛变”而下野的孙中山于8月14日由香港抵达上海，黎元洪先后两次派人到上海迎候并请孙中山北上。第二天，孙中山发表了一份宣言，自述护法经过及陈炯明叛变始末，表示今后将继续奋斗。在谈及统一问题时，孙中山强调，当以合法国会自由集会，行使职权为达到目的。如此，则非常之局，自当收束。继此以往，当为民国谋长治久安之道。一时间孙中山成为各种政治势力竭力争取的对象。不仅黎元洪希望孙中山到北京合作共事，北方政府的曹锟更是派遣其旅长孙岳以到上海看病的名义与孙中山接触，大意是希望拉孙中山站到北方政府一边来，拟让孙中山当大总统，曹锟为副总统，大总统出洋历聘，副总统代之。而以孙洪伊为国务总理，阁员名单，则以孙中山、孙洪伊“二孙”党人分配。
曹锟（1862—1938）
这些消息究竟是真是假，其实谁也说不清楚。只是根据章太炎的记述，孙岳到了上海之后确实受到孙中山一系国民党人的欢迎，上海国民党人日与宴游，其平日感慨之气，莫不化为和平，摧刚为柔，绝非偶然，这不能不引起章太炎的警觉。章太炎是黎元洪的铁杆，他当然不希望孙岳代表曹锟的政治活动影响黎元洪的地位。
章太炎的猜测应该有点根据，而其态度也是毫不含糊地向外界表露。或许是要堵住章太炎的嘴，或许事情的真相并不像章太炎猜想的那样，孙岳在友人赵铁樵的邀请下，于8月21日专程前往章太炎的寓所拜访。不料章太炎根本不给面子，见面就破口大骂，怒斥孙岳为蒋干，为宣抚使，挥之使出，根本不愿谈话。章太炎的意思，大约就是不希望看到孙中山与曹锟合作，然后欺负了黎元洪。
对于章太炎的怒气、谩骂，孙岳并不畏惧，他在章太炎向报界透露此事的第二天，就在《申报》发布了一个宣言，反唇讥斥章太炎不过是“北京某当局”豢养的小丑，章太炎之所以那样敏感，主要还是担心孙岳在上海的活动会对“某当局”之地位有所不利，章太炎的过度反应，不过就是要博豢养者的欢心，借可少获刍秣。而这个“北京某当局”，显然是指黎元洪。再联想到那几天黎元洪发布大总统令，授给章太炎勋一位。孙岳的宣言犹如一石激起千层浪，在南方舆论界引起了一片混乱。
孙岳的这些说法当然有道理，不过章太炎也并不像孙岳所说的那样龌浊不堪。对于孙岳的讥讽，章太炎坦然相对。他在稍后接受记者访问时，再度详谈了授勋的来龙去脉。他不仅否认孙岳的无端指责，而且说自己之所以被授勋，主要还是北京政府实权人物吴佩孚的主动，含有交换的意味，因为吴佩孚反对联省自治，而我章炳麟力主联省自治，所以吴佩孚像袁世凯当年一样为了羁縻而授勋。很显然，章太炎的解释并不具有足够的说服力，因为当时主张联省自治的很多，各党各派都有，为什么只表彰你章太炎一人呢？
章太炎的解释不可信，但章太炎对黎元洪地位的担心，对吴佩孚、曹锟等人的政治野心的预言还是有远见的。只是他预见曹锟将与孙中山合作没有实现，而之所以没有实现，其实是别有原因的，因为孙中山此时已开始与苏俄接触，走上了另外一条道路。
翌年（1923年）6月6日，张绍曾受曹锟指使，为倒黎，而率内阁辞职，理由是黎元洪拒绝为内阁人事任命案用印，破坏了内阁权限。第二天（7日），陆军检阅使冯玉祥、京畿卫戍司令王怀庆、步军统领聂宪藩以及警察总监等率所部军警官佐500多人在北京闹事，理由是内阁无人，军饷无着落。8口，曹锟收买流氓乞丐组成“公民团”游行示威，并包围黎元洪住宅。9口，首都警察全体罢岗，以索饷逼迫黎元洪辞职。12日，冯玉祥等向黎元洪辞职，表示不再负责首都的治安保卫。
黎元洪当然知道这场风波的背后原因，但依然进行最后一搏。6月7日，黎元洪发布通电说明府院冲突的真相，并派员前往天津敦请张绍曾复职。张绍曾当然不会轻易答应复职。不得已，黎元洪转请顾维钧、颜惠庆组阁，也均失败。6月10日，被军警官佐、“公民团”团团包围的黎元洪终于放弃抵抗，以可怜的口吻向曹锟、吴佩孚急电求救，强调我黎元洪依法而来，今天可依法而去，60岁老人，生死不计，尚何留恋？只是军警等如此行为，是否必陷我黎元洪于违法之地？请曹锟、吴佩孚就此给个说明。
曹锟、吴佩孚要的就是这个结果，他们当然不会给黎元洪什么说明。而在南方的章太炎却对北京局势格外关注，6月11日，他通过总统府秘书长转告黎元洪，建议任命李根源署国务总理、金永炎代理陆军总长以收拾残局。
黎元洪接受了章太炎的建议，请国会任命李根源和金永炎。但是他个人实在无法承受军警官佐及流氓的骚扰，于13日被迫离京，并被迫签发了一份辞职通电，交出了总统印信。
对于北京政治的混乱，章太炎给予严厉谴责，当然也继续为黎元洪、李根源出谋划策，争取翻盘。6月17日，章太炎致信李根源，建议此时务必要与段祺瑞等实力派切实携手，对于北京现存国会必须宣布为非法，不得制宪，不得选举，以维护民国法统正当性。同一天，章太炎还致信黎元洪，提出两条办法，一是当与段祺瑞切实携手，外借奉天张作霖之力，远借西南之声，持之数旬，必当有济。国会既不能开于租界，应筹一巨款，花钱将这些国会议员送到上海来，大约以300人为数，一人1000元，不过30万。如此国会虽不在天津，而京城必不足三分之二。二是如谓必不成者，亦当以复仇为念，段、张等任其自行其是，而饯送国会议员来上海仍须切实进行。章太炎认为，当下最大目标应是集中精力反对曹锟，无论如何不能让其当上总统，所以必须保证国会不被直系控制和操纵，应该想法将议员送到南方。他还反复劝说黎元洪离开天津南下，到上海重组新政府，以与曹锟、吴佩孚抗衡。
黎元洪对于章太炎的许多建议都言听计从。6月19日致函国会，声明其职权并未经过国会正确之解免，无论以何种途径选举继任，概为非法。然而对于南下重组政府，或者前往东北依附张作霖重组政府的建议，黎元洪始终没有正面回应。时间就这样一天一天过去了，眼看着直系官僚动用各种手段为曹锟当选大总统进行着活动。
困守北方大概确实没有出路了，黎元洪于1923年9月9日携李根源自天津南下上海，与章太炎、唐绍仪、李烈钩、岑春煊等取得联系，希望动用各方面力量阻止曹锟当选。章太炎一再发表文章揭露曹锟在历史上的罪恶，动用各种关系阻止在北京的国会议员被曹锟收买，然而这一切根本无法奏效，直系军阀还是很轻松地用银子将那些议员搞定。10月5日，吴景濂包办的国会选举将曹锟选为大总统，只是这场犹如闹剧的选举被视为贿选。
曹锟贿选成功的消息传到上海后，章太炎怒不可遏。他向报界发表谈话，声讨曹锟，认为如此身触刑典，罪迹昭著之人，无论如何不能为我中华民国大总统。
北京方面的所作所为已经令人彻底失望，章太炎转而期待西南各省以护法戡乱相团结，或许应该在西南再设军政府，或各省攻守同盟，不再承认北京政府的正当性、合法性。