章太炎是绝对支持黎元洪的，但对黎元洪的一些做法有时也不是全部认同。黎元洪拉拢李经羲、徐世昌等人，章太炎就非常反感和反对，他也找准一切机会提醒黎元洪，甚至直接出面大骂李经羲本为民国叛逆，不宜出任民国总理；对于徐世昌，章太炎同样给予不客气的讥讽，嘲笑徐世昌本是袁世凯的老相国，怎么突然间又对民国总理有了兴致？他告诫黎元洪不要心存幻想、心存侥幸，与狐谋皮，很可能就被这些老狐狸给卖掉了。
1917年6月，张勋复辟。
黎元洪虽然对章太炎相当尊重，但他也有自己的考虑，不可能对章太炎言听计从，结果引狼入室，被张勋赶下台，甚至演变成帝制复辟，民国法统一夜之间给弄丢了。
对于北京政局演变，章太炎始终高度关注。张勋复辟的第三天即黎元洪离职第二天（7月3日），章太炎就与孙中山、唐绍仪、程璧光、陈友仁等海陆军官会商，决定出师讨逆，重建共和，重建民国，一定要将这场民主与专制、共和与帝制的斗争进行到底。商量的结果，他们在章太炎的建议下，一方面想方设法准备将躲在日本使馆的国家元首黎元洪营救出来，并将他迎接到南方重组政府；另一方面他们决定与西南各省实力派火速协商，建设临时政府，公推临时总统，以图恢复。
根据协商，章太炎和孙中山、朱执信、廖仲恺、何香凝、陈炯明等人于7月6日乘坐军舰离开上海，他们准备在广东建立临时政府，根除元凶，恢复约法。10日，章太炎、孙中山一行抵达汕头。为了能够在广东顺利建立临时政府，章太炎率领陈炯明、朱执信等人没有在汕头逗留，当天赶往广州，与广东督军陈炳焜、省长朱庆澜协商相关事宜，要求他们拒绝承认北方政治局面的变化，不要承认段祺瑞复职，不要承认冯国璋的代理大总统，不要承认国会解散和内阁重组，坚定支持孙中山和临时政府恢复民国、重建共和。
其实，北方政局在这几天发生了翻天覆地的变化，章太炎和孙中山重建共和、重建民国的任务实际上已经被段祺瑞完成，只是章太炎、孙中山不愿承认段祺瑞，所以他们不仅要继续痛骂张勋，更是不遗余力痛骂段祺瑞，甚至将段祺瑞重建的民国政府作为一个非法政府去看待，作为他们成立临时政府的法理依据。章太炎、孙中山一致认为，段祺瑞、冯国璋无非是假借反对张勋帝制复辟、拥护共和的名义以图自固，他们在北方重建的政府并不具有民国法统，而是一种伪共和，所以今日救亡之策，即在护法。护法即先讨逆，乱法者必诛，违法者必逐，然后真正共和国家始能建立。在章太炎、孙中山看来，段祺瑞、冯国璋与张勋是一丘之貉，而且张勋只是一逆，而冯国璋、段棋瑞则是众逆。一张勋败则众张勋起，这些众张勋就是群逆，就是民国的敌人、共和国的敌人。这就是章太炎、孙中山执意要在广东建立临时政府的理由和依据。
孙中山、章太炎有极大的号召力，在他们的号召下，海军舰队在总司令程璧光率领下陆续集结广州，一些国会议员也先后抵达。8月18日，孙中山召集国会议员谈话，决定尽快召集国会非常会议，起草军政府组织大纲。25日，国会非常会议在番禺举行，150多名国会议员出席了会议。31日，国会非常会议通过《军政府组织大纲》；第二天，国会非常会议选举孙中山为陆海军大元帅；又过了一天，选举唐继尧、陆荣廷为陆军元帅。9月11日，孙中山发布命令，正式组建军政府各部门，任命各部门首长，章太炎被特任为大元帅府秘书长。
1917年7月，原海军总长程壁光脱离段祺瑞政府，率舰队南下，宣言护法。图为1917年8月，孙中山在广州欢迎南下的海军将士。
军政府宣布成立后，陆荣廷、唐继尧拒绝接受陆军元帅的委任，伍廷芳、唐绍仪、程壁光拒绝接受各部总长的任命。刚刚诞生的军政府几乎成了孤家寡人，由此也就忙坏了大元帅府秘书长章太炎。
桂系领袖陆荣廷对孙中山的政治主张始终存有异议，认为孙中山到两广建立军政府缺少正当性，虽然在当时政治情形下不便公开宣布拒绝孙中山，但他在实际操作中只是宣布两广自主而不是宣布两广独立。对于北方政局变动，陆荣廷有所接受有所保留，但在总体上他依然认为北方才是真正的合法政府，因而反对成立非常国会，反对成立军政府，所以他也就不愿意接受陆军元帅的推戴，甚至公开宣布以后广东无论发生什么样的问题，他陆荣廷概不负责。
云南领袖唐继尧在当时西南地区势力最强，控制着云南和贵州两省，并能有效地影响四川。但是唐继尧的政治态度与陆荣廷相像，并不认同孙中山的政治理念和政治主张。他同意帮助孙中山护法，但不愿接受陆军元帅的职务，不愿在很深地介人军政府中的事务。
陆荣廷、唐继尧的态度是孙中山护法军政府成功的关键，如果不能与他们达成共识，哪怕是不完全的共识，那么护法运动就只能是一句空话。为此，章太炎接受孙中山的委派，以大元帅全权代表的身份，与陆荣廷、唐继尧等人沟通，商榷方略，以利戎机。
章太炎原本期望原广东督军龙济光能够影响陆荣廷，但他到了香港与龙济光会面后发现根本不是那么回事。龙济光不仅影响不了陆荣廷，而且龙济光本人也受着唐继尧的深刻影响，因此，西南问题的关键转向了唐继尧，而唐继尧与章太炎之间由于历史因缘，也曾有过不一般的关系。所以章太炎从香港取道越南赴昆明，准备在那里耐心地做做唐继尧的工作。
唐继尧对章太炎原本就很尊重，现在章太炎又这样不辞劳苦亲自跑来颁发陆军元帅证书，这不能不使唐继尧动了恻隐之心。几天的倾谈之后，唐继尧接下了证书和印信，但他依然不愿为此举行公开的就职典礼，不愿对外使用这个新头衔，实际上还是要与孙中山的护法军政府保持距离。
唐继尧（1884—1927）
章太炎、孙中山想利用唐继尧手中的权力，而唐继尧此时也想利用章太炎和孙中山为其扩大地盘服务，他们之间渐渐找到了共同利益。章太炎劝说唐继尧向四川、两湖用兵，以取得南北均势；而唐继尧对四川觊觎已久，他要想充当名副其实的“西南王”，就必须有效控制四川。于是唐继尧顺水推舟组织滇黔靖国联军，并聘任章太炎为联军总参议，向四川用兵，并于1917年12月初相继占领重庆、泸州。
重庆镇守使熊克武原本是同盟会出身，他在12月21日发出通电，宣布所部川军加入护法卫国的川滇黔靖国联军，与北京政府冯国璋新近任命的四川督军刘存厚正面对峙。翌年初，滇军从川南向刘存厚部发动猛攻。几个回合下来，刘存厚部损失惨重，退至陕南汉中，唐继尧控制四川的目的基本实现，他已无心听从孙中山的指挥挥师东下，更不愿与北京政府继续正面对抗。
唐继尧不愿与北京政府继续正面对抗，是因为北方的局势在这一段时间也在发生急剧变化。1918年初，大总统冯国璋因与段祺瑞的皖系冲突加剧，开始倡言南北媾和，不再支持段祺瑞的武力统一。冯国璋的这个建议在西南地区获得了积极响应，岑春煊、陆荣廷和唐继尧以为这或许是解决时局危机的一条出路，所以他们于1918年1月15日在广州成立西南各省护法联合会议，以拥护约法，保障国会，征讨祸首，勘定内乱，以巩固统一之根基，促进宪法之成立为宗旨，并以为护法各省最高政务执行机关，以此对抗孙中山的军政府。孙中山、章太炎原本与这些新老军阀关系，处理得还好，突然在一夜之间这些新老军阀全都背道而驰了。
岑春煊提出的议和条件是，一、承认冯国璋为大总统；二、国会问题提交给各省省议会去解决；三、以陆荣廷为粤桂湘巡阅使，免去北京政府任命的龙济光；四、以唐继尧为川滇黔巡阅使，免去北京政府任命的刘存厚。岑春煊的建议或许也是解决时局危机的一个办法，但这个办法毫无疑问损害了孙中山军政府的利益，军政府成为南北统一的局外人。所以岑春煊的这个建议遭到了章太炎、孙中山的坚决反对。章太炎在揭露岑春煊的同时，相继致电伍廷芳、唐绍仪和程璧光等人，劝告他们不要听信这些军阀的谎话，不要出任西南各省护法联合会议的职务，揭露此时以南北媾和为目标，简直就是一种自杀政策，是一种政治上的不负责任。
章太炎、孙中山等人的坚决反对，终于使西南各省护法联合会议流产，但是由此却导致了军政府内部裂痕日趋严重。岑春煊、唐继尧等人既然不能从外部另行组合与北方对谈，那么他们便从内部策动改组军政府。5月4日，广州非常国会通过军政府组织大纲修正案，将孙中山的大元帅制改为由七人组成的政务总裁制。5月20日，选举唐绍仪、唐继尧、孙中山、伍廷芳、林葆怿、陆荣廷、岑春煊七人为军政府政务总裁，岑春煊兼内政部长，伍廷芳兼外交部长，陆荣廷兼陆军部长，林葆怿兼海军部长，孙中山兼司法部长，唐绍仪兼财政部长，唐继尧兼交通部长，李烈钧兼参谋部长。军政府的权力由此落入岑春煊等军事强人手里，孙中山遂于第二天（5月21日）黯然离开广州，返回上海。
当军政府发生如此巨大变化时，章太炎仍以军政府秘书长的身份在西南地区苦口婆心劝说那些军事强人能够以国家大局为重，放弃“西南部落主义”狭隘意识，分兵东下和北上，只有用武力才能解决南北纷争，恢复民国法统，重建民国，而其标志就是合法总统黎元洪复职。
然而，军政府内部的权力冲突和恶斗使章太炎渐渐失望，他觉得西南这些军事强人与北洋系军人乃一丘之貉。8月12日，北京新国会开会，代总统冯国璋任期届满，通电表示无意竞争选举。9月4日，新国会选举徐世昌为中华民国大总统。广州非常国会虽然通电反对，但根本无法阻止徐世昌就职。
在章太炎看来，徐世昌就职从根本上破坏了民国法统，使合法总统黎元洪复职更加无望，也使他从事的护法运动毫无意义，伤心至极的章太炎在痛骂了徐世昌和南北军阀之后，于1918年10月11日闷闷不乐返回上海，结束了这场长达两年之久的护法运动。