俗话说，天无绝人之路。当章太炎陷入深深绝望之中时，袁世凯自作自受，搞帝制、搞复辟，终于天怒人怨，众叛亲离。袁世凯郁闷至极，急火攻心，于1916年6月6日一命呜呼。
袁世凯死后，副总统黎元洪顺位接任大总统。黎元洪是章太炎心目中的一尊神，是道德完人，是大政治家。而黎元洪对章太炎也充满感激，毕竟在民国众多政治家、政客中，只有章太炎这样看重他，而章太炎又是那样有名的国学大师。所以，黎元洪就职后不久，章太炎也就恢复了自由。章太炎立马从大总统袁世凯的阶下因，变成大总统黎元洪的座上客。
6月12日，黎元洪亲访章太炎，问经国大计。章太炎对以开国承业，与民更始，第一以去小人为务，第二宜大开党禁以广言路。还泛论国势人才以及一些具体事项。黎元洪表示获益良多。
近君子而远小人，是中国传统政治的基本原则，也是领导者始终难以做到的事情，所以总是需要诤友不断提醒。章太炎对袁世凯有许多不满和意见，其实归纳起来，很多意见都不是对着袁世凯个人，而是袁氏身边的“佞臣”。他在辞去东三省筹边使时要求袁世凯除去梁士诒、陈宦、段芝贵和赵秉钧所谓“四凶”。即便到了“二次革命”爆发，章太炎依然没有对袁世凯个人多加指责，而是建议南方革命党人将斗争矛头对准梁士诒、陈宦、段芝贵、王赓、陈汉第、熊希龄和赵秉钧7人。这也是中国传统政治的“清君侧”，所以当“二次革命”失败后，章太炎还敢坦然进北京，因为在他思想深处，确实并没有将袁世凯作为主要的斗争对象，尽管他曾不止一次想用黎元洪替代袁世凯。
现在黎元洪执政了。相应的，章太炎也就成为——帝王师了，只是章太炎出的第一招就不太合乎当时的氛围，所以这一招实际上没有被采纳。
章太炎建议以去小人为务，其实就是要黎元洪除恶务尽，一定要下力气铲除袁世凯帝制复辟中那些积极活动上蹿下跳的人，也就是当时舆论所说的“帝制余孽”。然而，这一建议说起来容易，做起来太难了，牵涉的方面太广了，所以黎元洪尽管对章太炎的建议唯唯诺诺，但他心中其实很明白，这个建议在北京要变成事实，实在是不靠谱。
黎元洪的忧虑是对的。他虽然接替袁世凯成了民国大总统，但民国政府的实际权力并不在他的手里，他的大总统具有法理上的依据，但真正给他的，让他当的，还是北洋政治强人、国务总理段祺瑞。所以黎元洪就职后，面对的最大难题，就是总统府和国务院之间的权力分配，于是稍后就有所谓的“府院之争”，而章太炎不幸又以某种特殊的形态介人其中。
章太炎恢复自由后，归家心切，婉言谢绝了黎元洪的挽留。7月1日，章太炎回到了离开三年的上海，在那里他受到了各方面的热情欢迎和盛情款待，大家都把他当作反对袁世凯的大英雄。
黎元洪对于自己可能会遇到的困难处境，当然是心知肚明，知道自己不论从政治智慧还是行政能力上，肯定都不是段祺瑞的对手，所以他挽留章太炎，而章太炎毕竟离家三年被囚禁，不可能留在北京。不过，章太炎临走前还是给黎元洪一个锦囊妙计，告诉黎元洪好好干不必怕，只要南方各种各样的政治势力、军事势力不那么快地向段祺瑞屈服，只要这些反段势力能够存在，你黎大总统的地位就不会出问题。
也正是基于这样一种判断，章太炎到了南方之后是人在江湖心在庙堂，没有一天不在想着北京政府，想着黎元洪，想着怎样对付段祺瑞，想着总统府与国务院之间的权力均衡，想着怎样利用南方势力牵制段祺瑞，使段祺瑞不敢轻举妄动。
南方的势力在当时主要有这样几个分支。一支还是以孙中山、黄兴等人为主体的革命党人，他们虽然在“二次革命”后流亡海外，但在袁世凯去世后也就基本上被解除了通缉，相继返回国内，且有英雄返乡的感觉，很快成长为一支具有相当规模的政治势力。另一支就是西南地区的反袁势力，这就是袁世凯帝制自为后以蔡锷为领袖的护国军、护国政府，主要人物还有蔡锷的老师梁启超，以及蔡锷的部将唐继尧等。他们在宜布讨袁护国后，与广西军事强人陆荣廷等一起成立“护国军都司令部”，后来改为“军务院”，以岑春煊为都司令，唐继尧为抚军长，陆荣廷、梁启超等为抚军。
在章太炎看来，孙中山、黄兴和西南反袁这两股势力的存在就是黎元洪统治稳固的基础和保障，所以他在上海不计前嫌，与孙中山、黄兴一笑泯恩仇，在惩治帝制罪魁，维护《约法》，拥护共和，召集国会等问题上与孙中山达成共识。
然而，对于西南方面，章太炎就没有那么多办法了。当黎元洪继任后，大局渐趋明朗，原本以反对袁世凯帝制复辟为目的的军务院渐渐失去了继续存在法理基础。7月14日，唐继尧与梁启超、陆荣廷等人联名发表通电，宣布因为约法、国会渐次恢复，决定撤销护国军军务院，国家一切政务，静听元首、政府和国会主持。8月1日，参众两院议员在北京得以恢复，重新开会。21日，众议院通过段祺瑞为国务总理的决议；23日，参议院亦通过了这个决议。至此，段祺瑞的北洋系重新控制了中央政权。这在章太炎看来并非一件好事，因为按照他的分析，黎元洪大总统的位子要想坐稳，就必须有南方各种各样的政治势力甚至军事势力为之策应，假如南北重建统一了，南方的政治势力、军事势力全部消解了，黎元洪的位子肯定也就坐不稳了。
基于这样的特殊分析，章太炎不顾刚刚回到南方的劳累和新婚小家，风尘仆仆前往广东肇庆，指责两广都司令岑春煊不该贸然解散护国军军务院，他的理由是帝制余孽犹存，而段祺瑞大权独揽，个人独裁，大难未已，南方力量不应该如此轻易放弃，自动收束。
岑春煊其实是不想解散护国军军务院的，只是他个人的力量无法抵制护国军军务院中的许多人，因为护国军的成立是基于袁世凯称帝的事实，现在袁世凯不在了，护国军和军务院的存在当然没有法理上的依据了。岑春煊的司令部参谋李根源和秘书长章士钊都是章太炎的好朋友，他们的解释言之成理，章太炎即便怎样坚持，也毫无办法，无法挽回。失望的章太炎一气之下跑到南洋游历去了，在那里逗留了两个月的时间，到处演讲，以大革命家、大学者的身份赢得了无数喝彩和掌声。
一趟南洋旅行归来，国内政治形势继续演化，总统府与国务院之间的矛盾越演越烈，双方争执越来越严重。段祺瑞把持着实际权力不放，弄得总统府成了一个摆设；黎元洪当然也不会坐以待毙，他想方设法拉拢国会中乃至内阁中的反段势力，以及北洋系内部的反段势力，他甚至不管这些势力的政治倾向，只要是反段，就可结盟，于是徐世昌、李经羲以及与宗社党说不清道不明的张勋等，都成了黎元洪的政治盟友。黎元洪的这一系列做法使章太炎很失望，但他也没有办法。
章太炎这样抱怨黎元洪，其实他自己也是这样做的。“府院之争”的一个重要内容是中国要不要参加第一次世界大战，要不要对德宣战，对德绝交。这原本是一个历史问题，第一次世界大战爆发不久就已在中国发生。只是袁世凯的时代一直找不到解决方案，就这样一直拖了下来。
从中国的历史与未来看，参战无疑是一个正确的选择。德国占领着山东，中国如果参战，第一战无疑就是要把山东从德国人的手里要回来。假如这件事情在日本人动手之前由中国人做了，哪里还有后来一系列事情呢？从国家利益考量，中国应该参战。但从党派立场，黎元洪又非常担心中国参战被段祺瑞利用，担心段祺瑞会利用参战进一步扩大自己的势力，于是黎元洪转而反对中国参战，府院之间因参战问题闹得不可开交。
或许是因为黎元洪反对参战，或许是因为章太炎确实认为中国不应该参战。在当时激烈的参战还是不参战的争论中，章太炎坚定地站在黎元洪的一边，坚定地认为这场发生在欧洲的战争与中国无关，段祺瑞、梁启超欲借对德绝交以兴战祸，是将以全国军民之生命财产，供其一人之牺牲。在章太炎看来，中国就是要坦然宣布光荣孤立，局外中立，对于列强争夺霸权的这场战争冷眼旁观，不要介入。
段祺瑞坚定地认为参战对中国有利，因而想尽一切办法也要推动中国参战。1917年5月，他将十几个督军召集到北京，组成一个“督军团”，以此向黎元洪和国会议员施加压力。甚至组织“公民团请愿团”，上千人包围国会，要求议员们按照他们的意思通过宣战案。
“府院之争”闹得不可开交。黎元洪找到一个机会就把段祺瑞的国务总理和陆军总长给免了，从法理上说，这是大总统的权力。只是段祺瑞无论如何也咽不下这口气，他跑到天津继续操控督军团，威逼黎元洪解散国会并宣布下野。黎元洪为了与段祺瑞对抗到底，任命李经羲为国务总理，并采纳李经羲的建议，招张勋进京保护。
黎元洪的做法显然过了，引来了李经羲，又引来了张勋，殊不知张勋一直有着浓厚的帝制情结，一直在寻找为大清国效力的机会。7月1日，张勋在北京宣布清废帝宣统溥仪临朝听政，收回大权，与民更始。黎元洪引狼入室，咎由自取。第二天黎元洪宣布由冯国璋代理总统职务，重新任命段祺瑞为国务总理，而他本人则匆匆逃到日本使馆躲起来了。
中华民国的法统至此差不多全乱了套。