极度失望的章太炎回到上海并没有躲在小楼成一统，两耳不闻窗外事。他的政治热情没有丝毫减损，只是改变了参与现实政治的方式。
章太炎对徐世昌从来就没有好印象。不过实事求是地说，徐世昌应该算是不错的大总统之一，文人主政，不滥杀无辜，具有相当的民主意识，这都是20世纪20年代官场中最难能可贵的品质。
在政治理念上，徐世昌与其前任有很大变化。因为在他就任大总统不久，第一次世界大战结束，中国在最后时刻参加了这场战争，而且成为战胜国之一，这在客观上要求南北停战，要求南北双方就怎样参加巴黎议和，怎样处理战后问题达成一致，所以徐世昌竭力倡导与南方护法军政府议和谈判，最好能结束战争，重建统一。为此，徐世昌派遣参议院副议长朱启钤为北方总代表。
徐世昌（1855—1939）
南方护法军政府改组后，孙中山黯然退出，岑春煊、唐绍仪等成为军政府的主导力量。岑春煊与徐世昌均为前清时代督抚同僚，交往已久。至于唐绍仪，更与袁世凯等关系密切。所以南方护法军政府对徐世昌的倡议积极回应，委派唐绍仪为南方总代表。
南北和谈应该是当时的正确选择，但章太炎却不这样认为。他先是看不上徐世昌的人格，继则连岑春煊、唐绍仪、朱启钤等都被他狠狠贬损一通。章太炎不仅认为徐世昌是前清余孽、袁世凯帝制复辟的重要帮凶，而且是黎元洪、段祺瑞府院之争中的重要人物，如果不是徐世昌居间挑拨，章太炎认为府院之争不会如此严重，黎元洪也就不至于平白无故丢掉了总统位子。
至于北方总代表朱启钤，确实如章太炎所指责的那样，是袁世凯帝制复辟中的关键人物，且在后来受到通缉，所以章太炎指责他是“帝制犯人”，由他代表北方进行谈判，南方如何能信？
对于南北和谈，章太炎坚决反对，他劝告南方政府不要被这些和平的呼吁所迷惑。他认为岑春煊之所以如此积极推动南北和谈，其目的就是想当统一后的副总统。至于那个唐绍仪，如此热情参与南北和谈，其目标就是副总理。章太炎的这些论断不足以服人，但其目标就是要阻止南北和谈，阻止南北统一。他认为，南方政府虽然面临许多困难，但也不应该如此草率与北方合并，南方应该尽快选举自己的总统，以绝北人之望。这样，即便南北和谈，南北合并，也应该以南方为主体，以北方为附庸，民国法统由此方能得以传承。
章太炎的反对并没有阻止住南北和谈的进行。1919年2月20日，南北和谈在上海正式开始。至此，章太炎依然不愿就此妥协，他邀集一批同志成立了一个“护法后援会”，专门揭露南北和谈中的阴谋，始终坚持反对和谈的立场。对于唐绍仪在谈判中格外强调裁兵、理财等具体事项，而根本不涉及护法、法统等倾向，章太炎非常愤怒，多次致信唐绍仪表示不满和抗议。章太炎的意思，就是不能承认北京政府的正统地位，不能承认北方代表民国法统，这是一个原则，绝对不能让步。然而，章太炎的这个认识并不被唐绍仪和南方领导人所理解和看重，因为现在的南方领导人如岑春煊、唐绍仪等，他们与章太炎、孙中山等人不一样，他们都是前清旧臣，并不是革命领袖，所以不可能像章太炎那样看重民国法统。
对于唐绍仪的谈判，章太炎非常不满。他认为，徐世昌的和平统一、南北议和，其实要的就是民国法统，就是要南方承认他们政治统治的合法性、正当性。如果南方领导人不明此理这样做了，那就等于自我瓦解，彻底失去了与北方抗衡的筹码和力量。
在英、美战胜国的压力下，南北和谈应该说还是取得了相当多的共识，中国似乎也有可能由此走上和平统一。然而由于此时北方政府中的段祺瑞依然以“参战督办”的身份统帅“参战军”，继续支用由日本提供的“参战借款”，甚至唆使亲信进攻陕西护法军，这一切给南北和谈的顺利进行设置了重重障碍。
5月10日，唐绍仪在会谈中提出一揽子解决方案，共八条，建议恢复旧国会，由和会组织政务会议，监督议和条件的履行，同意内阁之组织，裁废参战军、国防军，撤换那些不合格的督军省长，不承认巴黎和会所定山东问题解决办法，宜布中日之间一切秘密条约无效，并严惩相关人，承认徐世昌为领事总统，至国会选举正式总统为止。
对于南方代表的一揽子解决方案，北京政府不愿接受，特别是不能接受以取消新国会作为承认徐世昌为总统的条件。5月13日，南方议和代表全体辞职；第二天，北方代表亦请辞。南北和谈终告破裂。
南北和谈的破裂，当然不是章太炎反对的结果，而是国内外政治环境的变化决定着这个谈判不可能成功。在南方，握有兵权的桂系、粤系为争夺地盘打得不可开交；在北方，皖系、直系也在进行着混战，直系后来在奉系帮助下，战胜皖系，段祺瑞下野，直系入主北京政府。
当南北混战得不可开交之际，章太炎正在生病，病弱的身体拖累着他没有精力去参与介人南北的军事混战中，不过他的政治热情并没有因为生病而减弱，生病反而使他有了思考的时间。他开始意识到，无论是南北之间的纷争，还是南北各自内部的纷争，其实都是因为权利与地位，都是因为中国的政治架构存在着明显的问题。章太炎指出，民国成立以来，九年三乱。最近又有一些军事强人借名护法，图谋割据。对于这些混乱，如果从理论上予以阐释，显然是因为民国以来的政治制度设计存在问题，而这些问题简单地说，就是中央政府地位太高，权力太大，致使总统、总理两个职务成为许多政治强人、军事强人势必争夺的目标。因此，要想平息这些混乱，不是强者吃掉弱者，也不是弱者合起来与强者作对，而是要从政治权力架构上想办法做文章，要让中央政府的权力大幅度减弱，使政治强人、军事强人不再以夺取中央政权为人生目标。
那么怎样才能减弱中央政权对政治人物的吸引力呢？章太炎根据中国历史上的经验，根据近代以来地方自治的经验，根据各地政治强人正在进行的自治尝试，建议联省自治，虚置中央政府，中央政府只具有授予军官勋章的权力。其余一切，中央政府都不得擅自进行擅自拥有。军事权力则分给各省督军，中央政府不得有一兵一骑。外交条约则由各该省督军省长副署，然后有效。币制银行，则由各省委托中央而监督造币，成色审核、银行发券之权，仍在各省。如是，中央政府虽存，等于虚化，相信各省政治强人、军事强人不会有谁还对这样的位子看得那么重，还会放弃各省实际权力争夺这样的空位子。各省自治后，联省各派参事一人，负责监察，而国会亦可不设，则所有内乱或许由此而彻底终结。
章太炎发现的问题是真实的，解决问题的思路或许也是对的。从人性的弱点说，这也许能够化解政治强人对权力的贪婪与无厌。只是在实践中会是怎么样呢？好像谁也不清楚。