1913年8月11日早晨，章太炎抵达北京，迅即入住位于化石桥的共和党总部。他还没有来得及进行任何政治活动，却发现自己和共和党总部已被警方控制了起来。警方的理由是章太炎参与了“内乱”。不过，警方秉承袁世凯的旨意，也没有太为难章太炎。袁世凯希望章太炎在此后的政治活动中能够站在政府一边，无奈章太炎根本不吃这一套。不知不觉中，章太炎竟在北京被软禁了三年。三年中，章太炎软硬兼施，装疯卖傻，大闹过，大骂过，但就是冲不出军警的包围。到了后来，章太炎几乎彻底失望，自杀，绝食，抗争，什么样的手段都用了，依然无法逃脱。章太炎真的心灰意冷了，除了几个弟子找他聊聊学问，三年就这样荒废过去了。

袁世凯在镇压“二次革命”后，爬上了正式大总统职位。图为袁世凯就职后与部属们合影。