章太炎愤而辞职，除了东三省的工作根本推动不了这一原因，可能还有一个重要背景就是宋教仁被杀。
宋教仁是同盟会——国民党的重要领袖，也是议会政治的热情参与者。面对第一次国会选举，宋教仁信心百倍，南北奔波，东西奔走，就像西方民主国家的政治家一样，到处去争取选民、争取选票，应该说在当时宋教仁距成功只有一步之遥。
然而就这一步之遥却永远阻断了宋教仁的议会梦，甚至阻断了中国人对民主政治的追求和梦想。1913年3月20日，宋教仁在上海车站被刺身亡。这对中国人，特别是南方革命党人来说，无疑是晴天霹雳，促人猛醒。
宋教仁被刺后情形
宋教仁被刺时，章太炎还在东北，他根据各方面的情报认为宋教仁被刺肯定是一个政治谋杀，而指使者就在北京。他虽然不能肯定这件事与袁世凯有直接关系，但他相信刺杀宋教仁的主谋一定是北京的“佞臣”。章太炎呼吁舆论界主持正义，揭露真相，认真监督，追究真凶；对于南方革命党人，章太炎竭诚呼吁惟有各党中革命人才纠合为一，辅以学士清流，介以良吏善贾，则上不失奋斗向上之精神，下不失健全之体魄，只有这样，中国的政治问题或许能够找到出路，或许能够平稳度过“宋案”带给中国民主政治的困扰。
基于这些判断与考虑，章太炎于“宋案”后离开东北赶赴上海，与国民党人孙中山、黄兴、陈其美等一笑泯恩仇，接受孙中山对“宋案”的判断，认为当时中国政治上最严重的问题还是腐败与专制，中国如果不能从根本上铲除腐败与专制，如果继续容忍这些“国病”于中央，那么什么民国，什么共和，其实只是一块空招牌，民主共和依然是一场空想、一场梦。
章太炎能够接受南方革命党人的判断，承认宋教仁血案绝对不是一个简单的刑事犯罪，而是政治谋杀，而且这个谋杀的主谋一定来自北京。这是章太炎与孙中山等人判断相似的地方，只是章太炎在没有更明确的证据时，他没有像孙中山那样坚定地将矛头指向袁世凯。章太炎似乎认为，“宋案”的直接受益者或许是袁世凯，但袁世凯的政治智慧使他不会这样愚蠢、这样笨，所以章太炎对北京的指责略有分寸，留有余地，只是说这些事情都是那些“佞臣”所为。这些“佞臣”，据章太炎的说法就是总统府秘书长梁士诒、参谋本部次长陈宦、拱卫军司令段芝贵和国务总理赵秉钧所谓“四凶”。
《真相画报》刊登的刺杀宋教仁的有关人犯
与章太炎的主张不同，国民党人，特别是孙中山，坚决主张武力讨伐袁世凯，黄兴原本主张法律解决，主张在不破坏《临时约法》的框架内以法律方式进行抗争。然而，黄兴并没有说服孙中山，孙中山的主张渐渐在党内占了上风。
国民党渐渐走上武力抗争的道路，当然也有来自北方的刺激。宋教仁案发生不久，袁世凯政府与五国银行团签订借款合同，在国民党人看来，这项借款就是袁世凯要扩充北洋军队，就是准备与国民党人分手。基于这种担心，具有国民党身份的江西都督李烈钧、广东都督胡汉民和安徽都督柏文蔚通电反对。国民党与袁世凯之间的误解、冲突，就越演越烈。国民党执意武力抗争，袁世凯表示国民党如果敢起兵抗争，他就敢出兵镇压，大局危机越来越不可收拾。
在南北纷争日趋严重的时候，章太炎并没有坚定地站在南方国民党人的立场上，当然也没有站在袁世凯的立场上，他似乎对南北双方都有点儿不满。章太炎能够看上的只有黎元洪，所以他在南北纷争日趋紧张的日子里，与黎元洪保持着一致，努力调解南北纷争，希望双方都不要诉诸武力，还是回到国会中和平解决。章太炎的思路是，既然南北纷争不可调解，那么为了保全大局，力求和平，惟有求大总统袁世凯退位，并声明不再出面竞选总统，有点儿像前临时大总统孙中山一样，退居民间。对于南方，章太炎也多有批评，但不管怎么说，南方处于在野的弱势，章太炎的批评矛头主要还是对准了北方，就是要运动袁世凯下台，以袁世凯的下台换取大局和平。
章太炎的思路或许是一个解决方向，如果在一个成熟的民主国家，遇到宋教仁血案这样一时说不清道不明的案件，涉嫌的行政负责人或许会自动辞职，化解危机。然而在一个刚刚走上民主道路的中国，袁世凯自信“宋案”和他无关，没有辞职的必要。仅仅为了避嫌，他周围的那些既得利益者无论如何不会让袁世凯辞去大总统。于是和平的劝说不可能实现，要想实现这个思路，还必须另想办法。
在当时的政治人物中，袁世凯既然不行了，孙中山也不在章太炎的考虑范围内，能被章太炎认为可以倚重的，也就只有武昌的副总统黎元洪了。于是章太炎从上海专程前往武昌，希望黎元洪能够以廓然大公之心，出面竞争大总统，以此拯救国家危亡，拯救刚刚诞生的共和国。
黎元洪在人品上，或许像章太炎所恭维的那样忠厚，然而黎元洪太清楚自己根本不是袁世凯的对手，尽管章太炎在武昌盘桓了二十多天，说了很多话，但黎元洪始终不敢就此明确表态。被逼到最后，黎元洪也只是建议章太炎不妨趁着进京的机会劝劝袁世凯，袁世凯如果能够听进去谏劝，也就不必大事更张，另选总统了；假如袁世凯执意不听，那就再按你的这个思路办。
有了黎元洪的这个态度，章太炎于5月28日抵达北京，准备近距离观察一下袁世凯的态度，也准备调解南北纷争。在与袁世凯会面或面向报界时，章太炎一再强调南北纷争更多的来自误会，南方国民党对政府施政方针有所不满，但绝对不是截然反对，更不是谋反叛乱。至于政府施政方针和施政效果，章太炎认为也确实存在一些问题，不应回避。政府将内部纷争作为对敌势力去打压，甚至准备用武力去对付，显然是不对的。袁大总统的长处在军事、外交两个方面，政府应该在这两个方面多用力，要用武力去抵御沙俄对我蒙古的威胁；要用外交去维系我蒙古不被沙俄给断送。
北京之行使章太炎相当失望，使他觉得南北纷争和平解决的可能性相当渺茫。对于北方，对于袁世凯，章太炎觉得只有任其跳梁，终将自杀，有个三五年时间，或许能够从黑暗到光明；对于南方国民党人，章太炎有了更多期待，希望他们团结起来，合力监督政府，或者将南方各省打碎打烂，由此或许能够打破僵局，出现新机。
真的是不幸而言中。袁世凯自以为不是“宋案”主谋，自以为居于道义和正当，所以面对南方的反对，袁世凯不愿妥协、不愿让步，反而步步紧逼，挑起事端。相继罢免李烈钧、胡汉民等国民党人的都督职务，逼迫国民党人走上武装反抗的道路，于是有了“二次革命”。
“二次革命”爆发后，章太炎立即发布宣言，号召各地共同起兵讨袁。只是他并没有坚定地站在孙中山、黄兴一边，他还是期望黎元洪能够在这个时候站出来，甚至建议黎元洪抛弃袁世凯和南方的孙中山、黄兴，构筑第三条道路。
“二次革命”的形势图
然而，“二次革命”很快失败了，孙中山、黄兴等流亡国外。章太炎认为他并不是坚定的孙、黄同盟者，所以他相信袁世凯并不会因他的几个宣言而对他怎么样。何况他新婚未久，也不愿马上离开。
章太炎确实不是“二次革命”的发起者，但他用自己的文字鼓吹反袁也是事实。他不愿离开中国流亡海外，但谁也无法保证这个“章疯子”什么时候犯病、什么时候发作。于是，章太炎极端讨厌的“佞臣”之一陈宦献策，以“二次革命”后政治形势急剧变化、共和党如何应对为由，急请章太炎前往北京，主持共和党的大局。
陈宦太知道章太炎的性格了！章太炎收到这个电报后，觉得自己有责任义无反顾前往主持，因为共和党是合法政党，共和党在未来的总统选举中一定还会有所作为。他不知道这是一个调虎离山的计谋，所以当他带着新婚蜜月的甜美兴冲冲赶到北京时，等待他的却是软禁。一个堂堂的“民国元勋”，竟然在一夜之间成了“民国囚徒”。