既然决定支持袁世凯，章太炎对袁世凯就显得格外热情，他在民国初建的那些日子里，殚精竭虑为袁世凯出谋划策，提供了一个又一个建议。
对于章太炎的拥戴和建议，袁世凯感激不尽，投桃报李，袁世凯于4月9日聘请章太炎为总统府高等顾问。此后，章太炎一度坚定地站在大总统袁世凯一边，成为民初政争中最拉风的一个重要人物。
章太炎的政治背景是统一党，他在1912年4月底前往北京也是以统一党党魁的身份进行活动。然而，那时统一党的大本背还在上海，章太炎北上后的实际主持人为张謇。张窘在章太炎离开后，将统一党和黎元洪的民社、范源濂的国民协进会、陈敬第的民国公会以及国民党同志会等拉在一起，重组共和党。
这五个政党进行合并的事情，在章太炎北上前就有议论。章太炎的基本意思是不能更改统一党的名称，不设理事长，因为除了黎元洪的民社外，其他几个小党都不能算是独立的政党，与统一党比起来根本不在一个重量级。
章太炎的告诫并没有引起张謇的重视，或者说张謇有自己的考虑。在章太炎离开上海后，张睿很快与其他几个政党负责人达成合并重组的意向，几个政党不论人数多少，各出四人为基本干事，共同筹组新的政党共和党。5月9日，共和党成立大会在张园举行，选举黎元洪为理事长，张睿、章太炎、伍廷芳、那彦图为理事，林长民、汤化龙等为干事。
对于张謇的做法和共和党的成立，身在北京的章太炎坚决反对，强调统一党总部已移至北京，张謇无权代表统一党决定，他个人也拒绝担任共和党理事。稍后，他又提出一个变通方案，要求共和党理事长如不能常驻党部，那么其余四名理事中需举一人常驻，并对党务负全责。然而这些要求统统被拒绝，这就迫使章太炎在北京发表一个声明，强调统一党将不与其他政团合并，宣布他章炳麟是统一党的党魁，依然坚守独立自主的原则。
章太炎的统一党是重建了，不过由于原统一党的许多人已经加入了共和党，因此章太炎的统一党要想在即将到来的国会选举中有所斩获，还必须与其他政党有所联络，相互帮助。在当时诸多政党中，对党魁人格比较高看一档的是黎元洪，于是章太炎不辞辛苦亲往武昌游说，邀请黎元洪担任统一党的名誉总理，而黎元洪也有类似想法，竭诚邀请章太炎担任共和党理事。
黎元洪和章太炎的想法或许都有道理，但是章太炎通过这一系列交涉深切感到，政党政治如果这样交换下去，最后恐怕也就不是政党政治了。回到北京后，章太炎默观近状，乃知中国之有政党，害有百端，利无毛末。不论是力主稳健，还是素性暴乱，几乎所有的政党都不过徒有议论形式不一样，其在议院，并不因其政治主张而分派，而是看谁能说会说，看谁能跑会跑。所以在这种特殊情形下，章太炎认为政党政治不仅不能给中国带来政治清明，反而会使中国政治走向极端黑暗，所以他郑重建议国中政治大佬诸如袁世凯、黎元洪、孙中山，都不要组党，不要立党，而是应该以个人资格就政治问题发言，行事而当，发言而正，人心助顺，那么四万万国民就是你们的党员，就是你们的背景。
章太炎的这些政治主张，从民主政治的观点看，或许有可行之处，但在民国初年复杂政治背景下无疑很难实行，各个政党对政党政治的兴趣正浓，你让他们放弃政党政治，无异于与虎谋皮，是根本行不通的。
对于章太炎的方案，估计真正有点儿兴趣的也只有袁世凯，因为他在大总统的位置上，如果能够做到超党派的全民总统，那当然是一件再好不过的事惰。可惜民国初年的政治环境不允许这样做，所以这件事情也就不了了之。
章太炎全力支持袁世凯的心迹几乎等于公开表露出来了，他在许多问题上的建议也都是从大总统的立场进行考虑。袁世凯对章太炎也充分信任，在章太炎逗留北京的那些日子里，章太炎数度进人总统府，与袁世凯畅谈一切，甚至有时代表大总统巡视南北，联络各方，貌似大总统的特别代表或特别助理。
1912年10月，国会选举将近，袁世凯请章太炎到东北地区观察情形，疏通关系，为正式大总统选举作准备。章太炎到了东北，每与人接谈，必盛称袁世凯功德，认为现在麻木不仁之中国，必须要有袁世凯这样的开明专制。
章太炎的东北之行不仅帮助了袁世凯，而且使他个人对东北的战略地位有了新的认识，所以他回到北京不久，便接受了袁世凯的政治任命，出任东三省筹边使。
出任东三省筹边使应该是章太炎与袁世凯反复协商的结果，也是章太炎的自愿选择。他在视察东北归来后，多次建议袁世凯殖边、开发东北，巩固东北，以防止、抵制日、俄对东北的觊觎和蚕食。
东北危机由来已久，早已成为袁世凯的心腹之患。沙皇俄国利用中国内乱策动蒙古独立，而日本也不断扩大在东北的利益。这时有章太炎这样的人愿意前往东北从事积极的建设，袁世凯何乐而不为。几经磋商，创设了一个东三省筹边公署的新衙门，而给章太炎的任命，就是东三省筹边使，其职责就是代表中央政府全面负责和协调东三省管理和开发。
1912年底，章太炎带着随从离开北京前往长春。翌年元旦，筹边公署开始办公。应该承认，章太炎在东北的那段时间，还是非常尽心尽力、尽职尽责的，他把工作的重心放在调查研究和资源勘察上，既委派专人调查并绘制边境详图，以划清国界为筹边的入手办法，又派员对东三省矿产资源和可开垦荒地进行详细勘察，期待在摸清东三省家底的基础上逐步形成开发方案。
通过实地调查，章太炎开发东三省实业的信心更加坚定，他在写给大总统的计划书中强调，东三省实业开发的关键有二，一是要有足够的资金，二是必须建立起能够保障物流畅通的交通运输体系。
在资金方面，章太炎对混乱不堪的东三省币制进行严格整顿，呈请中央政府批准设立东三省实业银行，统一币制，建立统一的信用体系，为东三省大规模开发进行融资。这些建议获得了中央政府的认同和三省实业界的大力支持，普遍认为章太炎的这个构想擘画弘远，足以拯救东三省经济命脉，是东三省摆脱贫困走向富强的必由之路。
对于东三省境内的矿产资源，章太炎力主利用各方面资金大力开发，特别是丰富的金矿资源，更应该从维护民族利益和国家权益的角度白主开发，东三省不应该抱着金饭碗要饭吃，要把资源变成财富。
数百年来，由于东北具有特殊的地位，一直没有得到有效开发，到处都是荒地，到处值得开发，基于对东北历史及现状的调查，章太炎还向袁世凯提出移民实边，开荒屯田方面的建议。认为移民垦荒在东北总体开发中占有重要的战略地位，不仅可以化解关内日益增长的人口压力，而且能为国家提供更多的优质粮食。
整理币制、开发矿产资源和垦荒，是章太炎筹边政策的三个重要内容，而要实现这三个重要目标，章太炎清楚地知道更重要的一个环节是交通，如果没有便利的交通体系，一切规划都是枉然。所以章太炎在筹边之始就力主利用各方面资本重构东三省交通体系，除了在原有铁路网线基础上加大增多、更要充分利用东北丰富的水资源，开挖几条人工运河，构建东三省境内辽、松、黑三条干流为主导的水网体系。
对于东北的开放和未来建设，章太炎有着非常好的构想。然而仅仅七个月的时间，从来没有从政经验的章太炎对于官场的各种各样的规则和潜规则就很不耐烦了，袁世凯的中央政府也没有像原先承诺的那样支持到位，而东三省原有的政治架构、行政体制更是使章太炎有心无力，许多计划永远只是计划，这不得不使章太炎失望和伤心。所以到了1913年6月，当袁世凯的财政总长梁士诒阻挠东三省筹措资金计划时，章太炎于6月18日愤而辞职，大骂梁士诒不是东西。给袁世凯发了一个电报：“只管推宕，不要你的钱了。”