南京临时政府的难处，当然不是章太炎所能理解的，不过他提出的这些问题也确实是个问题。南京临时政府不可能长期存在下去，这一点在章太炎确实有了明确判断，他不愿接受孙中山的聘任，其根本原因或许就在这里。
章太炎不看好南京临时政府，并不是出于感情方面的原因，也不是因为他与革命党人过去的矛盾，而是因为他在当时所接触的人，所获得的信息，都使他确认中国的未来和希望不是孙中山，而是袁世凯。
袁世凯是清末民初政治舞台上最具影响力的人物，三年前因故被开缺回籍，由于那个时候正值光绪帝和慈禧太后在一天之内相继大行，又由于接替两宫主持朝政的是光绪帝的弟弟摄政王载沣，特别是因为1898年政治逆转时告密不告密的传闻一直纷纷扬扬，袁世凯在故里隐居的三年中一直带有相当神秘的色彩，谁也搞不懂这个正值盛年的老政治家在下野的日子里在想着什么。
清末民初政治舞台上最具影响力的人物袁世凯
悠闲的退隐生活肯定没有阻止住袁世凯的思考，政治上的敏感性使他对朝廷中所发生的一切事情都了如指掌。所以当武昌起义爆发后，袁世凯的判断和抉择一环扣一环，在后人看来简直就是设计得天衣无缝，滴水不漏。
10月14日，朝廷紧急征调赋闲休养的袁世凯出任湖广总督，节制该省军队及各路援军。袁世凯在几度请辞后还是接受了朝廷的征调。21日，袁世凯开始调兵布将，至10月下旬，冯国璋的第一军和段祺瑞的第二军都相继抵达武昌前线，与黎元洪、黄兴统领的武昌义军隔江相望。如果袁世凯此时痛下决心，清军完全有可能踏平武昌三镇，恢复秩序。
问题在于，武昌起义爆发后不过一个星期，列强就宣布民军为交战团，各国严守中立。这个严守中立实际上将清政府推到一个非常尴尬的境地，原本可以作为叛军、会匪进行剿灭的，现在已经不能像过去那样为所欲为。而且，由于列强的态度发生如此变化，实际上又鼓励了各省仿效武昌起义，相继宜布独立，宣布光复。
袁世凯大军压境，但已经不再是简单的平定暴乱了，同时由于武昌和相继独立的各省对清廷都有一个基本的政治期待，就是加快先前已经答应而迟迟没有兑现的政治改革，而这一点大约也是袁世凯和北洋诸将领的真诚期待，所以他对南方各省义军也就抱有一分同情，大约也就是后来人所说，袁世凯有拿南方去压清廷的意思了。
适度的压力确实对清廷有很大触动。10月30日，朝廷以皇帝的名义下诏罪己，宣布开放党禁，宣布将宪法条文提交资政院讨论；稍后，清廷解散皇族内阁，宣布任命袁世凯为内阁总理大臣，重组政府。11月3日，清廷颁布《宪法十九信条》，理论上实现了先前数年想实现而不曾实现的君主立宪制。应该说，清廷对武昌起义及各省压力作出了积极回应，在政治改革上迈出了重要一步。
然而，一切似乎都晚了，清廷的让步并没有赢得各省同情，各省独立就像传染病一样迅速蔓延。11月9日，黎元洪通电独立各省派代表前往武昌筹组临时政府，这实际上是与清廷分庭抗礼，南北对峙局面大致形成。
同一天，南方战时总司令黄兴致函袁世凯，衷心期待袁世凯能够顺应民情、顺应大局，以拿破仑、华盛顿之资格，建拿破仑、华盛顿之事功，直捣黄龙，南北各省必定拱手听命。
南北对峙的局面已经形成了，对袁世凯和清政府来说，硬打当然也是一条出路，但风险大，胜算少，于是南北和谈成为惟一选择。
强势或得势的南方在谈判底线上丝毫不让，早已不再满足君主立宪的政治主张，以为国体不必讨论不可讨论，必须实行民主共和，可谈判的条件只有一个，就是你袁世凯如果反正，可望被举为大总统。在此前后，黎元洪和尚在国外的孙中山也都认为袁世凯是合适的大总统人选。
“非袁莫属”成为各方基本共识，按照这个共识，南北双方进行了艰难谈判，障碍主要还在政体究竟如何确认，北方坚持无论如何应该召集一次临时国会，就国体实行共和还是实行君主立宪，举行公决。
参加选举大总统会议的各省代表合影
北方的犹豫彷徨使南方各省很不耐烦，为了促动北方早作决定，不要对君主立宪再存幻想，各省都督府代表会议在同盟会的主导下，于12月26日决定成立临时政府，选举刚刚回国的孙中山为临时大总统，以此刺激袁世凯尽快逼退清廷，结束国体争论，实行民主共和，孙中山答应一旦清帝宣布退位即辞职，虚位以待袁世凯。
章太炎并没有参加同盟会决定成立临时政府的会议，但他是各省都督府代表会议代表。不过，章太炎认为，都督府代表不系国民，不当有选举临时大总统的权力，因此力辞代表，好像并没有出席12月26日的选举会。
而且，章太炎还认为，当此天寒地冻之际，南方军队确实很难北伐，很难用武力迫使清廷屈服。在此情形下，与北方议和，通过谈判达到推翻清廷的政治目的，当然也是可以的。只是章太炎始终坚持他过去曾与孙中山达成的共识，本以破坏相期，不敢以建树相许。换言之，推翻清廷是他们那一代人的使命，功成身退，也是一个必然选择。所以章太炎并不赞成临时政府还要选举什么临时大总统，而是主张推举一个大元帅就够了，至于大总统，应该虚位以待北方之英。
有章太炎同样想法的在南方也为数不少。但孙中山和他周围的一些人并不这样想。孙中山认为，要选举，就选举大总统，不必选大元帅。因为大元帅的名称，在外国并不是国家元首，没有办法以大元帅的名义办外交。至于各方代表要求将大总统一职暂时留给袁世凯，孙中山的答复是，只要他袁世凯真心拥护共和，我就让他。
孙中山的想法和说法自然有自己的道理，但在章太炎看来，孙中山的这些做法和临时政府的一些举措，显然不是明智之举，所以当孙中山醒悟过来要聘请章太炎为枢密顾问时，章太炎坦然敬谢不敏，不愿合作。其实，章太炎此时已通过赵凤昌、张謇等各方面关系和袁世凯建立了联系，而且他像当时许多政治家名流一样，发自内心认为就是一个“非袁莫属”。所以在稍后的建都之争中，章太炎坚定地站在孙中山和临时政府对立面，认为从战略格局，从文化背景看，北京都是惟一选择。章太炎还认为，既然将大总统让给了袁世凯，袁世凯既然成为大总统，那么就应该给大总统充分信任，不应该以什么调虎离山之类的雕虫小技去折腾大总统为难大总统。就算袁世凯真的到南京就职，谁有把握说他一定就会坚持共和，坚持你同盟会的那些主张呢？
章太炎的思想倾向是当时国内知识界一个具有共性的主张。清帝退位，重建统一后，究竟应该建立一个什么样的中央政权，是一个弱势的松散的联盟，还是一个强有力的中央政权呢？鉴于俄国正在策动外蒙独立，日本正在加强在东北地区的活动，几乎所有负责任的政党、个人都主张加强中央集权，建立一个强有力的中央政府。这是章太炎此时政治构想的大前提。
坐而言起而行，是章太炎的人生特色。当他意识到袁世凯是中国的未来和希望时，他便理所当然地觉得自己有责任去帮助他、支持他。1912年3月1日，章太炎以中华民国联合会会长的身份发布一个通告，宣布与预备立宪公会合并组建统一党，宗旨为统一全国建设，强固中央政府，促进完美共和政治。第二天，召开改党会议，章太炎的主题演讲强调统一党不取急躁，不重保守，惟以稳健为第一要义。他在稍后发布的《统一党宣言书》，更强调本党集革命、宪政、中立诸党而成，无故无新，惟善是与。只求主义不涉危险，立论不近偏枯，行事不趋狂暴，在官不闻贪佞。
在统一党成立会议上，经投票选举章太炎、程德全、张謇、熊希龄、宋教仁5人为理事；汤寿潜、赵凤昌、唐文治、陈荣昌、邓实、应德闳、王清穆、叶景葵、庄蕴宽、蒋尊簋、唐绍仪、汤化龙、温宗尧13人为参事；黄云鹏、林长民、孟森、章驾时等为干事。从人事构成看，统一党显然是接近于袁世凯的“总统党”，是袁大总统手中可以凭借的重要力量。
章太炎和统一党坚定地站在袁世凯方面，而同盟会在不得不将政权移交给袁世凯的时候，便急于制定一个专门约束袁世凯权力的《临时约法》，不仅大幅度削弱大总统的权限，而且因人而异改变政府体制，由孙中山时的总统制改变袁世凯时的内阁副署制，这就为后来的政治变故留下了契机。
对于孙中山、同盟会的这些约束制度，章太炎认为没有必要，甚至认为同盟会那些人就是以小人之心度君子之腹，所以他在主编的《大共和日报》上一再发表否认《临时约法》的文章，指责参议院只不过是各省都督府说指派，既非民选，就没有资格代表国民行使主权制定约法，强行因人而异制定的什么《临时约法》不过是以揽权猜忌之心，制定一部荒谬抵触的法律而已。章太炎的意思很明白，既然已经推举袁世凯当大总统，既然袁世凯已经郑重宣誓效忠共和，你还这样像防贼一样的防着人家，这不是让国家元首没有面子，丧失威权，无法有效履行职责吗？