辛亥革命发生前夕，章太炎在海外发表一篇政治论文《诛政党》，以为朋党之兴，必在季世。这些朋党既是社会崩溃的原因，也是社会崩溃的结果。这些最让天下人瞧不起的朋党，只不过是一群追逐利禄的奸人。依据这种判断，章太炎认为，现代中国并没有西方意义上的政党，说白了，其实只是一群为谋生不惜编造谎言的政客而已。这些所谓政党，非妄则夸，名不副实。不管他们有多大影响，其实是各有各的问题，距西方意义上的政党还相差十万八千里。
有了这样的认识，当辛亥革命爆发，章太炎返国以后，他当然不太愿意认同政党政治，认为当时不论哪一个党，甚至包括同盟会的革命党，也充满着腐败、潜伏着危机，党员步调不齐，革命初成时已渐暴露，指望这些政党去解决中国问题、重构中国未来，显然是不可能的。所以，当正在武昌起义前线的黄兴向他询问如何构建中国政治未来时，当各省都督府代表大会议长谭人凤向他请教新政府的基本构架和原则时，章太炎毫不犹豫地强调，“革命军起，革命党消；天下为公，乃克有济。”
革命军起，革命党消。这个口号在武昌起义爆发后，中华民国临时政府成立之前起到了非常大的作用，这实际上是对革命党人的不信任、不认同，所以这个口号受到孙中山和革命党人的普遍抵制和批判。孙中山此后的岁月中，数次提到这个口号，没有一次给予正面的肯定，甚至认为这个口号是对革命事业的破坏，是对那些老官僚、老政客的认同。
当时的政治情形或许真的像孙中山所形容的那样，一般官僚在未革命之前为满清政府出力，以残杀革命党人为能事；在革命军兴起之后，为大势所趋，起而赞成革命，领导光复。但是这批老官僚对革命党的情形也比较了解，清楚知道革命党人真的掌控政权之后，他们这些人并不一定能够得到好处，所以当章太炎“革命军起，革命党消”的口号提出后，这批老官僚无不拍手称快，以为章太炎说到他们心坎上了。
从老官僚、立宪党人的立场看，或许孙中山的这些猜疑是真实的，但从章太炎提出这个口号的客观诉求来说，大约还不是这个意思。章太炎或许意识到政治的专业化和专门化，认识到革命党人只不过是一个革命的政党，而不是执政的政党。中国政治的特殊性需要专业的政治团队和政治人物，所以当革命军兴起的时候，革命党人的使命也就完成了，这其实也是光复会当年的宗旨，“光复汉族，还我河山，以身许国，功成身退。”
章太炎期望未来中国建立专业的执政团队，所以他在宋教仁要求提供“影子内阁”人选时，章太炎根本不去考虑各党派的平衡，而是主张超越党派，组织跨党派或者说根本不计其政治身份和政治立场的专业团体，在章太炎推荐名单中，不仅有来自光复会的蔡元培，而且有立宪党人汤寿潜、张謇，甚至还有清政府一直在使用的专业人才沈家本。
很显然，章太炎的这个政治主张，是其思想的逻辑发展，并没有刻意去反对同盟会反对孙中山，也更没有刻意去损害同盟会和孙中山的利益。他不仅将这个主张坦然告诉了黄兴，而且对宋教仁的组阁愿望也不反对，甚至给予相当支持。只是对于孙中山，可能由于章太炎曾经公开点评，认为孙中山长于议论，不长于具体事务，不适宜在政府任职。这是章太炎的看法，好像也并不带有什么敌视或蔑视。然而从孙中山的立场看，特别是再结合章太炎“革命军起，革命党消”这个口号看，刚刚返回国内的孙中山大约想起了他与章太炎在海外发生的矛盾或许就此认为章太炎的这个说法不怀好意，所以在孙中山12月30日召集的同盟会本部会议时，在会议决定中却针锋相对批评章太炎的“革命军起，革命党消”这个口号；在南京临时政府组建时，没有给予章太炎以相当的名分和地位。
孙中山在历史关键时刻忽视了章太炎的存在和影响力，不管怎么说，章太炎的政治理念在当时中国具有相当大的号召力，革命党人的忽视和打压，只会增加章太炎在政治生活中的筹码和分量，丝毫无损其影响力。革命党人不拉住他，不与他结成统一战线，必定有人看到章太炎的存在价值，利用章太炎这块近乎金色的招牌。
真正看到章太炎价值的，是在辛亥年间左右中国政局走向的赵凤昌。在章太炎返国不久，赵凤昌就与章太炎建立了相当紧密的联系，在稍后发布成立的“中华民国联合会”中，章太炎就被赵凤昌、张謇这一批立宪党人推到了前台，成为与革命党人势均力敌甚至稍胜一筹的一支重要力量。
南京临时政府成立之后的第三天，即1912年1月3日下午，中华民国联合会及江苏教育会举行成立大会，与会两百余人公举章太炎为会长，程德全为副会长，唐文治、张審、蔡元培、应德闳等19人为参议员。列名创办员的还有赵凤昌、陈三立、黄云鹏、杜士珍、汪德渊、章驾时、张通典、钟正槲、林长民、邓实、贺孝齐、景耀月、杨若堃等，皆为靠近北方袁世凯而与南方革命党人、南京临时政府比较疏远的政治名流。
在成立大会上，章太炎作了一个重要演讲，阐释中华民国联合会的成立目的和政治立场，强调这个联合会对于政府就是要立于监督补助的地位，而在演讲开篇，似乎也暗批孙中山，暗批革命党人不懂中国，大事更张。他指出，中国本是一个因旧之国，并不像美国那样是一个新开辟的国家。中国的良法美俗，应该保存的，都要设法保存，不能事事更张。因为中国与美国的国情绝对不同，美国为新建国家，其所设施，皆可根据一种理想进行规划，不必受制于传统。中国的国情甚至与法国也不一样，法国系一破败之国，推翻一切，重新来过。而中国则不然，新政府的政策如果准备彻底打破旧习惯，如果准备与习惯完全相反，必不能行。
对于新政府中的大总统，章太炎也在演讲中力主限制其权力，以防“民主专制”之弊；至于行政系统，由于不是由人民选举产生的，那么就应该对议院负完全责任，不应该像美国那样极端分权。
对于三权分立的政治架构，章太炎也在这次演讲中提出补充建议，以为应该增加教育、纠察两个权力。重视教育，将教育置于五权之一，是章太炎的一贯思想，他认为这是中国历史文化的优良传统，而且教育和其他行政也不一样，不应该随着政治变化而改变宗旨，教育的基本宗旨确定后，不宜常变，而担任教授的人，由于需要专门学识，所以也不应该随着内阁进退而进退。
至于纠察院，章太炎主张其权力应该是无限的至上的，自大总统、议院，以至齐民，皆能弹劾，所以纠察院也不应该随着大总统任期或上下而随意更换。
章太炎的这些讨论显然是针对孙中山的，他对孙中山提出的以考选考绩补充三权分立的建议，持否定态度。他认为，如果就法理上说，考选考绩终究属于行政上一部分事务，没有独立的理由，所以还是应该设在内阁中，在内阁中设立一个专局就行了。
由于中华民国联合会定位在监督政府和补充政府，所以章太炎此后相当长一段时间代表联合会发言，差不多都是对南京临时政府的政策提出批评。就在这次演讲中，章太炎对南京临时政府的内政、外交政策全面批评，提出相当多的修正意见。
章太炎对孙中山和南京临时政府的内外政策持批评态度，不过这些批评并没有恶意，他只是坦诚地说出自己的看法，也并没有刻意要求南京临时政府必须按照这些建议做。就此而言，章太炎是坦然的无私的，他真诚期待南京临时政府能够为中国未来开个好头。
在民国初年混乱动**的日子里，章太炎站的兴趣大约也就在发言上，说出不一样的建议上，所以他对实际的政治地位、政治职务应该说有一段时间是真的不感兴趣。所以当南京临时政府成立，浙江都督汤寿潜出任临时政府交通总长，汤寿潜遂提名章太炎、陶成章和陈其美三人作为浙江都督候选人、代理人。
担任南京临时政府交通总长的汤寿潜
对于汤寿潜的建议，章太炎表示感谢，但他迅即表示最适合浙江都督的是陶成章，而陈其美志在北伐，我章炳麟愿在民间作民党。章太炎的自我表白是真诚的，但他对陈其美的估计显然不准确，陈其美志在北伐或许是有的，但他同时更对浙江都督有着浓厚兴致和期待。章太炎的一语点评使陈其美的梦想化作泡影，愤怒的陈其美派人刺杀陶成章，从肉体上消灭威胁自己的政治对手。
陈其美刺杀陶成章并没有过多影响章太炎与南京临时政府之间的关系，章太炎继续以体制外的身份批评着临时政府。但在陶成章被杀后不久，孙中山诚聘章太炎为南京临时政府枢密顾问。
然而，章太炎在接到孙中山的聘请后，婉辞不就，表示自己假如真的有什么意见，仍会随时提出，仍可以尽国民之职分。奇怪的是，在这封辞差信中，章太炎依然毫不客气批评南京临时政府经济混乱，通过各种手段征收来的巨额费用究竟是怎样使用的有点不明不白，尤其是临时政府与盛宣怀就汉冶萍公司权利究竟是如何交涉的，恐怕临时政府也不是那么光明磊落。