清政府主导的政治变革，应该说到了1911年都在比较顺利地进行着，多少年的宪政追求终于有了一个结果。按照宪政编查馆奉旨编制的政治日程表，清廷于1911年5月8日公布了内阁官制和内阁办事暂行章程两个重要文件，标志着宪政改革进入了实质性的阶段。
当时革命派报纸登载的揭露皇族内阁真相的漫画。
然而在同一天公布的第一届内阁组成名单却出了大问题，从总理大臣至各部大臣总计13个大臣中，皇族出身的竟然占有7名，半以上；汉族出身的只有4人，不到三分之一，这就是后来所说的所谓皇族内阁。这个内阁使许多人大跌眼镜，使那些原本想通过政治改革分享部分政治权利的立宪党人深感失望。
清廷的失误并没有就此结束。就在皇族内阁名单出台的第二天，内阁副署了全国铁路实行国有的诏令，这就从经济上剥夺了非国有资本对铁路的经营权力，这对刚刚兴起的民族资本来说，无疑是沉重的一击。5月14日，湖南各界首先发难，要求清政府收回成命，维护商民的基本权益，坚持湘省铁路由湘人自主修建。
对于湖南人的要求，清廷拒绝考虑。于是湖南、湖北、广东、四川等地很快发动了规模宏大的保路运动，终于为清廷敲响了丧钟。
10月10日，湖北新军在武昌发动起义。消息传到日本，章太炎正在与弟子一起上课，弦歌之音不辍，或许是因为他对国内政治发展速度之快有些不尽了解，在看到这个消息时他不敢轻易相信。几个月前的黄花岗起义也是轰轰烈烈，最后也以失败告终，谁知道武昌起义会是什么样的结果呢？
辛亥革命前的武昌城。1911年10月10日（辛亥年八月十九日），震惊中外的武昌起义在这里爆发。
1912年1月1日在南京就任中华民国临时大总统的孙中山
即便在武昌起义的消息被确认后，章太炎也没有想到回国。他只是随着事态发展，对留学日本的满洲学生发出警告，因为这些满洲学生鉴于国内形势的危机，请求日本政府出兵帮助清政府镇压湖北新军，这当然使章太炎怒不可遏。章太炎警告这些满洲学生，所谓民族革命，只是恢复中华主权，不让他人攘夺而已，并不会像满洲人当年入关那样，大肆屠杀，将满洲人斩尽杀绝，所以满洲人在这个时候不要恐慌，更不能丧失理智向日本借兵，因为说到底，经过两百年的交流融合，满洲人其实也是中国人的一部分，南方的共和政府果真建立，新中国境内的满汉蒙回藏一定会重建一个平等的新型关系。应该说，章太炎的这个解释是有道理的，在一定程度上缓解了满洲学生的心理压力。
半个月过去了，湖南、江西相继光复了，章太炎觉得这一次武昌起义的结果可能会与先前的那些起义不一样，因此章太炎准备结束在日本的讲学，返回国内，直接投身于政治活动中去。
11月3日，上海光复。三天后，沪军都督府成立。章太炎获悉这些消息后，急不可耐赶了回来，11月15日抵达上海。上海各界对章太炎的到来给予热情欢迎，盛赞他是近代中国的大文豪，也是一个大革命家，是新中国的卢梭。
回到上海时，国内的形势正在突飞猛进地变化着，短短一个月的时间，相继宣布脱离清政府而独立的省份就有湖北、湖南、江西、山西、云南、上海、贵州、浙江、江苏、广西、安徽、福建、广东和山东等，清政府已经四面楚歌，摇摇欲坠。
光复会自从重建后，与同盟会虽然有合作，但更多的时候是有抗争、有冲突。上海是南方最大的政治中心，其影响远比武昌要大得多。然而上海光复后却建立了两个军政府，一个是以同盟会成员陈其美为首的沪军都督府，一个是以中华民国光复军总司令李燮和为首的吴淞军政分府，两家分庭抗礼，互不相让。
李燮和与章太炎同属光复会，两人关系也非常密切，所以章太炎回到上海后，立即人住李燮和的吴淞军政分府，成为李燮和的高级顾问。但在当时特殊背景下，章太炎似乎并没有介意光复会与同盟会曾经的关系，对陈其美也没有视为对手或敌人，他劝李燮和去掉都督称号，希望两家携手，希望正在归国途中的孙中山早日抵达，以便协商北伐克复南京，占领长江中下游地区，稳定东南，以定大局，以解民困。
早在《民报》时期，章太炎就对革命后的政治架构作过许多设想。现在革命即将成功，章太炎对于未来政治架构在曾经的设想基础上又有了许多新的发展，并及时将这些想法公诸报端，深刻地影响了后来的政治发展。
在中央政府政治层面上，章太炎主张，承认武昌首义的价值和意义，承认武昌临时政府，但表示武昌临时政府的首领只当称元帅，不应称大总统。因为大总统应该经过民选，而不能自封，在目前北方尚未光复的条件下，全国范围民选大总统还不可能。即便全国范围的民选不能实现，也应该由新的国会或议院进行选举，以强调权力来源的合法性、正当性。
在过渡时期，章太炎主张以元帅、副元帅的方式进行变通。具体的人选，他主张有首义之功的黎元洪可以出任元帅，黄兴可以出任副元帅，由他们组成一个过渡政府，稳定大局，并为未来的正式选举作准备。未来的中央政府结构，应该是真正意义上的共和体制，议会政治，责任政府。
至于未来政府人选，章太炎也有自己的考虑，他认为大总统或可在黎元洪、袁世凯两人中间选出，这也是孙中山一再表示的意思。至于孙中山，章太炎根据自己的了解，认为孙中山长于议论，此盖元老之才，不应屈之以任事。言下之意，如果将来议会、国会建立了，孙中山倒是可以去当个议长，或者干脆就在野主持舆论，成为全社会意见领袖也是不错的。
至于内阁总理人选，章太炎虽然对宋教仁不完全满意，但仍然认为，在当时情形下宋教仁是比较理想的人选：略读政书，粗有方略，智略有余，且小心谨慎，能知政事，识大体。
对于第一届内阁成员，章太炎也有自己的考虑。他认为如果宋教仁为总理，那么，邮传部可以交给汤寿潜，学部可以交给蔡元培，财政交给张謇，外交交给伍廷芳，法部不妨仍交给沈家本。从这个大名单看，章太炎的推荐超越了党派，甚至超越了新朝与旧朝。
章太炎不仅在精心构思着未来中国政治发展蓝图，而且对政治发展本身也投入相当大的兴致和努力。在章太炎抵达上海的当天（11月15日），光复各省都督府代表会议在上海江苏教育会召开，会议公认湖北军政府为民国中央政府，以鄂军都督执行中央政务。这个决定无疑意味着，在新的中央政府没有成立前，临时的中央政府设在武昌，实际上就是承认黎元洪的军政府为临时政府。
担任湖北军政府都督的黎元洪
针对这种情形，章太炎11月24日在国民自治会发表演说，认同各省都督府代表会议的决定，建议就以武昌为中央政府。12月1日，他又建议当务之急既要出师北伐，又要派兵援鄂。前者是积极的进攻，后者是积极的巩固后方，为重建统一准备条件。
章太炎主张将中央政府设在武昌并不是临时起意，而是他的一个重要主张。他认为，从目前局势看，建都武昌，必然促动革命党人出兵援鄂，有助于巩固武昌首义的成果。如果现在就宣布建都南京，那么援鄂之心必然懈怠，武昌必然很快失守。武昌失守，清军顺流而下，南京、上海等长江中下游还不是很容易得而复失吗？
然而当章太炎的这个建议在12月2日与革命党领袖集会讨论时，却遭到了各方面的反对。黄兴主张建都南京，宋教仁不愿表态，与会的程德全、汤寿潜没有发言。
担任南京临时政府陆军总长的黄兴
在建都问题上，章太炎认为黄兴坚持建都南京，是私心作崇。按照章太炎的说法，黄兴在武昌已经接受黎元洪的委任，就任汉阳总司令，但当南京光复后，黄兴竟然接受大元帅的拥戴，以黎元洪的部将转而成为主帅，且先前以推武昌为中央，现在却改南京为中央。章太炎认为这样做很不妥，这不仅不利于武昌方面坚守抵抗，与北方抗争，而且势必开革命党在未来政治中争权夺利的先河。