《民报》被查封是中国革命史上的重大事件，这个事件的意义在过去一直被认为是革命形势的高涨，引起了日本政府的反对。这其实是不确切的。日本对中国的革命从来没有坚决反对过，一直与中国的革命者保持或多或少的联系。查封《民报》的主要原因，还是要从清政府方面去寻找，当清政府踏上君主立宪的道路，向东西洋各国靠拢后，东西洋各国对清政府的态度就发生了转变，于是对反对清政府的革命党，也就不如过去那样宽容了。特别是日本政府当时想从清政府处获取更多利益，所以就接受了唐绍仪的请求，下令查封了《民报》和其他反对清政府的革命刊物。
鉴于日本政府态度的变化，章太炎、黄兴、宋教仁等认为《民报》既然被查封了，在日本复刊继续出版的希望肯定是不大了，要想让《民报》继续发挥作用，只有将《民报》转移至美国或其他地方才有可能。所以，对于法院判决的罚款，章太炎拒绝缴纳。而日本政府也不依不饶，竟于1909年3月13日动用警察拘留了章太炎，要让他以劳役抵偿这笔罚金。最后还是章太炎的学生想办法，凑了一笔钱，代交罚款，将章太炎保释了出来。
要将《民报》迁往美国或其他地方出版，就需要一笔资金。而大约在一年前的1907年初，孙中山就因清政府施压，被日本政府礼送出境。日本政府为此提供了7000元资助，在章太炎参加的欢送宴会上，日本商人铃木九五郎赠送了一万元。孙中山从这些费用中提取2000元作为《民报》的经费，余款怎样使用，孙中山没有向各位同志进行解释。
章太炎并不知道日本政府提供的7000元资助，但他知道日本商人的一万元。他认为，日本商人的这一万元是对《民报》的资助，孙中山只给2000元不合适。当孙中山带着胡汉民等同盟会干部离开日本后，这件事在留在日本的同盟会成员中引起激烈争论。一部分人弄清日本政府提供的资助后，认为孙中山被日本政府所收买，有损于同盟会的威望，张继破口大骂，声称在革命之前必先革革命党的命；刘师培建议同盟会罢免孙中山的总理职务，因为孙中山这样做已经丧失了担任总理的资格。章太炎将《民报》社悬挂的孙中山画像撕了下来，批上“卖《民报》支孙文应即撤去”等字样，并将这些东西寄往香港，在同盟会成员中广为传播。
这些矛盾的出现，是因为孙中山没有就经费使用问题做具体说明，不过孙中山并没有将这些经费化为私有。他拿这些费用去策划潮州、惠州起义了，只是这些起义均以失败而告终。起义的失败无疑又在同盟会的油锅里撒了一把盐，立即炸锅。反对孙中山的人越来越多，他们主张同盟会东京本部立即开会，罢免孙中山，改选黄兴为总理。刘揆一甚至到处写信，建议各位劝劝孙中山主动引咎辞职。
1909年10月，孙中山为陶成章借同盟会名义进行诋毁等事，致王子匡函。
在这次“倒孙”事件中，章太炎无疑是最重要的参与者，他之所以积极，是因为《民报》当时确实遇到了经济上的困难。据与闻其事的吴玉章说，章太炎和《民报》工作人员已经到了无米下锅的程度，还是他将四川留学生捐的一点儿钱交给章太炎暂渡难关。处于如此困境中，章太炎眼看着孙中山将捐款带走、起义未果，你不让他生气，那又怎么可能呢？
章太炎的困境和孙中山武装暴动屡屡失败，其实都是革命陷入低潮的反应。孙中山之所以一而再，再而三地在边境发动毫无成功希望的武装起义，就是要利用这种办法为革命注入一针兴奋剂。因为自从清政府踏上预备立宪政治道路后，许多原先倾向于革命的人，都渐渐成为立宪运动的追随者，眼见得立宪即将变成现实，只有像孙中山这样一批人依然继续坚持反对清政府。只有从这个层面去理解，才能弄明白同盟会内部此时所发生的冲突和外部困境。
同盟会的内部矛盾有章太炎孤傲的原因，有其不了解真相的原因，也有另一原因，就是孙中山周围一些人不太尊重章太炎所造成的。《民报》被查封，章太炎动议也经黄兴等人同意将《民报》转移至美国或其他地方出版，只是因为经费问题一直没有实现，而在这个最吃紧的时刻，竟突然有新的《民报》出版，而且是汪精卫和胡汉民主编和秘密印刷的。
如果仅仅从扩大革命党人宣传来说，《民报》能够在被查封后继续出版是一件好事，问题是汪精卫、胡汉民等人在重新出版《民报》时完全无视章太炎的存在，章太炎作为《民报》的法定编辑人兼发行人毫不知情，所以章太炎在得知这个消息后不禁勃然大怒，立即向外界澄清这是一份假《民报》、伪《民报》，并在报纸上发表《伪（民报〉检举状》，将同盟会的内部矛盾完全向各界**。
章太炎在这篇义愤填膺的检举状中说，当孙文流亡日本时，愿意和他交往并将他向更多人介绍推荐的，也就是我章炳麟和秦力山。从此以后，孙文与学界渐通声气，名声日大，并将之推为同盟会总理。及《民报》创办，由于我章炳麟还在监狱，同仁推孙文署编辑人。及我章炳麟出狱东渡，主编《民报》，此后三年从未有一言专为孙文。惟汪精卫、胡汉民之徒，眼孔如豆，甘为孙文心腹，词锋说及，多涉标榜，竭力推举孙文为革命党人惟一领袖。章太炎指出，孙文恃《民报》鼓吹之文，藉同志拥戴之号，乘时自利，聚敛万端，接受日本政府和商人的贿赂，仓皇南渡。
一百多年之后，重新审察章太炎的这些指责，其中有许多道听途说不实之词，甚至存有相当浓厚的偏见。但他所描绘的自身经历和《民报》处境应该大体不差，值得注意。章太炎说，东京本为瘠苦之区，上万留学生在这里仅仅能够解决自己的衣食，很难有余力帮助《民报》。特别是在国内政治发生变化后，《民报》不能输入内地，销量减半，印刷费、伙食费都成了问题。特别是当我章炳麟接手社长时，我个人正卧病几十天，人社则公私涂炭，粮草已绝，人迹不存。猥以绵力薄才，维持残局。朝写文章，暮筹经费，还要酬对外宾，应付警察，心力告瘁，寝食都忘。屡以函致信南洋，请求孙文提供帮助，或派员前来视察处理，无奈孙文及其党徒或无复信，或言他们自己也没有办法，快到了无法维持的地步了。有时也以虚语羁縻，表示当挟五六千金来日本相助，至期则又饰以他语。先后说寄，也不过三百银元而已。
很显然，章太炎的所有不满，都是基于《民报》的经费困难。只是他当时绝对不明白的是，先前风风火火的革命党，怎么会在这个时候都陷人了困境呢？《民报》在东京筹资困难，你孙文以同盟会的名义在全世界筹款，过去总说那么容易，现在怎么不帮助《民报》呢？章太炎不知道，革命陷入了低谷。
章太炎的攻击无疑加大了同盟会的内部分裂，孙中山不得不为自己为革命党人辩护，黄兴也在使用各种方法让章太炎住嘴。而且，由于革命处于低潮，前途无望，一些党人随着清政府君主立宪运动的开展，渐渐开始又对清政府抱有希望，所以，此时也就有孙黄派的人物说章太炎也通过某些特殊渠道向清廷靠拢，接受清廷资助，晚节不保，所以才有了那些丧心病狂之举。
孙黄派的这些说法，在过去很难理解，以为这就是革命党内部的派系之争，是孙黄派对章太炎和他所代表的光复会等派系的排斥。这种辩护当然是对章太炎等人的爱护，但并没有说到点子上。换言之，这种辩护没有回答章太炎、刘师培等究竟与清政府是一种什么样的关系。
实事求是地说，当清廷踏上预备立宪政治变革道路时，对于流亡海外的改良主义、革命党人并没有，一直视为敌对力量，而是采取柔性政策，尽量将这些先前的异己力量拉回来，所以那些改良主义除了康有为、梁启超等少数几个因1898年政治大逆转中的许多责任还没有办法赦免外，相当一批改良主义者其实都加入了清政府主导的君主立宪政治运动。
至于革命党人，也有许多人接受了清政府的招安。因为过去10年革命过程中，他们参加革命，最主要的不是像孙中山那样坚定地认为清廷不足以立宪、无法带领中国走上现代化道路，而是清廷的迟迟不觉悟使他们失望，所以在那个时代参加了革命，成为革命党人。现在清廷觉悟了，进行政治变革了，那么，还有什么必要一定坚持与其对抗，继续成为反对派呢？于是，随着清廷柔性招抚，革命党人中革命意志并非坚定如孙、黄的刘师培等人，都或多或少与清廷中具有变革思想的政治人物诸如端方建立了联系，或许也确实接受了端方的一些资助。由于章太炎与刘师培有着非常特殊的关系，章太炎与端方建立了间接的关系也不是不可能，但是一定要说刘师培、章太炎等接受端方委派，在革命党人内部从事间谋活动、充当满洲鹰犬、出卖革命、成为革命党的叛徒，则可能言过其实、捕风捉影。
当革命处于低潮时，或当清政府主导的预备立宪顺利进行时，章太炎的思想在变化应该是事实。他在这之前是有强烈的排满情绪，根据刘师培写给端方的一封信透露，章太炎在主编《民报》时曾经考虑改变办刊宗旨，以消弭先前太过强烈的种族革命，所以章太炎在《民报》发表的文章，或言佛理，或考古制，很少甚至可以说没有一篇言及排满革命。及至与孙中山发生矛盾，章太炎对革命、对排满、对党人似乎真的很厌倦了，所以有前往印度出家为僧、兼求中土未译之经的规划。只是碍于经费困难，这个规划没有办法实行，日本政府在《民报》查封后，曾通过相关渠道表示可以资助，但章太炎正在与日本人抗争，当然不会接受。刘师培询问端方，能否赦其既往之衍，开以自新之路，为章太炎提供一些经费，按月支给，则国学得一保存之人，而革命党中亦失一续学工文之士。
如果我们不带偏见，而又能充分体会当时革命党人的分裂情形及经济困难的状况，应该承认刘师培的说法是真的，章太炎的想法也是真的，并没有什么不可示人的丑事。