章太炎要到印度出家为僧的想法不必怀疑，他愿意接受端方的资助大约也不必怀疑，然而过了不久，由于非常私人的原因，章太炎与刘师培夫妇闹僵了，去印度当和尚的想法虽说没有借此终结，但至少暂时无法落实了。
与革命党内的主流派闹僵了，与刘师培夫妇闹僵了，章太炎一时间几乎成了孤家寡人。能够和他来往的，除了那些弟子听他侃侃大山、谈谈学问外，主要就是革命党中非主流系，即原来的光复会的人了。
光复会原本是王嘉伟、蒋尊簋、陶成章、魏兰、粪宝铨等人于1903年在东京成立的革命组织。第二年，又由陶成章、魏兰等同上海与蔡元培协商，以龚宝铨组织的军国民教育会暗杀团为基础进行重组，蔡元培任会长。其宗旨为“光复汉族，还我河山，以身许国，功成身退。”当时，章太炎正被租界巡捕房拘押，蔡元培等人多次到狱中探望，并就许多事务与章太炎协商，因此，虽然章太炎被羁押在狱中，但确是光复会最早的发起人和领导者之一。
从光复会的宗旨看，与1905年在东京成立的同盟会“驱逐鞑虏，恢复中华”非常相似，皆以种族革命为主要任务，所以当同盟会成立时，许多光复会成员都自然加入了同盟会。也正是由于这个原因，章太炎出狱时，孙中山派遣代表到上海迎接，委派章太炎出任《民报》编辑人兼发行人。
然而，由于经济等方面的原因，章太炎与孙中山等同盟会主流派的蜜月时间并不长，到了《民报》被查封，他们之间的矛盾愈加激烈。在这种情形下，原本就没有以一个组织整体加入同盟会的光复会，其单独活动就有加强的趋势。陶成章在南洋一带华侨中募集捐款，严重影响了在那里募捐的孙中山，孙中山将陶成章带去的股票扣了下来。于是，光复会与同盟会之间的矛盾越积越深。1908年8月，光复会南部执行委员李燮和等向同盟会东京总部提交了一份议案，宣布孙中山在南洋一带的所谓罪状，要求同盟会罢免孙中山的总理职务。这实际上使原本已经相当紧张的两会关系更加紧张。
章太炎、陶成章、李燮和等光复会领导人此时没有认清大局，有点儿意气用事，他们不知道革命队伍的这些困难主要来源于清政府的预备立宪在加速进行，而革命陷入了低潮。
1909年11月，同盟会的主流派在香港、新加坡发表回应章太炎的声明，提出了五点：
1909年11月，孙中山拒绝“辞退同盟会总理”职务要求，复张继（溥泉）函。
一是章太炎与梁启超同办《时务报》以来，与保皇党的关系就未尝中断过。当《民报》与《新民丛报》笔战时，章太炎因为与梁启超有着非同寻常的关系，未曾为《民报》写一文助一力。
二是章太炎利用编辑人的身份，以其一知半解、干燥无味的佛学论，占据了《民报》的大部分版面，简直是将《民报》作为其私有的佛学机关报。
三是章太炎创设无神论，以排斥耶稣之道，以致内外同志多疑《民报》为排斥耶稣的机关报，蛊惑人心，莫此为甚。
四是章太炎以个人私怨，借《民报》为攻城工具，将《新世纪》视为论战对手，伤害同志感情，徒贻外人笑柄。
光复会于民国元年在《神州日报》上征集史料的告
五是《民报》自出版以来，日本政府绝不干涉，直至章太炎在《民报》昌言恢复台湾、朝鲜等主张，又鼓吹暗杀，这就严重刺激了日本人的感情，导致日本政府下令查封《民报》。假如章太炎接手《民报》后萧规曹随，坚守其接手前的既定方针，那么《民报》恐怕就不会遭此毒手，恐怕至今都还应该存在。
现在看来这五条都没有多少道理，革命党人的回应不能不使已经伤心的章太炎等人更加伤心，这也就迫使光复会的重建步伐加快。1910年2月，重建后的光复会委任章太炎为会长，陶成章为副会长，李燮和担任南洋执行委员，代总部行事。和同盟会一样，光复会也加强了在国内的活动，主要活动区域在江浙及广东一带。
以章太炎为重建后的光复会会长，显然是不合适的。因为章太炎也好，蔡元培也罢，他们的兴奋点都在学术、在教育，革命是心中的向往，但行动却是弱项。这在光复会重建之初，陶成章就有所觉察，但他出于对全局及未来的考量，认为不过早扩张光复会，而是由章太炎在教育、文化方面多做些工作，以教育为契机和手段，尽可能在年轻…代读书人中物色成员，扩大组织。待光复会有了一定程度的扩大后，可将章太炎改任教育会会长，然后再选出具有行动力、执行力的人担任光复会会长，这就比较合适，也比较合情。
确实，章太炎的兴趣不在行动，而在著述和讲学。不论在主编《民报》最紧张的日子，还是《民报》被查封之后相对清闲的时间，章太炎都对著述和讲学充满了无限的兴趣。1906年秋，也就是他流亡日本的第一年，他就组织发起了“国学讲习会”，吸纳一批在日本留学的青年学生为弟子，先后有黄侃、钱玄同、吴承仕、朱希祖、沈兼士、朱宗莱，以及后来更名为鲁迅的周豫才和周作人、许寿棠、龚宝铨、任鸿隽等。这批弟子后来都在不同领域作出相当贡献，是现代中国学术的开创者和传统中国学术的终结者，是新旧文化连接的桥梁和纽带。而这其中起引导和启迪作用的当然是他们的老师章太炎。
到了1909年，《民报》被查封了，章太炎的时间更多了，他困局东京，一面著书立说，一面更加勤勉地讲学，培养弟子。他们还创办了一个《教育今语杂志》，尝试着使用白话去表达学术，这对后来的新文化运动，特别是白话国语运动应该起到直接的启迪作用。竭力支持胡适白话文尝试的钱玄同，不仅是章太炎的忠实弟子，而且是《教育今语杂志》的重要编辑人，他的白话文与乃师的白话文几乎无法分辨，因而在后来编辑出版《章太炎的白话文》时，就发生了他们师徒二人的著作权纠纷。
在日本流亡的日子里，章太炎参加了排满革命，成为著名革命家，而且是最有学问的革命家，这是那些职业革命家无论如何也无法企及的。
1906年，孙中山会同黄兴、章太炎等制订同盟会《革命方略》。这是《革命方略》中的《军政府宣言》。