实事求是地说，清廷的立宪运动对海内外的中国知识界有着非常强烈的吸引力。按照梁漱溟的说法，他们坚信梁启超、康有为等人为中国问题所开的君主立宪的处方是解决中国问题的灵丹妙药。认为梁启超所提倡、鼓吹的国会制度、责任内阁、选举制度、预算制度、国库制度、审计制度，乃至银行、货币等问题，都是中国未来应该实行的优良制度，中国如果按照梁启超一班人的规划进行改革，就必然能够像西方国家一样，建设一个近代国家。
君主立宪的稳步进行深刻影响了国内外知识界，革命陷人空前的低落状态。即便在日本，日本政府看到清政府在立宪道路上越走越远、越走越踏实，其对革命党人的看法也就在不知不觉中改变。
1907年9月4日，清国外务部照会日本政府，要求对在日本出版的《民报》、《洞庭波》、《天义报》、《复报》等刊物禁止出版，禁止印刷流通。日本外交当局为了讨好清政府，以便在正在交涉中的东北问题上获取更多利益，倾向于建议政府改变先前容忍甚至帮助革命党人在日本出版报刊的既定政策，给清政府一个人情，一个面子，设法查禁至少须严格限制革命党人在日本的出版物。当然，日本外交当局把握着查禁或严格限制的度，完全视清政府在外交上、特别是在东北利益上能够向日体让多大的步。
日本人的态度、清政府的态度，都取决于日俄战争之后国际格局的变化。从国际大局看，日俄战争的结果使英日同盟在远东占尽了上风，远东的战略格局因英、日同盟而被打破。英、日同盟对远东的垄断当然不符合后起大国德国和美国的利益，所以为了抵制英日同盟，德国人于1906年动议组建中、美、德三国同盟。
德国人三国同盟的建议引起清廷高度重视和兴趣，只是清廷考虑到英国和日本对三国同盟可能激烈反对，因而迟迟不敢答应德国人的建议。
中国的自我孤立鼓励了英国和日本，几经折腾，日本竟然与俄国握手言欢，稍后甚至出现了英、法、日、俄四国同盟的雏形，他们联合统治着远东，使德国还有美国都感到格外失落，于是德国人再度推动中、美、德同盟，美国人对此也变得非常积极。
对于德、美两国的建议，此时主持中国外交事务的袁世凯高度认同，认为这是中国走出外交困境的一个重要机会，中国如果能够与德国、美国结盟，一定能够在亚洲遏制日本，甚至牵制俄国、英国和法国。基于这一系列判断，清廷批准了袁世凯的方案，于1908年秋派遣唐绍仪出访美国，推动中、美、德三国同盟的建立。
为了防止不必要的干扰，中国对三国同盟的消息严格保密，然而日本和英国的谍报网委实强大，日本人和英国人还是在唐绍仪出访前就获悉了中国政府的计划。日本人当然不希望中国与美国、德国结盟，所以一方面加快与美国的秘密谈判，以重大让步阻止美国与中国结盟；另一方面略施小计将唐绍仪的代表团拖在日本动弹不得。日本人下决心破坏袁世凯的布局，下决心要用美国人的力量清除对日本最具威胁的袁世凯。
日本高官将唐绍仪和他的代表团在日本的活动安排得非常密集，显得对日中关系的改善非常重视。在这种情形下，唐绍仪觉得既然一时无法动身前往美国，那就顺便在日本谈谈吧。于是他代表清政府郑重请求日本政府禁止发行同盟会的《民报》，表示日本政府如果能够做到这一点，显然有助于中日关系的发展。
日本太需要用各种理由稳住唐绍仪、稳住北京的袁世凯了，于是日本外交当局迅即建议政府同意唐绍仪的这个请求。1908年10月19日，日本警察总监龟井英三郎根据内务大臣平田东助签署的命令，封禁《民报》。其理由是《民报》第24号中的《革命之心理》和《本社简章》等，违背了日本《新闻纸条例》第33条，即不得作败坏风俗、危害秩序的宣传，要求《民报》停止发行和销售。
这些理由当然不是真正的理由，所有的罪名不过莫须有或子虚乌有。《革命之心理》只是在批评一些革命志士那些不健康的心理状态，认为革命者必须建立良好的革命心理，才能像俄国的虚无党或印度志士那样，为民族独立、社会进步而奋斗、而献身。
日本政府当然也不是就事论事要查禁革命党人的刊物，他们这一次除了查禁《民报》外，还查禁了《天义报》、《衡报》、《四川》、《云南》等刊物。从这一系列措施看，日本政府的举动主要还是要和清政府进行交换，至少是以此些微让步拖住唐绍仪和他的代表团。
面对日本政府的无理查禁，《民报》发行人兼编辑人章太炎奋起抗争。10月20日，章太炎到《民报》所在地警察署领取查禁令书时，当即表示抗议，并很快提交抗议书。强调《民报》所说，毫无涉及日本的事情，但说革命，也没有无政府、虚无党一派的议论，这是《民报》始终如一的主张。章太炎明确指出，日本政府之所以这样蛮横，其实不过就是为了讨好清政府，满足唐绍仪的要挟而已。
第二天（21日），章太炎向日本内务大臣发出一封抗议信，强调《民报》简章中的所谓“六大主义”在发表前经内务省认可，现在内务省并没有将这项认可撤回，为什么突然下令不许刊登这些内容呢？内务省如果认为《民报》扰乱了日本社会秩序，那么就直接将我们驱逐出境好了。
23日，警察署长向章太炎展示了内务省命令原件，并作了解释，承认日本政府之所以这样做，主要是因为外交，而不是因为法律。对于警长的解释，章太炎依然表示无法接受。他在当天再次致信日本内务大臣，直截了当揭露日本政府这样做就是因为唐绍仪此次途经日本，以清政府将与美同盟威胁日本，又以间岛领土、抚顺煤矿、新法铁道等权益问题与日本进行交换。章太炎认为，日本政府为了那点私利背信弃义，是肮脏的、卑鄙的，因此他章炳麟作为《民报》编辑人兼发行人宁为玉碎，不为瓦全，决不会接受日本政府这种荒唐的命令。
日本政府出于外交需要做出这样的决定，在一时半刻是不可能改变的。为了应对这种突如其来的变化，章太炎于10月25日与黄兴、宋教仁等进行充分讨论，最后决定将《民报》迁往他国。而迁移之前，应该筹集一些款项起诉日本当局，无论胜负，也要打这样一场道义上的官司。
根据这些讨论，章太炎在第二天（26日）第三次致信日本内务大臣平田东助，揭露日本政府在政治上的虚伪和狡诈，既然为了讨好清政府而查封《民报》等革命刊物，那就直接查禁、直接说明原因好了，完全可以不必采取这种栽赃的方法污蔑《民报》，迫胁《民报》改变宗旨，本报编辑人兼发行人虽然只是一介草茂，但素不受权术笼络。你们内务省如果有意督过之，封禁、驱逐，那就直接下命令好了，不必再让那些纵横之士腾其游说，越描越黑了。
日本政府不仅查禁了《民报》等革命刊物，而且禁止日本新闻界就这些事情发布消息。为了粉碎日本政府的新闻封锁，章太炎以“中国革命党”的名义写了一份《报告＜民报＞24号停止情形》的传单邮寄各方，并请人译成英文向海内外广为散发。章太炎在这份传单中揭露日本政府与清政府相互么结查封《民报》，揭露口本政府之所以这样做就是为了从清政府那里获取更多的利益。
章太炎（左五）、黄兴（前排坐者）与《民报》编辑部部分人员合影
章太炎的传单在中国留学生中引起极大反响。由于日本政府不许报纸刊登这方面的任何消息，留学生就想办法将这份传单到处散发，动员更多的中国人起来支持章太炎。留学生们痛斥日本政府迫害《民报》的鄙劣行径不仅是为了从清国攫取更多的非法利益，而且违背了良心，违背了现代国家新闻自由的起码原则。他们警告日本政府，如果顽固坚持这种反对革命的新闻主张，那么日本政府必将在清日贸易上蒙受巨大损失，中国同盟会有力量、有办法动员国内各阶级、各阶层抵制日货，中国人一定有办法抵消日本因查禁《民报》等革命刊物而从清政府那里获取的特殊利益。
对于章太炎不依不饶种种行动，口本政府很头痛，因为按照日本的法律、法令及内务省原先的审查结果，《民报》毕竟没有什么问题。据说日本政府希望拿出一笔钱，满足章太炎想到印度出家当和尚的愿望。章太炎过去确实曾有这样的念头，但在如此背景下，他当然不屑于接受日本人的这种资助。
软硬兼施打消不了章太炎的反抗情绪和意志，章太炎终于和日本政府在东京地方法院打开了一场官司。11月26日，日本方面以清国革命一旦爆发，日本人起而仿效，那就必定要导致严重后果为由，要求东京地方法院判处《民报》为犯罪。章太炎的律师为《民报》作了无罪辩护，强调清国革命是否真的对日本有害，这是一个政治或外交问题。而法庭讨论的只是法律问题，所以控方的指控根本不能成立。
章太炎也在自我辩护中指出，扰乱治安必须要有证据，我们《民报》如果有手枪，如果藏有刺客，或许可以认为《民报》有扰乱治安的嫌疑，而这些东西在《民报》都没有，《民报》所有，不过是一笔一墨，几句文字，如何能在日本扰乱治安？
至于说到革命，章太炎在自我辩护中强调，《民报》所说的革命，只是针对清国内部情形发言，从来没有说要革日本政府的命。《民报》所有的文字言论，即便能够鼓动人，煽惑人，煽惑的也只是中国人，而非煽惑日本人；鼓动的也只是中国人，而非鼓动日本人，这怎么就危害了日本的秩序呢？而且，言论自由、出版自由，是一切文明国家最起码的政治原则，你们日本号称是近代文明国家，怎么就这样自食其言、以言治罪了呢？《民报》言革命，是因为中国从来不讳言革命，汤武革命，应天顺人，这是中国圣贤代代相传的至理名言，怎么到日本就成了罪状呢？中国的法律造反有罪，革命无罪，在中国文明史上从来没有因革命而判处有罪的，你们日本号称文明国家，怎么就这样不能自圆其说、维护正义呢？
章太炎的咄咄逼人使裁判长哑口无言，裁判长尽管无法辩驳，但照样于12月12日判处《民报》禁止发行，并判处对章太炎罚款115元。政治、外交的压力还是使日本政府屈从了清政府的要求，《民报》也就结束了自己的历史使命。