张园系列演讲会的激进言辞为章太炎赢得了巨大声誉，使他成为上海滩最具思想的演讲家；而批判康有为、梁启超等政治改良主义和保皇党人的战斗檄文，更为章太炎赢来了巨大文名，使章太炎成为社会各界崇拜的对象，认为他是有学问的大革命家。
1903年5月，四川青年邹容完成《革命军》的写作。邹容是章太炎结识不久的朋友，邹容或许是因为章太炎的名气太大，需要章太炎为自己提升文名，或许是因为自己与章太炎已经结拜为兄弟，请章太炎为自己这本小书写序言以利推广，总而言之，章太炎欣然答应为邹容《革命军》作序，并在序言中对这部著作给予很高评价。
很显然，章太炎为邹容的《革命军》作序，并不单纯因为兄弟情谊，他确实被邹容的革命精神所感动。他在序言中说，我章炳麟持排满主义已有几年时间了，就是不见真正的响应者，而邹容的这篇《革命军》震聋发聩，为义师先声。章太炎还由邹容的意思引申发挥，强调在一个种族内的改朝换代谓之革命；一个种族压迫另一个种族，谓之灭亡；驱逐异族，谓之光复。现在的中国既然是灭亡于满洲人之手，那么中国当前任务，就是要推翻满清，光复中华，而非革命。至于邹容为什么将书名定为《革命军》，章太炎以为作者的意思很清楚，那就是此次光复不仅要推翻异族统治，而且顺带着要将政教、学术、礼俗等政治文化等方面的陋习一并革除，所以命名为《革命军》。
章太炎的鼓吹使邹容的《革命军》风靡一时，有出版商将邹容的著作和章太炎序及《驳康有为论革命书》等合在一起出版，海内外各种翻刻本不知凡几，或以为此乃中国版的《独立宣言》和《民约论》，为中国人指出了一条可供选择的发展方向，举国上下无不震动。
恰当此时，章七钊主编的《苏报》发行量不理想，于是聪颖过人的章士钊一方面郑重聘请章太炎、邹容等具有激进排满思想的人担任撰述，一方面将章太炎的《驳康有为论革命书》、邹容的《革命军》及序文等，在《苏报》上刊发，并组织撰写多篇评论介绍文章，以期形成规模效应，提升《苏报》发行量。
章士钊的眼光确实厉害，章太炎和邹容等人的文章发表后，《苏报》发行量直线上升，但由此引起了政治上的麻烦。正在上海的钦差大臣吕海寰看到这些文章心中很不安，再结合张园系列演讲，吕海寰提醒江苏巡抚恩寿注意这些反朝廷的言论，对张园演讲会的组织者演讲者不可掉以轻心。
吕海寰的建议背后或许有个人恩怨，但这个建议对两江总督魏光焘来说，无疑相当被动。这儿是自己的辖区，竟然发生反政府反朝廷的事情，于是他在6月20日向朝廷呈上了一个密电，建议查禁上海爱国会演说。毫无疑问，魏光焘希望化被动为主动。
对于魏光焘的报告，朝廷迅即批转外务部。外务部在第二天根据魏光焘的建议向沿江沿海各省督抚下达严密缉拿的指令。
根据朝廷指令，两江总督魏光焘于6月26日委派江南陆师学堂总办俞明震专程前往上海，会同上海道与领事团交涉，要求租界当局协助捕拿蔡元培、章太炎等人。
俞明震抵达上海当天晚上约见吴稚晖，以委婉的口气暗示朝廷严厉查处意图，这显然是希望吴稚晖向相关涉案人员透露，未抓先惊，最好各自逃走，彼此相安无事：你们逃跑了，我也可以向朝廷交差了，时间一长也就算了。
魏光焘、俞明震等人的用意已经很清楚了，所以吴稚晖、蔡元培、章士钊、陈范等能跑的都跑了，他们显然期待像过去各次一样，逃过了风头，一切如常，关键是要逃过风头。
然而，在这个过程中，就是有人不信邪，比如章太炎。吴稚晖在获悉事情可能不妙的消息后，就曾当面劝章太炎赶快逃走，而章太炎不以为然，反而骂吴稚晖没骨头，小事扰扰。《苏报》馆主陈范逃跑时也曾让他儿子设法通知章太炎赶快躲一躲，但同样没有引起章太炎的注意。
章太炎不愿逃跑，当然有自己的考虑，除了骨气外，最重要的是他相信租界是安全的，租界当局会保护他们的言论自由和人身安全。而且，我章炳麟已被清廷查拿七次了，这次就是第八次了。我还跑什么呢？大不了就是杀头。我章炳麟敢反满敢革命，志在流血，我这一次就不再跑了。这就是章太炎所具有的烈士或志士情结。
章太炎的判断显然错了。当巡捕房用各种方式无法惊走他的时候，6月30日晚，也就是在报馆账房先生程吉甫被捕36小时之后，章太炎也在爱国学社被抓捕。
据说，章太炎被抓时非常勇敢，竟然大义凛然地对工部局巡捕说，其他人都不在，要拿章炳麟，我就是。于是巡捕将章太炎羁押至四马路老巡捕房的楼上。这就是震惊一时的《苏报》案。