章太炎被羁押后，一直被关在四马路老巡捕房的楼上。由于是租界负责管理，各方面的条件还不错，那里备有特别的房屋，生活方便，甚至允许朋友亲人随时看望，允许章太炎在那里接待客人。
尽管如此，章太炎刚进来时非常失望，因为他发现除了自己外，不论是张园演讲会，还是《苏报》案，都没有什么重要人物，吴稚晖、蔡元培、章士钊、陈范等都跑了，只有他一个人被抓捕。恐惧、失落、不平衡或许一度占了上风，于是他莫名其妙地写信给邹容和龙泽厚，诉说自己的寂寞与恐惧，希望这两位兄弟能够男子汉敢作敢当，前来自首。
老大的劝说真的起了作用，邹容和龙泽厚接到章太炎的信后，竞欣然于7月1日跑到巡捕房投案自首。
邹容、龙泽厚的做法使巡捕房大吃一惊，因为他们很少遇到这样的事，以为真假难辨，未敢遽收。邹容见状反而急了，强调我不是邹容，岂肯自投罗网？巡捕房只好暂时收押。
7月15日，会审公廨将章太炎、邹容、龙泽厚及《苏报》馆账房程吉甫、假孙中山钱宝仁、陈范的儿子陈仲彝等六人提往审讯。
此次审讯比较搞笑的是原告方为中国政府，而被告则是这几个中国人。会审公廨谳员孙建臣高声宣布传“中国政府到案”，宜布“中国政府控告《苏报》馆大逆不道，煽惑乱党，谋为不轨”；宣布“中国政府控告章炳麟大逆不道，煽惑乱党，谋为不轨”等，让人听着总觉得刺耳和不舒服，堂堂一个政府竟然与几个人成了对手，成了控辩双方。这自然使章太炎等人更加自信，当他听到这些话语时，不禁觉得以中国政府控告他，这也算是他的光荣，而且这个控告不在他国法院，而在中国自己所管辖的最小的新衙门，真是千古笑柄。
原告指控章太炎的，除了革命排满外，还牵涉章太炎引玄烨、弘历、载湉小丑等语，认为干犯庙讳，指斥乘舆，悍然攻击皇太后和当今圣上。
对于原告的指控，章太炎并不示弱，他在自我辩护时强调，他看到康有为著书反对革命，祖护满人，所以著书驳斥。书中是说到了“载活小丑”几个字，触犯了清帝圣讳，但我只知道清帝只是一个满洲人，并不知道清帝还有什么圣讳。
第一次审讯就这样结束了，章太炎等一干人犯仍被英国巡捕押送回关押的地方。据章太炎自己说，沿途观者不禁唏嘘，而他自己很得意，诵“风吹枷锁满城香，街市争看员外郎”而返。
7月21日下午两点一刻，章太炎、邹容等五人被巡捕房乘马押解至会审公廨，接受第二次审讯。清政府聘请的律师古柏发言时表示，上次审讯后，查得此案之外另有交涉，有许多事情还没有弄清楚，现在不便向法庭提出，因此原告方请求暂时中止审讯，待调查清楚后另行会商审讯日期。
对于原告的建议，被告章太炎的律师博易在发言时表示反对，认为原告的理由不能成立。根据《公共租界章程》，租界内的事情，应归公堂审理，现在的原告究竟是中国政府，还是江苏巡抚，还是上海道台，被告方都弄不清楚。
对于被告律师的询问，法庭给予解释，表示章、邹等犯，系奉旨着江苏巡抚饬拘，言下之意，属于钦犯，原告也就是中国政府了。
被告律师接着说，政府律师如果不能指出被告所犯何种罪行，又不能说清还有什么事情，那么法庭应该将此案注销，将被告无罪释放。
原告律师哈华托接着说，此案由最为明白，现在只是等待政府与租界当局进行交涉，一旦议妥，立即开庭。谳员孙建臣接受了原告的建议，此案审判暂时中止，章太炎等人继续在巡捕房被羁押。
当天晚上，驻沪领事团举行会议，上海道台袁树勋在会上要求废除租界会审及租界定罪协议，要求租界当局将“苏报案”罪犯引渡给清国政府。领事团对袁树勋的建议无法回答，即便他们将此事向各国公使作了汇报，各国公使也表示无法决定，只能请各国政府进行研究，再作决定。
各国政府对于是否将章太炎等人移交给中国政府原本游移不定，然而当清政府于7月31日将新闻记者沈蒽杖毙于刑部的消息传出后，西方各国舆论哗然，迫使各国政府决定不能将章太炎等人交给清政府，因为章太炎、邹容等人与沈蒽差不多犯有同样的言论罪，如果将他们交给清政府，不是会有同样的结果吗？
清政府的野蛮刑法激怒了西方社会，也帮助了章太炎和邹容。他们在外国人的拘留所中相对来说享有比较人道比较有尊严的待遇，在那几个月中，章太炎与邹容相互唱和，甚至有闲情写写文章，由于和外界并没有完全中断联系，所以章太炎还能对一些正在发生的政治事件进行评论。他们失去了自由，但换来了安全和宁静。
几个月的交涉转眼就过去了，各国政府虽然没有在章太炎、邹容等是否移交给清政府一事上达成一致，但在英国等主流国家坚持下，“苏报案”的审理依然回到原来的轨道上。
12月3日，第三次审讯重新开始。原告律师古柏首先代表清政府提出控告，强调如果被证实了被关押者有罪，会审公廨有义务适用中国的法律和惯例，因为犯罪者都是中国公民，犯罪行为发生在中国的领土上，触犯的是中国政府，他们应受到中国法律制裁，这在以往的中外条约中写得很清楚。
在作了几点评论之后，古柏建议法庭先审理陈仲彝、钱宝仁和程吉甫三个犯轻罪的被关押着，因为他们已经在监狱里被关了四个月，控方认为已经足够抵消他们在本案中所负的责任。也就是说，控方不打算要求对钱宝仁、程吉甫有进一步的惩罚，可以立即释放。至于陈仲彝，由于他是陈范的儿子，现在已知道陈范已经离开上海，似乎也没有勇气为《苏报》的言论负责，所以他的儿子受到牵连被带到法庭。但是对于陈仲彝，控方也不打算让他受到进一步的惩罚，但要求在陈范没有到案期间，陈仲彝必须保证在法庭传讯时应随时到庭。也就是说，原告放弃了对这几个人的指控，可以由法庭宣布无罪释放。
在此后的审理中，原被告双方的律师集中在章太炎和邹容身上。原告律师古柏认为，章太炎和邹容被指控的罪名在英国被称为煽动性的诽谤罪。中国法律也像其他国家的法律一样，有叛国、煽动暴乱、造反等反政府的罪名。最严重的是公开造反，依据中国法律这种罪应给予最严厉的惩罚，所有国家也都认为这是最严重的罪行。接着，古柏用大量时间征引章太炎在《驳康有为论革命书》和其他文章中的文字，以证明章太炎的目的就是煽动造反，煽动革命，煽动驱逐满洲人。更厉害的一着是，古柏在这次指控中，反复强调章太炎在过去两次审讯中已经承认了原告的指控是有事实依据的。这实际上等于章太炎已经认罪。
被告律师当然不能同意原告律师的指控，反复强调现在的审讯是从头开始，没有任何形式的供认或记录可供参考。他代表被关押者请求，他不犯有被指控的罪名。被告律师的策略就是无罪辩护。
在第二天的审讯中，原被告双方的律师对章太炎进行了询问，章太炎也对这些询问一一作答，比较有意思的询问及回答还是关于“载湉小丑”的理解，章太炎的回答是，根据外国观念，对统治者的名字并不避讳，我为什么不能直接称他为载活呢？至于那个小丑的说法，比较准确的理解不过就是个“小孩子”的意思，并不存在什么毁谤。至于《驳康有为论革命书》，章太炎在自我辩护中强调自己是写给康有为个人的，至于为什么出版，就不是他的事情了。
在第三天的审讯中，控辩双方对证人进行了提问，然后就是控辩双方律师进行辩论。
12月9日上午，汪瑶庭宣布判决，宣称章炳麟、邹容照例科罪，皆当处决。今时逢万寿开科，广布皇仁，照拟减定为永远监禁，以杜乱萌而靖人心，俾租界不肖之徒知说警惕，而不敢为匪，中外幸甚。
汪瑶庭的这个宣判只是清政府的一面决定，并不符合英国人的立场，英国方面早就暗示过最多不能超过三年监禁，所以当汪瑶庭的宜判刚结束，应该算是额外法庭组成人员的英国副领事当庭抗议，表示这个结果并没有和英国方面协商，因此不能同意。除非将章太炎、邹容的刑期减为三年，否则此判决通不过。
判决的执行权并不在中国政府，而是在租界，英国的反对就意味着这个判决不可能被执行，因而也就没有实际意义。后经中英两国外交渠道反复协商，1904年5月21日重新宣判，议定邹容监禁两年，章太炎监禁三年，罚做苦工，以示炯戒。限满释放，驱逐出境。刑期自被巡捕房抓捕之日起算，所以章太炎还需要在监狱度过两年多时间，邹容还有一年。
对章太炎、邹容的判决虽然是由会审公廨宣判的，但由于执行权还在租界手里，所以他们在宣判后被转移至提篮桥西牢服刑，这里依然是外国人管理的监狱。
章太炎、邹容刚人狱的时候，也曾受到非人道的待遇，监狱方将他们投掷在一个空房间中，让他们直观见识了狱卒的残暴和犯人的痛苦。章太炎、邹容相与咋舌裂眦，担心自己受不了这份苦。章太炎伤心地对邹容说：你我身体如此虚弱，又不可能甘心受到他们的侮辱，与其被这些白人凌辱殴打而死，还不如我们早点自我了断。不过，你的刑期还有很短时间，你应该坚定的活下去，如果我章炳麟死了，他们也一定会担心名声太坏而改善你的条件。邹容闻言哽咽流涕，表示大哥真死了，小弟活着也没有意义。还不如我们一起死了，一了百了。
监狱其实早都防着犯人自杀，所有能够自杀的工具早就被收走，他们能够使用的工具只有一个，那就是绝食，就是饿死。
主意既定，章太炎和邹容联句作了几首绝命词，便开始了绝食。绝了五六天后，除了咳嗽吐血外，根本没有要死的迹象。有狱友告诉章太炎，有的人绝食40多天仍不死，你这仅仅五六天当然没有用了。你其实不必这样做，在这个监狱里，500人中每年就有160人因为各种原因而死。所以真想死就不必着急。
狱友的话启发了章太炎，章太炎遂对邹容说，食亦死，知必死。我知道怎样应对这件事情了。从此他们兄弟二人好吃好喝，但凡遇到狱卒想欺负他们，章太炎就毫不客气挥以老拳，或者将狱卒手中的武器夺过来对打。章太炎固然知道不是狱卒的对手，但他更知道司马迁所说的知死必勇的道理。他虽然往往被狱卒打的死去活来，但他也确实对那些可恶的狱卒痛下狠手，当然他也受到更严酷的报复。
章太炎在狱中罚作裁缝，一是缝袜子底，一是为犯人衣服上编号写字。后来又让他去烧饭，章太炎认为这是一个美差事。