“支那亡国纪念会”不久，章太炎又回到了国内，根据自己的思想变化，在故乡余杭安心修订《煊书》，使这本成名作日趋经典化，于是文风渐变。
章太炎返回故里前后，蔡元培和叶瀚、蒋智由、黄宗仰、林白水、王季同、汪德渊等人在上海发起成立中国教育会，期望通过教育造成理想的国民，以建立理想的国家。所谓理想的国民，就是具有共和理想和习惯；所谓理想的国家，就是共和国。
1902年冬，南洋公学发生学潮，学校为严肃校纪开除了几名学生，全校学生两百多人为了声援这几名学生宣布集体退学。
为了接纳这些学生，也为了培养革命力量，南洋公学教员蔡元培遂以中国教育会会长的名义劝告这些学生不要散，而是结合起来成立一所新学校，继续完成学业。
1902年冬，蔡元培等在上海创办爱国学社，章太炎等任教员。图为该社师生在开学时的合影。
在各方力量帮助下，新学校很快成立起来了，名字就叫“爱国学社”，蔡元培任总理，吴稚晖任学监，章太炎、蒋维乔、叶瀚等都是爱国学社的教员。
在爱国学社任教时期是章太炎思想发展的重要阶段。他通过课堂将自己的排满革命思想向青年学生广泛传播，号召学生树立人人平等的思想，敢于造反，彻底放弃保皇等不切实际的政治幻想，坚定推翻满清，重建汉民族国家的政治信念。
1903年的上海，正在酝酿着新的政治**。清政府在1901年宣布开始的新政，至此开始有了政治上略微松动的迹象；1900年沙俄乘义和拳战争而强占东北领土的行为，也为中国人的愤慨。于是，各种各样的集会差不多都以拒俄为政治诉求，抗议沙皇俄国拒不从东北撤军。这样的集会，在某种程度上说是政府的外交后援，因而即便得不到政府的批准和支持，至少也不会受到镇压或遏制。
配合着这些政治活动，爱国学社每周都在张园举行一次演说会。章太炎往往与蔡元培、吴稚晖等人一起，在那里发表激进的政治演讲。他们几个人都是主张排满革命的，因而拒俄运动的演讲往往被他们归纳至推翻满清、排满革命这些论题上。
爱国学社出版的刊物——《童子世界》
此次革命思潮的高涨有着复杂的背景，大体上说，还是清廷自1898年政治改革中断之后迟迟不见新的政治动作，1900年的义和拳战争固然是个理由，但稍后就有《辛丑条约》为中国提供了一个外部环境，列强保证不会再用武力肢解或瓜分中国，而清廷在1901年的新政宣示之后，却再也不见什么作为。这批青年革命党人的政治焦虑，大约都可从这个方面进行解释。
清廷政治上的迟缓，激怒了这些年轻的革命党人，甚至带动了那些原本以保皇、以改良为政治诉求的年轻知识分子。在孙中山、章太炎等人的影响下，梁启超、欧集甲等政治改良主义者开始不耐烦了，梁启超一再致信乃师康有为，鼓动他更进一步，以革命党人联合策动革命，迫使清廷尽快踏上政治变革的轨道。欧集甲在1901年发表的《新广东》中，甚至鼓吹广东脱离清廷宣布独立。凡此种种，都引起了他们的老师康有为的担心和忧虑。
康有为认为，这些学生离群索居太久了，摇于时势，不听师说，所以说出这些极端荒谬的言辞。另外一个原因是这些学生只知道阅读欧美新书，汲取西方的思想营养，而不能详察亚洲情势，但闻革命自立之事便羡慕之，而不审中国之情势、亚洲之大势。为了纠正弟子们的这些思想错误，康有为于1902年春发表《与同学诸子梁启超等论印度亡国由于各省自立书》，驳斥主张各省脱离清廷而自立的诸弟子。
很显然，康有为的保皇、反对革命的主张是一厢情愿，他的这种效忠言行在清廷那里并没有得到任何善意的回应。相反，清廷自1898年政治大逆转之后就从来没有放弃或改变对康有为及其所组织的保皇党等政治组织的敌视和镇压，从来将他们视为逆党、会匪，将之与孙中山领导的革命党同样对待。
清廷的做法在康有为看来，或许可以理解，因为康有为内心清楚得很，他在外面做的这些事情，虽说有皇上赐给杨锐的一道御旨作护符，但从本质上说与清廷没有任何组织上的关联，并没有接受过朝廷的任何指示。然而，康有为毕竟是1898年围谋颐和园、劫持皇太后的主谋，他如果不拉住皇上这面旗帜，手中就没有任何政治筹码了。
然而，康有为的追随者们可不这样想，他们在经历了几年磨难后，总感觉一厢情愿地保皇是热脸遇到了冷屁股，自己对朝廷竭尽忠诚却被视为“逆党”，想尽一切办法保全皇上却被视为“会匪”。与其如此受歧视、受刁难，还不如反了，还不如和革命党人一样，以铁血行之，仿效华盛顿革命自立，或可以保全中国、保全国民、保护自己。于是，南北美洲华侨中的保皇党人开始反叛，他们纷纷向康有为提出类似要求。
追随者的要求合情合理，然而果真这样做了之后，保皇党人也就不再是保皇党人了，康有为非常明白这一举动的严重后果，于是他立即发表《答南北美洲诸华商论中国只可行立宪不可行革命书》，详细解释自己的保皇主张、立宪主张，以及为什么坚决反对革命、反对排满的理由。
在答弟子书和答南北美洲诸华商书中，康有为始终强调的只是一个原则，即中国不能走上革命之路，或者说应该想尽一切办法阻止中国走上革命道路，要想尽一切办法使中国走上君主立宪的道路，只有君主立宪能够使中国强大，使中国转弱为强。革命、排满，必然使中国陷入内乱、陷人内争，使中国国力逐渐衰弱，最终必然导致亡国灭种。
康有为指出，大家对清廷的不满只是暂时的，因为清廷现在被一批昏庸的旧人如慈禧太后、荣禄等人垄断着权力，圣明的君主光绪帝依然靠边站。这是不正常的，也是大家现在失望的根源。不过大家应该相信，这种情形不会永久如此，一旦那些昏庸的旧人退出了历史舞台，一旦圣明的君主掌握权力，情况就会改变，皇上一定会像日本天皇、俄国尼古拉二世等人一样，救国救民，亟予民权自由，其心至仁如天，至公如地，其公天下而无少私，视天位如敝屣，这不仅是欧美诸国所未有，也是中国历史上前所未闻的。所以，各位在政治道路的选择上要有耐心，要等待，相信这一天不久就会到来，想想看，皇太后、荣禄毕竟都是六十多岁的人了，而皇上才不过三十来岁，一旦皇上复权秉政，中国的面貌必将在一夜之间天翻地覆，换了人间。
为什么说中国不能走上革命排满的道路呢？为什么必须阻止中国走上排满革命的道路呢？康有为认为主要是基于这样几个理由：一是中国国情与欧美迥异。美国为新造之邦，人少地多，又没有历史包袱，所以容易造成民主之国。而中国地大人多，历史悠久，不独与美国迥异，即便在欧洲也难以找到相似的情况。二是革命是一种不得已的手段，血腥残忍，但凡有一点儿办法，也不应该走上这条路。法国大革命，大乱八十年，流血数百万，结果不还是那位拿破仑照样登上皇帝的宝座，还是君主制。至于中国历史上的农民起义、改朝换代，哪一次不是血流成河，杀人如麻。现在世界已经进入热兵器时代，一旦爆发革命，那杀伤力不知要比过去的冷兵器厉害多少倍。弄得不好，四万万中国人或许要有一半死于革命。那不是一场人间惨剧吗？三是中国如行革命必然招致列强瓜分。这就像印度一样，国内革命如鹬蚌相争，得利的永远是鹬蚌之外的第三人。四是皇上仁圣，享有天命，通于国际大势，足以变法而强中国；久历艰难，能公天下，足以立宪而兴民权。所以，中国的惟一出路，在康有为看来就是一句话，保住了皇上，就保住了中国的未来。
康有为的这几封信被其弟子大肆张扬，一时间在国内外造成很大影响，许多阅读过这两封信的人觉得康有为说得也不错，君主立宪应该是中国的首选，至于革命，至于排满，确实应该放在最后再考虑。康有为不再是排满革命的同路人，而是成为地地道道的反对者。中国革命要想继续往前走，就必须对康有为的这种思想进行严厉批判。
然而，康有为的这些理论有历史依据有哲学道理，一般人要想弄清楚来龙去脉很难，更不要说给予批判性思考了。历史的责任落到了章太炎的头上。怒不可遏的章太炎面对康有为的挑衅勃然大怒，拍案而起，以《驳康有为论革命书》为题，系统驳斥了康有为反对革命、反对排满的谬说。
发表在《黄帝魂》中的《驳康有为论革命书》
针对康有为满汉早已平等，不存在阶级压迫的观点，章太炎说，这简直就是胡说八道，是睁着眼睛说假话。满洲人入关以来，从来没有把汉人当作平等的人去看待，从来将汉人当作下一等的民族，包括你康有为在内的汉人，都受到过满洲人不同程度的政治迫害。在满清的政治架构中，满洲人在各个方面都享有特殊的权利，中央部院的满汉架构，从来都是满洲人领导汉人；军机首领、总理衙门领班大臣，什么时候都是满洲人，汉人高官即便做到曾国藩那样的中兴名臣，在朝廷中也只能是等而下之的微臣、末臣，而且时刻担心功高震主，担心被满洲人算计。满洲人的制度设计，汉人从来是奴才，主子只有满洲人。现在，流亡海外惶惶不可终日的康有为竟然觉得自己是大清国的主人了，可以分享权力了，这真是痴人说梦，是自己把自己太当作一回事儿了。
对于康有为顶礼膜拜的那位圣明天子，章太炎也毫不客气地予以揭露。认为那个小皇帝根本不是康有为所想象的那样圣明英武，他之所以同意变法、同意维新，完全是因为私心在作祟，是他知道不变法无以交通外人，得其欢心；非交通外人，得其欢心，也就没有足够的力量去排斥老太后的权力和势力。所谓百日维新，貌似轰轰烈烈，究其实际，不过是那个小皇帝利用这场政治运动保住自己的权位而已。章太炎指出，这个被康有为捧上天的小皇帝，其实只是一个生养在深宫、成长于妇人之手、不分五谷、不辨菽麦、只会纸上谈兵的孱弱之主而已。自1898年以来的政治发展已经证明，这个儿皇帝不是什么明君英主，一个连自己都无法保护的人，怎么能够指望他去拯救中国呢？指望这样的小皇帝与天下共忧，那不是缘木求鱼画饼充饥望梅止渴的傻瓜了吗？
至于康有为一再推崇的君主立宪体制，章太炎认为，这是中国一条走不通的路。按照世界立宪通例，议院一般由上下两院组成，中国如果立宪，汉人或许能够在下院稍有机会，但在上院，肯定主要是那些皇亲国戚、贵族高僧，根本无法代表下层民众特别是汉人下层民众的利益，更不要说什么满汉平权了。现在的满洲人连自己的发祥地都被俄国人占领了好几年而要不回来，一个失去自己发祥地的君主，有什么资格去宣布立宪？失地当诛。你康有为推戴一个失去土地的“天囚”为汉人的元首，那不就像从牢房里拉出一个囚徒被推为君主一样了吗？而且，从世界立宪通例看，以君主之诏宣布立宪并不是真立宪，任何一个君主都不可能自觉地、主动地约束、收束自己的权力，更不要说放弃自己的权力了。
君主立宪在中国就是一条走不通的路，中国的未来只在革命，只在排满。章太炎指出，革命当然避免不了流血，但是立宪就能够完全避免流血了吗？如果熟悉西方民主国家的历史，不难发现那些立宪国家，也无不是从枪林弹雨中走出，无不经历过腥风血雨。即便是中国的近邻日本，其明治维新之初同样经历过一场反对幕府专制的国内战争，如果不是清除了这些政治上的守旧势力，谁能保证后来的明治维新能够顺利地走下去。立宪并不必然只是和风细雨、口舌之辨，革命也并不必然就是血流成河、血流漂杵。中国的政治变革必然要有流血牺牲的准备，同时要尽量避免少流血、不流血，少牺牲、不牺牲。
章太炎的批驳可谓是高屋建瓴气势磅礴，有理有据，在一定程度上确实遏制了康有为所散布的改良主义思想，助推了革命排满思想在国内外的传播。