章太炎满怀希望前往上海，结果是黯然回到了杭州。不过，他这趟上海之行还是有收获的，他结识了一些真朋友，所以他在回到杭州不久，在接受谭献、孙诒让的劝说放弃继续写作《新学伪经考驳议》后，就和几位浙江籍的朋友发起成立了“兴浙会”。
兴浙会有时又被称作兴浙学会，成立时间大约为1897年6月，参与创办的有董祖寿、连文激、章太炎、宋恕、陈虬等。章太炎在《兴浙会序》中指出，浙江为中国东南地区最具优良传统的省份，在浙江历史上曾出现过五位值得浙人自豪的民族英雄，即参与推翻蒙元民族统治“论功最高”的刘基，抗击蒙古贵族入侵而令“北虏震燥”的于谦，“学与政兼之”的大学者王阳明，“比迹其子，以阐大同”、“圣智摩虑”之黄宗羲和坚贞不屈、“功败身歼”而“后世尤悲其志”的抗清名将张煌言。这五位民族英雄为浙人树立了好榜样，他们之所以成立兴浙会，也就是要继承浙人的优良传统，振兴浙江，进而振兴中国、振兴亚洲。
从兴浙会宣言看，这一团体显然具有政治目的，而这一政治目的并不仅仅是为了改革政治，好像潜伏着一种对体制对满清的不满。这种看法是否就是反清诉求，似乎还可商量，但这个学会绝不是一个单纯的学术团体似乎是真的。因为从它所表彰的五位民族英雄事迹看，至少兴浙会的参与者已渐渐对满洲人和它的政府失去了信赖和信心。
根据兴浙会章程约定，该会以研讨刘、于、王、黄、张五公的学问为职志，但也不排斥与会者博览群书，更不鼓励与会者墨守成规，独守五公之学，而是鼓励学者各从性情所近，研讨中国历史文化尤其是历代典章制度，大抵以《周礼》、两戴记为最要，由训诂通大义，足以致用。史以三史、《隋书》、《新唐书》为最要。子以管、墨为最要，另外再加上荀子。至于经世之学，兴浙会章程主张“法后王”，以为虽当代掌故，稍远者亦刍狗。格致诸艺，专门名家；声光电化，为用无限。而学者或苦于研精罩思，用心过躁，卒无所成。大抵精敏者宜学格致，驱迈者宜学政法。官制、兵学、公法、商务，三年有成，无待悴掌。且急则治标，斯为当务。若自揣资性与艺学相远，当亟以政法学为趋向。将向西方学习视为当时中国最急迫的任务。
在研讨内容上，兴浙会格外强调舆地学的重要性，认为应该借鉴西方近代以来的地理学方法重新绘制中国地图，尤其是对浙江的地理环境更应该有新的认识，方舆之学，中外共之。近如《地理全志》等书，胪列颇详，而陋塞险要所在，卒不可知。坤舆方图之属，徒著其形，未明其说，则阅者亦摘填索涂尔。至中国舆图，殊鲜善本，强调兴浙会应该致力于浙江地理方舆之学的研究。
兴浙会之外，章太炎还和朋友一起创办了一份《实学报》旬刊，担任该刊总撰述。在章太炎撰写的《实学报叙》中，严厉批评那些不忍攻苦、又不敢自认浅陋的所谓“高才之士”，以为他们往往道听途说，撼拾一二皮毛，就牵强附会，到处炫耀，其实只是皮毛，只是浮光掠影，中国最需要的不是这种浮夸而是踏实的知识。这是章太炎在《实学报》时期的基本信念。
《实学报》之外，章太炎还参与创办译书公会和《译书公会报》，这也是章太炎在那时迅速成名的一个途径。
译书公会的创办宗旨是为了翻译介绍近代东西方新知识，使中国人得窥近代东西方各国走向富强的缘由和途径，所以这份杂志不仅关注东西各国政治、学校、法律等事务，而且更重视天文、舆地、矿务、农学、军事等科学技术知识的介绍。章太炎《译书公会序》中期望译书公会和《译书公会报》能使中国人接受新知识的进度大幅提升，积少成多，积沙成塔，为中国富强与进步贡献心智。