章太炎走出诂经精舍就一直在上海、杭州报界活动，他虽然没有像康有为、梁启超那样进人政治中心，但他也算是维新时代的弄潮儿之一。他当时的政治诉求，其实与所有力主维新的人一样，就是希望朝廷能够借甲午战争失败后的政治悲情，振作起来，变法维新。他之所以接受谭献、孙诒让等前辈的劝说，不再从学术上搞垮康有为，也是因为他接受了维新为重，学术为轻，只要朝廷能够在政治上有所作为，康有为、梁启超正在那里发挥作用，那么学术上的纷争就算不上什么。
在政治理念上，章太炎在维新时代与康有为、梁启超确实没有什么本质区别，也就是富国强兵，变法维新那一套。而且，我们还可注意的一个事实是，章太炎走出诂经精舍后，其实一直处在迷离茫然中，他虽然被《时务报》、《经世报》、《实学报》、《译书公会报》相继聘请为主笔、撰稿人，其实请的越多，越说明他没有着落，没有自己的根基。于是章太炎和传统士大夫一样，虽然没有功名，没有硬碰硬的学历和学位，但他有着真学问真本事，于是他于1898年2月给李鸿章写了一份热情洋溢的信，一方面替李鸿章支招，另一方面希望李鸿章慧眼识英雄，能够给他在体制内找个事情做做，给他提供一个稳定的体面的职业。这大约才是章太炎上书李鸿章的真正目的。
我们这样猜测章太炎，并没有丝毫贬低他人格的意思。章太炎这时也到了而立之年，拖家带口，他确实需要一份稳定且体面的职业，这是任何一个读书人都无法抗拒的实际需要。所以，章太炎这份上书，表面上是要替李鸿章支招，实际上就是一份自荐信，开篇就用非常谦恭的言辞，非常低调地介绍白己，说我章炳麟，只不过浙江的一个乡下人，未尝有机会接受良好教育，不过自幼年时代，也曾发奋读书，对于传统经典通知其义。但对于科举正途，则因为各种原因没有参加。年17岁，浏览周秦两汉典籍，于深山乔木间，冥志罩思，然后学有途径，一以荀子、司马迁、刘歆为权度和标准，以为他们三人的学术为中国政治思想的源泉。此外，章太炎表示他还格外推崇盖宽饶、诸葛亮、羊叔子及黄宗羲等四人，以为他们四个人事业虽然不同，名声亦异，然其主要在于知君民之分际，与亲仁善邻之所以长久，而不肯以残夷割剥陵轿元元者，皆因为他们有着自己的政治理想和追求。章太炎这样说的意思，是要向李鸿章表明我章炳麟并不是单纯的文弱书生，我对治国理念还是有相当研究的，他当然由此希望李鸿章能够有所重视，给予安置。
空话不足以说服李鸿章，章太炎于是谈及具体事务。他说，李中堂固然有周公、召公之才，斡运大夏，夷艰济变，我章炳麟对于现在的国际大势和我清国所处地位及说应采纳的方略也有自己的考虑，他希望李鸿章能对这些看法予以重视。
章太炎的重要看法就是他一年前所说的“亚洲宜为唇齿”，中国不必继续敌视日本，而应该化敌为友，中日结盟。他说，自古强国处理外交，一般采取远交近攻的谋略，但弱国相反，一般都是注意睦邻友好。现在的日本，并非真的视中国为仇敌，有着多少深仇大恨，要说与中国有着深仇大恨的，莫过于英、法两国，想当年给我清国那么多那么大的难堪，现在不是也成了我清国的友邦了吗？外交上没有永远的敌人，何况近邻日本呢？
根据章太炎大亚洲的理想，中日两国同处于亚洲，为同种，中日两国面对的同一问题是欧洲的东来，是欧洲人对亚洲的觊觎与蚕食。就地理环境而言，日本也处于非常重要的区位，北接俄罗斯，东交美利坚，日本的存在与发展，也必然要与他国结盟，日本内部虽然有一些人对中国有看法，有敌视，但同样也存在了庞大的亲中力量，希望以同文同种同州的区位优势，中日联盟，共抗欧洲。
中日结盟是两国面对西方压力的一种回应，但怎样才能使日本接受这种结盟安排呢？章太炎在这份上书中提出一个匪夷所思的大胆想法：欲与日本联盟合纵，则莫若与之地而用其材，使日本借手而乐于亲我清国，这样日本必然乐于与我结盟。
将台湾割让给日本已经引起国内极度混乱和民众不满，这一点即便是两耳不闻窗外事的章太炎也不能不知道，但他认为，中国要想与日本搞好关系，要与日本结盟，就必须作出一点必要的牺牲。他在这里没有提台湾问题，但他提了一个马关议和的遗留问题——威海的处置。
威海是北洋海军的重要根据地，也是北洋舰队在甲午海战中对日最后一战。经过一段时间的攻防，北洋海军终于不敌日军，威海沦陷。马关议和时曾谈到日军从威海撤退的问题，但日本政府以催促清政府按期赔偿为理由，继续武装占领威海。至德国人武力攫取胶州湾、俄国人趁机占领旅顺和大连，威海还在日本人的手里。
日本占据威海当然是非法的，日本将威海如期归还给中国，也是合理合法的。但是章太炎此时不这样认为。他以为当胶州湾、大连湾和旅顺等被德国、俄国强占后，威海其实不过是一块腐肉、一根朽骨，真的归还给中国也没有什么用。进而，与其使俄国人、德国人得之，不如让日本人得之；与其使日本人费了好大劲得之，不如清廷主动迎而与之。章太炎的理由是，一块腐肉、一根朽骨而足以让日本感到中国的好处，我们为什么不这样做呢？在过去好多年，将澳门割给葡萄牙，将巨文岛割让给英国，这都是承平时代发生的常事，没有什么了不起。当时是，中国的经济实力还在，军事实力不弱，割之无害，不割无所损，而犹毅然奉图籍而送给人家，何况现在已经被日本人占据的地方呢？且以俄国、德国犄角之地，得日本介立其间，这其势足以稍相钳制，任何一方只要做得过分，都会被另外两方所制衡。所以说，将威海顺势交给日本人，在章太炎看来是一举而两善的事情，有利无弊。
至于章太炎在这份上书中所说用日本人才的真实含义，章太炎说得非常直白，就是使用日本人替代欧美人。他的理由是，日本人能有今天，其实也是取材于欧美，既而技艺已成，这罢遣西人，而专任国人。今我清国于税务专用英国人，于制造局船厂、水师武备诸学堂杂用英、德、法人，至于一些特别重大的T.程还有另外的安排。章太炎认为，使用欧美人才，成本高，而人才的品质在西国不过中等，如果能够使用日本人，而授之官秩，可能比用西方人更合算、更可靠。日本人过去到中国来工作，其价格往往只是西人的三分之一，所以聘用一个西人，就足以聘请三个日本人。中日两国为近邻，其材之优劣，也很容易辨别，所以使用日本人较使用欧美人更合算、更有效，也更有助于中日结盟。
章太炎或许是希望以这样的建议打动李鸿章，使李鸿章能够重视他和关怀他，给他个机会或职业，所以章太炎随信还寄了一篇文章《迁都驳议》，大约如题就是反对迁都而已。这篇文章现在见不到了，无法评论，但可想而知的是，章太炎用这样的观点去游说李鸿章，可谓南辕北辙对牛弹琴。李鸿章是何等人物，李鸿章在甲午战争后对日本恨得咬牙切齿，正因为他不愿与日本人和好，才由他主导与俄国人结盟。章太炎的建议与李鸿章的主张刚好相反，李鸿章后来或许会对没有理睬、章太炎这样的志士仁人感到后悔，但章太炎此时拿出的政治方案实在不能使李鸿章信服。
上李鸿章书没有得到任何有用的结果，但章太炎并不因此而气馁，而是再接再厉，他在当年3月28日也就是上李鸿章书不到两个月，跑到武昌求见张之洞。
说章太炎求见张之洞可能有损章氏清誉。按照章太炎后来在自定年谱中的说法，是因为张之洞对康有为的今文经学家言非常恼火，委托专人请章太炎前来武昌撰写批康文章的，并被安排住在铁政局官方招待所，好酒好菜热情招待。
张之洞最初也曾欣赏康有为，支持他办强学会，但康有为不遵守双方的约定，而是大谈孔子改制、新学伪经，这就使张之洞非常恼火，下令停办强学会。到了1898年，康有为不知通过什么关系又获得了朝廷赏识，成为朝廷中炙手可热的人物。然而，京城也有消息传来，说康有为在那里不守规矩，严重破坏了宫场潜规则，也遭到了一些官僚的反对和排斥。张之洞是否因此加大反对康有为的力度不得而知，但他确实在这个时候准备写作一本专著批评康有为的异端邪说，准备创办一家新刊物从正面张扬变法理论，这个刊物定名为《正学报》。请章太炎前来，除了撰文批评康有为，大约也希望章太炎出面主持这份新办的刊物。
办报纸杂志对于章太炎来说是家常便饭，于是他欣然接受张之洞的邀请，很快起草了《正学报缘起》和《正学报例言》。
根据《正学报缘起》，我们知道章太炎此时对中国问题的看法与清政府的看法大致相同。认为在甲午战争后中国逐渐走上了维新道路，然而德国人突然发难，攫取胶州湾，并进而引发俄国人对旅顺、金州的觊觎与占领，英国人在长江流域，法国人在广州湾，相继提出类似要求。中国一时间又陷人新的混乱，各种各样的主张莫衷一是，那么中国究竟应该采取什么样的方略，这就是《正学报》要回答的问题。
在谈到《正学报》为什么要在武昌创办时，章太炎强调，武昌为天下之中枢，其地为中国之中心，四通八达，声闻四达，所以在这里讨论中国前途，希望就其疆域求所以正心术、止流说，使人人知古今演变之大势之道理，得以浸润历代圣贤之教诲，消解愚昧，抛弃无知。这就是章太炎期待的《正学报》的职责，也就是上说下教，上说帝王、统治者，下教百姓，启发民智。至于在政治路线上，章太炎其实是想走不偏不倚的中庸路线。《正学报》的基本宗旨，一是使孤陋寡闻者不会因囿于见闻而顽固地阻挠新政；二是使那些颖异之士也不至于因其思想激进主张而走上邪路。从这里，我们似乎能够感受到章太炎与张之洞的思想有着相当契合。
章太炎与张之洞在政治上和学术上有相当多的契合点应该是事实，他们有着共同的敌人是今文经学大师康有为，有着共同的理想是国家改革社会进步，有着共同的不偏不倚的中庸路线，然而他们不仅没有继续合作，反而反目成仇，不共戴天。这究竟是为什么？
对于这层原因，我们过去都是听章太炎事后一家言，以为是他对张之洞《劝学篇》的批评使双方交恶。章太炎说，他在很早的时候就持《左氏春秋》及《周宫》义，与言今文经学的人不相会。清湖广总督南皮张之洞亦不喜《公羊春秋》家。这是他们在学术上的契合点。有人将章太炎的情况及学术倾向告诉了张之洞，张之洞遂嘱章太炎撰文批驳《公羊春秋》家。这就是章太炎前往武昌的原因。到了武昌，张之洞方草《劝学篇》。大约出于礼貌和尊重，张之洞曾将此书送给章太炎批评，章太炎见上篇所说多效忠清室语，因答曰下篇更为翔实，以此回避了对上篇的评论。张之洞有幕僚梁鼎芬，自居学术领袖，但在章太炎看来是狗屁不通。章太炎的根据是听说梁鼎芬与人争文王受命称王义，至相篷击，章太炎对梁鼎芬的说法不认同，以为梁鼎芬根本不懂经古文经学的区别，不识古今异法。梁鼎芬当然也不是章太炎所说的那样不堪，然而他们两人由此结下梁子，大约也是事实。又一日，友朋相聚，梁鼎芬在谈话中又涉及《左氏春秋》与《公羊春秋》异同，这是章太炎过去多年研究领域，他对梁鼎芬的说法当然不愿认同，大约很傲慢地说了这样一通话，表示内中国，外夷狄，《春秋》三家都是一样的。至于弑君称君为君无道，三家的看法亦没有什么根本区别。这当然使梁鼎芬有点儿下不了台。又一日，章太炎与梁鼎芬等人言及光复，终于惹恼了梁鼎芬。两人大约由此正面冲突。未几日，章太炎主动辞去了在武昌的聘任，乘舟东下。这是章太炎多年之后的一个解释。
根据章太炎后来在《艾如张董逃歌序》中回忆，他对张之洞《劝学篇》的意见似乎也不是那么简单那么直白，他当面或许没有对《劝学篇》提出多少批评意见，或许确实有意识回避了点评内篇的尴尬，但章太炎是一个藏不住话的人，他所认识到的问题，一定会找机会说出来。于是他在从张之洞处退出后告诉那些幕僚们，历史发展的规律就是这样，生于哪个洲的人就一定倾向于哪个洲，生于哪个国家的人也一定倾向于哪个国家，人之性然也。惟我赤县神州，五千年来沐浴历朝历代往圣先贤的膏泽，久已形成自己的国民性格，至少有这样三点是必须坚守的：上思利民，忠也；朋友善道，忠也；憔悴事君，忠也。现在南皮张大人《劝学篇》舍弃上思利民和朋友善道两个忠字，只要一个忠君，这显然是有问题的。况且，满洲人说到底只不过是乌桓遗裔，**吾族几三百年，茹毛饮血，视民如野鸡如兔子。现在即便九世之仇不能报，那也不能强制要求人们再去愚昧地忠君。或许是几杯老酒下肚，章太炎真的敢这样胡说八道，听者闻言不是一般的大怒震惊，因为这可是犯上作乱，是掉脑袋的事。大约正是这种背后的瞎说，使张之洞的幕僚们觉得章太炎与他们可能并不是一路人，如果让章太炎继续留在这里，迟早都会给他们的主子，甚至给他们自己惹来不必要的麻烦。
很显然，章太炎的解释夸大了他的反清意识，是他用后来的认识去重构先前的思想。说章太炎此时不可能产生如此鲜明的反清意识，有三个理由：一是他在《正学报缘起》和《正学报例言》中依然表现出一种改良主义的渐进思想，并没有对清廷表示多少不满。二是他千里迢迢前往武昌投奔张之洞，不管这个事实是谁主动，但这个事情本身说明章太炎不可能具有明确的反满思想，因为张之洞无论思想如何开明，他可是朝廷命官，一方大员。三是章太炎返回上海后也没有立即投身革命和反满，而是应汪康年的邀请，加人了新创办的《昌言报》任主笔。而《昌言报》的背后老板就是张之洞，甚至刊物命名也出自张之洞。这个《昌言报》本身更是一个拥护朝廷、支持改革的主流刊物，根本不存在什么异端倾向。
章太炎与张之洞闹掰肯定不是章太炎所说的那些内容，因为他那时还是一心想往体制内走，所以也就不可能公开表示反政府反体制。不过，章太炎是一个随性的人，也是一个没有城府的人，说话随便，不分场合，而且学问好，几乎没有谁的学问能被他看上。他确实看到了张之洞《劝学篇》中的问题，也确实不满梁鼎芬对经古文经学的解释，他可能也议论过朝廷大事，而这些都是官场忌讳，他的这种随便随性如何能使严谨的张之洞放心呢，张之洞的幕僚们即便不计较章太炎对梁鼎芬学问的批评，为主子政治前途和自身前途考虑，也不会让章太炎留在武昌，更不要说留在张之洞身边了。这才是章太炎兴致勃勃前往武昌，而后扫兴返回上海的真实原因。