章太炎是1897年初抵达上海参加《时务报》撰述的，不过在他致信汪康年时，就随信附寄了一篇文章《论亚洲宜为唇齿》，这是目前所见章太炎最早的论政文字，发表在《时务报》当年2月出版的第十八册。
《论亚洲宜为唇齿》在写作方法上可以概见章太炎后来数十年的一贯风格，那就是标新立异，决不说别人常说的话，没有新话就不说。这篇文章的主旨是批判甲午战后国内思想界、政治界一个最主流的看法，即联俄制日。
日本甲午战争逼迫清政府割让了台湾和辽东半岛，后在俄、德、法三国干涉下，清政府又多出一笔巨额费用赎同了白己的辽东，但台湾却是永久割让了，此外，还有一笔中国人无法承受之重的战争赔款，还要允许日本臣民自由到中国内地办工厂，享受进出口的优惠。
甲午战争彻底改变了中国人对日本的看法，使中国人觉得这个日本真是忘恩负义的政治小人，千年的老师你都敢这样欺负，你不就是向西方人学了一点坚船利炮了吗？你不就是仿照夷人改制了吗？有什么了不起？所以中国人在甲午战争后的反应就是君子报仇十年不晚，卧薪尝胆，变法图强。
日本人转身向西，学习西方，立志要在远东建立一个西方意义上的近代国家，中国要想在未来十年与日本争高下，决雌雄，也真的不是那么容易。所以，以李鸿章为代表的一大批中国人在战后主张与俄国人结盟，利用俄国人力量去制衡日本，维护远东均势，于是有了1896年的中俄密约。
联俄制日是一种外交策略，是传统中国以夷治夷外交路线的现代运用。对于这个差不多举国认同的外交路线，章太炎持有异议。他认为，这个方针无疑是错误的，他根据自己的历史知识以为中国的真正威胁并不是日本，而是俄国。中国的正确选择应该是向日本学习，尽管这是一个那样不给中国面子的敌国。中国不仅要学习日本变法图强，而且要准备着与日本在政治上、军事上结盟。未来世界的大冲突，在一定的时间里大约就是发达的欧洲向亚洲寻找市场、资源和殖民地，所以亚洲各国宜为唇齿，唇亡齿寒，要结成亚洲人的大联盟，一致对外，联手制衡俄国等欧洲国家对亚洲的蚕食。
章太炎在这篇文章中明确指出，朝廷现在无深长之虑，只想到在甲午战争中的一箭之仇，而密约俄罗斯以为奥援，让俄国人在胶州驻军，在吉林筑路，其结果必将是齐鲁与东三省为异域，俄国人迟早必将把这些土地改变颜色，变成俄国人领土或殖民地。因此，章太炎提醒朝廷，在政治上、外交上没有永远的敌人，只有永远的利益。口本虽然在战争中，在议和谈判中欺负中国，但是中国如果虔诚地向日本学习，也一定能够获得日本人的好感，重建中日友好，开启亚洲历史的新纪元。我们在后面还会看到，章太炎“亚洲宜为唇齿”说是后来流行一时的大亚洲主义滥觞，在中国思想界拥有相当市场。
就政治理念而言，在沾经精舍一心只读圣贤书的章太炎似乎并不清楚窗外事，他对大亚洲主义的呼唤，其实是在替朝廷出主意想办法，并不像他后来说标榜的那样，很早就有了排满的民族主义情绪。甚至可以这样说，章太炎走出诂经精舍的第一步，与孙中山卖掉药房和诊所，投奔李鸿章有异曲同工之妙，都是爱国家更爱朝廷的生动体现，只是他们后来都成为大革命家，用后来的心情回顾历史，不愿忘记这些情节而已。
走出诂经精舍的章太炎爱国家更爱朝廷，所以他到了时务报馆，当他从梁启超那里得知有一个叫孙文的广东人两年前就蓄志倾覆满洲政府时，章太炎并没有立即认同孙文的主张，投身革命。他虽然在后来多次强调自己的民族主义排满思想至此明晰，这其实是用后来的思想解释当时的情形。证据很简单，就是章太炎此后很长时间发表的言论，在很大程度上都是为朝廷出主意想办法，并非立意推翻清政府。而且，章太炎只能拥有这样的政治理念，才会与《时务报》负责人汪康年、黄遵宪、梁启超的思想一致，《时务报》也才能接受这个撰述人。
基于这样的思想基础，章太炎在稍后发表的《论学会有大益于黄人亟宜保护》一文中，对国内政治发展提出许多自己的看法。简单地说，就是建议清政府利用战后有利时机，激活读书人对国家、对政治的热情，重建传统中国讲学风气，组织起来，弘扬传统儒家六艺之学四术之教，缩短中国与世界的差距。政府无论如何不要像传统政治那样反对读书人结社讲学，治以党锢，株连钩考，这样做的结果并不能阻止读书人追求进步，反而将他们推向了反对阵营。政府的正确选择应该是因势利导，提供方便，宜有以纠之、合之、礼之、养之、宣之、布之，使比于宾萌，上说下教，以昌吾学，以强吾类；读书人的正确选择应该是不畏强暴，顶住压力，合耦同志，以建学会，朝夕讲贯，虽摩顶放踵说不敢辞。果真如此，上下一心，举国一致，中国的面貌必将大为改观，中国必将进入一个新时代。这篇文章的主旨，最简单地说也就是章太炎的一句话，“以革政挽革命”，用清廷的主动变革去阻止孙文或其他什么人的革命活动。这大约也就是章太炎后来自嘲的“与尊清者游”。
1897年早春，应该说章太炎与尊清者粱启超、汪康年等人有着良好的互动，有着相同或比较接近的政治理念，但正如我们已经知道的那样，章太炎是一个有着良好学术训练的人，他的知识、他的习惯使他不能轻易认同别人的看法，尤其是在他擅长的中国学术领域。在政治领域，章太炎此时还提不出更多的新见解，但在学术上，他毕竟有先前十几年的积淀，所以当康门弟子竭力鼓吹康有为为南海圣人、为教主、为教皇、为中国新希望的时候，章太炎内心深处的无名火实在按捺不住了。
而且，从康有为方面说，康有为确实在那时刻意营造圣人的形象，以为更名为长素，就能像孔子那样为素王；以为赐名弟子为“超回”，为“轶赐”，那些弟子就真的能像颜回、子贡拱卫孔子那样拱卫康有为。对孔子、儒学史谙熟于心的章太炎对于康门这些做派大约真的忍无可忍了。再加上他那时热恋杯中物，几杯老酒下肚，更不知深浅，肆意批评康有为为教匪，什么十年必有符命，必成大业云云，不过是痴人说梦，胡说八道。
真圣人是不怕别人辩论和批评的，假圣人当然就不一样了。章太炎虽然曾与康有为、梁启超等人同路，认同变法、认同维新，但章太炎公开的非议，背后的攻击，似乎也很快激怒了康门弟子。利益使然，他们对章太炎的狂妄非常愤怒，以为如果镇不住章太炎，必然会损及康门利益，于是一场冲突不可避免。
1897年4月14日，康门弟子纠集在一起来到《时务报》馆找章太炎寻衅闹事，在一片混乱的争吵中发生严重的肢体冲突，康门弟子梁作霖等先动手殴打章太炎和他的追随者麦仲华，而脾气本来就横的章太炎当然不会示弱，擒贼先擒王，顺势给了梁启超一个大巴掌。
有伤斯文的肢体冲突发生后，章太炎的酒也醒了，想想也是，康有为和他的门人尽管吹得有点过了，但那毕竟只是人家自己的事，你这样不分深浅地在人前人后胡说八道，不也是故意找难堪吗？事后的章太炎对打架骂人禀受道歉，似乎也不认为自己有什么不对，但是很显然，在梁启超主笔的《时务报》里肯定没有办法待下去了，无论他的亲戚汪康年怎样劝说，章太炎就是一根筋，一句话：兄弟不愿在这里伺候了。4月28日，章太炎离开了《时务报》，离开了上海，回到自己的地盘杭州去了。加盟《时务报》的时间，前后不过三个月，文章也就发表了两篇，不过经验却是增加不少，人脉关系也有不同寻常的收获。