玄奘带着一大批佛典,心中有着无尽的使命感和来自时间的压力。西行印度时,玄奘选择的路线蜿蜒曲折,因为他到处巡礼游览。而回国的路线则简单得多,除了不得不转弯的地方外,大部分都是直线前行的。在今印度、巴基斯坦和阿富汗境内的路程,玄奘选择的都是以前走过的并且最快捷的路线。但到了阿富汗与中亚的交界地带,玄奘则转越葱岭,开始一段从未走过的路线,也就是沿古时通西域的南道,向河西走廊行进。

行到毗罗那拏国时,住在那里的原那烂陀寺的同学师子光和师子月都跑来迎接,在二人的盛情邀请下,玄奘在那里开了两门课,讲授了两个月才离开。玄奘来到了阇烂达罗国,那里的乌地多王曾答应帮忙运送佛像、经典。玄奘把要托运的东西进行了一番整理,率领一行人进入了今巴基斯坦东北境。沿途有很多盗匪出没,玄奘来时就曾在这一带遭过洗劫。这一次玄奘想出了一个法子,他派人在队伍前,先告诉土匪他们所运的只是一些佛典之类不值钱的东西,请他们放行。果然玄奘一路上再没受到什么损害。后来迦湿弥罗王得到消息,特派专使来请玄奘旧地重游,玄奘婉言拒绝,称大象行动不便而继续上路。后来在一次渡河的时候,玄奘自己骑象,那些佛经和佛像都通过船来运送,一些人负责在船上照料,不料到了河心的时候,突然刮起一阵大风,船身左摇右晃,夹经本和花种都从船上掉了下来,无从救及。后来一行人来到了乌铎迦汉荼城,来迎接玄奘的迦毕试王告诉玄奘,自古以来,凡载运奇花果种的船渡河时都会遇到这种情况。玄奘只好派人到附近的乌仗那国将遗失的佛典重新抄写,因而又耽搁了五十多天。随后他们又来到了迦毕试国境内,国王派了一百多人协助玄奘越过兴都库什山。他们用了七天的时间才登上最高的那座山,那里终年积雪,寒风凛冽,人几乎无法站立,就连鸟的飞行都变得很艰难,只能挑选风小的地方活动。人无法骑马,只能相互搀扶着前行。

越过兴都库什山,往北进入活国。那位当年娶父王之妃的国王仍然在位。经过数国后,玄奘从一个年轻商人那里听到一个消息,高昌王已经去世了,玄奘就改变了原定的返回路线,改道而行。

原来高昌王送走玄奘后,仍与唐朝亲善,唐太宗特地赐他李姓,以示恩宠。高昌所在的吐鲁番盆地,原为西域各国进入中国的必经之路。后来不知出于什么缘故,高昌王经常扣留路过的各国贡使,还勾结西突厥企图攻打伊吾,大唐派使者训斥之后才放弃。后来高昌又与西突厥合攻其西的焉耆,焉耆国王忙向大唐请求支援,唐太宗就派遣大将侯君集、薛万彻率兵攻伐高昌。第二年,也就是曲女城大会的前一年,唐朝大军压境,高昌王忧虑而死。他的儿子和高昌的臣子全被押到了长安,高昌最终变成了大唐的西州,大唐在那里设置了统管西域的安西都护府。

玄奘一方面为高昌王的死感到悲哀,但另一方面,他也可以在大唐的盛世国力的威慑下,以天可汗的臣民身份,自由选择归国的路线,而不用担心太多的政治阻碍了。玄奘于贞观十七年(公元643年)出发向东边的帕米尔高原前进,途径几个国家,玄奘又进入了一片山区,来到了帕米尔高原上最大的帕米尔河边,玄奘说它“寒风凄劲,春夏飞雪,昼夜飘风……遂致空荒,绝无人止”。

经过几个山区国家,玄奘预备去一趟疏勒。不料途中碰到一批山贼,在混乱之中,那头负责载运经典、佛像的大象落水而死。他只好派人前往疏勒等地访抄经本。有一个叫利涉的西域僧人在去唐朝游学的途中与归国的玄奘相遇,就拜玄奘为师,成为玄奘的高足之一。马上就要回国了,玄奘心吵开始为当初偷渡出境之事感到担忧,另外,运送经书的大象死了,他也需要政府的帮助。于是,玄奘最终决定先上表皇帝,向太宗解释当年犯禁的苦衷,及出关后一路西行的感慨,还写道:“为所将大象溺死,经本众多,未得鞍乘,以是少(稍)停,不获奔驰早谒轩陛(无法早日见到皇上),无任延仰之至。”玄奘将信托由高昌人马玄智送往长安,自己则留在阗开讲经论,等待回音。七八个月之后,马玄智从京城带来了太宗的敕书,上面写道:“闻师访道殊域,今得归还,欢喜无量,可即速来与朕相见。”太宗还通令于阗以东各国沿路护送,敦煌的地方官前去迎接。玄奘大喜,一颗忐忑的心犹如拨云见日,豁然开朗,迫不及待地整装上路,就连寻觅佛典的人尚未归返也顾不得了。

玄奘从于阗王城东行三百余里至古战场,再东行三十余里至媲摩城。往东便进入流沙之地。大流沙中根本没有路迹可循,只有一些遗骨散乱地分布着,四顾茫茫,难分东西,定力不足很可能就会精神错乱。玄奘一行人终于来到古月氏地,最后行至鄯善。贞观十八年(公元644年)年底,玄奘辗转到达唐境,敦煌官员准备了人力鞍承,恭迎玄奘。来到沙州,他再度上表给太宗,当时太宗在东都洛阳,准备亲率大军远往高丽。

玄奘得知太宗即将亲征高丽,便快马加鞭地赶路,怕晚了就不知道何时能谒见圣上。一直赶到长安西南三十里处的一个通往京城的运河码头,看到正好有船待发,玄奘一行将所有行李搬上船,向京城急驶。

贞观十九年(公元645年)的正月,玄奘终于回到了长安。筹划接待的官员根本没想到他会这么快到达,准备工作还没完成,玄奘法师西天取经归来的消息早已经在长安城街上四处流传了。当玄奘一行到达时,整个码头人山人海,善男信女们争向船上的玄奘敬礼,挤得玄奘压根儿没法下船,索性当晚就在船上过夜。