玄奘巡礼完遗迹后复归那烂陀寺，听戒贤大师讲《瑜伽师地论》。虽然那烂陀寺每天开的讲座有一百多，但众人一听说这位一百多岁的当代大师，护法大师的传人，要开讲这门庞大而精深的大论典课程，都感到兴奋不已，佛教人士奔走相告，开讲当天人头攒动，盛况空前。
开讲第一天还发生了一段小插曲。当戒贤在静穆的气氛中上台坐定，刚刚把题目讲出时，一位婆罗门突然放声大哭，然后又是笑又是哭，形似疯癫。戒贤忙派人问他是怎么回事，他告诉在场的人自己来自东印度，有一次在观世音菩萨前许愿，希望将来能做国王。没想到菩萨告诉他，某年某月的某一天，那烂陀寺的戒贤法师，将会为一位从支那来的高僧开讲《瑜伽师地论》，听了之后就能悟佛法而见到佛陀，能有这样的好运，又何必想当什么国王呢？那位婆罗门激动地说：“现在那位支那高僧来了，大师您就为他开讲《瑜伽师地论》，菩萨所说的话竟然完全成为现实了，我就情不自禁地想要哭了。”
戒贤听后并没有表示什么，认真地讲解了《瑜伽师地论》，整个课程为期十五个月，课程结束后，戒贤特地派人带这位婆罗门去见戒日王，戒日王觉得这是个很奇特的人，便赐给他三邑的封地。
日子不知不觉地过了五年，玄奘在这种稳定的环境中学习，日子过得十分充实。这五年是他学经的**期，为他日后回国从事译经事业打下了坚实的基础。
佛教将一切学问归纳为内学与外学两大类。佛教本身的学说叫“内学”，佛教以外的所有学说被统称为“外学”，这是一个很简单的分类法。但古印度还有一种各派学者通用的学科分类法，叫做“五明”，简单来说，就是五种学问或知识，包括：一是声明，就是文法学或文字、训诂学。二是工巧明，指美术、工艺、阴阳历算等技术。三是医方明，即医学药学。四因明，指论理学或逻辑学。五是内明，即各派本身的哲学或宗教学，如佛教以三藏十二部教为内明，而《吠陀》就相当于婆罗门教的内明。内明以外的四明就是各学派的共同科目。
玄奘天生好学，加之那烂陀丰富的学习资源及优越的学习环境，很多人都推测玄奘对于五明之学应该都有所涉及，但毫无疑问的是，除了内学，玄奘最用功的学科就是因明和声明学。玄奘几乎把这两门学问当成是治学的基本工具。
玄奘对中国佛教的贡献，和他在印度时对声明学的研究是分不开的。玄奘回国后的十九年里专注于译经的工作，翻译的经典合计七十五部，共一千三百三十五卷，平均一年译出七十卷，这样的速度和工作量在整个译经史上都是空前绝后的。他所翻译的佛典，大、小乘均有，如果不是精通梵文和其他印度语言，是肯定没办法完成这些工作的。玄奘不但译得多，而且译得好，很多作品被誉为是最有价值的译经作品。
声明学主要是指印度语文和文法之学，玄奘主要研究的是梵文，是讲述印度古梵文最早的书，相传是大梵天王所著，是印度古今文字的本源。经过了多年的发展，南北方各自有了自己的文字。北方流行的大多是方形文字，南方流行的大多是圆形文字。这本梵文中叙述的文法，包含词类变化、语尾变化等很多内容，是玄奘学习梵文的主要教材。声明学对于翻译经典有很大的作用，从玄奘所译佛典的种类之多上就可看出，他在声明学上是下过苦工的。《大唐西域记》中对于印度语的描述是“因地随人，微有改变，语其大较，未异本源”，在这里玄奘主要想要表达的意思是那里的方言繁杂，尽管如此，玄奘对于这些复杂的语言也有了系统的认识，这是相当不容易的。据说在那烂陀寺，戒贤大师共为他讲解过两遍声明。
除了声明学，玄奘也显示出了在因明学上的不凡造诣。声明是对语文工具的研究，而因明则是关于思想方法的研究，也可说是运用语文的方法。因明学与唯识学同为佛教学理上最烦琐、最难研究的学问。不过，因明属各派共有的学科，是各派学科思想理论的基础和与敌派论辩时求胜的工具。
佛教真正普遍地运用因明学，是唯识学开始发展以后的事。此一名称最先在佛教论典中出现，是在《瑜伽师地论》中，作为中国唯识宗之祖的玄奘，对因明学不是一般的重视。自从因明在佛教中被广泛运用后，这门原本属于佛教之外学的学科，变成了佛教内学的重要内容，提出的理论都遵循因明学的原则。对因明学贡献最大的就是世亲菩萨的弟子，南印度人陈那大师。
陈那大师有一些关于因明的著作，其中以《因明正理门论》《集量论》最为著名，戒贤大师为玄奘讲了两遍他的经典。后来玄奘回国后，把《因明正理门论》及陈那弟子天主所著的《因明入正理论》都翻译成了中文以供世人参考。