除了声明、因明以外，玄奘还学习了许多其他的知识，把其他学派的内明也变为自己的外学，如婆罗门的《吠陀》中的古哲学，以及当时流行于印度的各派哲学等。不过真正使玄奘被称为大师的，还是其在佛教本身的内明方面的造诣。玄奘颇具一代宗师的气概，因为他是当时少有的大、小乘兼修的人，我们先了解一下什么是大乘和小乘。
就字义而言，“乘”就是四匹马拉的车，在这里它的意义是指运载众生，使各人到各人应该在的果地，果地就是修道以后所到达的境地。“大乘”就是指大车子，“小乘”就是小车子的意思。最初的佛教是小乘教，大乘佛教是后来逐渐发展而成的。就其宗旨而言，小乘教主要在于求个人获得涅槃，从人生的痛苦中解脱，所以说它是一部小车子；而大乘教则更为包容，由小我而趋于大我，求全人类（甚至所有生物）的涅槃。他们甚至自愿不入涅槃境界，跳入轮回当中，以便在人世间普度众生。
以上是就它们所追求的理想而言，然而要是从形式和某部分宗教的内涵而论，大乘教却不符合当初佛陀的革命精神。最初的佛教徒，尊佛陀为伟大的教师而不是神明。他们采用新兴的方言作为传教的语言，而不用被视为神语的梵文。佛教教义是简单的教义，是为超脱原婆罗门教烦琐的神权思想及制度而产生的无神主义，它的教义大体不出四谛、八正道的范围。但是后来佛教逐渐受到婆罗门教的影响，出现了大乘佛教，因为这是一个自然演变的过程，所以也很难确定大乘佛教出现在什么时候。至于演变的原因，可能是为了传教方便，为了与婆罗门教竞争，也可能是本身的理论发生了变化。胡适曾经说过：“大乘只是一部更大的车子。佛教传播既远，异义增加了，原来的小车子装不下了，不能不别寻一部更大的垃圾马车……印度教化的倾向，把原来佛教革命的精神完全毁灭了，咒术等一律回来，遂成一部无所不容的垃圾马车。”不过这种变化的结果，就是让佛教更适合于上流社会的印度人，以及印度以外的各民族，最终得以广泛的传播。
从另一个角度看，“乘”是由文法学家以古老的雅利安语为基础发明的梵文形式。佛教运动方言巴利文在北印度兴起处于同时期，所以最早的佛教的“乘”是以古老的巴利文形式表现的，也就是后来所称的“小乘”。后来佛教逐渐被婆罗门化，最终放弃了巴利文，恢复到了古梵文而成为“大乘”，这个语文的变化很自然地又使婆罗门原有的思想、烦琐的仪式等“垃圾”重新复苏。
很难确定发生这种转化的时间，但其第一个**，有一种说法是发生在贵霜王朝的迦腻色迦王在位期间，因为迦腻色迦王在二世纪初在克什米尔组织了第四次结集，那次宗教大会共集合了近五百名佛教学者，他们聚在一起编纂佛典，重加注释，也就是在那时，他们宣布了佛陀具有神性，身边围绕着一群天神和圣者。他们采用了瑜伽思想，最后颁行了一套梵文佛典。据说组织这次大会的目的就是要利用婆罗门的有神论以及修行方法，使佛陀的教义能够更容易被大众接受，更能适于他统治下的西域各民族。
所有有人说玄奘主修大乘，就相当于开了倒车，其实不然。这只是就其形式和某部分宗教内涵而言的。从某种程度上来说，大乘教使佛陀神化及随之而来的种种宗教仪典，这些以宗教立场而言，不但不是开倒车，而且还是一种修正。
掀掉宗教的外衣，再看大、小乘的内容之间的不同之处，会发现大乘的哲学境界还是比较高的。有一本佛学教本这样说：“佛法无所谓小乘大乘，因为这不过就是时间的先后问题而已。佛门行者，在初期都是小乘，到了后期就都是大乘了。”又有人说：“小乘圣者的一根毫毛，吾人都搬不动，终日妄念纷纭，贪痴充满，还敢大言不惭地自称大乘，对于小乘教理鄙夷不屑，岂不可怜可笑!”对于大乘和小乘有过详细论述的胡适说过：“其实这七项（大乘教的特色)在小乘经典里都已有了种子，无一不是逐渐从小乘演变出来的。……大乘遂成一部无所不容的垃圾马车……但大乘教自有它的伟大精神……它那些伟大的经典，思想与文学都远胜于初期佛教，所以才能在佛教史上开创一个新时代。”
总而言之，大乘是原始小乘披上宗教外衣，加载仪式的大车子，同时也使原始的小乘胸襟再扩大，哲学境界也随之提升。
大乘佛教和小乘佛教都有自己的圣典。玄奘游学期间，学过的小乘佛教的经典包括《婆娑》《六足》《俱舍》《顺正理论》等，大乘论典有《瑜伽》《显扬论》《中论》《百论》等。其中戒贤大师为他讲解三遍的经典有《瑜伽师地论》《中论》《百论》，讲解一遍的有《显扬论》和《顺正理论》。其他戒贤没有讲过的，有些是玄奘早已学过，有些则是在别的地方学的。至此，玄奘已经算是内外学兼修、大小乘皆通的大师了。所以有人说玄奘的学说不是大乘，也不是小乘，而是中乘。关于“中乘”的说法源于二世纪的龙猛，其立论重点在“空”与“不空”之间，既不承认万象皆实，也不认为万象皆虚。玄奘所创的法相宗，算是中乘的一个流派。而梁任公把玄奘所创的法相宗归类在小乘教与大乘教之间的“权大乘教”，认为它是偏向于大乘佛教的，所以也有人把它列于大乘教一派。
大乘佛教是玄奘皈依的宗教，是让玄奘不由自主地在菩提树下痛哭的信仰。大乘教在印度的影响最终超过了小乘教，它虽然曾使佛教在印度风光过一阵，但佛教衰微的主要原因，还是由于它接受了太多婆罗门的东西，使佛教和婆罗门教之间的差别越来越小，在这种情形之下，不用佛教中“无常”的道理来解释，单由事实也可以预知佛教在印度沦于灭亡的最终结果。在佛教和婆罗门教之间的差别很小的情况下，自然是根基较深的那一个更容易吸引大众；加上婆罗门教又有稳定和充足的经济来源，在政治上也不乏有力的支持，所以最终能够战胜佛教。婆罗门教可以说是个相对宽容的宗教，从来没有采取过激烈的手段去打压和消灭佛教，却以“兄弟的拥抱”而同化进而毁灭了佛教。这一点恐怕当年的玄奘并没有想明白。当他看到观世音菩萨像半身入土的景象，想起了佛教灭亡的预言之后，反而产生了更强烈的使命感，想要通过传播佛典、翻译佛典，用梁任公的话说，就是将印度佛学“千余年之心传，尽归于中国”，也算是他为了挽救佛教的颓势而尽的最大努力了。