戊戌变法失败之后，不久又发生了义和团运动。义和团运动是太平天国革命失败后规模最大的一次农民革命运动，它主要的锋芒是反对帝国主义、特别是那些披着宗教外衣的侵略者。中国人民并不是一般地反对宗教，他们所反对的只是那帮假借上帝的名义来为非作歹的人。十九世纪各资本一帝国主义侵略中国的时候，常常以传教士作为它们的先锋，以教堂作为它们的据点。随着帝国主义在中国的得势，许多不法的外国教士更是凶焰万丈，许多中国教徒也都仗势欺人，教堂的权势俨然凌驾于中国官府之上。一般群众与教徒发生争执，打官司没有不输的。外国教士可以自由出入官府，无耻的清朝官吏一见他们就卑躬屈节，视同上司。教堂本身往往也就是大地主和大债主，它对农民进行的地租和高利贷剥削，其苛重程度更甚于中国的封建地主。由于这种种原因，中国人民（尤其是农民）对外国教会侵略势力恨入骨髓。因此，中国人民的反帝斗争就常常以反教斗争的形式表现出来。从六十年代起，全国各地不断发生的所谓“教案”，其实都是广大人民反对外国教会侵略势力的斗争。这种斗争自1870年在天津遭到残酷镇压以后，曾一度稍为低落，但到九十年代，又复高涨起来。特别是甲午战争以后，日益加深的民族危机，更刺激了这种反帝斗争的发展。
四川人民反对帝国主义教会侵略势力的斗争，是有着长期的历史的。1863年，重庆人民首先掀起了反教斗争（即所谓第一次“重庆教案”）。1868年，酉阳人民在反对教会侵略势力的斗争中，伤亡达千人以上，可见其规模之浩大（这就是轰动一时的所谓“酉阳教案”）。其后斗争仍时起时伏。至1890年以后，便爆发了著名的余栋臣起义。余栋臣是四川大足县的一个贫苦农民，年青时气力过人，好打不平，人称“余蛮子”。在1890年8月的一次灵官会上，因教堂无理捕人，引起了群众的公愤，他便率众起事。后来他虽曾被官兵捉住，但起义群众却把他从荣昌县的监狱中救了出来，并趁势抓了一个法国教士。从此起义更形扩大，不但屡次打败了清朝军队的围攻，而且一再击破了敌人诱降的诡计。起义军到处受到人民的欢迎，川东南数十县乃至湖北边境都曾受到它的影响。但是，由于没有正确思想的指导，起义领袖——那些从前的哥老会头目逐渐趋于腐化。不用说地主出身的人现出了原形，就是贫农出身的余栋臣，后来也蜕化变质。这样，他们就脱离了广大的农民和手工业者，失去了依靠的力量。因此，至1899年初，起义终于被清朝的反动军队所击败，余栋臣亦被生擒。
和四川一样，湖北、湖南、广东、广西、山东、江苏等省人民的反帝斗争，在甲午战争以后，也日趋高涨。义和团运动正是在全国人民反帝斗争的基础上爆发起来的。义和团原名义和拳，是—种民间的秘密结社，具有浓厚的神教迷信色彩。因为当时德国对山东的侵略格外凶残，而且1898年至1900年山东又连续遭到水旱灾荒，所以义和团运动首先在山东爆发。那时它的领袖叫朱红灯，它的宗旨是“反清复明”和“仇洋灭教”。山东巡抚毓贤，本是一个屠杀人民的刽子手，他当曹州知府的时候，曾经在一年中屠杀了两千多名大刀会众。但结果他不仅没有把大刀会杀绝，反而差一点被大刀会杀死。义和团初起的时候，他坚决镇压；镇压不成，便转而利用，后来清朝统治者终于把义和拳改为义和团，作为官办的团练，又把义和拳“反清灭洋”的宗旨改为“扶清灭洋”，想借排外以转移人民革命斗争的目标。当时中国人的排外思想是相当普遍的，人们只知道外国人可恶，也分不清到底谁可恶、谁不可恶，以为排走了外国人，中国就安静了。西太后是这种见识，她手下的许多官员是这种见识，老百姓也是这种见识，只是西太后和她的官员们不敢出头，想让赤手空拳的老百姓去出头罢了。所以义和团能够被利用，并不是难于理解的。毓贤利用义和团的作法引起了帝国主义的不满。帝国主义强迫清朝政府把他撤职。清朝政府顺从了帝国主义的意旨，把他调往山西，改任袁世凱为山东巡抚。义和团在山东虽因袁世凯的残酷镇压而遭到挫折，领袖朱红灯也被杀死！但到1900年，它却由山东向河北发展，并且很快便发展到天津、保定、乃至北京附近。义和团在反动统治的中心京、津、保地区，到处袭击教士，焚烧教堂，吓得清朝政府和帝国主义都束手无策。在这种情况下，阴险的清朝统治者西太后，便一面听从毓贤等的计谋，向各国“宣战”，让手执戈矛的义和团去抵挡帝国主义的枪炮；另一面又暗中向帝国主义疏通，说“宣战”完全出于“匪徒”的逼迫，请求它们谅解。于是，帝国主义便组织了“八国联军”，以“保护使馆”和代清朝政府“剿匪”为名，对义和团直接进行镇压。帝国主义的进攻，遭到义和团的坚决抵抗。无论在天津、在杨村、在廊坊、在张家口，侵略军都曾受到严重的打击。八个帝国主义集合了四万人以上的现代化军队，费了几个月的时间，也不过才攻占了东至山海关、西至张家口和南至正定的几条交通线。它们慑于义和团的声势，虽然杀到了山西边境，却始终不敢进入太行山。但是，无耻的清朝统治者西太后，当帝国主义打到北京的时候，即仓皇地逃往西安，并派大汉奸李鸿章为全权代表，向帝国主义屈膝求和。这样，帝国主义和中国一切封建势力集团又重新结合起来了。在它们的联合进攻下，义和团终于遭到失败。李鸿章是一个彻头彻尾的洋奴买办，他本来就不赞成西太后、毓贤等利用义和团来反对他的外国主子。当义和团运动在北方盛极一时的时候，刘坤一、张之洞、李鸿章、袁世凯等重要督抚，却与帝国主义勾结，拒不执行清朝政府对外“宣战”的命令，而在东南各省和山东实行“中立”以“自保”。帝国主义组织八国联军侵入中国，本想实现它们瓜分中国的阴谋，义和团的坚决抵抗，使它们看到由帝国主义来直接统治中国，绝不可能，因而认为“瓜分一事，实为下策”，“治中国须以华人，无他术也”。同时帝国主义之间也充满了矛盾，它们为抢夺中国的权益，在占领北京的一年多时间内，有好几次都几乎火并起来。最后它们得到了共同的结论：还是让中国在形式上保持独立，让清朝政府来替它们继续统治中国。就是这样，李鸿章等才得以和帝国主义举行谈判，并于1901（辛丑）年9月签订了卖国的《辛丑条约》、这一条约，极为苛刻，它规定清朝政府要严惩那些敢于公然“排外”的官员；要严禁人民的“排外”活动，并让帝国主义军队驻守北京、天津、山海关之间的重要城镇；此外还要以四亿五千万两银子的巨款来赔偿它们的所谓“损失”，并以关税、盐税等作抵押。
“八国联军”的侵入北京和《辛丑条约》的签订，使一切具有爱国心的中国人，都感到非常耻辱和痛心。在蒋观云主办的《选报》上曾经登了一首诗，其中有这样沉痛的两句：“伤心又是榆关路，处处风翻五色旗（指帝国主义的旗帜）”，我读了极为悲愤。义和团运动在我的家乡也有影响，那时我家乡一带的红灯教也活跃起来了。我有一个侄子也曾经参加。他每天和他的同伴们练刀练枪，说什么“红绫一闪，闪动天兵，神仙就要下凡了”。我当时已经受到“新学”的影响，多少有一点科学知识，因此对他们那种封建迷信的说法感到可笑；但是，对他们打教堂、反洋人的革命精神，却又异常钦佩。正是由于这种矛盾的思想，再加上我当时还处于四民之首的“士”的地位，所以，我对他们的运动采取了旁观的“中立”态度。我当时看到了义和团运动的落后方面，但却不了解产生它的原因和克服它的办法；更不了解义和团运动的形式虽然落后，而在这种广大农民群众的正义斗争里面，却蕴藏着极其深厚的革命力量。要完全明白这些道理，必须要有马克思主义。在当时的条件下，对义和团运动的深刻意义，我自然是无法理解的。不过，无论是余栋臣起义也好，或者是义和团运动也好，它对我以后的革命活动，都曾经发生过有益的影响。在辛亥革命前夕，我积极地参加联络会党、组织共进会的工作多在第一次大革命和第二次国内革命战争时期，我比较注意农民土地问题的研究；都是和这种影响分不开的。长期的革命斗争经验使我逐渐地懂得：一个革命者对于广大人民群众的革命运动（哪怕它表现得极其幼稚乃至相当落后），必须象毛泽东同志所教导的那样，既不应加以阻挠；也不可站在旁边指手划脚地加以指责；只有抱着满腔的热忱，积极地投身到群众斗争的洪流中去，勇敢地用正确的思想引导群众前进，才能使革命斗争得到胜，利。只有这样，才是唯一正确的态度。