1917年7月，伍廷芳和海军部长程璧光率领海军南下，孙中山先生也到了广州，主张“护法”在广州组织军政府，非常国会选孙中山为大元帅，联合广东、广西、云南、贵州、四川、湖南等省，对抗北洋军阀段祺瑞政府。1917年年底熊克武驱逐了刘存厚，统一了四川，要我代表四川省参加军政府。我于1918年2月到广州见了中山先生，随即又回北京把所负华法教育会的工作进行了交代，6月才去广州任职。原来军政府初成立，在很大程度上要依靠桂系和滇系军阀的力量，我们当时以为滇桂军阀与北洋军阀有矛盾，可以利用他们来为革命服务，而且他们实力较小，不象北洋军阀那样跋扈难制，有可能团结他们，使他们服从中山先生的领导。不久就证明：这种想法是十分错误的。军政府成立后，野心勃勃的桂系军阀陆荣廷、莫荣新暗中一直在和北洋军阀勾结，并且跟我们大闹幕后磨擦。军政府成立不到一年，中山先生终于被排挤，1918年5月由广州回到上海。他在辞职通电中痛斥桂系军阀说：“南与北一丘之貉。”中山先生这时真是伤心愤恨到极点了。
当1918年6月我再到广州的时候，孙中山先生已经到上海去了。7月间军政府改为七总裁制，中山先生也被列为七总裁之一，我当时曾到上诲劝中山先生就职，他未同意，我又劝他可派代表去应付，他答应了。我们当时仍想团结各方面的力量来抵制桂系，以图补救大局于万一。我们所能团结的力量有南下的国会议员和海军，有各省军的代表，有中山先生的嫡系部队——陈炯明所统率的粵军，还有广东的一些地方派人物。桂系特别把陈炯明部视作眼中钉，千方百计想消灭它，陈炯明部被迫退驻在福建的漳州，不能回粵，情形很危险。这时军政府内部展开了激烈的斗争，我们揭露桂系和北洋军阀勾结的事实，反对桂系排挤粤军，极力保全陈炯明部。在会议上，我常常和站在桂系方面的政学系政客争吵起来。桂系军阀恨我入骨，要求四川省被换我的代表职务，到了1919年他们策划达成南北和议时，我就不再当代表了。
参加“护法”，使我十分深刻地体会到中山先生所说的“南与北一丘之貉”的名言。而且就是我们当时苦心孤诣所要保全的陈炯明又何尝不是与南北军阀同属“一丘之貉”呢？不久以后，陈炯明利用国民党和中山先生的威信，驱逐桂系，重返广州，并且随后又背叛了中山先生。这个叛徒要知道当时中山先生如何苦心扶植他，我们又如何极力保护他，他真应该惭愧而死。在当时，军队是统治者私人的财产和工具，军队的活动完全听命于他们的统帅，不知道有国家民族，我们也没有可能去根本改造旧军队，使它成为革命的工具，而只是看到个人的作用，力图争取有实力的统帅。从辛亥革命起，我们为了推翻清朝而迁就袁世凯，后来为了反对北洋军阀而利用西南军阀，再后来为了抵制西南军阀而培植陈炯明，最后陈炯明又叛变了。这样看来，从前的一套革命老办法非改变不可，我们要从头做起。但是我们应该依靠什么力量呢？究竟怎样才能挽救国家的危亡呢？这是藏在我们心中的迫切问题，这些问题时刻搅扰着我，使我十分烦闷和苦恼。