军机处是清朝政治架构中一个非常重要的机构，或称军机房，或称总理处，其实都是一个意思，就是清廷政治的中枢，是最高指挥机关。军机处成立于雍正年间，最初的功能是协助皇上处理政务，办理紧急军务，所以名称军机处。
随着军机处的设立，先前的议政王大臣会议慢慢就成了摆设。再过半个世纪，这个可有可无的议政王大臣会议自动废止。从此，内阁变成只是办理例行公文的机构，一切机密大政均归军机处办理。军机处总揽军政大权，成为最高权力机关，军机大臣无日不被召见，无日不承命办事，成为皇帝个人的御用班子，甚至只是皇帝的私人秘书班子。这与清廷先前来自各个山头的议政王大臣会议有着根本区别，所以历史书上说这是清代君主专制主义的加强。
政治改革争论的焦点
在君主专制体制下，特别是在君主比较强势比较明白事理的条件下，军机处拥有比较大的行政处分权并不一定是坏事，这或许有助于效率提升。“军机”两个字本身就带有非常态的意思，就不是一种和平时代的常态。按照常态内阁体制，公文旅行当然更加规范，有条不紊，按部就班，下级官员有事上报，必须按照职权逐级上报；皇上有什么指示，也要按照既定发文程序层层转发层层加批。公文旅行当然需要一定的时间，当然在效率上会受损，但科层化的体制和公文旅行用今天的话说，体现了程序的正义与正当，自然是常态社会的最佳选择。
军机处非常态的中枢设置无视科层体制的合理性和程序的合法与正当，军机处所要的就是效率。这在一个非常态的时期比如战争都可以理解，但是作为一个大帝国长时期的治理手段，可能就有问题了。所以近代意义上的政治改革几乎每一次都触及军机处问题，而且每一次都关涉军机处的存与废，最典型的就是1898年，正方与反方，其实都在争夺军机处存废的话语权。康有为等政治新秀提出的制度局、新政局等，其本质当时就被眼光老辣的恭亲王一语道破：这个广东后生的目的其实就是要废我军机，夺我大清。
1898年政治改革很快烟消云散。然而终归形势比人强，中国在经过庚子国变、辛丑新政及1904年日俄战争刺激后，政治改革再起。朝廷在各方面压力尤其是出洋考察宪政五大臣影响下，终于明白大清的未来无须他求，要在进行政治改革，走上君主立宪的路，用镇国公载泽的话说：君主立宪有利于皇权永固，有利于外患渐轻，有利于内乱消弭。
五大臣出洋考察促成了朝野内外举国共识的重新建构，这个共识就是君主立宪。而君主立宪的本质就中央政府层面说就是分权，就是重新建构一个君主领导下的三权分立体制，由此军机处行政处分权一权独大的问题再次提出，军机处存废再次成为此次政治改革争论的焦点。
根据内外臣工的讨论和建议，朝廷于1906年9月1日宣布预备立宪正式开始。第二天，由镇国公、世续、那桐、荣庆、袁世凯等王公大臣组织的编纂官制馆宣布成立，其功能就是规划立宪体制下中央及地方官制。经过一段时间调研和讨论，编纂官制大臣由镇国公领衔上了一个厘定官制宗旨折，对君主立宪体制下的官制设置提出了一个大致框架。大臣们认为，根据东西洋立宪各国通例，都是将中央权力机构一分为三，立法、行政、司法三权各不相侵，互相维持，三权分立而君主大权统之。这是最理想的政治架构。只是我们现在还没有办法立即召集正式国会，因此此次改革的第一阶段，应该先从行政、司法两个方面厘定。由此，下一步改革重点自然涉及军机处存废；假如不废，也有个军机处权限问题。
军机处存废之争
9月30日，编纂官制馆例会。在这次会上，铁良与袁世凯就军机处问题发生了剧烈冲突，双方的看法大致代表了当时最典型的两个主张。袁世凯认为，按照君主立宪原则，军机处应该撤销，代之以责任内阁。这是大改的主张。铁良等人主张小改，反对建立责任内阁，主张在官制改革中销减各省督抚的权力，集权于中央，主张设立陆军部统辖全国军队，限制官吏兼职。
同一天（9月30日），御史刘汝骥野上一个奏折，反对实行君主立宪，以为如此改革是“有君主无责任”；反对袁世凯等人设立责任内阁的主张，以为如此必然是内阁把持朝局，紊乱朝纲，将召内乱。10月8日，御史赵炳麟也上了一个奏折，反对裁撤军机处设立责任内阁，以为朝廷将一切大权皆授予二三大臣之手，内而各部，外而诸省，皆二三大臣之党羽布置要区，行之日久，内外皆知有二三大臣，不知有天子。又一天（9日），内阁学士文海向朝廷上了一个折子，指责预备立宪有六大错，最大错就是准备裁撤军机处设立责任内阁。他认为，这个创议是袁世凯的一个阴谋，因此他郑重建议朝廷立即裁撤官制馆，赶走袁世凯。同一天，御史张瑞荫也有一个建议，以为军机处关系至大，尽善尽美，废之恐君权下移。10月11日，御史石长信上奏以为设内阁总理大臣迹近专擅，不利于皇权。又一天（10月12日），吏部主事胡思敬上奏以为君主立宪并不是什么新鲜玩意，只是窃取外国政治体制的皮毛，除了变更体制，惑乱人心，并不能有效解决我朝问题。至于让内阁总理大臣一统朝政，那么不论用亲藩，用满汉大臣，其结果都是恣睢自擅，窃弄权柄，启奸人窥伺之渐，于皇权不利。这些言官闲散轮番上奏，制造舆论，其目的当然都是朝廷暂缓废除军机处。
这些言官提出了一些问题，但是从大势上说，显然不合乎朝廷的期待。11月2日，庆亲王领衔进呈新官制计划书，就中央官制改革提出了一个新方案。这个方案的要点就是筹设真正意义上的责任内阁，在适当时机裁撤原来的行政中枢军机处及那个只是办事机构的内阁。当然，庆亲王等人在这个建议中表示，真正意义上的责任内阁并不是从原点起步，他的主要架构和职能其实就是原来的内阁和军机处。新的真正意义的责任内阁设政务大臣十四人，辅弼君上，代负责任。总理大臣一人，秉承圣谟，翊赞机务，平章内外政事。凡用人行政一切重要事宜，均由内阁总理大臣承旨施行。除立法、司法各官外，所有行政各官，内阁总理大臣均有表率之责，并有督饬纠查之权。这个新方案还是坚守了袁世凯先前的主张，还是一个大改革的办法。
新方案当然是对的，但是这些日子言官闲散，还有那些满洲贵族的反对意见也不能不考虑，慈禧皇太后和光绪帝承认这个新方案是对的，是可行的，但是他们还是在11月6日发布了一个“五不议”的懿旨，将军机处、内务府、八旗、翰林院、太监等五个大家争议最多的机构存废问题暂且搁置，期待以此减弱政治改革的压力和阻力。
关于军机处不议，懿旨给出的理由是，军机处为行政总汇，雍正年间本由内阁分设，取其近接内廷，每日入值承旨，办事效率高保密效果好，所以相承至今，尚无流弊，自然无须在这次官制改革中裁撤。内阁、军机处，一切规制，照旧实行。
“五不议”换来政治改革空间
军机处不议，乃至“五不议”的说法，在过去一百年一直没有多高评价，研究者批评者一致认为这个“五不议”就是清廷政治改革的底线，是保守的象征，也意味着清廷的虚伪。其实，各位批评者没有持续关注“五不议”的后续发展，慈禧皇太后和光绪帝其实是在用“五不议”换取政治改革的空间和可行性，绕开了反对派的阵地，迂回曲折地实现了既定目标。
按照“五不议”原则，军机处的存废不再讨论，但清廷却在随后的中央官制改革中继续为责任内阁预留了位置和空间。根据朝廷的宣布，军机处、内阁就这样继续存在，但中央官制却进行大幅度调整，其各部尚书均兼任参预政务大臣，轮班值日，听候召对。外务部、吏部按照过去的设置继续存在；巡警为民政一个方面，改归民政部；户部改为度支部，财政处并入；礼部照旧，将太常、光禄、鸿胪三寺并入；学部仍旧；兵部改为陆军部，练兵处、太仆寺并入；将来再设海军部及军谘府，未设立之前，功能归陆军部；刑部改为法部，专任司法；大理寺改为大理院，专掌审判；工部并入商部，改为农工商部；轮船、铁路、电线、邮政均设专司，合组邮传部；理藩院改为理藩部。如此，中央各部院的改革、创制不仅实现了1898年以来改革先进的理想，将中央层面按照三权分立的原则进行重构，这就为后来的政治发展预留了极大空间和机会。
还有一个最值得注意的变革是，先前一直争执的满汉冲突尤其是中央政府层面的“满汉双轨制”在“五不议”背景下，竟然轻而易举地化解掉了：按照新官制，各部院正职只设一人，副职二人，不分满汉，种族或其他特殊的身份背景不再成为朝廷用人标准，一切均在宪政体制下进行考量。从这个意义上说，“五不议”的意义就是将这五个争执最大的问题暂且搁置，不挑逗不争论，集中精力改革那些应该改革也能够改革的问题。
“五不议”最大限度地搁置了那些极富争议的政治议题，“军机处不议”最大限度地容忍了中央权力架构按照君宪体制下的三权分立重新建构，至《钦定宪法大纲》颁布，政治改革路线图非常清晰，中央政府层面先设置一个准议会的资政院，然后筹备组建一个责任内阁，待责任内阁正式设立，就标志着国家进入了君主立宪的新时代，而这个新时代就不再有军机处等非常机构的任何地位，军机处的消失一下子变得那么顺理成章，水到渠成。
1911年5月8日，清廷公布《内阁官制》和《内阁办事章程》两个文件。根据这些文件，责任内阁就是国家的行政中心，在皇帝领导下，对议院负责，享有处置全国行政事务的大权，这对于重建中央政府层面的三权分立，当然是一个比较重要的尝试，也意味着中国就此将要进入一个新时代。如果仅从政治变革意义上说，我们不能不承认“五不议”，特别是“军机处不议”是政治变革中的大智慧。
至于责任内阁不经意变成了皇族内阁，并将这个王朝拖入深渊，那是另外一个问题，并不表示责任内阁不该建立，军机处不该废除。
在谈到晚清立宪运动时，摄政王载沣是无论如何也绕不开的人物。他在两宫相继去世后全权负责清廷日常事务，他的看法与做法直接影响了宪政的方向与步骤。