直奉战争结束后，吴佩孚完全控制了北京政府的权力。大约为了南北统一，他决定恢复民国法统，寻求政治统治的正当性和合法性，于是北京政府现任总统徐世昌成了多余，而一直躲在租界的黎元洪却收到一个额外的红包，被吴佩孚恢复了大总统的位置。北方政局发生了天翻地覆的变化。
黎元洪一直是章太炎心目中最理想的民国领导人，章太炎一直为黎元洪被段祺瑞不明不白弄下台鸣不平，然而现在吴佩孚让黎元洪复职了，但章太炎却公开反对，认为这中间蕴涵着巨大的阴谋。
对于北方政府的这一系列动作，章太炎相当警觉。他认为，吴佩孚和北京政府的这些动作并不是恢复法统那样简单。吴佩孚之所以要废黜徐世昌，是因为徐世昌根本不被南方政府所接受，只要徐世昌在，则南方讨伐无已时，北伐、南征，就是一个没完没了的事情。南方多年来所谓护法，其实就是维护民国法统，更具体地说，就是维护黎元洪合法的总统地位。问题的关键就在废黜徐世昌，请回黎元洪。根据章太炎的说法，吴佩孚将这个意思告诉了长江上游将军孙传芳，孙传芳遂于5月15日联合一些将领发出通电，呼吁恢复法统，促进统一，请黎元洪复位，石集“六年旧国会”。孙传芳的呼吁获得了北方将领广泛响应，曹锟、吴佩孚等以尊重民意、谋筑国本为名，于5月19日通电征求对于恢复民国六年旧国会，或召集新国会，或国民会议，或联省自治会议的意见。
曹锟、吴佩孚的通电获得了熊希龄、汪大燮、孙宝琦、王宠惠、梁启超以及蔡元培等政客、名流的广泛响应，以为解决纠纷，当先谋统一，谋统一当以恢复民国六年旧国会，完成宪法为最敏速、最便利的方法。在宪法未成之前，应由南北各省选派代表于适中地点组织会议，协谋解决。独章太炎，对曹锟、吴佩孚的这个通电并不认同，他在复电中以为，今者所患，不在不统一，而在不均平，势不相衡则人思争命，促成分裂，其势必然。前者西南唐继尧、陆荣廷等自称联帅，邻省已不相容。今北方巡阅使与联帅何异，还不都是一个性质？奉系张作霖已去，你们北京政府不反其所谓，依然废除巡阅使，以兵权还付各省，以自治还付省民。存此障碍，而欲借法律以求统一，人谁与之？章太炎毫不客气地指出，恢复旧国会，是谓舞文；召集国民会议，是谓惑众；拥护黎元洪复位，是谓囚尧。如果你们还要讲法律、讲体制，而皆为曹锟、吴佩孚这样的巡阅使作承宜官、代言人，其心已路人皆知，其人岂折简可致。终归一句话，章太炎要求曹锟、吴佩孚先废巡阅使，则这目前种种说词，都是救国良方；假如不废巡阅使，则这种种说辞、建议，皆为统一之害。
章太炎的这个建议太犀利、太直接了，因为当时担当巡阅使的人都是实权铁腕人物。所谓的北京政权，其实并不在徐世昌或国务院手里，而是掌握在这些巡阅使手中，此时最具权势的有两湖兼领直鲁豫巡阅使吴佩孚、直鲁豫巡阅使曹锟、东三省巡阅使张作霖、热察绥巡阅使王怀庆等。
对于孙传芳5月28日请南北两总统孙中山、徐世昌同时引退，以恢复法统，统一南北的通电，章太炎也给予严厉批评，认为是先有北京政府非法僭称，后南方为了应敌而创建政府，所以，北方伪政府如果能够倒戈，那么南方政府当然也就不会继续存在了。只是孙传芳以恢复法统为号召，实际上是在维护、巩固北洋正统，是以北洋正统作为民国正统。中华民国的法统当然应该恢复，只是决不是如孙传芳和吴佩孚所说的那样，孙、吴现在准备在叛逆势力范围之内召开旧国会，那么在这个国会中即便有什么议案，亦与刑讯逼供没有什么区别，并不表明民国法统的恢复。
章太炎的反对，当然无法阻止北京政府的政治发展进程。6月1日，旧国会议员吴景濂、王家襄等100多人在天津开会，宣布即日起恢复行使职权，取消南北两政府，驱逐徐世昌，劝退孙中山，另行组建合法政府。
吴景濂等人的做法不是一个简单的议会举动，其背后的支持力量是曹锟、吴佩孚等握有兵权的人。也算是北洋出身的徐世昌心知肚明，只是手中没有可打的牌，也只好乖乖服从。6月2日下午三时许，徐世具辞职出京，将总统职务交给国务院摄行。总理周自齐立即发出通电，将总统职权奉还国会，表示自己只是暂时以国民资格维持一切，听候接收。同一天，吴佩孚及曹锟领衔十省区通电请黎元洪复职，并由国会议员吴景濂、王家襄等当面敦请。
在获悉北方这些消息后，章太炎急电黎元洪于天津，认为徐世昌虽然下台了，阁下终于有机会复职了，这当然是一件令人高兴的事，也是盼望已久的事。只是这个事情可能还不能那么乐观，北方政府中的将帅过于骄横，阁下的手腕是很难控制他们的。阁下先前就吃过段祺瑞的大亏，这一点务必应该牢记，不要重犯同样错误。章太炎郑重建议黎元洪，假如一定要恢复职务的话，无论如何都不要在北京复职，应该选择南京或者武昌作为新政府的地址，以免重蹈覆辙，重入牢笼。
对于章太炎的建议，黎元洪或许是发自内心能够认同，但他毕竟只是一个任人宰割的弱势总统，人家让你复职就不错了，你还真的提出什么条件，那显然是不可能的。黎元洪只是礼仪性地以废督裁兵作为复职条件，至于复职地点之类的事情，他连提也没敢提，当然，也许他个人并不这样认为。
对于黎元洪的复职条件，曹锟、吴佩孚、齐燮元、冯玉祥等人迅即回应，发布通电以废督裁兵为首倡，目标就是请黎元洪早日复职。有了这个面子，黎元洪只好于6月11日由津入京，暂行大总统职权，重建政府，恢复民国法统。
黎元洪入都就职的消息传来后，章太炎大为震惊。只是他此次震惊不再为黎元洪，而是想到了南方的孙中山，认为孙中山必将遇到大麻烦。
当徐世昌还在台上时，南方孙中山与陈炯明之间的矛盾已经相当尖锐，张继曾为此事向章太炎征询化解良方。章太炎告诉张继说，陈炯明心胸比较小，对孙中山不明不白罢斥其职务一定怀恨在心，一定会报仇。只是陈炯明一时还找不到时机，另外就是还有北方政府予以牵制。徐世昌在，陈炯明就不愿背负驱逐主子的恶名；徐世昌退，陈炯明一定会无所顾忌，孙中山势必处于危机中。
陈炯明（1878—1933）
章太炎的分析自然有道理，所以当他获悉徐世昌退隐的消息后，立即预感孙中山所处境况不妙，他旋即亟电孙中山，劝告孙中山辞去那个意义原本就不大的所谓非常大总统。
与此同时，章太炎和张继联名对北方发布宣言，警告北方不要欺人太甚，南北要和解、要统一，北方必须拿出切实的让步。认为在过去的半个多月里，北方自谓法统恢复，护法的目的已经达到，西南自应服从。这当然只是表面上的言辞，并非真实情形。西南自民国九年以来，实行护法，逮九年湖南克复，主张联省宪法，以后所做的事情，当然不再是护法一端。现在北方军阀政府以护法为挟制西南自谋权利之地，西南为自卫计，决不服从，如北方早自觉悟，宜限半月以内，先将岳州、江西让出；一月以内，再将湖北让出，认湖北为南北缓冲之地，除湖北省民自练军队外，南北各省，不得驻兵。如此切实办到以后，磋商联邦宪法，裁兵废督，自有余地。若执迷不悟，借法律为刍狗，为蚕食之阴谋，西南宁以六省人民殉之，长江各省亦宁以各省人民殉之，不驱逐北洋驻防军不止，断不苟且顺从，草间苟活。
黎元洪进京复职后，几次电召章太炎前来相助。而章太炎太清楚黎元洪的真实处境了，知道黎元洪既不可能长久执政，更不能有所作为，因而婉言谢绝。不过，章太炎依然将黎元洪视为政治上的知己，将黎元洪看成中国政治的未来和希望，所以当蒋智由对黎元洪的合法性提出质疑后，章太炎不顾两人革命时期结下的友谊，勃然大怒。
蒋智由认为，北方政局变化很搞笑，以为当了几年总统的徐世昌竟然是非法产生，殊不知这是以非法之人筑非法之人，其为非法同一。逐其前非法之人，又迎其后非法之人，均不外非法行为。蒋智由强调，现在南北两政府既然同尊法统，那么就应该回到正轨，一当根由正法，诸非法擅国者，悉以伪科，与盗贼同论。很显然，蒋智由并不认同黎元洪复职的合法性和正当性。这当然使章太炎恼羞成怒，暴跳如雷。
章太炎在6月14日的通函中，警告老朋友蒋智由不要刻意为徐世昌辩护，更不能任意污蔑黎元洪，口作大言，变乱黑白。黎元洪复职并不是他个人自愿的，而是受人强制。吴佩孚兵强气骄，威能震主。所以对于黎元洪此次出山，民党故旧颇有异同，并不一致认同、一致肯定，所以他无论如何不能认同蒋智由虽与吴佩孚立异，但刻意为徐世昌辩护的观点。
对于章太炎的批评，蒋智由当然不能接受。他在稍后的答书中表示，不赞成徐世昌者，国人之同心；不赞成黎元洪者，国人之公论。我蒋智由对于徐世昌、黎元洪两人，同所排斥，电文可检；一则曰徐世昌固为伪，再则曰徐世昌退位固当，三则曰徐世昌退位，万众欣心。我蒋智由哪儿说过祖护徐世昌的话呢？至于刻意祖护黎元洪，我蒋智由当然亦不敢欺其心。是非衡平，皎如白日。必谓今不承认黎元洪的人就是徐世昌的党羽，这肯定是诬我四万万人之公论。欲以“党徐”二字禁止四万万人不敢出反对黎元洪之言，是重钳我四万万人之口，是不是也太霸道了一点？
蒋智由说得应该很清楚了，反对黎元洪并没有什么不可以，黎元洪的地位来路不明，也是大家心知肚明的事，你章炳麟哪儿来的霸道，就这样祖护黎元洪呢？
聪明的章太炎其实很清楚黎元洪即便当了民国大总统，也不可能有所作为，所以他既不愿意接受黎元洪的邀请，北上充当王者师，也没有对黎元洪给予更高的期待。他在写给黎元洪的信中，只是希望黎元洪大度包容西南各省的联省自治，去来任其自便，此固“我公”黎大总统所能为，而亦人情所至愿。大抵西南各省，视湖南为转移，四川尤以湖南密迩，感情最睦，湖南的赵恒惕与四川的熊克武，一是你黎元洪所救济之人，一是你黎元洪所礼聘之士。所以，章太炎建议黎元洪在主持北京政府时，无论如何都应该放湖南、四川一马，让他们在联省自治方面走得再远些，或许能够为中国的政治发展寻找到一条新路。
对南方被陈炯明赶走的孙中山，章太炎也抱有相当同情。他虽然抱怨孙中山没有听从他的劝告，主动去名号，慢了半拍，让陈炯明抢了先，受了辱。他认为时局还不会就此平静，肯定还有纠纷，所以他邀请孙中山惠然来沪，思考下一步行动。
至于背叛孙中山的陈炯明，章太炎也没有忘记教训他一顿。他在写给陈炯明的信中，明白指责陈炯明的报复心太重。不过现在既然陈炯明大权在握，南方尤其是西南各省的前途也确实会受到影响。章太炎希望陈炯明认清形势，践行自己先前地方自治的承诺，对于西南自治联治各省，无论如何不能有所觊觎、有所不利。