1906年6月29日，章太炎三年刑期届满。一大早，一大批章太炎熟悉和不熟悉的旧雨新朋蔡元培、于右任、朱少屏、柳亚子、刘道一、张默君、熊克武、但懋辛、刘师培、叶瀚、蒋维乔，还有接受孙中山委派，专门从日本东京赶来的同盟会代表龚练百、仇式匡、时功玖、胡国梁等，集聚在河南路工部局门前等候章太炎出狱。
长期在上海从事革命宣传活动的同盟会会员于右任
10时许，章太炎走出牢门，诸位等候者鼓掌欢迎，遂由叶瀚陪同乘坐马车至租界外巴子路中国公学。
按照会审公廨当年的判决，章太炎出狱后三天内必须离开租界。由于章太炎所犯是反政府罪，因此很多朋友担心他这样离开租界，是否会被清政府二次逮捕。中国公学的诸位朋友担心清政府加害于章太炎，于是劝他还是早点离开上海。
基于这种担心，章太炎在当天晚上便用同盟会预先购买的车票登上日本轮船，漂洋过海，其实是被清政府和租界驱逐出境。
对于章太炎来说，一年前成立的同盟会是一个全新的组织，主要领袖有孙中山、黄兴、宋教仁，包容的团体则有黄兴、宋教仁、陈天华的华兴会，孙中山、胡汉民、汪精卫的兴中会，以及陶成章、章太炎、蔡元培、秋瑾的光复会等多个排满革命组织。同盟会的政纲就是孙中山提出的“驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权”；同盟会的机关报原为华兴会的刊物《二十世纪之支那》，后更名为《民报》。此次同盟会将章太炎从上海请来，就是专门请他主持《民报》笔政的。
刚到东京，章太炎就住在《民报》编辑部中。7月6日，与宋教仁在孙毓筠家中会晤。第二天，在孙毓筠的介绍下，由孙中山主盟，加入同盟会，并被委任为同盟会机关报《民报》的编辑人和发行人。
7月15日，同盟会组织两千多名留学生举行集会，欢迎章太炎。集会正赶上下雨，会场里又进不了那么多人，许多人便冒雨在会场外聆听章太炎的演讲，演讲题目是《平生的历史与近日办事的方法》。
在讲到自己的历史时，章太炎刻意强调自己的民族主义、排满主义形成的时间很早，在少年时代就有一种种族主义的觉醒，甲午战争后看了一些东西洋的书籍，逐渐从理论上明白逐满独立的道理。
兴中会首批会员数十人秘密宣誓的地方——李昌住宅
华兴会的活动地之一——长沙天心阁
光复会誓词
章太炎承认他的民族主义只是一种独自的摸索，直到在日本见到了孙中山，才遇到还有同样想法的人。然而，那时排满革命在东京并不被广泛认同，跟随孙中山革命的，为数甚少。所以那次他又心灰意冷，甚至想披上袈裟到印度当和尚。
如今，他再到东京，情况根本改观。留学生中追随孙中山先生革命的，较从前增长了百倍，人们心中排满革命的因子终于被激活了。章太炎心中很高兴，他似乎看到了革命成功的希望。
面对日趋高涨的革命形势，章太炎认为不能掉以轻心，他建议至少要从两个方面开展工作。第一，要用宗教发起信心，增进国民的道德；第二，要用国粹激励种性，增进爱国的热肠。
根据这些思想原则，章太炎在接受《民报》编辑事务后，利用这个言论平台，连续发表了《无神论》、《革命之道德》、《建立宗教论》、《箴新党论》等，进一步阐释其用宗教发起信心，用国粹砥砺种性的主张。这些文章的发展和鲜明有力的观点不仅使《民报》名声大噪，而且使这一份宣传革命的刊物增强了学术上的厚度，后人说章太炎是有学问的革命家，其实主要是指他主持《民报》时的贡献。章太炎的文字虽然不像《新民丛报》主编梁启超的文字那样清新流畅，但其文雅华美，文字考究，也是别具一格。革命党人中的章太炎与保皇党人中的梁启超犹如两座高高的山峰，不论是在这两派之内，还是在这两派之外，差不多都被他们的文字、思想、论题所吸引，他们的文字为20世纪第一个10年留下了不可磨灭的记忆。
民族主义是章太炎在《民报》时期的思想重点，他利用一切机会和一切可能宣传鼓吹民族主义，他的宣传或许蕴含着种族主义的情绪，但在当时对于推动排满革命还是具有非常积极的意义。他在《民报一周年纪念会祝辞》中庄严宣布，《民报》从此以后惟有高举民族主义大旗，率领我四百兆兄弟姐妹同心戮力，宣扬国光，驱逐爱新觉罗和满洲贵族，为建立民国而奋斗。在稍后发表的《讨满洲檄》中，章太炎像孙中山一样，视满洲人对中原的两百多年统治为殖民统治，因而号召四百兆中华种族团结起来，扫除鞑虏，恢复中华，建立民国，平均地权。
推翻满清，在当时来说几乎是一个不可能的使命。而要达成这个目标，就要有一支革命的队伍，这支革命队伍不仅要有“道德的革命”，还要有“革命的道德”。章太炎指出，现在的革命者如果从道德层面进行观察，究竟比历史上的陈胜、吴广等人有多大进步呢？革命并不是口头上说说，并不是一味去鼓吹，革命者如果没有良好的道德修养，革命就是一句空话。革命者的道德，章太炎将之概括为“知耻”、“重厚”、“耿介”和“必信”四个方面，或者说是“四大道德”。四大道德虽然都来源于传统，但又都被章太炎作了新的阐释和规定。无道德者不能革命，无道德者即便革命也不能成功，即便侥幸成功，也不能持久。这就是章太炎对陈胜、吴广至康有为、梁启超所有革命、变革等经验教训的深刻总结。
在《民报》时期，章太炎的思想主旨是民族革命，是推翻满清，而推翻满清之后所要建立的新国家、新政体，也是章太炎此时思考的重点。在《国家论》、《代议然否论》等文中，他以卢梭的天赋人权为理论出发点，以卢梭的社会契约论为思考框架，重构了一个心目中的理想国家形态。
章太炎认为，国家的本性是抽象的、虚幻的，是假有的，那么所谓爱国，也就是一种迷妄。虽然爱国的意思并不因这个说法而产生障碍，但是有了这层意思，就必须警惕所谓爱国并不是在所有时间、所有条件下都具有正当性、合法性和合理性。在章太炎看来，所谓的爱国之念，强国之民无论如何不能再强化，弱国之民无论如何不可忽略。这就像自尊心一样，身处显贵的人不可一再炫耀自己的自尊心，而社会下层的民众却一定要有自尊自强的念头，要有尊严不可侵犯的信念，就是要使社会保持一种常态、一种平衡和一种适度的张力。
出于对国家本质、功能等方面的考虑，章太炎在《民报》时期还探讨了未来中国可能的政治形态。他在《代议然否论》中对东西方各国的政治架构进行了比较研究，肯定了三权分立、代议制的合理性、有用性、正当性，也对这种体制本身的问题提出不一样的修正。
章太炎的这篇《代议然否论》发表于1908年，其最直接的政治目标就是清廷主导的九年宪政改革方案，尤其是杨度所宜扬的君主立宪主张。也只有从这个非常具体的政治背景出发，才能弄清章太炎对后君主专制时代政治架构设想的真实意思。
根据章太炎的看法，立法、行政、司法三权分立有其内在缺陷，他的修正方案仍然是三权分立，只是将这三个权力转换成了行政、司法和教育。很显然，章太炎是在利用传统中国的政治资源，以教育替代立法的功能。这种改变很难说是什么理论上的发展，因为传统中国的教育本身就不只是教育，而西方意义上的立法也不是章太炎想象中的立法。