1919年5月8日，北大校长蔡元培在兑现营救被捕学生的诺言后，悄然留下一封辞职书，于第二天早晨携北大总务处职员段子均离开北京，经天津至上海转杭州，借寓杨庄。至此，五四运动进入一个新阶段。
章门弟子
蔡元培的不辞而别，在北大迅即引发一场权力冲突。9日一大早，北大会计黄幼轩在第一时间将蔡元培出走的消息告诉北大教授沈尹默。黄幼轩之所以知道蔡元培的行踪，是因为他是蔡校长的郎舅。
沈尹默闻言大惊，旋即与马裕藻、钱玄同、周作人等教授计议。马裕藻等人不知所措，而沈尹默则沉着地告诉他们说，这是蔡先生信任我们，他走了，学校要靠我们大家维持下去。大家想想这话对，就开评议会商量，于是评议会掌握了学校实权，对外行文，决定以北大全体学生的名义呈请政府挽留蔡元培，学校日常事务由评议会负责。沈尹默俨然成为北大实际负责人。
沈尹默，原名君默，原籍浙江吴兴，生于陕西汉阴。从籍贯上说，他与蔡元培、马裕藻、马叙伦、钱玄同、周作人等教授是浙江老乡，与钱玄同是湖州小同乡。1905年，沈尹默与其三弟沈兼士自费留学日本，后因家境困难，不到一年就返回国内，而沈兼士考取日本铁道学校，留日攻读，并成为章太炎在日本的弟子。
或许是因为沈兼士的缘故，沈尹默回国后也被学术界视为章门弟子，而章门势力如日中天。特别是严复辞去北大校长后，相继代理北大校长的何煜时、胡仁源等都是浙江人，都信服章太炎的学问，所以相继将章门弟子引进北大，北大一时间成为章门天下。当此时，沈尹默因章门关系到北大担任教授。
严复职掌北大时，因个人爱好和人际关系比较重视“桐城派”人物，一批“桐城派”学者到北大任教。而待到严复离职，浙江人主政，“桐城派”势力在章门弟子紧逼下逐步萎缩。章门弟子在反对“桐城派”或其他派别时高度一致，他们认为严复所用人物都已过时，应该让位，北大讲堂应该由章门弟子去控制。
然而当章门弟子在北大一统江湖后，其内部裂痕便显现出来。一般说法，北大章门弟子大致分为三个派别：一是以大弟子黄侃为首的守旧派，这一派的特点是凡旧皆以为然；第二派是以钱玄同、沈兼士为代表的开新派，钱玄同自称“疑古玄同”，其意可知；第三派是以马裕藻为代表的中间派，两边都不得罪，依违两可，皆以为然。
几人欢喜几人愁
沈尹默不是章门弟子，但由于沈兼士的关系，他与章门弟子相处融洽，而且由于他在北大资历比较深，且足智多谋，有“鬼谷子”之号，所以北大章门弟子很多时候也把沈尹默当作掌门人看待，愿意听从沈尹默的安排和调遣。至于他的“鬼谷子”之号，正面呢，是说他反应敏捷，有决断善思考；反面则暗指他是一个阴谋大家，他后来被汤尔和等人排斥出局，与此可能有直接关系。
当蔡元培入主北大时，沈尹默、汤尔和等人都有拥戴之功和犬马之劳，尤其是沈尹默在蔡元培到校不久，就贡献出三条锦囊妙计：
一、北大经费要有保障。
二、按照北大章程规定组织评议会。沈尹默的理由是：评议会在北大章程中原本有规定，但教育部始终不许成立，因为有了评议会，教育部的指令就不那么容易直接下达。也正因为如此，对北大久远发展而言，评议会更加重要。有了评议会，北大发展就不会政随人亡；即便在平时，也可以评议会的力量抗衡行政权力的无端干预。
三、规定每隔一定年限，派教员和学生到外国留学。
这三条建议中，以成立评议会为最重要，所以当蔡元培愤而辞职，离京出走后，沈尹默先是一惊，继则一喜，因为这终于可以试验评议会的功能与效率了。
沈尹默主持评议会代表北大师生向政府提出挽留蔡元培。教育部在第二天（5月10日）给予不太积极的回应，反而要求北大评议会应该严厉管束北大学生，不得罢课。这使沈尹默和北大师生略感不快。
10日，北大学生派出代表赶往天津追踪挽留蔡元培，找不到蔡元培的踪迹后致电上海名流唐绍仪，声称蔡校长受外界胁迫辞职他去，务请唐绍仪见到后诚恳挽留。北大学生还致电上海各报各团体，揭露北京当局迫使蔡元培出走真相，呼吁各界一致声请蔡元培回京复职。
同一天，北京中等以上学校学生联合会呼吁教育部出面挽留蔡元培，以为“五四”行动纯属全体公意，与各校校长绝不相关，尤非北大校长一人所能够代任其咎。且蔡元培校长德高望重，海内宗风，自其入大学，招致贤哲，成绩斐然。他们恳请教育部俯顺众情挽留蔡校长，为中国教育留此一线曙光。
北大和北京各校师生对蔡元培的挽留出于至诚，只是这样推崇蔡元培，强调蔡元培个人在教育界的作用，实际上是置教育部于非常尴尬境地。教育部高层在郁闷心情支配下，怎能真诚出面挽留蔡元培呢？尤其是安福系原本就很讨厌蔡元培的自由思想、兼容并包，当然希望利用此次机会一了百了，或者批准蔡元培辞职，或者索性将北大解散。这是政府中相当一部分人的想法。
北大不可一日无此君
社会各界的同情与支持，无疑激励了北大师生的抗争勇气。10日下午1时许，北大教职员推举出来的代表马叙伦、马寅初、李大钊、康宝忠、徐宝璜、王星拱、沈士远等集体前往教育部，求见教育总长傅增湘，请其设法挽留蔡元培。傅增湘表示，他个人是诚恳挽留蔡元培的。代表们复问大总统徐世昌和总理钱能训的意见，傅增湘默然有间，表示总统、总理的意见，他个人并不深知，因此不便代为回答。言下之意是问题的关键不在教育部，而在总统府和国务院。
北大教职员代表往访傅增湘的同时，北京各高等学校中有十二所学校的教职员代表也在北大召开联合会议，讨论挽留蔡元培。他们认为能否挽留蔡元培已不是北大一校问题，而是关系到教育及外交前途的大问题。第二天，代表们在一份呼吁书上签字，表示政府如果不挽留蔡元培，他们势必抗争到底，不惜全体一致辞职。
对于北大师生及北京教育界各方面呼吁，教育部起先毫无表示，也无法表示。这自然引起社会各界严重不满，更引起有意利用此次事件而达到倒阁或其他政治目的的派别、政党或个人的兴趣。5月9日，护法国会参议院议长林森自广州致电蔡元培，表示学生为收回国土，愤激击贼，政府逮捕多人，实在过分。“公愿以身代，仁者用心，令人感泣。讨贼得罪，是非倒置，何以立国？”这就将原本只属于法律和行政的问题上升到政治层面。
在北京，教育总长傅增湘因对蔡元培深表同情和挽留，不同意严厉镇压学生，反而遭到安福系责难。无奈中，傅增湘仿蔡元培例，于11日不辞而别，教育部公务暂时由次长袁希涛代理。
袁希涛，字观澜，江苏宝山人。晚清时担任江苏学务处议绅，辛亥革命后与黄炎培一起参与江苏省新教育实践，是黄炎培的重要助手。后应蔡元培之邀，任职教育部。与蔡元培、黄炎培、蒋梦麟等都是多年朋友。在与北大和江苏教育会的关系上，袁希涛更倾向于后者而不是前者。这就引发了北大是否南迁或解散的争议，至少在蔡元培辞职后一段时间里，黄炎培、蒋梦麟和江苏教育会真的动议过利用这次机会攫取北大控制权，或者当北大不能在北京继续存在时，设法将其中的新派学者转移至南方。
江苏教育会的这个意思并不含有任何恶意，他们确实与蔡元培有着不同寻常的关系，确实期望帮助蔡元培，重建中国高等教育体制，所以他们对蔡元培脱离北大，脱离沈尹默，脱离章太炎弟子包围，辞职南下，并不感到太悲伤，反而认为是一个重要机会。
徐总统出面了
在袁希涛代理部务第二天（12日），情况发生了变化。袁希涛致电江苏省教育会副会长沈恩孚，表示蔡元培校长辞职出走，各校员生纷纷请留，情势急切，教育部已派沈彭年前往南方当面挽留。袁希涛还告诉沈恩孚，他昨天亲谒总理钱能训和大总统徐世昌，他们均嘱教育部迅速设法挽留蔡元培。因此，他请沈恩孚一旦见到蔡元培，务请转达总统徐世昌、总理钱能训及教育部的意思，请蔡先生从大局考虑，早些回京。
13日，北京各校教职员联合会派出九名代表到总统府请愿。其他各高等学校校长也相率辞职，以示声援。晚九时，北京大学评议会和教授会联合会议一致决议请蔡元培回校，以为蔡先生回校复职为维持大学唯一方法。
北京教育界局势令人焦虑，而蔡元培行踪毫无消息。代理教育部事务的袁希涛心急如焚，13日再致电沈恩孚，诉说难处。第二天，大总统徐世昌发布指令，表彰蔡元培对中国教育的贡献，希望蔡先生值此困难时期，妥筹善后，认真擘理，挽济艰难。
大总统出面当然是给蔡元培保全了面子，同时，既然大总统出面挽留，也必须保证大总统不能太没有面子，何况此次挽留并不是政治高层一致。所以，袁希涛在15日又密电黄炎培，请其无论如何也要劝说蔡先生不要节外生枝。
袁希涛的担心并非多余，随着蔡元培出走，全国教育界人心惶惶，甚至还有商界人士也介入了这场冲突，均以为政府之所以并不真诚挽留蔡元培，主要还是因为蔡先生成为新思想的象征，政府竟不容思想界有一线生机，竟不容世界潮流有一分输入。“夫蔡先生去，则大学虽存犹死；大学死，则从此中国之学术界，尽入一二有权威者掌握之中，而学界前途遂堕于万劫不复之境。岂惟蔡先生一人、北京大学一校之关系，中华将来之文明，实将于此决其运命。”
义在必辞
教育部，或者说袁希涛，挽留蔡元培、化解僵局是真诚的，这份真诚感动了北京教育界领袖。5月16日，北京国立各高校校长陈宝泉、洪镕、金邦正、汤尔和等人联名致电蔡元培，请求蔡先生重新考虑先前辞职立场，不要把门关死。面子固然重要，但是也要适度，不要因一人之选择影响教育界整体利益，以为教育界留一生机。陈宝泉等人还表示，他们之所以没有用辞职声援蔡先生，主要是因为责任所系，方才出来协助政府维持各校。这样做并不意味着与蔡先生的选择有什么不一样。
大总统徐世昌已发布了挽留指令，教育部已派员当面挽留，代理部务的袁希涛更是三番五次通过私人关系表达善意，但蔡元培依然不为所动。从他个人尊严、大学尊严的立场看，他现在当然还不好径自回去复职。因为，在蔡元培的感觉中，政府中的个人或许是真的挽留他，但这种挽留带有某种程度的勉强或不情愿。蔡元培认为，他现在回校复职很可能使北大师生乃至全国教育界大失所望，因为教育界与政治界的纠纷由来已久，政治界对教育界的干预日甚一日，始终没有分出输赢。蔡元培这次大概有点得理不让人了，他真希望以自己的牺牲为教育独立、教育自主赢得更大空间，所以他在各方挽留声中毅然坚守辞职的立场。
能否复职牵动时局
蔡元培的坚守使事情陷入僵局。16日，北京各高校教职员联合会推举代表前往教育部与袁希涛会晤，商酌与教育部所派南下挽留蔡元培的代表一起出发。在北京大学内一贯反对新文化运动，自称与蔡元培“志不同道不合”的教授黄侃，竟然也因蔡元培辞职而表示辞职。黄侃的理由是：“环顾中国，除蔡元培，亦无能用余之人。”既然蔡元培不愿回来，我黄侃也就不必待在北大这个破地方了。
蔡元培能否复职成为时局好转的关键，在这种情况下，北京各校派出学生代表十七人沿着蔡元培南下途径查找踪迹，各处探询，不得要领。于是又推出总代表八人，会同天津各校代表二人联合南下，准备当面哀求蔡元培返回北大。可是他们到了上海根本摸不着门道，于是在上海各报刊登广告，公开查访蔡元培的踪迹。
政府代表、学生代表寻找蔡元培的消息都是公开的，蔡元培当然都知道，他似乎也觉得这样僵持不是办法，至少不能将事情的焦点只集中在他一人身上。5月18日上午，蔡元培找蒋梦麟、黄炎培、沈恩孚、赵厚生等人商量，最后决定给大总统徐世昌、总理钱能训、教育总长傅增湘发一电：
奉大总统指令慰留，不胜愧悚。学生举动，逾越常轨，元培当任其咎。政府果曲谅学生爱国愚诚，宽其既往，以慰舆情；元培亦何敢不勉任维持，共图补救？谨陈下烟，伫候明示。
蔡元培的要求并不过分，所以国务院和教育部很快分别回电答应。甚至表示，外间传闻并非事实，政府对于学生行为并无苛责之意，深望蔡先生早日回京主持校务，以慰众望。
如果从此次通电大致情况看，在双方承认学生举动“逾越常轨”的前提下，似乎有了转机，问题应该很快解决，蔡元培也应该很快返回北京，返回北大。那几天与蔡元培有着密切接触的蒋梦麟曾于5月22日与黄炎培联名致函北大教授胡适，表示蔡元培已就回校任职事作出决定，此事若不另生枝节，北京大学可望恢复原状。
还是拒绝
从蔡元培与国务院、教育部的电文看，好似蔡元培会很快回到北大任职，这是从积极方面着眼。但在蒋梦麟与蔡元培联名致胡适的信函中，还谈到了一些其他的情况。
在信中，黄炎培、蒋梦麟这些教育界人士谈到了北京大学被解散的可能性。如果北京大学不幸被政府解散，首先要面对的第一个难题就是杜威一年讲学计划如何继续进行，因为在此之前经蔡元培以北大校长身份联系，哥伦比亚大学已同意给假。假如北大真的散了，杜威在北大讲学的可能性就不存在了。为了解决这个问题，上海教育界同仁已有心理准备，表示一旦北大解散成事实，当由上海集资礼聘。
南方教育界同仁所最希望者，为北京大学不解散，蔡元培复职。南方同仁当竭全力办东南大学，有蔡元培在北京帮忙，事较易。南京大学办成后，渐将北京新派学者转移到南方，将北京大学留给旧派，任他们去讲老话，十年二十年后大家比比优劣。这大概只是蒋梦麟的想法，而黄炎培则不愿意将北京大学拱手相让，表示“北方亦要占据，且逆料旧派无组织之能力”。看过此信稿的沈恩孚也认为，“此时未打败仗，万无退回老巢之理”。由此可见，南方教育界比较一致地将北大因5月4日事件引发的学潮看作是一场新、旧两派冲突。
蒋梦麟表示，如果北京大学万一不幸散了，那么教育界同仁当在南方重组教育机关，开办编译局及大学一、二年级，卷土重来，逐渐恢复。总之，蒋梦麟、黄炎培在此次事件中所领悟的经验和教训竟然是：南方大学必须组织，以为后来之大本营，因将来北京还有风潮，人人知之。所以他们竭力劝说胡适等北方教育界人士“万勿抱消极主义，全国人心正在此时复活，后来希望正大也”。
不管蒋梦麟、黄炎培等南方教育界同仁如何设计，从这封信中可以感觉到蔡元培在南方教育界人士的劝说下，似乎已下定决心准备返回北大复职。
然而到了5月26日，在上海、杭州往返观察时局的蔡元培竟突然决定不回北大了，公开的理由是“卧病故乡，未能北上”。
蔡元培为什么在先前已答应复职，这时突然反悔拒绝呢？一个重要理由是他通过这些天的观察和思考，觉得北京政府对他的慰留并无诚意。而这些观察与思考，其实也是他周围那帮朋友的观察与思考。这在蒋梦麟5月24日致胡适的信中就有些微痕迹，蒋梦麟一方面劝胡适等北方教育界同仁委曲求全，尽量保全北京大学；另一方面怀疑北京大学很可能最终保不住，他一再告诫胡适注意：“如你看来大学有不能保存之势，也要早些写信给我。我们可以早些预备你们来上海。”这些判断肯定深深影响了蔡元培，使蔡元培觉得既然政府可能在他复职后撤销北大，那么他何必回去第二次受辱？
“留蔡”与“去蔡”
或许蔡元培的敏感是对的。北京政府在外界压力下表示过挽留蔡元培，教育部代理部务的次长袁希涛也应该是出于真诚，但是政府政治高层鉴于学潮不断、罢课不断、游行不断的事实，也想来个“根本解决”。与其迁就外界压力召回蔡元培，北京教育界乃至全国教育界继续不得安宁，干脆长痛不如短痛，快刀斩乱麻，批准蔡元培辞职，另找听话的大学校长，示范天下，稳定政治秩序。蔡元培的开明民主，兼容并包、思想自由等主张，在政府高层看来，就是一切不安宁的根源。
政府执意“去蔡”是基于这一点，而学术界、教育界执意要求政府挽留蔡元培，实际上也是基于这一点。这一微妙的心理较劲，当时许多人都看到了。6月3日，蔡元培收到汤尔和的来信，汤尔和就不主张蔡元培北上复职。汤尔和的理由非常简单：“来而不了，有损于公；来而即了，更增世忌。”与其两面不讨好，不如暂时退隐。
为了向政府施加压力，京沪知识界在教育界大佬把握掌控下，有节制地进行罢课、游行示威，甚至有节制地动员市民参加。5月19日，北京各校学生罢课；26日，上海各校学生跟着罢课，人数达两万多人。京沪学生发表宣言，要求政府维持北大校长蔡元培职位及大学尊严。这些活动背后，都有人主持或操刀，有人把握着火候。在上海，幕后重要人物其实就是蒋梦麟、黄炎培等东南教育界重量级人物。蒋梦麟5月26日写给胡适的信中，就非常得意地透露出这一点，表示当天的罢课，“弟等已将舵把住，不至闹到无意识”。这样一来，“五四”前后的所谓“学生运动”，其实幕后都有“推手”在“运动”学生。
蔡元培不愿复职的消息传到北京后，又引起新一轮抗议。6月2日，北大学生张国焘等人在市区讲演时被警察逮捕。第二天，北京各校学生游行示威，政府出动警察进行镇压，又有四百余人被逮捕。6月4日，军警又拘捕学生七百余人。北京大学成了一个庞大的“临时监狱”。6月5日，北京学生五千余人向警察厅自请入狱，北京教育界陷入一片混乱恐慌之中。学潮还引发了社会动**。这一天，上海市民开始罢市，标志着学潮有向社会蔓延的趋势。
新校长来了
诚如蔡元培所预感的那样，政府对他的挽留确实比较勉强，政府在他请辞后确曾任命马其昶接替，只是这一计划在北大师生的反对声中并没有变成现实，但这一点确实使蔡元培很受伤，一直爱惜羽毛的蔡元培更不敢轻举妄动，自取其辱。
蔡元培感觉到了政府的不真诚、不情愿，当然不愿返校复职。蔡元培的感觉是对的，政府鉴于那几年学潮不断，确实不想让蔡元培复职。从这个意义上说，蔡元培不愿复职的声明其实帮助了政府，使政府找到了一个化解僵局的途径。在政府高层看来，既然蔡元培不愿回校复职，那么就顺手牵羊将他免职吧。6月5日，内阁会议决定批准蔡元培的请求，准许其辞去北京大学校长，并任命胡仁源继任。第二天，大总统徐世昌照此发布大总统令。胡仁源如果能顺利接下北京大学这个烂摊子，北京乃至全国学潮可望很快结束。
胡仁源出身南洋公学特班生，与蔡元培有师生之谊。按蔡元培的印象和评估，胡仁源后留学英国，虽为工科出身，但具有一定哲学思想，文笔工雅。这在蔡元培看来也是一大优点，认为性近文史哲的学生肯习工艺，尤为难得。胡仁源留学回国后入北大，曾任北大工科学长，并一度代理过校长。蔡元培主持北大后，仍请胡仁源任工科学长，而胡仁源不愿，遂改聘他人。
以曾经代理校长的人来接替蔡元培，资格自然没有问题，应该是一个不错的人选。只是政府内外一些人太急于除掉蔡元培，所以他们推戴胡仁源竟然不择手段，结果弄巧成拙。这些人一方面运动北大学生欢迎胡仁源出任校长，一方面发表“燃犀录”，捏造故事，丑诋蔡元培及沈尹默、理科学长夏元理等人。这些一捧一打的手法激起北大学生公愤。北大学生群起抗争，公开宣布拒绝胡仁源出任校长，甚至查明那些煽动欢迎胡仁源的学生并给予制裁。
“拒胡迎蔡”
6月6日晚，北大学生举行全体大会，就政府任命胡仁源为校长一事通过两项决议：
一、推举代表求见胡仁源，警劝其万勿来校；
二、上书总统，请收回成命。
北大全体学生在上总统呈文中以为政府任命胡仁源为校长不合情理，因为蔡校长第二次来电，只说“卧病故乡，未能北上”，并没有说坚决不北上。蔡校长既然没有再次辞职，政府亦没有罢免明文，那么突然任命胡仁源，不仅不合乎情理，而且也没有依据。现在这样突然任命，显然是想拒绝蔡校长北上复职。这是从期待蔡元培回校复职立场上说的。
从胡仁源情况看，北大学生在呈文中表示，其学问信望，均不足以担当北大校长职务，学生为自身学问计，为教育前途、国家前途计，决不敢妄从明令，听其蠡贼大学，戕害国本。北大学生的要求非常简单，就是拒绝胡仁源，欢迎蔡元培：“拒胡迎蔡”。
北大学生的态度深刻影响了教职员。第二天（6月7日）下午，北大全体教职员两百余人召开紧急大会，一致决议不承认胡仁源为北大校长，继续坚持要求政府催蔡元培返校复职。当天，全国学生联合会筹备处也公开致电总统府、国务院、教育部，坚拒胡仁源出任北大校长，继续坚持挽留蔡元培。
北大师生及全国学生的要求并没有得到政府及时积极回应。11日，北大教职员再度集会发布声明，宣称北大校长除蔡元培外，绝不承认第二人。北京中等以上学校教职员联合会也向大总统徐世昌、总理钱能训递交呈文，反对任命胡仁源为北大校长，请求政府继续挽留蔡元培。北京中等以上学校教职员联合会同时致信胡仁源，警告其不要贸然到北大就职，因为时局关键主要是恢复教育原状，而恢复教育原状的关键就是各校校长一律复职，而各校校长一律复职的关键又是蔡校长能否复职。
12日，全国和平联合会也致电总统府、国务院、教育部，表达类似看法，请求政府拿出诚意去平息此次风潮，不要游弋，不要举棋不定，一定要出以至诚挽留蔡元培。只有让蔡校长复职，方才有办法化解教育危机。假如政府执意对抗公意，任命他人接任，那么教育前途必将陷于更加危险的境地。
绝不做不自由的校长
很显然，教育界挽留蔡元培大致是真诚的，政府中的一些人挽留蔡元培也是真诚的，但政府中还有一些人，比如“安福系”那些人就不一样了，他们不仅不愿意挽留蔡元培，而且坚决主张罢免他甚至追究他的责任。现在政府内一再出台后来被认为是“馊主意”的换人方案，在很大程度上说明了安福系的心迹。
鉴于此种状况，蔡元培太清楚不过地知道自己应该如何做，为了自己的羽毛，更为了北大的未来，为了北大不致在僵局中被撤销，蔡元培于6月15日再发宣言，重申不肯再回北大任校长的决心：
一、我绝对不能再做那政府任命的校长。因为北京大学校长是简任职，是半官僚性质，便生出许多官僚的关系，哪里压呈，哪里用咨，天天有一大堆无聊公牍。要是稍微破点例，就要呈请教育部，候他批准。什么大学文理科叫作本科问题，文理合办问题，选科制问题，甚而小到法科暂行学长问题，附设中学问题，都要经那拘文牵义的部员来斟酌。甚而部里还常常派了什么一知半解的部员来视察，他报告了，还要发几个训令来训饬几句。我蔡元培是个痛恨官僚的人，能甘心仰这些官僚的鼻息吗？我将进北大时，没有想到这一层，所以两年有半，天天受这个痛苦。现在苦痛受足了，好容易脱离了，难道还肯投入进去吗？
二、我绝对不能再做不自由的大学校长。思想自由，是世界大学的通例。帝制时代的德意是世界著名的君主专制国家，但它的大学何等自由？那美法等国更不必说了。北京大学向来受旧思想的拘束，是很不自由的。我蔡元培进去了，想稍稍开点风气，请了几个比较有点新思想的人，提倡点新的学理，发布点新的印刷品。这些东西如果用世界新思想来比较，用我的理想来批评，还算是半新的。在新的一方面偶有点沾沾自喜的，我还觉得好笑。哪知道从旧的一方面看，看了这点半新的，就像洪水猛兽一样了。又不能用正当的辩论法来辩论，鬼鬼祟祟，想借着强权来干涉。于是教育部来干涉了，国务院来干涉了，甚而什么参议院也来干涉了，世界上有这种不自由的大学吗？还要我去充当这种大学的校长吗？
三、我绝对不能再到北京的学校任校长。北京是个臭虫窠，这是民国元年袁世凯所送的徽号。所以，无论何等高尚的人物，无论何等高尚的事业，一到北京，便都染了点臭虫的气味。我已经染了两年有半了，好容易逃到故乡的西湖、鉴湖，把那个臭气味淘洗净了。难道还要我再去做逐臭之夫，再去尝尝这气味吗？
我想有人见了我这一段话，一定要用“我不入地狱，谁入地狱”的话来劝勉我。但是我现在实在没有到佛说这句话时的程度，所以只好谨谢不敏了。
这大概就是蔡元培此时的心声。
不过，这篇措辞激烈的宣言在亲友劝说下并没有公开发表，而是由其堂弟蔡元康拟了一个广告稿交给上海各报，以回应北京政府的一系列举动：
孑民家兄回里后，胃病增剧，神经非常衰弱，医生切嘱屏绝外缘，现正紧要关头，不许见客，不许传阅函电。辱承亲友存问，深以不能接见为歉。特用代为声明，凡我至亲好友，务请勿劳驾，勿惠函电，俾得静养。种种不情，诸希亮察。
按照蔡元培手拟的声明，北上复职的大门似乎完全关闭了，毫无弹性；而按照蔡元康发布的这个广告，事情还有回旋余地，并没有把大门完全关上。蔡元培能否重回北大复职，关键还在各派政治势力较劲，在朝野各界角逐。