在北京大学这一“百年老店”中，蒋梦麟应该是到目前为止职掌校政时间最长的“老板”，然而或许是因为蒋梦麟后来追随国民党败退台湾等原因，蒋梦麟在过去很长时间里，并不被“新北大”所看重，北大“书写”的各种历史书中并没有给他相应的地位。
代蔡掌印北大
蒋梦麟是留学美国归来的教育学博士，是著名教育哲学家杜威的得意门生，与胡适之、陶行知等同门。回国后因黄炎培的关系参与江苏教育会，具体负责江苏教育会与北大合办的《新教育》杂志，由此与北大发生了某种联系，被聘为北大哲学系教授，主讲教育学及教育学史。
蒋梦麟兼职北大教授，当然是因为他在《新教育》杂志的影响，另外两个直接的原因也不容忽视，即他既是北大校长蔡元培在绍兴中西学堂的得意门生，又与当时北大“明星教授”交情甚笃，政治理念、教育主张也相当一致。
五四爱国运动爆发前，在蔡元培兼容并包思想指导下，北京大学已成为新文化运动的中心，北大学生自然成为这次爱国运动的主体。所以事件发生后，北京政府对北大极端仇视。5月4日晚，国务总理钱能训召集内阁紧急会议，提出解散北京大学、撤免蔡元培校长的动议，后又不断扬言要“焚北大校舍，杀北大学生”，“以三百万金购人刺蔡”等。8日，北京政府内定由孔教会会长马其昶接替蔡元培出任北大校长。并随即下发三道命令：一、查办北大校长；二、整顿学风；三、由警厅将已释放的学生送法庭讯办。
8日午后，蔡元培获悉政府决定。他认为自己如果再不辞职，倘政府迫不及待，先下一令免其职，一人之不体面而犹为小事，而学生恐不免起一**，遂于当晚送出辞职呈文，请求自动解除北京大学校长职务，翌日晨悄然离京，经天津转赴杭州。
蔡元培是当时国内极富声望的大教育家，他的出走立即引起广泛的影响。当天，北京大学召集各校代表紧急磋商，宣布于即日起全体停课“待罪”，恳请政府下令对蔡挽留，万毋允准辞职，“以维学务而平舆情”。北大教职员代表李大钊、马叙伦、马寅初等也到教育部请愿，表示如果蔡元培不留任，北大教职员便有可能一致总辞职。19日，北京各校学生罢课；26日，上海学生也跟着罢课。
迫于无奈，政府接受了北大师生的要求。以教育总长的名义公电蔡元培，称“学府主持，非公莫属；众望所在，翘企同殷”。
对于政府的敦请，蔡元培起初并未答应。他认为他从来无意鼓励学生闹学潮，但学生们示威游行，反对接受巴黎和约有关山东问题的条款，那是出于爱国热情，实在无可厚非。至于北京大学，他认为今后将不易维持纪律和秩序，因为学生们很可能因胜利而陶醉。他们既然尝到了权力的滋味，以后他们的欲望恐怕难以满足。
在各方面的竭诚呼吁下，蔡元培坚决不回北大的想法也曾一度动摇。他觉得坚决不回北大也有点对不住北大和那些关心他的朋友们，尤其是胡适等人为他规划的五年十年计划，不应忽然一抛，且有一些经他签订的契约如聘请杜威等事情，都有可能因自己不愿返回而无法履行。基于这些心事，蔡元培对于重返北大也就半推半就，有了可商量的余地。
蔡元培能否尽快返回北大复职，不仅对稳定全国的学生至关重要，而且对北大秩序的恢复更是具有无人可以替代的功能。6月29日，与蔡元培关系极为密切的汤尔和从北京赶到杭州，晨8时至杨庄与蔡元培见面，历述蔡离开后的北大情形，并为言此后“出处之策”。鉴于蔡的一些为难处，汤尔和建议蔡可以接受回北大复职的要求，但不要急于回去，而是委派蒋梦麟前往代理。汤尔和的建议正好迎合了蔡元培对北大未来的担忧，即学生在五四运动胜利后难以管理，而蒋梦麟是研究教育学的专家，对学生心理状态有很深的研究与把握，且其学问手腕足以服人。学生心安，其余可迎刃而解。
汤尔和是有名的“小诸葛”，也是蔡元培信任的浙江同乡，蔡元培虽然对汤尔和的建议一时反应不过来，但也觉得汤尔和的折中建议似乎有道理，一来他的身体状况似乎确实不允许他立即赶回北京，二来他先前信誓旦旦地表示决不回北大，因此也必须给自己留下一个回旋的时机。
在说服了蔡元培之后，汤尔和又去游说蒋梦麟。蒋梦麟本受胡适等人的委托，也正在劝说蔡元培返校，他似乎根本没有想到由自己代理的问题。所以，对于汤尔和的建议，蒋梦麟毫无思想准备，遂以在江苏教育会及《新教育》杂志的工作太忙为由婉拒。蒋梦麟的婉拒出于实情，汤尔和也能够理解，不过他提出的调和方案是蒋梦麟在代蔡元培出掌北大后，可以“半年留京，半年在沪，可兼顾而不至偏废”。对于这一方案，蒋梦麟无话可说，只好答应了汤尔和的请求。
汤尔和建议提出的第二天，北大评议会委派的代表沈尹默、马裕藻、徐森玉等亦来到了杭州，他们受命劝说蔡元培尽快北上复职，而不是委派蒋梦麟暂代的问题，因此他们对汤尔和的方案甚不以为然，“所见略有不合”。只是蔡元培既然已经接受了汤尔和的建议，他们也不便过多反对。7月14日，蔡元培邀蒋梦麟、汤尔和等人冒雨游花坞，几经劝说，蔡元培晚餐时“决请梦麟代表至校办事”。
蔡元培和蒋梦麟都接受这个折中方案后，仍碍于“手续繁重”，即蒋梦麟怎样才能名正言顺地代表蔡元培。为此，汤尔和于7月16日晨9时再至杨庄，为一一疏解，蔡公恍然，遂定议。汤尔和约蒋梦麟20日同行北上视事。
紧接着，蔡元培又在杭州与蒋梦麟进行谈话，具体规划蒋梦麟北上之后的步骤，以及如何处理可能会出现的各种问题。蔡元培对蒋梦麟说：“大学生皆有自治能力者，君可为我代表到校执行校务，一切印信皆交君带去，责任仍由我负之。”议定蒋梦麟以北大总务长的名义暂行代理校长职务。
对于蔡公的信任，蒋梦麟不胜感激，他在稍作考虑后，当即提出两点要求：
一、只代表蔡公个人，而非代表北京大学校长；
二、仅为蔡之督印者。
对蒋梦麟的这两点要求，蔡元培表示无异议，并告以三点注意事项：一、各界代表之至杭者日必数起，迄未答谢，请代表致谢各界；二、代蔡说明有回北大之决心；三、大学责任，蔡愿意继续完全担负。并告诉蒋梦麟：“自今以后，须负极大之责任，使大学为全国文化之中心，立千百年之大计。”
在这一变动中，实际操纵局面的人物是汤尔和。汤尔和劝说各方接受这一方案，不仅化解了当时各方的矛盾，解决了各方一直胶着的问题，而且对蒋梦麟个人来说，也至关重要。正如胡适后来所认识的那样，“尔和先生是当日操纵北京学潮的主要人物，他自命能运筹帷幄，故处处作策士，而自以此为乐事”。“尔和爱护蔡先生，自是诚意；其推崇梦麟，似也是出于诚心。尔和自是好事者，然八年夏秋之间，他于北大是有功的。他拔出梦麟，亦有造于梦麟”。他还当面夸奖汤尔和说：“五四之后，留蔡之事，先生用力最勤，而梦麟兄之来北大尤为先生第一大功。”
治事功夫与办事手腕
蒋梦麟接受蔡元培的重托后，遂与汤尔和及北大学生代表张国焘等离开杭州，7月21日抵达北京。稍后，教育部批准蔡元培的请求，同意由蒋梦麟代理北大校长的职务。
7月23日上午10时，北京大学学生全体集会欢迎蒋梦麟，蒋梦麟即席发表充满**的演讲，系统阐述了蔡元培之伟大精神，并由此勉励学生必须求学始能救国。他说：蔡先生这种伟大精神是怎样得来的呢？是从学问中得来的。故诸君当以学问为莫大的任务。西洋文化先进国家到今日之地位，系累世文化积聚而成，非旦夕可及。千百年来，经多少学问家累世不断地劳苦工作而始成今日之文化。故救国之要道，在从事增进文化之基础工作，而以自己的学问功夫为立脚点。此岂摇旗呐喊之运动所可比拟？当法国之围困德国时，有德国学者费希德在围城中之大学讲演，而作致国民书曰“增进德国之文化以救德国”。国人行之，遂树普鲁士败法之基础。故救国当谋文化之增进，而负此增进文化之责者，唯有青年学生。现在青年作救国运动，今日反对这个，明日反对那个，忙得不得了，真似“可怜年年压针线，为他人补破衣裳”。终不是根本办法。吾人若真要救国，先要谋文化之增进。日日补破衣裳，东补西烂，有何益处？深望诸君，本自治之能力，研究学术，发挥一切，以期增高文化。又须养成强健之体魄，团结之精神，以备将来改良社会，创造文化，与负各种重大责任。总期造成一颗光明灿烂的宝星，照耀全国，照耀亚东，照耀世界，照耀千百年而无穷。
蒋梦麟在北大毫无根底，他到了北大拿什么资格来替蔡元培代办校长事务呢？特别是因为蒋梦麟来自黄炎培的江苏教育会，而当时的北大有些教授特别担心江苏教育会对北大的野心，因而对蒋梦麟之来持反对态度。当五四运动发生不久，北京政府酝酿解散北京大学时，江苏教育会的黄炎培、蒋梦麟等人确曾设想过，万一倡导新文化运动的北京大学果真保不住了，他们就请北京大学的新派教授到南方，努力办好一个东南大学，作为新教育的重镇，而将北大交给那班旧派人物去搞。不论这种建议出于什么样的目的，北大同人对江苏教育会存有戒心则是合乎情理的。然而现在的问题是，既然大家一致拥护蔡元培返校主政，而蔡自己选定的蒋梦麟已经到了北京，如果不让他代替蔡元培又能怎么办呢？逻辑的结论必然是，假定不让蒋梦麟来做代表，连蔡先生也不回来了，仍就妨害了大局。于是从全局利益着想，与蔡元培关系密切的马叙伦等人在教授中做了许多疏通工作，化解教授们对蒋梦麟的敌意。不过，初来乍到的蒋梦麟也很识相，在出席教职员欢迎晚会的时候，很谦虚地说：“蔡先生派我来代捺捺印子的，一切请各位主持。”
对于蒋梦麟谦逊的姿态，北大教授们自然感到满意，于是评议会顺利通过蒋梦麟担任总务长代行校长职权。此后，只要蔡元培离开学校，蒋梦麟就顺理成章地代理校长了。
蒋梦麟的治事功夫和办事手腕不独表现在与教授的关系上，在他的治理下，一切均措置得宜，北大各方面的秩序很快获得了恢复，各方面均有宁息之象。教育部那些原先总与蔡元培为难的人，无不降心相从；先前不遗余力对北大攻击的安福系，也因蒋梦麟的到来停止了。北大因蒋梦麟的到来不独外得众心，而内部亦消灭许多反侧。
北大秩序得以恢复，有蒋梦麟的功劳。蒋梦麟付出了很多代价，吃了很多苦头。他在当年8月写给张东荪的一封信中描述这一过程时说：“我21日到北京以来，吃了不少的苦，好像以一个人投在蛛网里面，动一动就有蛛子从那屋角里跳出来咬你。唉！若无破釜沉舟的决心，早被吓退了。人人说市中有虎，我说我任凭虎吞了我就罢了；没有吞我以前，我不妨做些做人应该做的事。我记得王守仁有句话：‘东家老翁防虎患，虎夜入室衔其头；西家儿童不识虎，执策驱虎如驱牛。’我又记得‘四书’里有句话：‘不伎不求，何用不臧？’我本了这个精神，向前奋斗，过了半月，诸事已有端倪。我对于校内校外帮我忙的人，终身感激他们——他们不是帮我的忙，是帮中华民国的忙。现在大学里面，教务、事务都积极进行，新生取了四百人，上海投考的结果亦已揭晓，取了九十一人。下半年的课程，已经起首安排。教职员方面，精神一致，都天天兴高采烈地做事。你若来看一看，必以为大学这回并没有经过什么风潮。学生方面更不必说了，这班青年，个个是很可爱的。并不是说空话，我实在爱他们。他们对我说，此后他们要一心尽瘁学术，定要把这个北大成了中国的文化最高中心；这班青年的眼光是很远的。我有一句话，要给在上海的诸位先生讲，北大学生是全体一个精神的，并没有分迎甲、迎乙的派别。”
一个字：容
暴风雨过去，乌云渐散，霁日重现。在各方力量积极协助下，初到北大的蒋梦麟比较顺利地开展了工作，从而为蔡元培重回北大创造了条件，提供了可能。9月12日，蔡元培在各方期待下，重返北大复职视事。在此后的日子里，蒋梦麟便以总务长的身份协助蔡元培对北大进行整顿和改革。
作为教育哲学家杜威的门生，蒋梦麟对现代教育有相当深入的研究，他在主编《新教育》时所发表的那些文章，足以表明他的现代教育理念和理想。现在的问题是，他如何将这些理念和理想用在北大的实践上。他认为，正像西方的谚语所说的那样，“旧瓶不能装新酒”。作为新思潮的发祥地，北大既有新精神，便不可不有新组织。犹如有了新酒，不可不造一个新瓶。在他的主持下，北大创设教务、总务两处及聘任、财务等委员会，均以教授为委员。蒋梦麟自任总务长，顾孟余任教务长。
根据教授治校的原则，蒋梦麟于1920年将原有的评议会职能扩大，与行政会议、教务会议、总务处并称四大部。评议会司立法，行政会议司行政，教务会议司学术，总务处司事务。教务会议仿欧洲大学制，总务处仿美国市政制，评议会、行政会议为北大首创。
按照组织规定，评议会委员由教授互选，教务长、总务长以及各院院长为当然会员。在教授的互选中，约五人中举一人，取民主之义。北大当时有教授八十余人，举评议员十七人。校长为评议长。评议会的功能，简单而言相当于民主政体下的立法机关，为学校最高立法机构。举凡校中章程、规定，均需经评议会通过。评议会有权制定各项规程，授予学位，维持学生风纪。
评议会为协助校长调查、策划大学内部组织事务起见，又议决成立一个“组织委员会”，定额九人，由校长指认，并征求评议会同意。蒋梦麟是这个组织委员会的委员长。按照简章规定，组织委员会的主席为校长，但校长不能出席时，则由委员长出席。组织委员会成立后，首先负责修改完成《国立北京大学内部组织试行章程》，规定了北京大学组织管理的基本模式，即校长为大学最高领导；评议会为大学立法机构；大学行政由行政会议负责，其组成方式由各常设委员会委员长组成，校长为当然议长，教务长为当然会员，总务长为当然会员兼书记，协助校长，推行全校大政；各常设委员会有组织委员会、预算委员会、审计委员会、聘任委员会、入学考试委员会、图书委员会、庶务委员会、仪器委员会、出版委员会、学生自治委员会、新生指导委员会等。各委员会成员由校长指定，但明确规定以教授为限，显然这是为了实现教授治校的理想。
蒋梦麟首创的行政会议有点类似于西方民主政体中的行政机关。行政会议及各委员会之委员由校长推举，经评议会通过，一半采纳民主的意思，一半采取效能主义。行政会议操全校行政之权，负责全校日常事务。
教务会议组织体制为仿欧洲大学制，其功能主要是司学术。教务会议之成员由教授互选，亦取民主之义。教务会议的执行机构为教务处，各系主任互选教务长一人，处理日常事务。
总务处的设置是仿照美国的市政制，司事务。总务长及总务委员为校长所委任，纯采效能主义。盖学术重民主，事务重效能。总务长操全校事务之权，负责处理校中庶务。原体制中的各处室也有所调整，使之成为一个系统化的有机体，共分设校舍、杂务等十三科。其组织，合数科为一部，以总务委员长之，曰某部主任。
现合校舍、杂务、斋务、卫生四科曰庶务部；合介绍、询问、注册、编制四科曰注册部；文牍、会计两科，直隶于总务长；出版、图书、仪器等各自立一部。
在北京大学一系列组织系统中，蒋梦麟担负着一系列重要的角色，除总务长外，还兼任文牍、会计部主任，预算、聘任、学生自治以及修改预科课程等委员会委员。尤其是总务长一职，自北大改组以后，所有行政上一切事宜，均由总务处负责，而取决于总务委员会。该会规定每星期一会议一次，并规定时间为下午4时至6时半。只是从实际情况看，有事稍长，无事则短。不过从总体上说，每次时间都相当紧凑，时间虽不长，但对于校内一切事务，多所整顿。
在蒋梦麟主持完成的这一系列改革中，其基本精神就是要北大能够走上教授治校的道路，从而实现学术自由、教授治校的现代教育理想和教育理念，使大学真正成为不受政治干扰，相对独立和自主的学术机关，并以无畏地追求真理作为治校的基本准则。
自从到了北大之后，蒋梦麟便将自己的生命与北大紧紧地联系在一起，他每日所思所想，实在都是如何建设北大的事情。只是碍于经济及政治环境方面的困难，蒋梦麟的许多理想并不曾实现。他理想中的北大一定是世界第一流的大学，一定是要在世界教育、科学方面占有重要地位的高等学府。因此他在录取新生时便格外重视学生的素质和质量，不愿以数量牺牲质量。他在1923年9月北大开学典礼上说，今年新生投考的几近三千，学校里只取了一百六十余人。外面因为我们取得太少，有许多误会和责难。其实我们录取新生，标准为重，不甚拘守定额。
在硬件方面，蒋梦麟的理想也是要建设一个像样的大学，各种设备应有尽有。他在北大建校二十五周年纪念会上说，本校的设备因经济关系不甚完全，我们现在所要的“工具”，就是要一所好的大会堂，能容纳多数人在里边开会，不要再像这次临时搭起席棚子。还要造一个图书馆，我们方有研究和创造学术的地方。不过现在经济困难，如何去办呢？总务长天天跑来跑去，还是跑不出钱来。又如想建寄宿舍，必要先觅地基，地基有了，但是没有钱去买。在这种情形下，实在觉得没有法子。现在我们预备无论如何困难，自今年起至明年止，必定将图书馆造成。在科学研究和教学方面，蒋梦麟也有自己的一套想法。他认为有三件事值得北大全体同人一起努力：
一、当输入西洋文化，并用全力去注意它。蒋梦麟说，这话虽是老生常谈，不过现在我们是要去实行。从前张之洞说“中学为体，西学为用”，总要体用兼备才对。现在我们却要把这话反过来说了，当以“西学为体，中学为用”。因为我们的国学须经过一番整理的功夫才行；整理国学，非用西洋的科学方法不可。所以第一步还是先要研究西学。况且现在应用的学问，大半须从西方得来。以本校而论，想着实地输入西方文化，先要改良图书馆，多买西籍，希望北大诸生熟悉英、德、法文，能直接看书，不至于有不懂和误解的地方。
二、当整理国学。蒋梦麟认为，要是随随便便地拿起中国的什么书籍来看，是没有用处的。我们如果有了学问，应当去做乾嘉时代一般学者的功夫，以科学方法把国学整理一番，将来好出一部北大的“国学丛书”，使一般国民领会了国学以科学方法来研究的好处。
三、当注重自然科学。蒋梦麟指出，现在文化运动基础不稳固，缺点就因为不注重自然科学。我们若想使文化运动的基础稳固，便不得不注重它。西洋文化所以如此发达者，就是因为它们的根基打在自然科学上。现在我们首当明白的，要晓得在中国十年或十五年后，必有一种科学大运动发生，将来必定有科学大兴的一日。所以无论是文科的，法科的，理科的诸同学们，凡关于天文、地理一类的自然科学上，都当着实地注意才好。在学校方面，要把经费节省下来，把理化的仪器室特别地推广，好请一般同学和教职员切实研究切磋，使有最新式最完全的实验室来实现。我们不特去研究西洋已发明的科学，且要发明新原理。这样下去，庶几方有稳固的根基。等到北大建校三十五周年或四十周年时，有了显著的好成绩，也可以在世界上去讲，就不至于竟是挂一块招牌的了。
为了将北大办成世界一流，蒋梦麟深切期望北大能够具备自己与众不同的精神，成为中国教育界的楷模。对于北大应该有的精神，蒋梦麟提出自己的期待：
第一，具有大度包容的精神。俗语说“宰相肚里好撑船”。个人如此，机关亦如此。凡一个机关只能容一派的人，或一种思想的，到底必因环境变迁而死。即使苟延残喘，窄而陋的学术机关，于社会决无甚贡献。虽不死，犹和死了的一般。但容量无止境，我们当继续不断地向“容”字一方面努力。
第二，具有思想自由的精神。人类有一个弱点，就是对于思想自由，发露他是一个胆小鬼。思想些许越出本身日常习惯范围以外，一般人们恐慌起来，好像不会撑船的人，越了平时习惯的途径一样。但这种思想上的胆小鬼，被北大渐渐地压服了。北大是不怕越出人类本身日常习惯范围以外去运用思想的。虽然我们自己有时还觉得有许多束缚，而一般社会已送了我们一个“洪水猛兽”的徽号。北大里面各种思想能自由发展，不受一种统一思想所压迫，故各种思想虽平时互相歧异，到了某种思想受外部压迫时，就共同来御外侮。引外力以排除异己，是北大同人所不为的。
正是有了这种精神，虽然此后中国在政治上风暴迭起，但北大却在这一批有勇气、有远见的人士主持下，引满帆篷，安稳前进。
一次自杀引发的议论
1919年11月16日，北大法律系三年级学生林德扬在三贝子花园（今动物园）投水自杀，引起了知识界的极大关注。
五四运动开始前，林德扬因病在西山疗养。当他听说五四运动的消息后，立即赶到山下，抱病参加学生会国货维持股的工作，抵制日货，每天还写一篇白话文送到新闻股，帮助编辑新闻，到处奔走呼号。后来他又觉得诸同学为国货负贩，事倍而功微，非根本之计。而中国之所以贫弱，也主要在于没有实业作为基础。于是他个人纠集同志创办实业，拿出七百多元，自认巨股，在东安市场开设了“北京第一国货点”。以期以自己的行动为国人树立一个榜样，使中国人都来开点办厂。然而残酷的现实使他处处碰壁，他所经营的国货点也以失败而告终，实业救国的理想彻底破灭。再加上夙疾屡发，遂悲观厌世。
林德扬的死是“五四”后青年心理脆弱的表现，自然引起各界的关注和议论。19日，罗家伦在《北京晨报》上发表文章，详述林自杀的情形和原因，并说出三个补救办法：一、美术的生活；二、朋友交际的生活（并男女朋友交际的生活）；三、确立新人生观。
21日，蒋梦麟撰文指出罗文的三个基本观点，都可以赞成，但对罗家伦文中的一些说法，表示不敢苟同，有必要加以申说。蒋梦麟认为，第一，中国人对于自杀不算是不道德，这是不好的观念。因为杀人尚有人要抵抗，自杀就无人能抵抗。所以西洋法律上对于尝试自杀者加以罪。宗教上也视自杀为罪过。天生我堂堂的一个人，要我自己保护。我不保护，还要自杀，岂不是罪？罗家伦把这个罪加在社会身上，我国这种恶劣社会，固当承受这个罪。但社会本来不能自己改良，要我们个人去改良它。社会还没有改良，我就把自己杀了。这社会还有改良的日子吗？
第二，罗家伦认为，中国自杀之风稀少，正是中国人心气薄弱的一种表现。对此，蒋梦麟认为，青年自杀也足以表现中国人心气薄弱。德国因中学功课太重，学生时有自杀的。但通行的风气是决斗，不是自杀。两人决斗，败者伤或死，伤也伤了痛快，死也死了痛快。这是人心强毅的表演。自杀是自示其弱。
第三，罗家伦认为，我们要奋斗到极点，才可自杀。蒋梦麟认为这也是不对的。他指出，我们奋斗到极点，还要奋斗。人家杀我，我没有办法，我们万不可自杀。过渡时代终有许多困难和失望的事，终要遇着许多荆棘。我们终须用大刀阔斧斩一条路。为后人造幸福，万莫灰心。生命只有一个，是可宝贵的，我们常常要抱乐观才好。
五四运动之后，青年学生另外一个心理倾向是对社会问题、政治问题具有极大的兴致，而对于学习则多少有点忽略。1920年9月11日，蒋梦麟在北大开学典礼上语重心长地告诫北大学子，说他有一天在胡适那里谈天，胡适说现在的青年连一本好好的书都没有读，就飞叫乱跳地自以为做新文化运动。其实连文化都没有，更何从谈新！蒋梦麟认为，胡适的话实在说得非常沉痛。所以我们此后总要立定志向，切实读书。还有一层，就是物理、化学等物质上的文化也应该同文字方面的文化并重。比如现在饥民这样多，因为交通等关系，赈济就这样地困难；有时传染病发生，也往往弄得手忙脚乱，死丧无算。这都是物质文化太不发达的弊病，我们不可不注意。
蒋梦麟对学生的态度是一贯的，作为一校之长，蒋梦麟对他的学生自然是真诚热爱的。但是有一点，蒋梦麟素来反对学生参与政治斗争，更反对学生为了政治斗争而作无谓的牺牲。他素来认为，知识界参与实际政治问题要有两个条件：一、维持现状的实际政治，是不必参与的。因为维持现状的政治人物很多，不必知识界来供给。二、改革或革命的实际政治，才有参与的价值。然亦须以不妨害研究学术和较远的问题为界限。不然，知识界失去自己的本职，还有参与政治的资格吗？譬如五四运动，我们不能不承认有相当的效用，但结果还是一个失败。其流毒于全国学校，其害与驱逐几个恶人和阻止巴黎和约签字之利相比较，我们实难定哪个是轻哪个是重。政治恶劣如故，我们也看见的；学校成绩的退步，青年的堕落，我们不能不承认自大学至中学，全国滔滔皆是了！这样下去，不但现今的政治无法改良，将来的政治仍是没有希望。悬崖勒马，能发能收，这是知识界的本职。蒋梦麟强调，知识界要讨论或参与实际政治，决不可忘了自身的本职，那就是努力发展学术、科学、思想等。知识界于本身上站不住脚，根本就不配谈政治。
基于这种政治理念，蒋梦麟在主持北大校务的那些年里，虽然一再要求北大学生不要轻易地介入政治纷争，要求北大教师在参与政治纷争的时候，最好是使用自己单独的力量，而不要轻易地介入某些政治团体，但是，出于知识阶级最起码的社会责任心，蒋梦麟一直对社会问题、政治问题保持高度的重视，积极充当社会良心，不断就政治问题、社会问题发表见解，并与志同道合者结成团体，以团体的力量做政治上的努力。
教育破产的根源
在蒋梦麟协助蔡元培主持北大校务的日子里，北大实际上一直面临诸多困难。政治上、经济上的困难不必说了，而且还经常遇到一些人的故意捣乱。1921年4月28日午后，北大第一院二层楼西头一个讲堂内火起，延烧一室，而窗户皆上锁，幸有出版部诸人未散，发现烟焰，急呼人来救，乃得扑灭。此次是有人放火，万无可疑。因为四天前，二楼洗手间门后一只木箱内起火，发现一个鸡蛋壳内有硫黄臭味，幸发现尚早，没有酿成大灾。
大火扑灭后，蒋梦麟又在第四层楼一个讲堂内发现烟焰，门也是锁了的。开门进去看，火起于讲座下，讲座下置有蜡烛，正燃着，旁堆着鸡毛及讲义纸一堆，烛尚未烧到底，故未大烧起来。四楼上扑救很不易，放火的人可谓下毒手了。在这种条件下，如何能办好北京大学呢？
蒋梦麟在1922年12月发表的《学风与提高学术》一文中对“教育破产”现象进行了分析，他说，我们办教育的人，近来真觉得日暮途穷了。从前我们以为政治不良，要从教育上用功夫，养成人才，去改良政治。近年来，政治愈趋纷乱，教育界经济上和心理上，都因此受莫大打击。不但经济破产，精神上破产的征象已渐渐暴露了。于是数年前只讲教育，不谈政治的迷信，渐渐打破；一些学生借群众的势力，去干涉政治，如烧房子、围攻省议会、开国民大会等；一些教员批评政治，或发通电对于政治有所主张。此种举动，于实际政治问题不无小小的影响，但对于政治基本问题，还搔不着痒。若以学校本身而论，因此反惹起外患与内乱。我们办教育的人，更觉苦于应付。
当时的教育界确实处于蒋梦麟所说的这种困难境地之中。学校之中，人心惶惶。数年前勇往直前的精神，为沉闷不堪的空气所包围，好像一轮红日为黑沉沉的云雾所围绕。教育界在五四运动之后那些年所用于自卫或攻击的武器只有一件，就是罢课。但是这件武器一用再用，久已破烂不堪，不能再用了。自卫之道既穷，于是沉闷之气日甚一日。近来又发现一件很困难的事，即是“学风”问题。
什么叫学风呢？一个学校里，教员、学生，共同抱一种信仰，大家向那所信仰的方向走。清末的时候，这个学风就是欧化。一个学校里，能多请几位外国人，或多请几位洋文优长的教员，多造几座洋房，大家就高兴得了不得。自1917年至1920年间，大家所抱的信仰就是“文化运动”。那个时候，一旦讲起文化运动，大家都抱无穷的希望。现在又渐渐地消灭了。哪里还能用“文化运动”这四个字来唤起人们的精神呢？
对于这个问题，蒋梦麟表示现在所能勉强提出的一个办法，就是提高学术。但这办法实行起来很不容易。一来是提高学术，不是短促时期内所能办得到的。二来是不能马上用来出风头。三来是要在图书馆、实验室里用苦功，哪里能耐烦呢？所以要用提高学术来唤醒精神，养成一个学术化的风气，谈何容易？况且学术两个字太抽象了。哪一门学科不是学术？要提高哪一种？说提高学术，好像说要做好人。好人是人人愿意做的，不过要怎样做便成好人，这就是一个困难的答案了。提高学术，是人人所欢迎的。但怎样才能提高？要提高哪一种？普通地谈提高，是唤不起精神来的。
教育与政治的关系，是教育界一直难以很好处理的复杂问题。蒋梦麟素来认为，从事教育的不能绝口不谈政治。今日国中优秀分子，以教育事业清高而投身其间者，颇不乏人。若此班优秀分子绝不注意政治，将一任政客之摧残乎？教育家不关心政治，则学生亦将间接受其影响，将来政治之改良，将以何人负其责任乎？故同人以为政治一物，当分作两方面观：一曰政党与政事，教育界所不当涉足或干涉之。涉足政党，则政党之变迁，将影响乎学校，学校之破裂可立而待；干涉政事则阻碍行政，抛荒职务。二曰政论，若剖明是非，主张正义，启发后生，养成平民政治之习惯等，是教育界责无旁贷的事情，弃而不顾，是弃其天职。然而教育界如果抛荒学校事务，运动选举，口虽不谈政治，而实则贻祸教育，罪莫大焉。
基于这种认识，蒋梦麟早在1920年就与胡适、陶孟和、李大钊、高一涵等人联名发表《争自由的宣言》，强调他们本不愿意谈实际的政治，但实际政治却没有一时一刻不来妨害他们。政治逼迫他们到这样无路可走的时候，他们便不得不起一种彻底的觉悟：认定政治如果不由人民发动，断不会有真共和、真民主的实现。
在蔡元培的精心主持和蒋梦麟的积极协助下，北京大学一方面与现实政治积极抗争，一方面努力做好自己的事情，像一叶小舟在风雨中艰难行进。但到了1925年段祺瑞因“三一八”惨案“引退”之后，奉系军阀入主北京，北京的政治环境越来越险恶。翌年4月26日，蒋梦麟得知自己的名字已经上了军阀的黑名单，于是他只得在朋友的帮助下逃离北京，脱离北大。
回到阔别之所
国民革命军攻克杭州之后，国民党中央政治会议浙江分会正式成立，蒋梦麟出任委员，并兼任浙江省政府委员及教育厅厅长。1927年6月，国民政府决定对全国的教育体制进行改组，实行大学区制，浙江设立第三中山大学，由蒋梦麟任校长。1928年初，反对大学区制的呼声越来越高。7月，浙江大学区改称国立浙江大学，仍由蒋梦麟任校长。10月，蔡元培辞去大学院院长，中央政治会议决定由蒋梦麟继任，并同意将大学院改为教育部，于是蒋梦麟又成为国民政府教育部第一任部长。
1930年11月，蒋梦麟因中央大学易长及劳动大学停办，与国民党元老吴稚晖等人发生冲突而辞去教育部部长，随后被国民政府任命为北京大学校长。翌年1月就职，回到阔别五年之久的北大。
对于国民政府的这项安排，蒋梦麟起初并无意接受，他的顾虑是北大此时经费枯竭，已到了不可收拾的地步；教授们兼课太多，严重影响了教学质量。而经费枯竭，使学校经费中十之七八都用于支付教职员工的薪水，更无多少款项来添置书刊资料及仪器设备。在这种恶性循环的大背景下，又怎样能够将这所颇负盛名的大学办好呢？
对于蒋梦麟的这种顾虑，他的一些朋友尤其是傅斯年、胡适等人心中相当清楚。傅斯年对于北大向来热心，于是找胡适商量，如何能筹到一笔款项来帮助蒋梦麟重整北大。经过他们二人与中华教育文化基金会董事顾临详谈，决定由中华教育文化基金会与北京大学每年各出二十万元作为合作特别款项，用于设立研究讲座、专任教授以及购置图书、仪器的费用。
中基会的援助计划使蒋梦麟信心大增，使他有可能放手进行整顿，在全国挑选教授与研究人才。对于那些平庸的教授，蒋梦麟大胆辞退，他明白告诉各学院长说：“辞退旧人，我去做；选聘新人，你们去做。”由此可见蒋梦麟的魄力与担当。
有了中基会的经费支持，蒋梦麟有可能聘请到最好的教授，经过一段时间的调整，北大的教授队伍相当整齐，第一批聘请的研究教授有汪敬熙（心理学）、曾昭抡（化学）、冯祖荀（数学）、许骧（生物学）、丁文江（地质学）、李四光（地质学）、赵乃抟（经济学）、周作人（中国文学）、刘复（中国文学）、徐志摩（外国文学）、陈受颐（历史学）、汤用彤（哲学）；稍后续聘梁实秋（外国文学）、叶公超（外国文学）、江泽涵（数学）、萨本栋（物理学）、饶毓泰（物理学）、朱物华（物理学）、张君线（政治学）、吴定良（统计学）、葛利普（地质学）、斯伯纳（数学）、奥斯谷（数学）等，皆为一时之选。
在解决了北大的经费问题之后，蒋梦麟在胡适等人的配合下，对北京大学的行政和教学制度做了很大变更，拟订了北大长期发展计划，明确“教授治学，学生求学，职员治事，校长治校”的基本方针，并以此方针改变了学校原来的一些制度，规定北京大学以研究高深学术、养成专门人才、陶融健全品格为职志。在学校的组织系统方面，蒋梦麟改文法理三科为文法理三个学院，实行学院制，全校共设十四个学系。文学院先由蒋梦麟兼任院长，后聘胡适担任；法学院和理学院分别由周炳琳、刘树杞担任院长。改文学院之英文、法文、德文、东方文四系为英、法、德、日文四组，合称外国语文学系。
北大这次革新的要点在于教师的挑选，蒋梦麟的基本想法是对教师只看学术上的贡献，以期将最理想的阵容摆在北大，从而使北大面貌焕然一新。1930年以前，军阀连年混战，教育经费积欠严重，教职员长期以来生活不能得到应有的保障。一个教授在一个学校任课的收入不能维持全家最低限度的生活，于是北大教授中兼课现象极为严重，教育质量受到严重影响。蒋梦麟一方面争取外界财力支持，另一方面切实整顿学校纪律，规定北大教授以专任为原则，在他校兼课者，则薪金较专任者少；在他校兼课较多者，则改任讲师；规定新教授初聘订约一年，续聘订约二年，在聘约有效期内不得中途他去。
为了北大及国内外大学毕业生继续有条件进行更为高深的研究，蒋梦麟改组北大研究院，分文科、理科、法科三个研究所，各所主任由文学、理学、法学院院长分别兼任。规定北大研究院为北京大学及国内外大学毕业生继续研究高深学问之场所，报考资格须为国内外大学本科毕业者，如志愿研究并有专门著作，经审查合格者，虽未在国内外大学毕业也可报考，唯须经过规定之入学试验，合格者始得为研究生。入院考试的内容，规定一是所专习学科之基本知识，以至少能了解所治学科的基本知识及其沿革历史为及格，此项考试科目至少须在四种以上；二是外国语，以至少能用一种外国语读书、对译为及格。规定本校毕业生在校各学年成绩和外国语成绩平均在75分以上者，得免其入学考试。本校助教愿做研究生者，经本系主任推荐，可免入学考试。研究生在读年限至少二年，至多五年，规定最初二年必须在院研究。
1932年10月，研究院正式招收二十五名研究生，指导教授及研究课题有马裕藻的古声韵学，马衡的金石学，叶瀚的雕刻瓷器之研究，沈兼士的文字学，刘复的语音学、方言研究，朱希祖的明清史，陈垣的中国基督教史、元史、元典章之语体文及元代社会风俗研究，徐炳昶的中国古代哲学，钢和泰的宗教史、宗教美术，黄节的汉魏六朝诗，周作人的中国歌谣，钱玄同的音韵沿革、说文研究，沈尹默的唐诗研究，许之衡的词典研究等。这些教授均为当时中国第一流的科学家，这个阵容不仅为北大的中兴做出了巨大贡献，而且为中国的科学事业做出了划时代的贡献；不仅是北大百年历史上少有的阵容，也是中国一百年来最为整齐、个体及整体实力都最强的阵容。
当年蔡元培的工作重点是加强文科教育和研究，而蒋梦麟此时的重点则是加强理科的建设，他于1931年聘请李四光出任北大地质系主任。在李四光主持下，地质系的教学设备有了较大的改进，先后建立了矿物学实验室、古生物学实验室、矿物岩石光学实验室、岩石分析室、薄片制造室、天平室、绘图室、测量仪器储藏室，修建了地质学馆，开辟了地质陈列室和研究室，还设立了地质学教室、古生物学教室、选矿实习室等等。其他理科各系的发展也大体相同。据统计，到1935年，北大全校共有实验仪器6716件，标本15788种，药品及实习用具3100多件。这些虽说是大学教育所必需的设备，但在当时的历史条件下，北大能有这些设备，确乎不愧为“全国各校之冠”的美名。
在图书资料建设方面，蒋梦麟力所能及地加大投入，将图书部改称图书馆，另设图书委员会，研究决定有关图书馆的一些重大问题。为了扩大图书阅览设施，于1934年在嵩公府西院空地建筑新馆，有容纳500个座位的阅览室和供教授使用的24间研究室。书库有防火防潮的设备。图书馆藏书逐年有所增加，至1935年，北大图书馆共收藏中文图书170415册，日文书籍12275册，西文书籍67603册，中外文杂志400余种，中西文报纸30余种。并保存有一定数量的孤本、珍本和善本。翌年购进马隅卿收藏的小说、戏剧书籍5389册，中多罕见秘本。除学校图书馆外，北大文科研究所藏清朝内阁档案、汉简、拓片等为数尤多。
按照胡适的观察，蒋梦麟的意思是很想把这个新的北大图书馆完全放在一种新的组织和新的效率上。简单说，就是要“美国化”。因为他们深信图书馆是以美国的为世界第一。
在蒋梦麟的主持下，北京大学在这一时期取得相当突出的科研成果。尤其是研究教授的规定大幅度地提高了研究教授的待遇，使他们不必为生存状况而操心，从而将主要精力用在科学研究上，有效推动了科学研究水平的提高。理科教授如李四光、丁文江的地质学研究，饶毓泰的物理学研究，王守竟的光学研究，曾昭抡的化学研究，汪敬熙的生物学研究，冯祖荀、江泽涵的数学研究等，都在国际或国内学术界处在领先地位。在人文科学方面，语音学方面设有语音乐律实验室，先是由刘复主持，1934年刘复去世后，改由罗常培负责，有各种实验语音乐律的仪器55种，主要工作是计划调查全国方音，制成各声调曲线及图表。对中国古音韵和方言也进行了一些调查和整理工作。如刘复编辑的《中国俗曲总目稿》《十韵汇编》，发表了《敦煌掇琐中辑》《中国文法讲话》《西汉时代的日晷》《莽权价值之重新考定》等，罗常培著有《厦门音系》《唐五代西北方音》《中国音韵沿革》《国语字母演变史》《切韵探迹》《中原音韵声类考》《中国方音研究小史》等，魏建功的《古音系研究》《方言研究》等。
1936年5月，由胡适、罗常培、顾颉刚、周作人等发起组织风谣研究会，得到吴世昌、朱光潜、沈从文、徐芳等人的积极赞助，先后编辑出版了《北大歌谣周刊》和“新国风丛书”等。在历史学方面，由孟森主持的明清史料整理室，购入清内阁大库所藏有关明清史的档案60余万件，自1933年起，开始对这些史料进行整理、研究和出版工作。先后由马衡、胡适主持的考古室，藏有各种古器物5000余种，收购和交换的文献资料多达两万余件。考古室还和各学术团体联合组成西北考察团，在新疆一带发掘出汉简一万多件，后经陈受颐、蒙文通、傅斯年、孟森等人的整理，对中国古代史的研究起到相当大的推进作用。考古室的工作重点是整理所收藏的全部金石拓片，并编辑本所收藏的金石文字目录。从事这项工作的有郑天挺、姚士鳌、罗尔纲等人。陈受颐进行了总题为“明末清初中西文化接触”的研究，钱穆也先后出版了《先秦诸子系年》《近三百年中国学术史讲义》《黔汉三国史》等著作。在哲学史方面，有汤用彤关于魏晋南北朝时期佛教史的研究，张颐关于黑格尔哲学思想的研究等。在美学方面，有朱光潜的《谈美》《致青年的十二封信》《西方文艺批评史》等著述。在政治、经济、法律方面，比较有代表性和学术价值的著作有许德珩的《社会学概论》《社会学方法论》《家庭进化论》《唯物史观社会学》，张忠线的《中国国际关系史》《近代远东外交史》《欧洲外交史》，赵乃抟的《英国制度经济学》《重农学派与重商主义之比较》等。
北大具有悠久的出版传统。从1930年起，又陆续恢复出版了各种刊物。由学校主办的除了《北京大学日刊》外，还有《国学季刊》《社会科学季刊》《自然科学季刊》等。这些刊物基本上都能按时出版，刊载各教授专题研究论文，其他专刊如孟森的《清初三大疑案考实》《明元清系通纪》，张忠线的《中华民国外交史》，陶希圣的《唐代经济史》，以及《顺治元年奏折》《太上皇起居注》《清九朝京省报销册目录》等均先后出版。
风雨飘摇中的一叶小舟
蒋梦麟主持新北大取得如此成绩是很不容易的。1931年9月17日，经过整顿的新北大正式开学，蒋梦麟在主持开学典礼的时候宣布聘请各科著名教授十五人。北大全体师生对此感到格外兴奋，北大的希望就在明天。
然而正是在明天，即1931年9月18日，震惊中外的九一八事变却发生了。蒋梦麟和北大师生仅仅高兴了两天，他们都知道空前的国难已到了他们的头上，而他们经过八个月辛苦筹备的新北大可能就要被摧毁了。
面对空前国难，蒋梦麟和北大师生意识到，日本帝国主义决不会容许中国从容地建设一个新的国家。但他们在那个时候，却都又自然地感觉出一种新的兴奋，那就是打定主意，不顾一切，要努力把这个学校办好，努力给北大打好一个坚实可靠的基础。所以北大在那最初的六年国难中，工作最勤，从没有间断。甚至一向对现实政治极为敏感的北大学生，在这时也极少举行游行示威抗议活动。一来因为国民政府迁都南京之后，政治活动的重心实际上也跟着转移；二来实在是因为北大在蒋梦麟等一批知识分子的带领下，久已深知学术救国才是最为根本的举措。
从1930年到1937年的七年时间内，蒋梦麟一直把握着北大之舟的航向，竭智尽能，总希望使这个学问之舟平稳渡过中日冲突中的惊涛骇浪。在胡适、丁文江、傅斯年等人的帮助下，北大得以平稳前进，仅偶尔调整一下风帆而已。
为了争取时间，蒋梦麟领导的北京大学只好小心翼翼地在浅水里缓缓前进，不敢闯进激流，以免正面撞上日本侵华浪潮。师生们的口号是“在北平一天，当作二十年来做”。当然，他们的谨慎与怯懦是不同的。每当日本“第五纵队”伪装的学者来到这个“文化中心”（实际上他们是把北大看成反日运动的中心）“拜访”时，蒋梦麟总是毫无保留地表示他们的态度。有一次，一位日本学者对北大教授大谈中日文化关系，话语刚落，蒋梦麟却明确告诉他，除了日本的军事野心外，我们可看不出中日之间有什么文化关系存在。只有日本政府肯放弃武力侵略的野心，中、日两国才能携手合作。
在蒋梦麟的谨慎主持下，北大教学和学问研究的水平提高了，教授们有充裕的时间从事研究，同时诱导学生集中精力追求学问，一度曾是革命活动和学生运动旋涡的北京大学，已经逐渐转变为学术研究的中心。七年之中只有一次值得记录的示威运动，即当日本迅速向长城推进时，北大学生也积极参加这一救国运动。
为民族复兴保留读书种子
当芦沟桥事变爆发时，蒋梦麟正在庐山参加蒋介石召开的谈话会。谈话会结束，蒋梦麟本希望尽快返回北平，但北上的火车已全部停顿，不得已只好滞留南方。
中日战争爆发后，中国的教育机关受到严重的破坏。平津沦陷以后，许多教员和学生知道在侵略者的刺刀下绝无精神自由的希望，纷纷追随他们的学校向南或其他地方转移。鉴于这种状况，国民政府下令在后方成立两个联合大学，一个设在长沙，一个设在西安。
设在长沙的临时联合大学由北京大学、清华大学和南开大学三校组成，蒋梦麟与清华大学校长梅贻琦、南开大学校长张伯苓为筹委会常务委员，杨振声为秘书主任，负责办理校址勘定、科系设置、师资招聘、学生接收以及新设备之置设等工作。
在平时主持一个大学都相当的难，而在战时主持联合大学更难，尤其是要三个个性不同、历史各异的大学共同生活，且三校各有思想不同的教授们，各人有各人的意见。在这种情况下，蒋梦麟一面为战局担忧，一面又为战区里或沦陷区里的亲戚朋友担心，他的身体就有点支持不住了。“头痛”不过是一种比喻的说法，真正的胃病使他的精神和体力受到很大的影响。虽然胃病发作时，他仍旧打起精神与梅贻琦共同担负起责任，但毕竟是靠许多同人的共同努力和舟共济，他们才使这条由混杂水手操纵的危舟渡过惊涛骇浪。
联合大学在长沙成立以后，很快就聚集了两百名教授和一千多名学生。这些从沦陷区来的学生，父母对他们的接济自然中断了。有些学生甚至与战区里的家庭完全音信不通，有些在沦陷区的家长虽然明知自己的子弟在内地读书，但是遇到敌伪人员的盘查时，宁愿把孩子报成死亡，以免招致无谓的麻烦，也无法用钱去接济在内地读书的孩子。迁往内地的这些大学的经费只能靠政府拨款维持，其困难便可想而知。经校务委员会议决，教职员薪水一律打七折支给。
南京沦陷后，日本军队溯江占领了南昌，长沙随之成为日军飞机的轰炸目标之一。而且从办学条件看，长沙也不是理想之处，于是蒋梦麟飞到武汉想办法，经蒋介石同意，国立长沙临时大学前往昆明，改称“国立西南联合大学”，简称“西南联大”或“联大”。
1938年5月4日为五四运动纪念日，西南联大正式开学。此时，联大共有四个学院，学生总数在一千三百人左右。翌年春，联大新校舍落成，办学规模再度扩大，学生人数已达三千人。至抗战结束，联大共有五百名左右的教授、助教和职员以及三千名学生。
以学校历史与校长资历论，蒋梦麟应该居于联大的领导地位，但他为了三校的团结与整个中华民族的事业，坚决主张不设校长，实行常务委员制，由三校校长蒋梦麟、梅贻琦、张伯苓及秘书主任杨振声组成，共同主持校务。大政方针实行合议制，推梅贻琦为主席，实际主持学校一切日常行政事务。原定三校校长轮流担任常委会主席，实际常驻昆明掌理校务的仅梅贻琦一人，并一直担任常委会主席。他们三人之间的友谊与团结是西南联大能在困难时期坚持下来的根本因素。南开大学校长张伯苓对北大校长蒋梦麟说，“我的表你代着”，这是天津俗语“你作我的代表”的意思。蒋梦麟对梅贻琦校长说，“联大事务还要月涵先生多负责”。因三位校长中以梅贻琦年纪较轻。蒋梦麟常说，在联大我不管就是管。这是实话，由此也奠定了三校八年合作的基础。
联大的困难首先体现在教师的生活上。从1937年起，教师的薪金被改为按七成发给，加上各种名目的捐款，所得无多。从1940年起开始发全薪，但由于货币贬值，物价暴涨，那点薪金很难养家糊口。当时有人说，现在什么都值钱，就是钱不值钱。教师所得到的，就是这种越来越不值钱的钱。一个月的工资加到几百万，不到半个月就花完了。教师们多是靠兼职兼薪，以为补贴。大多数人是卖文，向报刊投稿，得一点稿费。能作古文的人，为当地富贵人家作“谀墓”之文，这样的生意最好，因为可以得实物报酬。
据与蒋梦麟有直接接触的费正清记述，蒋梦麟的经济状况也非常糟糕，他与梅贻琦均是昆明知识界的头面人物，并以苦行僧的形象闻名，蒋的经济状况似乎已到山穷水尽的地步，仅余的衣物、书籍都当卖殆尽。
联大所面临的困难是严重的，但在极为艰苦的环境下，西南联大的教授们不仅克服了文人相轻的恶习，而且在科学研究、人才培养方面都有至今仍值得称说的价值。在人才培养方面，西南联大的成绩极为可观。许多后来在学术界有极大名声和成就的学者，都是西南联大出身。像诺贝尔奖获得者杨振宁、李政道等，当时都是西南联大的学生。如联大教授吴大猷自述，他当年在泥墙泥地的简陋实验室，以三菱柱放置木架上做分光仪，继续进行研究。但在他担任讲授“古典力学”的课程时，仍于学期结束时拟出十余个不同的题目，让学生自行选择进行研究。而杨振宁即选择了其中“以群论讨论多元分子之振动”的题目。而到了1957年冬，杨振宁、李政道获诺贝尔奖时，不约而同地致函吴大猷，说明他们多年以来的研究工作均可追溯到此一论文题。
投入现实政治的洪流
蒋梦麟为联大发展做出过重要贡献，但由于人事格局及其他方面原因，他在联大工作基本上手后，便将联大事务差不多都交给梅贻琦去进行管理，而他自己除了复习英文，写作自传体著作《西潮》外，便是接待一些无关紧要的政界和西方来华人物，参加一些重庆的会议。
这样说并不意味着蒋梦麟在那些年对联大事务根本就不愿意过问。事实上，他不仅参与了联大早期的一些事务性工作，即便是后来不愿太多地过问具体事务，也有不得不然的苦衷。但对于北大的未来，蒋梦麟并没有失去信心，他在每周纪念会上常说：“现在北大有如佛前微光，抗战胜利后必会发扬广大。”强调战后国家大事，即以文化教育而论，头绪纷繁，吾辈均须努力以赴之，以求成绩于百年之后。蒋梦麟在为北大的复兴暗暗使劲，暗暗准备。如果不发生重大意外的话，北大在蒋梦麟的领导下，必将有一个更加辉煌的未来。
然而伴随着抗战胜利，蒋梦麟却随着宋子文组阁担负起行政院秘书长一职。在其初任行政院秘书长的时候，蒋梦麟似乎并未想到辞去北大校长和联大常委的职务，因为在他看来，他可以随着宋子文的上台而从政，也必将随着宋的下台而回到学校。然而他忘了大学校长不得兼任政府官员这一限定出于他自己的手定。于是在并不太愉快的条件下，蒋梦麟不得不离开他服务数年的北大和联大，义无反顾地介入现实政治中去了。
蒋梦麟离开北大和联大的原因相当复杂。其中一个最重要的原因是蒋梦麟在联大期间确实只是为了整体的团结而很少过问北大的事务，致使北大的一些教授觉得在联大三校中有点吃亏，而由于蒋梦麟很少与教授接谈，当然与学生更无关系。蒋绝对不看教授，教授也只有极少数人去看他。北大只有一个校务会议，起初不选举代表，被教授逼迫多时，选出代表，但不肯开会。好像每年有两次，就算稀有的事。开会时总设法阻止多谈。蒋梦麟从重庆等地回来，有时有个茶会，或校庆时有茶会，但在这种会中，不过是一些礼仪性的活动而已，很少触及实际问题。
另外一个原因是，蒋梦麟的太太陶曾谷与北大多位教授谈不来。根据傅斯年的看法，蒋梦麟这几年与北大教授感情不算融洽，总是陶曾谷的贡献，大家的心理是“北大没有希望”。傅斯年为此事与蒋梦麟谈过好多次。而蒋梦麟总是说，联大局面之下无办法，一切待将来。傅斯年苦口婆心劝过多次，只惹得陶曾谷不高兴而已。
第三个原因是，陶曾谷似乎希望蒋梦麟到行政院当官，而蒋梦麟本人也有中国传统士大夫“学而优则仕”的情怀，特别是他当了国民党中央委员后，更自觉地介入现实政治。
鉴于这种种原因，蒋梦麟在北大，在联大，已无法作为。他这样离开北大对他个人来说，或许正是最好的一种选择。1946年8月27日下午6时，蒋梦麟应邀出席北京大学为其举行的欢送会，正式解除北大校长及联大常委职务。席间，胡适劝其早日脱离行政院，仍回北大当校长。蒋梦麟对胡适的建议不置可否，不过他此后再也没有回过北大。