古尔德是社会生物学的坚决反对者之一，他与“科学为人民”组织的同志们相信，该书宣扬了生物决定论。为此，他们向民众写了一封公开信，对生物决定论给以猛烈抨击，严厉指责威尔逊的工作不仅缺乏足够的实验证据支持，同时还具有政治上的危险性。无论威尔逊个人意愿如何，这一研究极有可能为维持某些阶级、某些种族和某一性别的现有特权而提供基因层次的辩解。这里面提到的某些阶级，当然就是以富人为代表的资产阶级；某些种族，则主要是白种人，而某一性别，明显就是男性了。古尔德认为威尔逊是在为阶级压迫、种族歧视和性别歧视提供科学依据。他旗帜鲜明地指出，科学是解放的工具，而不是压迫的工具。科学不只是要认识世界，而且应该将世界变得更美好，使这个地球更和谐。
“科学为人民”问威尔逊，你到底是哪个星球的人？
“科学为人民”团体还表示，他们不否认人类行为有遗传的成分，但是人类的生物普遍性只能在吃饭、排泄和睡眠等普遍性活动中被发现；但在高级的行为中，比如战争、对女人的态度、对自由的追求和经济活动等，则不宜一律以基因决定来加以解释。
社会生物学的激烈批评者、著名遗传学家列万廷(RichardLeewontin)是杜布赞斯基的学生，也是“科学为人民”组织的成员，曾经为了抗议越南战争而放弃美国科学院院士头衔。列万廷本是威尔逊的好朋友，是经过威尔逊的介绍才来到哈佛大学工作的。两人在同一层楼里工作，都是各自领域的佼佼者，后来因为社会生物学话题而反目成仇，在电梯里相见都不说话。列万廷毫不客气地指责威尔逊是一个空想家，在向普通读者介绍动物行为和人类行为之间的联系时，使用了一些诡计和策略，没有说明哪些是事实哪些是思辨。这对于科学研究而言，是一种严重的错误，社会生物学自然也算不上是严格意义上的科学。
列万廷的态度是，人的生物性不足以解释人的社会性。在等级社会里，必然存在机会不平等现象及人才浪费现象，科学的研究应该使这些损失及个人的不幸降到最小化，从而提高个人对变化了的环境的适应能力。如果只是告诉他们说他们的一切都是由基因决定了的，明显是不负责任的态度。所以，列万廷曾专门写了一本书，名为《不在我们的基因中》，用以一一反驳威尔逊。
人类学家萨哈林(MarshallSahlins)则说得更为直接，他提出了一个最为简单，但同时也是最为激烈的批评，而且极具讽刺意味。萨哈林认为社会生物学揭示的，其实都是一些生活中的常识，比如男人更有攻击性和喜欢拈花惹草，而女人相对温顺与羞怯，这都是人所共知的事情。而社会生物学却把这些东西拿出来当成科学到处说道，并且弄一大堆理论来加以论证和研究，显得纯属多此一举。为此萨哈林专门写下一本《生物学的使用和滥用》来驳斥威尔逊的理论，把社会生物学贬为神秘的废话，是伪科学。
社会生物学支持者们则对这种批评不能接受，他们回击说，常识不一定就是科学，只有经过系统的科学研究的常识才可以被当作是科学。科学的标准是是否正确，而不是是否常见。社会生物学确实揭示了常识下面掩藏的规律性的知识，这种知识是可验证的，同时具有预见性，当然就是科学。
甚至有人从该书的结构入手批评威尔逊别有用心，此书的中间二十五章内容全是关于动物行为研究的严谨的科学内容，而在第一章和最后一章却是涉及人类社会行为的大量思辨性结果。这种安排是有意识的，这样可以误导普通读者，因为相信科学家的权威从而一并相信社会生物学的原则，这与一位科学家应有的真诚与严谨形象不相符合。
对此威尔逊亦有自辩之词。他虽然身为美国政府的科学顾问，但极力否认自己的研究是出于任何政治目的。威尔逊委屈地说自己在该书出版时基本是个政治白痴，对意识形态一点都不感兴趣。他与道金斯等人都重申了这样的科学原则，即科学是客观知识，只要具有可检验性即可，而与政治及意识形态无关。所以，纯粹科学的研究不应该顾虑是否存在某种政治上的危险性。
威尔逊还认为，真正的科学有权自由地追求知识，并且可以创造人们所需要的知识，有助于更好地认识问题和解决问题。在这方面，社会生物学研究没有错误，也不应该停止。道金斯也支持威尔逊说，我们只关心什么东西是真实的，而不是有意要为什么事情提供辩护。
古尔德和列万廷则针锋相对地表示，科学必然包含政治和意义形态，回避这一点是自欺欺人的行为。虽说不是为了辩护而研究，但事实上确实提供了辩护。
生物学家蒙塔古(AshleyMontagu)也反驳了威尔逊的这一说法。他指出，所谓“客观”与“冷静”是不可能达到的境界，科学家也是人，是必然带有某种情感和偏见的人。比如现代的生物学界分为两大派，一派相对保守，相信基因的力量对人的影响大于环境的力量；思想比较自由的人则倾向于环境的力量超过基因的力量。每个人都会身陷这两派之中不可自拔。威尔逊就明显相信基因的力量，虽然他自己不承认有偏见，那只是他没有意识到这一点罢了。蒙塔古还说，试图将社会科学纳入到自然科学中去的做法和想法都是不现实的，是本末倒置。教育的作用在很多方面大于遗传，这是生物学家所认识不到的一面。
法国学者费伊(MichelVeuille)为了全面反驳威尔逊的理论，专门写了一本小册子，并于1986年由法国大学出版社出版。费伊在书中明确指责“社会生物学”是一个模糊的概念，是一个空洞的口号。
批评如潮水般涌来，文风又如此辛辣，以至于威尔逊有点招架不住了。他自问道：我在社会生物学这个主题中扯上人类行为，是否犯了致命的错误？他甚至担心自己会被当成一个差劲的科学家以及社会上人人喊打的过街老鼠。他还曾用复杂的心情回忆说：我在写《社会生物学》的时候，或许写到黑猩猩的地方时就应该结束，许多生物学家都希望我真的那么做。好几位评论者甚至说：如果我没有添上最后一章有关人类的章节，《社会生物学》将会是一本伟大的著作。
威尔逊的一些支持者也作出了强硬的回应，他们回击反对者受到了过多马克思主义思潮的影响，所以对其他科学家也妄加猜测，以为别人的研究也都带有强烈的政治色彩。连威尔逊本人都指出反对者的很多批评都是基于捍卫马克思主义哲学的目的。
看来，声明科学应远离政治的威尔逊其实具有很强的政治洞察力。
尽管社会生物学研究者们一再强调不为政治服务，但其谈论的主题已被另一些人毫无顾忌地拿出来当作科学依据了。美国媒体上出现了大量由个人或团体创作的文章，提出很多激进和有争议的观点，比如为“男性统治现象”提出强力辩护，提倡“有优越基因的人应该成为社会的领袖”。“男性至上主义”则强调“男性的支配是出于天生的攻击性”。这些道貌岸然的理论无不以社会生物学为科学后盾，不断提及人的“本性”和“决定”之类的字眼。这已引起社会生物学批判者的极大忧虑。社会生物学正在不断远离学术本身，成为意识形态之争的有力武器。或许威尔逊本不愿看到这一点，但此时他对此已是无能为力了。
英俊而又易怒和好斗的道金斯对英国政府的某些颇具社会生物学色彩的政策也只能表示“十分的愤慨和遗憾”。他又为社会生物学研究辩护说。我们并不提倡以进化论为基础的道德观，我们讨论的只是事物如何进化，而不是讲人类应该怎么做才符合道德规范和准则。我们不希望人们误解我们的研究。
面对形形色色的对社会生物学的批评、误解或是有目的的利用，威尔逊也不得不无奈地承认：确实存在用社会生物学来为社会现实辩护的危险，这么做就是坏的生物学，和所有坏的生物学一样，它将会带来灾难。
经过这些批评之后，威尔逊了解到自己在人文科学方面的缺乏，因此痛下决心埋头苦读社会著作，以期用另一种角度进一步分析人类的天性。1977年出版的《论人的天性》其实就是他的读书心得。
但媒体对他的批评并没有减少，大众对他也仍有误解。就在同一年，他在科学进步联合会进行演讲时，游行人群举着带有纳粹标志的牌子堵在门口向他示威。第二年，在华盛顿召开的一次美国科学促进会年度会议上，正在准备发表演讲的威尔逊遭到了反种族主义示威者的冲击。有一位年轻妇女把一罐冰水倒在了他头上，其他示威者则齐声高喊：威尔逊，你湿透了！这句美国俚语的本意是：“你非常不受欢迎！”威尔逊自己后来不失风度地把这次事件称为“冰水事件”。
重击之下，威尔逊的雄心并没有停止。他在《知识的整体》一书中，提出要把人文科学和自然科学加以整合的观点。因为这两类科学都在追问同一个主题，那就是人从何而来，又要从何而去。在这一点上，人文和自然是完全相通的。如果自然科学是河的一岸，人文科学是河的另一岸，那么社会生物学就是这河上的一座桥。威尔逊就是要构建这座桥的人。虽然有人对他要建的这座桥非常不满。
把各种科学统一起来，是每一个雄心勃勃的智者的最终目标。著名物理学家普朗克曾说过，科学本身是一个内部统一的整体，我们把科学分为独立的部分，并不是自然的本质，而是由于人类的认识能力不够造成的。实际上，从物理学和化学开始，经过生物学和人类学的发展，再到各种社会科学，都应该是连成一体的。所以，把人文科学和自然科学统一起来并不是天方夜谭。
不过对于威尔逊来说，虽勇气可嘉，但这一雄心显得过于超前了，起码到目前为止，还看不到把人文和科学统一的希望。自然科学界对人文科学抱着不屑的态度，而人文科学界则宣称自然科学不过是人文科学的一部分。在这种情况下，科学统一的梦想还需要时间的酝酿。
这个话题是哲学家的事情，教育学家们则关心社会生物学引出的另一个话题，那就是自由意志是否存在，以及引人向善的教育是不是还有必要。
所谓自由意志，通俗而言，就是想作恶就作恶，想行善就行善，做出不受外力强迫的行为的意愿。在某种意义上说，自由意志就是道德，是发自于内心深处的一种呼唤。
但如果行为受基因控制的话，那么，还存在所谓自由意志吗？达尔文曾经在笔记中写道：自由意志就是进化带给我们的一种幻觉。现代进化论者则把这种幻觉看成是具有适应性的自我欺骗，可以从中寻找到一种心理上的安慰，并帮助人们更好地生存。阿Q是把这种幻觉运用得极为成功的中国人之一。
也就是说，没有真正的自由意志。
这是一个可怕的设想，如果否认自由意志存在，那么人间的许多价值观念，包括法律条文，都必须重新加以审视。而且，如果没有自由意志，那么面对众多机会，个体有没有可能作出随意的选择？
社会生物学作出的回答是：没有选择的自由，一切选择，皆有出处。甚至一个人所处的环境，也都是由个体自己造成的。当一个人面对众红酒、白酒和啤酒时，他的选择是有倾向性的。这与他当时激素的分泌情况、体内乙醇酶的水平等综合因素密切相关，没有无缘无故的选择。当然，这与普通人的一般印象是不一致的，很多人觉得生活中存在大量的随机选择机会，这极有可能是一种假象。稍作仔细思考，每个人都会发现，这世界虽然无穷大，但自己的选择余地却并不多，有的人甚至要面对死路一条！
由此产生的问题更为敏感，如果人的行为早已注定，而且没有选择的自由，那么，教育还有用吗？累死累活地上学求知，意义何在？政治宣传、宗教布道、文学和艺术略图的弘扬爱与正义、有责任感的人士一直在追求良性的社会秩序，难道这些都是白费力气？
根据社会生物学的观点，当然是白费力气，否则还谈什么基因决定论。
教育只是代表了一种利益，也就是群体利益，而并非个体利益。教育的目的就是要把群体利益强加在个体利益之上。教育的过程与手段，与追求自由意志的教育原则是一对永远的矛盾，因为教育在表面上一再大声宣扬要发展个人自由意志，其实却是对自由意志的有步骤剥夺。
听起来很讽刺吧。
这也进一步引出了后续的话题。在社会管理中，道德说教的作用永远不如制度建设来得更有效。道德是一种劝导，而制度是一种震慑。劝导是可听可不听的事情，人们往往选择不听。而震慑不需要个人意愿的因素，那是必须服从的铁的规则，否则就会遭到处罚，死刑当是其中最严厉的手段。法律正在用某种形式代替自然选择的力量，从而强力塑造理想的社会形态。在这种社会形态中，每个人都必须收敛起自己最原始的，代之以另一种外衣，我们称之为文明。