重庆蜀军政府成立后，立即组织军队，准备西上讨伐成都。这时，在全国和全省革命潮流的袭击下，成都发生了一系列的政变。
自从端方在资州被杀、内江起义成功，进玫自流井的民军，因此也取得了胜利。于是，成都四周的民军，势力大振。这时被民军围困了几个月的赵尔丰，眼看救兵已经绝望，成都早晚要被打开，他便作这样的考虑：与其被革命党推翻，不如将政权交给立宪派，便于保存实力。就这样，11月27日，在立宪党人和赵尔丰的勾结下，成都扮演了一出“独立”的滑稽戏，成立了所谓“大汉四川军政府”，由立宪派头子蒲殿俊担任都督，赵尔丰的心腹新军统制朱庆澜担任副都督。至于赵尔丰，仍被委以办理边防的重任，实际上操纵着军政大权。对于这样的“独立”，人民当然不会满意。各地民军都以“索赵”为号召，继续向成都进攻。这.时，赵尔丰已确知清朝中央政府尚未垮台，于是又阴谋复辟。12月8日，蒲殿俊到校场点兵，巡防军在赵尔丰的唆使下，发生哗变。蒲殿俊从此躲藏起来，连都督也不敢当了。四郊民军看到这种情形，非常愤慨，便相率入城，将赵尔丰围困在督署里面。赵尔丰的复辟阴谋终未得逞。经过这一场事变，成都军政府为了欺骗人民和敷衍民军，不得不实行一番改组。于是，曾经留学日本的前陆军学堂总办尹昌衡当上了都督，与哥老会有联系的罗纶当上了副都督，同时还拉了几个革命党人来当部长，以资点缀。但是，人民对赵尔丰的仇恨，始终不能平息下来。立宪党看到不杀赵尔丰，不足以平民愤，将会引起深刻的革命，因此，才不得不借赵尔丰的头来缓和群众情绪。12月22日，尹昌衡和立宪党人依靠着民军的力量，解决了督署的武装，捕杀了赵尔丰。立宪党人在捕杀赵尔丰之后，便马上回过头来对付民军。在他们软硬兼施的进攻下，缺乏正确思想领导的民军首领，有的被腐化收买，有的被残酷杀害。于是，轰轰烈烈的起义运动，竟被瓦解，入民艰苦斗争的果实，竟被立宪党人窃夺去了。
从这一系列的事变中，可以清楚地看到：赵尔丰是清朝反动统治在四川最顽固的代表者，他曾经用尽一切办法，来挽救清朝反动政府在四川所遭遇的危机，他自始至终没有动摇过对清朝政府的忠心，以至最后和清朝政府的反动统治同归于尽。以蒲殿俊、罗纶等为首的立宪党人，则代表着四川地主阶级和上层资产阶级的利益，虽然他们也曾假借革命群众的力量，向清朝反动统治者作过一定程度的斗争，但是，他们最害怕的是群众真的革起命来，动摇了封建统治的社会基础，所以，他们对赵尔丰等清朝反动统治的代表者总是特别“宽大”，而对起义群众却格外的残忍无情。至于起义的民军，它基本上是由自发参加斗争的广大下层群众所组成的，其领导成员多半为会党首领，只有少数是革命党人，他们当中有不少的优秀分子（如龙鸣剑等）大多在残酷的斗争中牺牲了，而剩下来的人后来却上了立宪党人的圈套，无形中成了替他们争夺江山的工具。但是，无论是争路运动和推翻清朝的功劳，都应该归之于这般下层群众和他们的领导者身上。赵尔丰是屠户、立宪党人大部分都是骗子、起义民军大部分都是好人，这并不是什么高论，而是广大人民群众早已作出的历史定评。但是，周善培却不同意这种论断，为此，他特地写了一本《辛亥四川争路亲历记》，把赵尔丰描写成实行禅让的尧舜，把立宪党人视为彬彬有礼之士，而把革命党人和起义群众则看作大逆不道的匪徒。但是，事实毕竟是事实，周善培的无耻妄说，有谁能相信呢？其实，周善培在这次运动中，担任了一个颇不光彩的角色，他曾经以提法使的地位参与了赵尔丰镇压和破坏人民革命斗争的一切残暴行为和阴谋活动。当然，平心而论，他和赵尔丰还是有所不同的，他虽然坐在他的大帅（赵尔丰）的那只船上，但他一看风头不对，就把一只脚踏到立党人的那只船上去了。因此，他比他的大帅总算要开明些。不过若与他的采帅（王人文）比较起来，他就未免有些逊色了。因为他的这位采帅，曾经为庇护立宪党人而丢掉了官职，也就是说，当他看到清朝政府这只破船快要沉没的时候，就从船上跳了下来，而不象周善培那样犹豫不决地踏在两只船上。因此，周善培根本就没有资格写什么《辛亥四川争路亲历记》，因为他根本就没有亲历过四川人民的争路斗争。他如果为人老实，肯把他们那帮人如何反对四川人民争路的亲身经历写出来，倒一定会有许多非常精彩的内容。但他不肯如此，却硬着头皮把他反对争路的亲历写作争路的亲历，因此就不免要大闹笑话了。读者只要翻开他的书一看，满纸都是大帅、采帅之类的称呼，他的反动立场就怎么也掩盖不住了。
当重庆蜀军政府正在组织军队准备讨伐成都的时候，它的内部曾经发生过一次严重的危机。这次军事行动，原定由夏之时以副都督的身分亲自领兵出征，而以总司令林畏生兼任北路支队长。林对此发生误会，以为摘掉了他的总司令职权，大为不满。本来林的参加革命就是出于被迫，根本没有什么觉悟，及至当了蜀军总司令，他自以为过去在新军中的地位比夏要高，因此，对夏常出不逊之言，态度非常傲慢。现在又误认夏在故意压抑他，一怒之下，即将支队长的委任文书和一切印信当众撕毁，并且破口大骂，持枪握拳，闯进军政府，声言要找夏之时拚命。而且林手下有一两个团长，更横行不法，纵容着士兵四出扰民。我到重庆的时候，正碰到这种情形，当时重庆到处街谈巷议，人心惶惶不安。而张培爵和夏之时对此却毫无办法。刚刚成立不久的蜀军政府，差不多陷入了无政府的状态中。张培爵见我来到，非常高兴，连忙要我想个办法。我严正地说：“只有严明纪律，才能维护革命政权，现在必须召开一个紧急会议来讨论这件事情，并准备实行军事裁判，整顿军纪。”
张培爵很同意我的意见。这时虽已深夜，但他仍立刻下令召集全体负责军政人员开会，不许携带武器，并令守卫妥为戒备。一会，人们到齐，会议开始。夏之时首先报告事情发生的经过，请全体讨论解决。这时林畏生毫不在意地起来大声说道：“我林畏生罪多得很！砍官防，其罪一也；撕委任状，其罪二也；辱骂都督，其罪三也；闹军政府，其罪四也。看你们敢把我林畏生怎么样！”他气势汹汹，说完就坐下。过了许久，没有一个人敢起来必士。我看见这种情形，非常气愤，心想既为革命党人，对清朝反动政府都敢起来革命，为什么对这样一员悍将就不敢斗争了呢？于是抑制着愤怒，从容地起来说道：“我们革命的宗旨是推翻清朝专制政府，实行民主政治，解除人民痛苦，并不是以暴易暴。我们革命党人是不侮鳏寡，不畏强暴的。扶正义，打抱不平，正是我们革命党人的本色。如果我们今天刚一胜利，就横行霸道，和清朝官吏一样，实在违反革命初衷……”
我沉痛地讲了两个小时，最后主张执行革命纪律，把这个会议变为军事裁判。全场热烈鼓掌，表示同意。这时林畏生才不时地看我，对我这样一个陌生人的讲话，感到惊异。
接着夏之时说：“我是当事人，不便主持裁判。我提议请最近由同盟会总部派来的、孙中山先生亲密的朋友吴玉章同志作裁判长。”大家表示赞成。这完全出于我的意料。我想：由于我的提议才召开这次会议，现在要我来主持裁判，岂不是故意把杀人的事情推给我作吗？但接着又想：如果推辞，旁人也是一定不干的，事情又怎么解决呢？于是，便毅然接受了大家的推举，并且向大家说道：“第一，我说明犯罪的行为时必须得众人的同意；第二，我判决的处罚也必须得众人的同意；第三，判决后犯罪人得申诉或声明不服，并说明不服的理由；第四，判决后一定要遵照实行。必须大家都赞成这四个条件，我才能就职。”
大家都说：“这是最公平的裁判法，我们赞成。”
于是，军事裁判就立即严肃地开始了。我详细地说明林畏生的犯罪行为违背了革命宗旨，危害了人民利益，无异企图推翻革命军政府，应照军政府规定的军法处以死刑。问大家同不同意，大家表示赞成。于是又问林是否服罪，限他二分钟以内讲话。林却沉默着。又延长五分钟，他仍不讲话。经再三催促，他才说：“说我想推翻军政府，我没有这个心思。”
我说：“我不能知道你有没有这个心思。但判断犯罪以客观行动为标准，你的行动是危害军政府的。”
他再也没有话讲了。于是我就请夏之时执行判决。夏却犹豫起来了。他结结巴巴地说了几句应该特设什么什么的话。他的意思是说，裁判既是特设的，执行也应该特设。因为他说得不清楚，有些人就以为是“特赦”。于是他们又反过来为林畏生辩护，说林也是参加了起义的人，应该从宽处理，赦免他。
我坚决反对，认为大家刚才约定的条件，不应该马上就自己推翻。辩论了一小时，还是没有结果。有一个激烈的革命党人愤慨地说：“象你们这样懦弱畏缩，我就拿炸弹来把大家炸死算了。”大家又纷纷反对他。我说：“不必性急；我试问林畏生这样蜜不讲理的人，谁能保他以后再不作乱事呢？”
这时有一位姓舒的团长起来说：“我保他，我们四团人保他。”
他话犹未了，卫队中几个士兵就齐声说：“就是这个家伙最坏！”因为士兵们说话时过于激动，挤得刀枪碰击作响，那资舒团长恐怕有人打他，急忙把头低下去躲藏，猛地一下碰到桌子角上，流出血来。大家以为士兵开了枪，都赶快逃避。石青阳尤为可笑，竟把茶几顶在头上，跑了出去。这时会场上就只剩下我和张培爵、夏之时、林畏生四个人。林也和张、夏两人一同劝士兵们归于安静。卫兵说：“就是那舒团长劝林司令做坏事。”我说：“现在暂把舒团长扣下，另案办理。今晚还是要把这个案子结束。”
接着又把大家都请了回来。好在军政府戒备很严，没有一个人逃得出去。大家坐定后，我看林畏生并未趁这次扰乱逃走或者有什么不好的表现，也就有从轻处罚的意思了。因此我就和大家商量：“有人说要特赦他，但是谁能替他保证呢？”谢持、朱之洪说他们愿意担保。最后决定立刻解除他的职务，并且派人送他回湖北原籍。
这件事情充分地表现了当时蜀军政府的软弱无力，也表现了当时这些革命党人的畏缩、妥协。然而，经过了这一次严重的斗争，蜀军政府总算得到了暂时的巩固，更重要的是重庆人民都高兴为他们除去了一个祸害。
这时已是1911年的12月了，南京已被民军攻克，中华民国临时政府正酝酿在南京成立。孙中山先生也已经从国外回来，首途前往南京。因此，我也准备到南京去。于是，重庆蜀军政府就让我和杨庶堪作为它的代表到南京去参加临时政府的工作。