1898年9月28日，清廷以大逆不道罪将谭嗣同、康广仁等六人在菜市口处死，这对清廷来说原本是一件“正义”的事情，这在朝廷的上谕中都有明白宣示，朝野内外大致上也能够认同。然而，奇怪的是，由于康有为、梁启超在外国人保护下流亡国外，由于他们都是一流文人和学者，他们根据自己所掌握的事实及合理推测，成功地将这场并非完全正义的谋围颐和园、劫持皇太后的未遂政变，解释成了以慈禧太后为首的保守派为了从皇上手中夺权，而引发的一场非正义的武装政变。后来一百多年，许多善良的人还就是相信康、梁的这个解释。
康、梁的解释合乎人们的认知。因为光绪帝毕竟不是慈禧太后的亲生子，1898年秋天政治大逆转之后的那段时间，毕竟是皇太后出园训政，皇上的权力受到了削弱。而皇上也离开了原来的居所移居瀛台。这种种迹象都为康、梁的解读提供了证据。
按照康有为、梁启超的解读，在朝廷内部存在着两个司令部，以慈禧太后为首的保守派，主要是那些落伍颛预的满洲贵族，他们不满意皇上推动的政治变革，认为这些变革侵害了他们的既得利益，所以他们不断向慈禧太后哭诉，希望慈禧太后出园训政，阻止改革。相对应，当然有一个以光绪帝为首的改革派，这一派当然也包括康有为和为改革付出生命的六君子。康有为、梁启超将光绪帝塑造成一个英明的君主，是中国的未来，大清的希望，是中国的明治天皇和大彼得一世。
究竟是康有为、梁启超建构的叙事模式接近历史真相，还是朝廷的官方说法更可信呢？在1898年底和后来很长一段时间，宫方对这个事情没有提供任何新的解释，当然政府的话语弱势决定着它不可能整天为着过去的事情反复唠叨，而民间出于对朝廷改革推动不力的现实考量，遂对康有为、梁启超建构的叙事模式倾向于相信。
章太炎当然也是因为相信了康有为、梁启超的这个建构转而同情他们的，转而放弃了对康有为学术上的敌视，转而对光绪帝有了好感，认为在清廷内部确实存在着两个阵线分明的派别。所以他在同情康、梁的同时，也在思考着怎样帮助光绪帝推动清廷的改革，于是他在1899年3月12日发表了一篇重要文章，探讨中国政治改革的基本模式。
这篇文章就是《客帝论》，最先发表在《台湾日日新报》上，稍后被梁启超主编的《清议报》转载，署名为“台湾旅客”。
在这篇文章中，章太炎对清朝的政治架构提出了一个根本改造，他认为由于清廷的主体是满洲人，遂使政治改革面临非常大的困难，而要想改变这种局面，一个最便捷最可行的途径，就是采用传统中国曾使用的客卿办法，设置客帝，化解政治改革的困难。
根据章太炎的看法，在当时条件下，完全排除满洲人的汉族革命大约是不可行的，因为尽管满洲人人住中原缺少相当合法性，但历史毕竟这样走过了两百年，满洲人统治中原也是一个既成事实。那么怎么办呢？章太炎提出的思路是，像古代中国使用异国之才为客卿那样，可以考虑在目前特殊背景下设置一个特殊的名目即“客帝”，即将现在的满洲君主更改为客帝，继续让这个客帝行使治权，就像现在的清国使用西方人为税务司，为军事教官那样训练军官，而将政权移交给汉人。如此，日趋高涨的排满主义情绪就会慢慢消解，满汉之间的冲突也就会减弱。
从章太炎的这个构想看，他还是为清国在考虑，并没有将清国作为反对的对象，而是为其出主意想办法，希望清廷能够度过这次政治危机。至于寻找汉人中的什么人来接收这个政权呢？章太炎根据《左民春秋》今文学派《公羊春秋》的解释，以为最合适的选择莫若素王孔子的后人。他理由是，欧洲纪年以耶稣，卫藏纪年以释迦，而教皇与达赖喇嘛，皆尝为其共主。以此类推，中国的共主为孔子，也就顺理成章，合乎成例了。这样，中国之共主，其必在乎曲阜之小邑，而两千年之以帝王自号者，也就只是像齐桓公、晋文公，或者日本幕府一类的情形而已。
章太炎能够想到用孔子及其家族作为中国共主，可能是因为他看到了日本天皇或其他国家的君主万世一系，有着久远的历史传承。他认为，在中国，真正的大家族大约只有孔子一系自汉代受封以至于今，更十七姓，七十余主而不能以意废黜之。
孔子后人之为共主为帝王，是为了平衡满汉之间的矛盾，是为了消解汉族人的抵抗，特别是孙中山的排满革命。这一点是非常清楚的，这也是章太炎与尊清者游的必然结果。由于与尊清者游，章太炎的思想受到了这些尊清者的极大影响，使他发自内心认为即便慈禧太后非常坏，但光绪这个小皇帝可能还是不错的。这个年轻的皇帝对于满清两百多年的历史已有相当深入的认识和悔恨，在西方近代思想影响下，也有了一些觉醒和醒悟，以百姓之不得职为己大耻，于是选拔贤能，变革故法，使卒越劲，使民果毅、使吏精廉强力，使中国逐步恢复实力，重建辉煌，以抵御欧美白人的欺侮。对于这样还算明白的小皇帝，章太炎起了恻隐之心、以为不必像孙中山革命党所说的那样给予驱逐，而是应该继续留下来为客帝。其具体的权力架构是，虚尊孔子为中国之共主，光绪帝引咎降名，以方伯自处，而为客帝，臣民视光绪帝为长官而不再是君主，光绪帝拥有治权而不再拥有政权。在章太炎看来，这样就能有效化解反满与拥满之间的矛盾冲突，寻找一一个权力架构的平衡点，光绪帝继续主持变法，主持朝政，只是中国的新君主是孔子的后裔，光绪帝和他领导的朝廷大约有点像日本的明治政府。
与客帝方案相辅面行的还有“分镇”。这是章太炎认真思考过的一个问题，其实也与近代中国地方自治思潮的萌生有着密切关联。
章太炎指出，当时的政治改革有着多种可能，但在国家体制还不能进行大修改大修正的时候，则莫若分镇，莫若以封建方镇为一，置燕、齐、晋、汴及东三省为王畿，属于朝廷的专属权利区域。其余的地方，则置五道，如关陇，附以新疆；如楚蜀，附以西藏；如滇黔桂林，如闽廖，如江浙。在这五道中，选拔那些优秀的督抚进行统治，实行相对独立相对完整的自治方案，政治上无以虚辞美称，行政署吏，均由督抚说了算，中央不得干预；至于财政，也由该地自主，该督抚自主，大约采取类似于现今的分税制，除了地方自用外，应该按照一定的比例，或者一定的数额向中央交纳。
更关键的一点在于，章太炎分镇方案实际上使地方保持彻底自治，督抚一受其爵，非丧土缺贡，就是终身职务，中央政府不得无故撤销其任职。即便这个督抚死了，中央政府也不必另行任命新的督抚，而是以老督抚的属吏代理，朝廷或中央政府不过是履行一个任命的形式而已。
章太炎的分镇制度设计，主要有这样两点考虑：一是近代以来，中国面对西方压力，往往显得力不从心，每次交往，总是在西方的压力下步步败退，完全意义上的中央政府总是受制于西方，往往吃亏。章太炎的分镇设计，就是要用地方的力量去抗衡外来的压力，一旦中央政府遇到西方的压力，遇到无理索要，就可以凭借地方相对独立自治的理由予以坦然拒绝。果如是，则外人不得挟政府以宰制九域，地方在这样的自治修炼中，就能够培养当地人民对地方大吏的认同和支持，人人亲其大吏，争为效命。而地方督抚也势必在如此情形下，修内政，安地方，各地的自治能力、自卫能力、发展能力，都必然会有很大的增长，必然会为大一统的中国寻找出一条发展新路。
二是章太炎希望通过这样的地方自治，使地方实力增强，能够培植出强有力且政治开明的地方实力，就像日本的萨摩、长州二藩在明治维新运动中的作用那样，为大一统的中国政治变革找到一个更加可行更加经济的道路。因为在章太炎看来，大一统的中国要想在政治上有所作为太难了，中国的未来希望可能不在中央，而在地方。这就是章太炎所说的，从来的政治变革政治发展，假如得不到潘镇以尊王攘夷，那么都很难。中国要想走上宪政道路，就必须从培植地方自治入手。章太炎在20世纪20年代的联省自治思想，其实就是从这里开始的。