章太炎确实不是有意反体制，他那么热心为李鸿章出招，那么高兴前往武昌去主编《正学报》，都表明他对既有体制还抱有信心。然而，当他一再失意，一再不能得志后，继续指望章太炎对体制忠诚，似乎也就没有道理了。章太炎开始反省这个体制的问题了，于是一个原本善良的体制拥护者、认同者竟然被一步一步地推向体制反叛者。
反体制的思想在章太炎的脑海里或许已有一段时间了，但这还不是其思想的主体或主导，他回到上海之后，曾经将途中写的那首具有反叛思想的《艾如张》抄给他的朋友看，但他个人还是依然前往张之洞作后台老板的《昌言报》任主笔。
按照张之洞的构想，《昌言报》是因为与康有为、梁启超等人闹气而由汪康年办起来的，其政治理念当然还是支持朝廷的政治变革。然而这场轰轰烈烈的政治变革到了1898年秋天却戛然而止，原因据说是因为康有为对和平的变革迟迟推展不起来有点儿不满，于是策动袁世凯的部队和两湖英雄豪杰用暴力手段劫持慈禧太后，迫使皇太后将政权还给康有为认定的英主光绪帝。
当然，康有为的武装暴动只是一个计划，但这个计划却阴差阳错给泄露出去了。于是，谭嗣同等六君子被杀，康有为、梁启超师徒潜逃海外，中国政治发生大逆转，章太炎和他所在的这个《昌言报》也受到某种程度的牵连。
在1898年政治变革中，章太炎确实还算不上什么角色，他名义上是《昌言报》的主笔，其实并没有发挥多大作用。他在上海的那些日子，主要还是与几个老朋友诸如孙宝瑄、宋恕等人来往，喝喝小酒，聊聊天，议论一下北京的政局和政治改革的进展。他对《昌言报》的贡献，是从第一册开始连载《斯宾塞尔文集》，这是由曾广铨口译，章太炎整理润色的。
章太炎在1898年没有实质性的政治活动，然而由于他并不知道北京政治逆转的真相，或者根本不愿意相信朝廷的解释，反而相信康有为、梁启超等政治流亡者的解说，相信街谈巷议，相信各方面的传言，于是章太炎在事变之后反而介入了这件事。
根据与章太炎密切接触的孙宝瑄的记载，他们在10月2日从报纸上获知上谕宣布康有为的罪状，始知有结党谋反不利皇太后事。他们接着推测，盖先欲剪除太后党羽，故撰密旨，令袁世凯擒荣禄，即以新军入都移宫。袁不从，以告荣禄。荣禄密奏太后。太后震怒，故降旨严拿。康有为已逃，仅获其弟康广仁等。很显然，这个故事梗概与朝廷的版本差距很大。
在特殊的政治阶段，人们不愿相信朝廷，愿意相信各种各样的传闻和小道消息，这是人之常情，可以理解。于是，章太炎根据各种小道消息，继续演绎着自己的判断，他认为北京的政治变动可能并不像朝廷解释的那样简单，朝廷内部大约真的有一个新IH派别冲突，他根据对张之洞等人的直接观察，认为今日中国之反复小人阴险狡诈者，莫如两湖总督张之洞为甚。名受其殃，君受其欺，士大夫受其愚，已非一日。至新旧党争，其人之罪状始渐败露，向之极口推重者，皆失所望。
根据这样的特殊心情和价值倾向，章太炎于10月20日在《昌言报》上发表《书汉以来革政之狱》，借古喻今，指桑骂槐，影射朝政，袒护康梁。这当然是一篇典型的影射史学，只是章太炎的学问太大，人们在愉快的阅读中并没有觉得有什么不妥。
按理说，章太炎在戊戌年间还算不上重量级的政治人物，在清政府的政治清查中也不是什么重点关注的对象，只是在北京政局发生大逆转的匆忙混乱中，正在北京的翰林院侍读学士黄绍箕因与康有为等人有密切接触，不知从哪儿获知在朝廷的惩处名单中列有章太炎。黄绍箕是浙江瑞安人，与同里孙诒让关系密切，曾于1896年合作在家乡开办瑞安学计馆。黄绍箕知道孙诒让对章太炎很器重，因而将这个消息迅即通知了孙诒让，孙诒让迅即告诉其妹夫宋恕，宋恕告诉陈蔽宸，陈胾宸和宋恕为万全之计，迅即敦促章太炎赶快找个地方躲躲。
当时，适有日本诗人山根虎雄欣赏章太炎的才华，有意介绍章太炎去台湾一家报纸任职，并帮助台湾学务官馆森鸿修订诗文，章太炎遂于1898年12月4日抵达台北。此乃章太炎一生中第一次躲避追捕。从此，章太炎被迫走上了反体制的政治道路。