对于亲政后已真正掌握大权的福临来说，他接下来要做的事情就是要加强皇权，巩固自己的实力。福临先是继承了父亲皇太极手下亲掌的镶黄、正黄两旗，紧接着又恢复了被多尔衮打击的两黄旗贵族的地位，提升了两红旗的满达海、瓦克达、杰书、罗可铎等，又把原来多尔衮手下实力最雄厚的正白旗收归己有。至此，福临已经独有三旗，实力大大增强。
然而，自清朝入关后，就出现了各种矛盾错综复杂、民族矛盾尤为激烈的现象。福临心里明白，他虽然可以倚靠满洲八旗的力量来稳固皇权，但想要统治整个中国，想要巩固大清江山，就必须要依靠汉官。于是，在他亲政以后，就采取了一系列改革措施，来巩固自己的统治。他采取的第一个措施就是削夺大臣们的权势，实施集权制。
此外，在任用朝廷官员方面，福临开始笼络并倚重汉官，彻底改变了多尔衮时期曾对汉官猜疑、压制的态度。不仅如此，福临还大刀阔斧地整顿了吏治，并启用了很多有才能、有胆识的汉人为官。当时，清廷有这样一条旧规：汉官在各衙门中不能掌印，即不能当家做主；但是自福临亲政后，他就规定：谁的官衔在前，谁就掌印。
顺治八年（1651年），清军南下肇庆（今广东），并于闰二月攻克肇庆。三月，孙可望从四川进入贵州。紧接着，清廷又派遣洪承畴率领大军向贵州进军。这时候，孙可望也率兵到达云南，南明名将李定国也随后进入云南，想要和孙可望联合起来抗清。九月，清陷舟山，南明鲁王朱以海走福建。十月，永历帝朱由榔（即南明皇帝，明神宗朱翊钧之孙，明光宗朱常洛之侄，桂端王朱常瀛之子）自南宁出走，郑成功收复漳浦（今福建），使人通好日本。
顺治九年（1652年）元月，鲁王朱以海走厦门，想要依靠郑成功。二月，孙可望便把永历帝接到安隆所（今贵州）居住，吴三桂等人开始进军成都、重庆等地。五月，永历帝册封孙可望为景国公，李定国北伐破湖南清军。七月，李定国复桂林。十一月，清廷命令固山额真卓罗为靖南将军，与固山额真蓝拜一同率军增援肇庆。这样一来，既可以防止李定国军东进，也可以增加谈判的筹码。
到顺治十二年(1655年)八月，福临又命固山额真卓罗出征，并命汉官承政龚鼎孳掌管部院印信。提及龚鼎孳，他曾与吴伟业、钱谦益并称为“江左三大家”。大明灭亡后，龚鼎孳先是投降了李自成，后来又投降了大清，官至刑部尚书、兵部尚书、礼部尚书。龚鼎孳闻命后，觉得诚惶诚恐、战战兢兢，于是他上书朝廷，以“向来以满臣掌印”为由，再三推辞。但是，福临仍然不肯改变主意，坚持让他掌印。从此以后，汉官掌印才正式作为一种制度确定下来。起初的时候，内阁大学士满人是一品，汉人只是二品，到顺治十五年(1658年)，改为全是一品；六部尚书曾经也都是满人一品，汉人二品，到顺治十六年(1659年)，也全部改为了二品。
其实，在福临还没亲政之前，就对汉族大学士洪承畴、范文程等人十分信任和看重，认为他们既熟悉典章制度，又老谋深算，日后可以在治理国家方面助他一臂之力。因此，在福临亲政没多久，就立即任命范文程为议政大臣，使他得到了汉人从未有过的宠遇，因为在这之前，这一职务全是由满人出任的。在范文程成为议政大臣后，便常常与福临一起探讨治理国家问题，两人谈得甚是投机。范文程说：“统治者所实行的政策，要顺乎民心、合乎潮流，并提出兴屯田，招抚流民，举人才。”凡是范文程提出的建议，大多数都被福临采纳和认可，比如，“不论满汉亲旧、不拘资格大小、不避亲疏恩怨”等重要建议。
也是从那时起，福临开始与范文程交往甚密，并在其陪同下“频繁驾临三院”“出入无常”。宫廷内院几乎成了范文程的“起居之所”。久而久之，福临与范文程的一举一动，引得朝中一些汉官为之不满，然而福临却毫不在意。短短的时日内，范文程屡屡被加官晋爵，可谓是春风得意。后来，当范文程年老体衰、上疏乞休时，福临依然恋恋不舍，命他养好病后再回朝为官，让朝中其他官员都羡慕不已。
同时，福临对汉人地主的上层人物也极力笼络。为此，福临忍痛割爱，把父亲皇太极的第十四女和硕建宁长公主，也就是他的亲妹妹，下嫁给吴三桂的儿子吴应熊，以表示优宠。另外，当大学士党崇雅告老还籍时，福临两次破格召见，不仅赐坐，还赐衣帽、靴袜、茶饭，“温语慰劳良久”，并特命满大学士车克为他送行。顺治十五年（1658年）状元、翰林院修撰孙承恩英年早逝，福临“深悼惜之，赐白金三百两归其丧”。如此种种，都突出地反映了福临争取汉人的勇气。
顺治十六年（1659年）十月，福临还特意谕吏部：“向来各衙门印务，俱系满官掌管，以后各部尚书、侍郎及院寺堂官受事在先者，即著掌印，不必分别满汉。尔部即传谕各衙门一体遵行。”这在当时看来，的确是一个破天荒的决定，也正是这个决定，让汉官的权力和地位有了明显的提高。不仅如此，福临还一再要求满汉官员和衷共事，“凡会议政事，原应满汉公同商榷，斟酌事理，归于至当”，“不拘满汉皆可具稿”，不许“满汉两议”的现象再次出现，否则就要受到惩处。
看得出来，在争取汉人地主、提高汉官权力、重用汉官等方面，福临进行了大胆的尝试和努力。不仅如此，福临又命兵部整顿驿政，以保障驿路畅通；实行恤刑条例，以安定民心；开始举行武举殿试，为朝廷选拔文武全才；制订行军条例、整顿军纪等等。这一系列改革措施的制订与推行，充分体现出福临是一个有政治才干的皇帝，也是清朝一位刻意求治、很有作为的年轻皇帝。