道教及其它
元朝道教地位不及佛教。道教曾与佛教发生教理论争甚至武力冲突，元朝统治者偏袒佛教一方。忽必烈下令焚毁除《道德经》之外的所有道教典籍，甚至勒令一些道士削发为僧。虽然遭受如此打击，道教在元朝还是保持着一定的地位的。
元朝伊斯兰教大盛，当时的信徒有两类，一是蒙古西征时从中亚，波斯等地掳掠的工匠或牧民，征调的军队，入仕元朝的官员和学者，来中国经商的商人。这些人被称为“回回”。另外，随着伊斯烂教在全国的广泛传播，许多蒙古贵族和其他族人，也都扳依了伊斯兰教。他们的政治地位较高，不少人在中央或地方担任要职。他们还善于经商，在国内外贸易中势力很大。伊斯兰教对我国回族的形成有重大意义。回族是以伊斯兰教信仰为认同标志的。
基督教最早传入中国是在唐代。称为景教。为波斯地区盛行的聂斯脱里派，被欧洲视为异端。9世纪中叶以后，唐朝取缔景教，它在内地渐渐绝迹，但在西北少数民族地区一直流传。蒙古兴起后，一些蒙古人接受了基督教。另外，蒙古西征中，俘虏的战俘中，工匠中，很多人是西亚，东欧的天主教徒。入元以后，有一些欧洲传教士来到中国传教，增加了信徒人数。元朝的基督徒称为“也里可温”。保留至今的今北京房山三盆山十字寺遗址，便是元朝基督教的遗迹。